生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 714 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-09-20 |
PELMI: Realize robust DNA image storage under general errors via parity encoding and local mean iteration
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae463
PMID:39288232
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研究论文 | 提出了一种基于奇偶校验编码和局部均值迭代的PELMI方案，以实现DNA图像存储的鲁棒性 | 通过奇偶校验编码和局部均值迭代，提高了DNA序列的稳定性和图像重建质量 | 未提及具体的研究局限性 | 提高DNA图像存储的鲁棒性和重建质量 | DNA图像存储中的错误处理和图像重建 | 生物信息学 | NA | 奇偶校验编码、局部均值迭代 | NA | 图像 | 未提及具体样本数量 |
| 42 | 2024-09-20 |
Magnetic DNA random access memory with nanopore readouts and exponentially-scaled combinatorial addressing
2023-05-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-29575-z
PMID:37231057
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MDRAM的DNA存储系统，通过结合磁性琼脂糖珠和纳米孔测序技术，实现了对目标文件的重复高效读取 | 创新点在于利用磁性琼脂糖珠结合合成DNA，实现了DNA分析物的重复读取，并保持了数据读取质量；同时采用卷积编码方案，利用纳米孔测序信号中的软信息，实现了与Illumina测序相当的信息读取成本 | NA | 解决DNA存储中合成DNA的分子消耗、碱基调用错误以及扩展读取操作的限制问题 | DNA存储系统MDRAM及其在数据存储和读取中的应用 | 生物信息学 | NA | 纳米孔测序 | 卷积编码 | DNA序列 | NA |
| 43 | 2024-09-19 |
H-ACO with Consecutive Bases Pairing Constraint for Designing DNA Sequences
2024-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00614-1
PMID:38683280
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研究论文 | 本文提出了一种新的连续碱基配对约束，并结合层次蚁群算法（H-ACO）用于设计DNA序列 | 引入了连续碱基配对约束和层次蚁群算法（H-ACO），提高了DNA序列设计的效率和能力 | 未提及 | 改进DNA计算中的DNA序列设计 | DNA序列设计 | 生物信息学 | NA | 层次蚁群算法（H-ACO） | NA | DNA序列 | 未提及 |
| 44 | 2024-09-16 |
Study of the error correction capability of multiple sequence alignment algorithm (MAFFT) in DNA storage
2023-Mar-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05237-9
PMID:36959531
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研究论文 | 研究了多序列比对算法（MAFFT）在DNA存储中的纠错能力 | 通过多序列比对（MSA）算法解决DNA存储中的同步错误问题，并展示了其在不同错误率下的纠错能力 | MSA算法在错误率超过20%时性能达到瓶颈，无法完全恢复信息 | 评估MAFFT算法在DNA存储中的纠错能力 | DNA存储中的同步错误 | 生物信息学 | NA | 多序列比对（MSA） | NA | DNA序列 | NA |
| 45 | 2024-09-14 |
GradHC: highly reliable gradual hash-based clustering for DNA storage systems
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae274
PMID:38648049
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GradHC的基于哈希的渐进式聚类算法，用于DNA存储系统中的DNA读取聚类 | GradHC算法能够以高精度聚类各种类型的设计，包括不同长度的链、不同大小的簇以及不同错误范围 | NA | 解决DNA存储系统中DNA读取聚类的挑战 | DNA存储系统中的DNA读取 | NA | NA | 聚类算法 | GradHC | DNA序列 | NA |
| 46 | 2024-09-14 |
A dual-rule encoding DNA storage system using chaotic mapping to control GC content
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae113
PMID:38419588
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研究论文 | 本文提出了一种使用混沌映射控制GC含量的双规则编码DNA存储系统 | 该系统通过两种GC含量互补的编码规则对二进制数据进行编码，解决了早期编码方案忽视DNA序列生物约束性的问题 | NA | 解决DNA存储中合成和测序困难的问题 | DNA存储编码方案 | 生物信息学 | NA | 混沌映射 | NA | DNA序列 | 代表性文档和图像文件格式 |
| 47 | 2024-09-14 |
GCNSA: DNA storage encoding with a graph convolutional network and self-attention
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106231
PMID:36876131
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研究论文 | 本文提出了一种基于图卷积网络和自注意力机制的DNA存储编码系统GCNSA | GCNSA系统在基本约束下平均提高了14.4%的DNA存储码，在其他约束下提高了5%-40%，有效提升了DNA存储系统的存储密度 | NA | 提高DNA存储系统的编码效率和速度 | DNA存储编码系统 | NA | NA | 图卷积网络、自注意力机制 | 图卷积网络、自注意力机制 | DNA序列 | NA |
| 48 | 2024-09-14 |
The compact integration of a cascaded HCR circuit for highly reliable cancer cell discrimination
2023-Feb-22, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d2sc05568f
PMID:36845932
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研究论文 | 本文设计了一种紧凑的级联DNA电路，用于高可靠性的癌细胞鉴别 | 提出了结合传统级联DNA电路与多重局部响应特性的新型DNA电路，通过精细设计两个超发夹反应物，实现了电路组件的简化和局部增强的级联信号放大 | NA | 开发一种高可靠性的癌细胞鉴别方法 | 癌细胞与正常细胞的鉴别 | 生物医学工程 | 癌症 | DNA电路 | NA | 细胞影像 | NA |
| 49 | 2024-09-14 |
DNAsmart: Multiple attribute ranking tool for DNA data storage systems
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.02.016
PMID:36851917
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研究论文 | 本文介绍了一个名为DNAsmart的交互式可视化分析框架，用于DNA数据存储系统中的多属性排序 | 提出了一个交互式和可视化的分析框架，帮助用户通过设置不同权重和组合多个属性来找到最佳的编码和解码方法 | 仅通过任务特定的用户研究验证了其有效性，未涉及更广泛的实际应用场景 | 开发一个工具，帮助用户在DNA数据存储系统中进行多属性排序，以优化编码和解码方法 | DNA数据存储系统中的编码和解码方法 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | NA | 涉及的样本为领域专家，具体数量未明确 |
| 50 | 2024-09-13 |
Enabling technology and core theory of synthetic biology
2023-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2214-2
PMID:36753021
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review | 本文综述了合成生物学的使能技术和核心理论进展 | 介绍了合成生物学的新范式和未来发展方向 | NA | 探讨合成生物学的使能技术和核心理论 | 合成生物学的各种原理和技术 | NA | NA | 基因编辑、分子进化、从头设计功能蛋白、细胞和基因电路工程、无细胞合成生物学、人工智能辅助合成生物学 | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-09-13 |
DNA-Aeon provides flexible arithmetic coding for constraint adherence and error correction in DNA storage
2023-02-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36297-3
PMID:36746948
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DNA-Aeon的DNA数据存储编码方案，支持生成可变长度的编码序列，并能遵守特定的GC含量、同聚物长度限制和避免不希望的基序 | DNA-Aeon能够纠正替换错误、插入、删除以及整个DNA链的丢失，并且在类似冗余水平下具有更好的错误纠正能力，同时降低了DNA合成成本 | NA | 开发一种灵活的DNA数据存储编码方案，以提高DNA存储的可靠性和效率 | DNA数据存储中的错误纠正和约束遵守 | NA | NA | DNA合成与测序 | NA | DNA序列 | NA |
| 52 | 2024-09-05 |
Monitoring and modulating a catalytic hybridization circuit for self-adaptive bioorthogonal DNA assembly
2022-Sep-14, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d2sc03757b
PMID:36277649
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研究论文 | 本文开发了一种自适应的局部催化电路（LCC），用于在拥挤的细胞内环境中实现DNA纳米海绵的自持续生物正交组装 | 提出了一种新型的自适应局部催化电路，通过利用LCC生成的DNA支架作为多功能模板，实现了LCC反应物的近距离限制，从而加速了反应速率和效率 | NA | 构建人工多米诺纳米结构，特别是与活细胞内生物功能激活相关的动态DNA电路，以调节各种生物实体的行为和命运 | DNA纳米海绵的生物正交组装 | 生物技术 | NA | 荧光相关光谱（FCS） | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-09-04 |
Design of DNA Storage Coding with Enhanced Constraints
2022-Aug-19, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24081151
PMID:36010815
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研究论文 | 本文提出了一种增强DNA存储编码鲁棒性的方法，通过引入重复串联序列约束和改进的DTW距离约束，以及结合随机对立学习与涡流跳跃策略的ROEAO算法，来提高编码质量并降低错误率。 | 本文创新性地引入了重复串联序列约束和改进的DTW距离约束，以及结合随机对立学习与涡流跳跃策略的ROEAO算法，以提高DNA存储编码的鲁棒性和质量。 | NA | 旨在解决传统存储介质无法满足全球数据存储需求的问题，特别是通过增强DNA存储编码的鲁棒性来降低错误率。 | DNA存储编码的鲁棒性和质量。 | 生物信息学 | NA | DNA存储编码 | ROEAO算法 | DNA序列 | NA |
| 54 | 2024-09-02 |
From deep learning to mechanistic understanding in neuroscience: the structure of retinal prediction
2019-Dec, Advances in neural information processing systems
PMID:35283616
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研究论文 | 本文通过结合降维和现代归因方法，开发了一种系统方法来从深度神经网络模型中提取和理解计算机制，并应用于视网膜的深度网络模型，揭示了视网膜作为预测特征提取器的工作原理 | 本文提出了一种新的系统方法，通过结合降维和现代归因方法，从深度神经网络模型中提取和理解计算机制，为深度网络作为神经科学模型提供了更坚实的理论基础 | 本文主要关注于从深度网络模型中提取计算机制，并应用于视网膜模型，但未涉及其他生物神经网络模型 | 研究如何从深度神经网络模型中提取和理解计算机制，并将其应用于神经科学领域 | 视网膜的深度网络模型 | 神经科学 | NA | 深度学习 | 深度前馈神经网络 | 视觉刺激 | NA |
| 55 | 2024-08-31 |
Evolution of Brains and Computers: The Roads Not Taken
2022-May-09, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e24050665
PMID:35626550
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研究论文 | 本文探讨了大脑和计算机发展过程中的相似性和差异性，以及这些相似性和差异性如何影响人工智能的设计和发展 | 提出了大脑和计算机在进化过程中的相似性和差异性，并讨论了这些因素如何影响人工智能的设计 | 文章主要集中在理论探讨，缺乏具体的实验数据或实际应用案例 | 探讨大脑和计算机在进化过程中的相似性和差异性，以及这些因素如何影响人工智能的设计和发展 | 大脑和计算机的发展历程及其对人工智能设计的影响 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 人工神经网络 | NA | NA |
| 56 | 2024-08-24 |
The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells
2024-Aug-15, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2024.06.001
PMID:38971158
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综述 | 本文综述了合成生物学中利用卷曲螺旋（CC）二聚体形成模块作为调控蛋白质组装和生物过程的构建块的潜力 | CC模块提供了高度特异性和正交的蛋白质-蛋白质相互作用，设计规则允许对这些相互作用进行精确控制和可调性 | NA | 探讨CC在哺乳动物细胞中的多样化应用潜力 | 卷曲螺旋（CC）模块在哺乳动物细胞中的应用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-23 |
Advances and Challenges in Random Access Techniques for In Vitro DNA Data Storage
2024-Aug-21, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c07235
PMID:39110103
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综述 | 本文综述了DNA存储技术中随机访问功能的最新进展、面临的挑战及当前解决方案 | 总结了实现DNA存储中随机访问功能的新技术 | 现有DNA存储技术在实现快速准确的随机访问功能方面存在困难，限制了其在工业中的实际应用 | 帮助研究人员更好地理解随机访问步骤对DNA存储整体发展的重要性，并探讨其未来研究趋势 | DNA存储技术中的随机访问功能 | NA | NA | DNA存储技术 | NA | DNA数据 | NA |
| 58 | 2024-08-22 |
The Promise and Potential of Brain Organoids
2024-Aug, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202302745
PMID:38252094
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综述 | 本文综述了脑类器官的生成技术、当前和潜在应用以及该领域的未来方向 | 脑类器官作为一种颠覆性技术，具有复杂的结构，包含多种神经细胞类型、突触和髓鞘，能够用于毒理学测试、疾病建模、感染研究、个性化医疗和基因-环境相互作用研究 | NA | 探讨脑类器官在神经科学研究中的应用，以及其在疾病建模、药物开发和人类大脑发育与障碍理解方面的潜力 | 脑类器官及其在多个领域的应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-20 |
Ionic liquid-based aqueous biphasic system as an alternative tool for enhanced bacterial DNA extraction
2024-Sep-08, Analytica chimica acta
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.aca.2024.343045
PMID:39155099
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研究论文 | 本文探讨了基于离子液体的水相双相系统在增强细菌DNA提取中的应用 | 提出了使用基于离子液体的水相双相系统作为DNA提取的新方法，该方法成本效益高且环境友好 | 在DNA回收率和双相系统可重复使用性方面仍有改进空间 | 开发一种替代且环保的DNA提取方法 | 细菌DNA的提取 | NA | NA | 基于离子液体的水相双相系统 | NA | DNA | 使用了鲑鱼精DNA和细菌质粒DNA进行实验 |
| 60 | 2024-08-20 |
Endogenous Glutathione-Activated Nucleic Acid Molecular Circuitry for Cell-Specific MicroRNA Imaging
2024-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c02570
PMID:39042763
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研究论文 | 本研究开发了一种内源性谷胱甘肽（GSH）调控的杂交链反应（HCR）电路，用于高对比度的miRNA成像 | 通过内源性GSH分子激活HCR系统，实现了对miRNA-21的选择性放大检测，避免了非目标细胞中的信号泄露 | NA | 开发一种新型的内源性激活DNA电路，用于提高活细胞中miRNA成像的敏感性和可靠性 | miRNA-21在特定肿瘤细胞中的成像 | 生物技术 | 肿瘤 | 杂交链反应（HCR） | NA | 分子 | 特定肿瘤细胞 |