生物计算机与DNA存储相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['DNA storage', 'DNA computing', 'DNA circuit', 'biological computing', 'biological circuit']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 797 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 存储介质 | 编码方案 | 计算范式 | 可扩展性指标 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
GC-balanced polar codes correcting insertions, deletions and substitutions for DNA storage
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf278
PMID:40536818
|
研究论文 | 提出一种新型GC平衡极化码方案，用于纠正DNA存储中的插入、删除和替换错误 | 将DNA存储通道特性融入极化码设计，通过将错误建模为漂移向量来改进DNA数据存储可靠性 | 未明确说明实验数据规模和具体应用场景限制 | 提高DNA存储系统的数据准确性和可靠性 | DNA存储通道中的插入、删除和替换错误 | DNA存储 | NA | 极化码编码技术 | DNA-BP Code（平衡极化码） | DNA序列数据 | NA | DNA | 极化码，GC平衡编码 | DNA计算 | 编码解码计算复杂度为O(NlogN)，支持不同码长N和IDS错误概率 |
| 42 | 2025-10-05 |
Room temperature storage and shipping of encapsulated synthetic RNAs as quality control materials for SARS-CoV-2 molecular diagnostic assays
2025-09, Journal of virological methods
IF:2.2Q3
DOI:10.1016/j.jviromet.2025.115169
PMID:40288444
|
研究论文 | 开发了一种可在室温下存储和运输的封装合成RNA技术，用于SARS-CoV-2分子诊断检测的质量控制材料 | 将金属胶囊封装技术与无水氩气环境结合，首次实现RNA在室温下的长期稳定存储 | 研究主要针对SARS-CoV-2检测，其他RNA病毒的应用验证仍需扩展 | 开发稳定的RNA质量控制材料以支持分子诊断检测 | 合成RNA质量控制材料 | 分子诊断 | COVID-19 | RT-PCR, RT-LAMP, 核酸扩增技术 | NA | 分子检测数据 | 多个实验室参与验证，使用4种RT-PCR设备和6种PCR试剂盒 | RNA | NA | NA | 室温下稳定存储3年，加速老化相当于25°C下10年存储 |
| 43 | 2025-10-05 |
Review on Advancement of AI in Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4690-8_26
PMID:40553349
|
综述 | 本文综述了人工智能在合成生物学领域的最新进展及其应用 | 系统阐述了AI在基因组编辑、代谢通路优化和生物电路设计等合成生物学关键领域的推动作用 | 面临高质量生物数据集构建困难以及计算与实验科学家之间的跨学科协作障碍 | 探讨人工智能与合成生物学交叉融合的发展现状与未来前景 | 合成生物学中的生物系统设计与优化 | 机器学习 | NA | 深度学习、机器学习、CRISPR-cas9 | 深度学习模型、机器学习模型 | 生物数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2025-10-05 |
INNSE: Invertible neural network-based DNA image storage with self-correction encoding
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.003
PMID:40547456
|
研究论文 | 提出基于可逆神经网络的DNA图像存储自校正编码方法，提高编码密度并降低时间复杂性 | 利用神经网络可逆性进行图像上下采样处理，设计无冗余信息的碱基层级自校正方法 | 未提及实际生物实验验证，仅基于模拟错误率测试 | 提升DNA存储技术在图像数据存储中的编码效率和纠错能力 | 多模态图像和视频数据 | DNA存储 | NA | 可逆神经网络 | INN | 图像、视频 | NA | DNA | 自校正编码 | DNA计算, 神经网络计算 | 编码密度提升3倍，时间复杂性降低95.26%，在2%错误率下PSNR提升80.88%、SSIM提升63.82% |
| 45 | 2025-10-05 |
Engineered 3D DNA Crystals: A Molecular Design Perspective
2025-Jun, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401455
PMID:39777863
|
综述 | 本文从分子设计角度探讨工程化3D DNA晶体的研究进展与应用前景 | 提出基于'晶体键取向'的DNA晶体结构分类方法，系统分析分子设计、自组装和晶体修饰等关键方面 | 未涉及具体实验验证数据，主要基于现有文献进行理论分析和展望 | 推动工程化3D DNA晶体领域的发展 | 3D DNA晶体材料 | 材料科学 | NA | DNA自组装技术 | NA | NA | NA | DNA | NA | DNA计算 | NA |
| 46 | 2025-10-05 |
A DNA circuit that records molecular events
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn3329
PMID:38578999
|
研究论文 | 开发了一种能够记录分子事件信息的DNA电路系统 | 首次实现了能够同时记录分子信号出现顺序、浓度和持续时间等多参数信息的分子事件记录器 | 事件持续时间记录的准确率为75%，仍有提升空间 | 开发能够记录瞬态分子事件信息的分子记录系统 | 分子信号的出现时间、强度和持续时间 | 分子计算 | NA | 链置换反应网络，引物交换反应，DNA测序 | NA | DNA序列数据 | NA | DNA | 引物交换反应编码 | DNA计算,分子计算 | 可实现大规模分子事件解码，适用于动态反应环境、活细胞或组织 |
| 47 | 2025-10-05 |
On-Demand Regulation of Catalytic DNA Circuits Using Phosphorylated Charge Reversal Peptides
2025-Jun-17, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202425113
PMID:40249733
|
研究论文 | 本研究开发了一种酶响应多肽用于催化DNA电路的可控递送和释放，实现microRNA的精准活体成像 | 首次利用磷酸化电荷反转多肽实现催化DNA电路的可编程调控，通过内源性磷酸化引导的探针释放机制减少非特异性信号泄漏 | 未明确说明动物模型的具体类型和实验规模，缺乏长期安全性和稳定性评估数据 | 开发安全高效的体内递送系统用于疾病诊断 | 催化DNA电路和microRNA生物标志物 | 生物传感 | 肿瘤 | 磷酸化电荷反转技术，催化DNA电路技术 | NA | 生物分子数据，成像数据 | NA | DNA, 肽 | NA | 分子计算，DNA计算 | 高负载容量，优异的生物相容性，特异性结合能力 |
| 48 | 2025-10-05 |
Programmable PCR-like Nonenzymatic DNA Molecular Circuit for Split-Free Autocatalytic Amplification
2025-Jun-10, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c01612
PMID:40442030
|
研究论文 | 开发了一种无需分裂设计的PCR样非酶DNA自催化扩增电路，用于高效生物传感 | 首次实现无需分裂设计的自催化DNA电路，模拟PCR三步骤但无需酶和精确温控 | 未明确说明具体应用场景中的检测限和实际样本验证结果 | 开发高效的非酶DNA自催化扩增系统用于生物传感 | DNA分子电路和低丰度生物标志物 | 分子计算 | NA | 非酶DNA自催化扩增 | DNA分子电路 | 分子信号 | NA | DNA | NA | DNA计算,分子计算 | 指数级信号放大，最小信号泄漏 |
| 49 | 2025-10-05 |
Coli bond: A dual-function encryption system for secure information storage and transmission by microorganisms
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325926
PMID:40498745
|
研究论文 | 开发了一种名为Coli Bond的双功能加密系统，利用微生物实现安全信息存储和传输 | 将DNA存储的分子精度与合成生物学的可控动力学相结合，通过咖啡因浓度和温度调控信息传输 | 未明确说明系统的最大存储容量和长期稳定性数据 | 开发安全可控的生物信息存储和传输系统 | 大肠杆菌工程菌株 | 合成生物学 | NA | 合成生物学，DNA存储技术 | NA | DNA编码信息 | NA | DNA | NA | 分子计算，DNA计算 | 高密度存储，具备化学稳定性 |
| 50 | 2025-10-05 |
Hyperchaotic color image encryption using eight-base DNA complementary rules and extended Zigzag transform
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325197
PMID:40505085
|
研究论文 | 提出一种结合八碱基DNA互补规则和扩展Zigzag变换的超混沌彩色图像加密方案 | 提出5040种八碱基DNA互补规则（传统四碱基仅6种）和新型扩展Zigzag变换，显著提升加密灵活性和复杂度 | 未明确说明计算效率和对实时应用的适用性 | 开发更安全的彩色图像加密方法以保护图像内容免受未授权访问 | 彩色数字图像 | 计算机视觉 | NA | 超混沌系统、DNA计算、Zigzag变换 | EDCREZT加密模型 | 彩色图像 | NA | DNA | 八碱基DNA编码, 动态DNA编码 | DNA计算 | 加密复杂度显著提升，抗攻击能力增强 |
| 51 | 2025-06-12 |
Challenges and opportunities in DNA computing and data storage
2025-Jun-10, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-025-01937-w
PMID:40494931
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2025-10-05 |
DNA-Based Signal Circuit for Self-Regulated Bidirectional Communication in Protocell-Living Cell Communities
2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202503903
PMID:40195061
|
研究论文 | 设计了一种基于DNA的信号电路，用于实现原始细胞与活细胞群落间的自主调控双向通信 | 开发了具有识别、激活和反馈模块的DNA电路，使原始细胞能够感知并响应活细胞释放的信号，实现自主调控的细胞间通信 | 未明确说明系统的长期稳定性和在复杂生物环境中的适用性 | 开发合成生物学工具以调控细胞间信号传导和编程细胞行为 | 原始细胞与活细胞组成的混合群落 | 合成生物学 | NA | DNA电路技术 | NA | 分子信号数据 | NA | DNA | 分子信号编码 | 分子计算, DNA计算 | 支持连续与多个目标活细胞相互作用的可再生反馈能力 |
| 53 | 2025-10-05 |
ReLume: Enhancing DNA storage data reconstruction with flow network and graph partitioning
2025-Aug, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.022
PMID:40268154
|
研究论文 | 提出一种基于流网络和图分割技术的DNA存储数据重建方法ReLume，显著提升数据恢复率和耐久性 | 首次将流网络和图分割技术应用于DNA存储数据重建，在普通笔记本电脑上实现百万级读取数据重建 | 未明确说明对特定类型错误的处理极限，实验数据集规模有限 | 解决DNA存储中的数据重建问题，提高数据恢复准确性和系统耐久性 | DNA存储系统中的数据重建过程 | DNA存储 | NA | 流网络、图分割技术 | NA | DNA测序数据 | 百万级读取数据 | DNA | NA | DNA计算 | 24GB内存笔记本电脑处理百万读取，内存使用降低60%，数据耐久性100年 |
| 54 | 2025-10-05 |
Data Readout Techniques for DNA-Based Information Storage
2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202412926
PMID:39910849
|
综述 | 本文系统介绍了DNA信息存储中的数据读取技术及其与存储系统设计的关联 | 首次系统梳理DNA数据存储系统中存储单元设计与读取技术选择的关联性，并介绍了微流控和荧光探针等新兴辅助技术 | 未提供具体实验数据验证不同读取技术的性能比较 | 探讨DNA数据存储技术中的数据读取方法发展现状与挑战 | DNA数据存储系统的读取技术 | 生物信息存储 | NA | DNA测序, 非测序方法, 微流控技术, 荧光探针 | NA | 数字数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 高存储密度、长寿命、低维护能耗 |
| 55 | 2025-10-05 |
Leveraging Demethylase Activation in DNA Circuits to Overcome Signal Leakage for Reliable MicroRNA Bioimaging
2025-Jun, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202412843
PMID:40211605
|
研究论文 | 设计了一种去甲基化酶激活的DNA组装电路，通过顺序激活机制实现细胞内microRNA的可靠生物成像 | 通过整合去甲基化酶激活的DNAzyme模块和microRNA识别的HCR信号放大模块，利用顺序激活机制有效阻断信号泄漏 | 未明确说明该电路在更复杂细胞内环境中的稳定性和适用性范围 | 开发可靠的细胞内microRNA检测和生物成像方法 | 细胞内microRNA生物标志物 | 分子计算 | 癌症 | DNA电路、杂交链式反应(HCR)、去甲基化酶激活 | DNAzyme、HCR探针系统 | 分子信号、荧光成像数据 | 癌细胞和正常细胞的比较研究 | DNA | 甲基化修饰、toehold介导的链置换 | DNA计算、分子计算 | 高信噪比、高灵敏度检测、有效的癌细胞鉴别能力 |
| 56 | 2025-10-05 |
Entropy-driven DNA circuit induced rolling circle transcription generates fluorescent light-up RNA aptamer for one-pot and label-free detection of miRNA-133a
2025-Nov-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2025.128173
PMID:40262346
|
研究论文 | 开发了一种基于熵驱动DNA电路和滚环转录的级联放大策略，用于一锅法无标记检测miRNA-133a | 结合熵驱动DNA电路与滚环转录实现级联信号放大，通过生成重复Spinach RNA适配体实现荧光信号增强 | 未明确说明在实际临床样本中的验证规模和应用限制 | 开发高灵敏度、高选择性的miRNA-133a检测方法用于急性心肌梗死的早期诊断 | miRNA-133a生物标志物 | 生物传感 | 心血管疾病 | 熵驱动DNA电路, 滚环转录, 荧光适配体技术 | NA | 荧光信号 | NA | DNA, RNA | NA | 分子计算, DNA计算 | 检测线性范围50 pM至50 nM，检测限38.3 pM |
| 57 | 2025-10-05 |
Dual-Signal Probing of Molecular Subtypes of Breast Cancer: Synergistic Chirality and Charge-Transfer Effect Enable Enhanced Accuracy
2025-Jun-03, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c01620
PMID:40388600
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于DNA纳米技术的双信号探针系统，用于乳腺癌分子分型的快速检测 | 利用具有独特电荷和手性转移特性的荧光团对，通过DNA级联反应实现圆二色性和荧光双信号放大，显著提高检测准确性 | 未明确说明样本规模的详细信息和临床验证的广泛性 | 开发快速简便的肿瘤分子分型检测方法 | 乳腺癌分子亚型及其关键生物标志物（雌激素受体ER和人表皮生长因子受体2 HER2） | DNA纳米技术 | 乳腺癌 | DNA纳米技术、光谱测量、DNA级联反应 | NA | 光谱数据（圆二色性CD和荧光） | NA | DNA | NA | 分子计算 | 1小时内完成检测，具有高精度和通用性 |
| 58 | 2025-10-05 |
Exploring potential biosafety implications in DNA information storage
2025-Apr, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2025.03.006
PMID:40453469
|
研究论文 | 评估五种代表性DNA存储编码方法在生物安全性方面的潜在风险 | 首次系统评估DNA信息存储中人工合成序列与自然生物DNA的相似性及其生物安全风险 | 仅分析了五种编码方法，未涵盖所有DNA存储编码策略 | 探索DNA信息存储技术的生物安全影响 | 五种DNA存储编码方法（Church、Goldman、DNA Fountain、Grass和MT编码）产生的序列 | 合成生物学 | NA | Kraken2分类分析、BLASTn比对分析 | NA | DNA序列数据 | 五种编码方法产生的代表性DNA序列 | DNA | Church编码, Goldman编码, DNA Fountain编码, Grass编码, MT编码 | DNA计算 | 序列长度与注释率正相关，表明较长序列可能带来更高的生物安全风险 |
| 59 | 2025-10-05 |
Investigating enhanced stability in CTAB(C)-compacted DNA under aging conditions for data storage
2025-Jun-02, Journal of physics. Condensed matter : an Institute of Physics journal
DOI:10.1088/1361-648X/addbb7
PMID:40398454
|
研究论文 | 研究表面活性剂介导的DNA压缩和环糊精驱动解压缩方法在长期数据存储中的有效性 | 首次系统比较CTAB和CTAC压缩的天然与合成DNA在加速老化条件下的稳定性，并证明压缩合成DNA在热应力下优于原始DNA | 仅测试了4-70°C温度范围和12天内的加速老化条件，未评估更长期或更极端环境下的稳定性 | 开发高效的DNA长期数据存储方法 | 鲑鱼来源DNA和定制合成DNA | DNA数据存储 | NA | 吸光度测量，定量PCR，桑格测序 | NA | DNA序列数据 | 在4°C至70°C温度和50%相对湿度条件下进行4、8和12天的加速老化测试 | DNA | NA | DNA计算 | 存储容量未明确说明，但强调高信息密度和长寿命特性，解压缩DNA在50°C和60°C的半衰期与硅胶基质保存的DNA相当 |
| 60 | 2025-10-05 |
A Robust and Efficient Representation-based DNA Storage Architecture by Deep Learning
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400959
PMID:40114483
|
研究论文 | 提出一种基于深度学习的DNA存储架构，通过自编码器和U-Net网络实现图像的表示、构建和从噪声读取中重构 | 利用深度学习的出色表示和图像生成能力，结合特征量化实现压缩比与图像质量间的平衡，并通过多读提升图像质量 | 在插入-删除-替换错误低于6%的场景下才能重构中等质量图像 | 开发稳健高效的DNA存储架构用于大规模图像应用 | 图像数据在DNA存储中的表示与重构 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 自编码器, U-Net | 图像 | 14个质粒的湿实验室验证 | DNA | 基于表示的编码 | DNA计算, 分子计算 | 通过选择表示通道数平衡压缩比和图像质量，支持大规模图像应用 |