生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 816 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 存储介质 | 编码方案 | 计算范式 | 可扩展性指标 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-10-05 |
Preservation and Encryption in DNA Digital Data Storage
2022-09, ChemPlusChem
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/cplu.202200183
PMID:35856827
|
综述 | 本文综述DNA数字数据存储的工作流程，重点介绍存储步骤和加密方法 | 系统阐述DNA作为分子数字存储介质的优势，并重点分析不同信息存储形式下的加密方法 | 未提供具体实验数据或量化分析，主要基于现有研究进行总结 | 探讨DNA数字数据存储的技术发展和加密方法 | DNA数字数据存储系统 | 分子计算 | NA | DNA合成技术、DNA测序技术 | NA | 数字数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 高存储密度、可复制性、长可恢复寿命 |
| 42 | 2025-10-05 |
Enhanced sensitivity in PCSK9 detection using binding-induced DNA walker-triggered Argonaute protein-based DNA circuit
2025-Jul-23, Mikrochimica acta
DOI:10.1007/s00604-025-07380-x
PMID:40696233
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研究论文 | 开发了一种基于结合诱导DNA步行器触发Argonaute蛋白DNA电路的新型PCSK9检测方法 | 结合了结合诱导DNA步行器的特异性识别能力和TtAgo DNA电路的高灵敏度，实现了超低检测限 | 未提及长期稳定性和大规模临床应用验证 | 开发高灵敏度PCSK9检测方法用于临床诊断 | PCSK9蛋白 | 生物传感 | 心血管疾病 | DNA walker, Argonaute蛋白DNA电路, 生物传感 | NA | 生物分子检测信号 | 血清样本 | DNA | NA | 分子计算, DNA计算 | 检测限2.5 fg/mL, 15天后信号保持率93.1% |
| 43 | 2025-10-05 |
Dna-storalator: a computational simulator for DNA data storage
2025-Aug-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06222-0
PMID:40760650
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研究论文 | 开发了一个名为DNA-Storalator的跨平台软件工具，用于模拟DNA数据存储中的生物和计算过程 | 提供了一个完整的DNA数据存储模拟器，能够模拟合成、PCR和测序等昂贵且复杂的生物过程，并集成编码和算法组件 | 基于简化的数字视角进行模拟，可能无法完全反映真实生物过程的复杂性 | 为DNA数据存储系统开发算法和编码解决方案 | DNA数据存储系统 | 生物信息学 | NA | DNA合成、PCR、测序技术 | 聚类算法、重构算法 | DNA序列数据 | NA | DNA | 错误校正码 | DNA计算 | 支持自定义错误率和扩增过程控制，能够分析新数据集并建立错误模型 |
| 44 | 2025-10-05 |
Direct high-throughput deconvolution of non-canonical bases via nanopore sequencing and bootstrapped learning
2025-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-62347-z
PMID:40739090
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研究论文 | 通过纳米孔测序和自举学习方法实现非经典碱基的高通量直接解卷积 | 首次展示利用纳米孔测序技术对含非经典碱基的异源核酸进行高通量测序，并开发了基于自举学习和数据增强的通用性AI模型 | 需要合成高纯度(>90%)的寡核苷酸池进行模型训练，可能受限于特定测序平台(MinION系统) | 开发能够高通量测序和解码非经典碱基的方法 | 含非经典碱基的异源核酸和合成寡核苷酸 | 生物信息学 | NA | 纳米孔测序，自举学习，数据增强 | AI模型 | 测序信号数据 | 1,024种含非经典碱基的寡核苷酸，>2.3×10^5 reads/流动池 | DNA, XNA | 非经典碱基编码 | 分子计算 | 高通量测序能力(>2.3×10^5 reads/流动池)，高准确度(>80%)和高特异性(99%) |
| 45 | 2025-10-05 |
N/S-Co-doped carbon dot-based FRET ratiometric fluorescence aptasensing platform modulated with entropy-driven DNA amplifier for ochratoxin A detection
2023-Aug, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-023-04778-5
PMID:37306781
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研究论文 | 开发了一种基于氮硫共掺杂碳点的FRET比率荧光适配体传感平台，结合熵驱动DNA放大器用于赭曲霉毒素A的高灵敏检测 | 首次将N/S共掺杂碳点与熵驱动DNA放大器结合，通过协同放大效应显著提升检测性能 | 未明确说明在实际复杂食品基质中的抗干扰能力和长期稳定性 | 建立高灵敏、准确的赭曲霉毒素A检测方法 | 赭曲霉毒素A(OTA)毒素分子 | 生物传感 | NA | FRET比率荧光检测, 熵驱动DNA扩增, 适配体传感 | NA | 荧光信号 | 实际样品检测(与LC-MS方法对比验证) | DNA | NA | 分子计算 | 检测限达0.006 pg/mL，可实现现场可视化筛查 |
| 46 | 2025-10-05 |
DNA Arithmetic With Error Correction
2023-04, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2022.3189833
PMID:35816540
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研究论文 | 提出一种基于冗余余数系统的DNA计算系统，具备错误检测与校正能力 | 首次将贴纸模型引入基于RRNS的DNA算术运算 | 未明确说明具体错误率数值和实验验证规模 | 开发具有容错特性的DNA计算系统 | DNA计算系统的算术运算方法 | DNA计算 | NA | DNA计算技术 | 贴纸模型 | DNA序列 | NA | DNA | 冗余余数系统 | DNA计算 | 支持大数运算，通过余数系统将大数分解为小数处理 |
| 47 | 2025-10-05 |
Research Progress in Construction and Application of Enzyme-Based DNA Logic Gates
2023-04, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2022.3181615
PMID:35679378
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综述 | 本文综述了酶基DNA逻辑门的构建方法与应用进展 | 重点探讨了具有高效率和特异性的切口酶、聚合酶以及核酶在构建DNA逻辑门中的最新应用机制 | NA | 探讨DNA计算中酶基逻辑门的构建技术与应用前景 | DNA逻辑门、蛋白质酶（切口酶、聚合酶）、核酶 | 分子计算 | NA | DNA计算、酶催化 | DNA逻辑门 | 分子数据 | NA | DNA | 分子逻辑编码 | DNA计算, 分子计算 | 并行计算能力、低能耗、高性能存储能力 |
| 48 | 2025-10-05 |
Family of Mutually Uncorrelated Codes for DNA Storage Address Design
2025-07, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3530470
PMID:40030887
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研究论文 | 本文提出基于k-弱互不相关码的DNA存储地址序列设计方法，以提高DNA存储的访问效率 | 结合0-m-ruling编码方案与k-WMU码，使地址序列避免产生茎长3-9的二级结构，并扩展具有纠错功能的k-WMU码 | NA | 设计高质量的DNA存储随机访问地址序列以提高访问效率 | DNA存储地址序列 | DNA存储 | NA | DNA存储技术 | k-弱互不相关码(k-WMU)，0-m-ruling编码方案 | DNA序列数据 | NA | DNA | k-弱互不相关码，0-m-ruling编码 | DNA计算 | 存储密度，访问效率，错误率，最小自由能(MFE)，熔解温度(TM)，平均解码成功率(ADSR) |
| 49 | 2025-10-05 |
Effective IDS Error Correction Algorithms for DNA Storage Channels With Multiple Output Sequences
2025-07, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3558853
PMID:40198284
|
研究论文 | 本文研究DNA存储中针对多输出序列IDS错误的纠错算法 | 提出分段渐进匹配算法和两种解码方案，显著降低比特错误率 | 未提及实际DNA合成和测序实验验证 | 提高DNA数据存储系统的可靠性和解码性能 | DNA存储通道中的IDS错误 | 数据存储 | NA | DNA数据存储技术 | 隐马尔可夫模型, LDPC码 | DNA序列数据 | NA | DNA | 标记码, 嵌入式标记码, 低密度奇偶校验码 | DNA计算 | 线性复杂度扩展, 比特错误率降低21.72%~99.75% |
| 50 | 2025-10-05 |
pH-Controlled Resettable Modular DNA Strand-Displacement Circuits
2023-12-27, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c03265
PMID:38085915
|
研究论文 | 开发了一种通过pH控制实现模块化DNA链置换电路重置的新方法 | 将pH响应的CG-C三链体DNA和i-motif DNA整合到传统DNA底物中，实现了质子驱动的完全重置功能 | NA | 创建可重置的模块化DNA电路系统 | DNA链置换电路、DNA逻辑门、催化DNA系统 | DNA纳米技术 | NA | 链置换反应、pH控制技术 | NA | 分子信号 | NA | DNA | 链置换编码 | DNA计算,分子计算 | 可重复操作、无DNA废物生成、恒温运行 |
| 51 | 2025-10-05 |
Self-feedback cascading DNA circuit encapsulated within a gene-modified bifunctional virus-inspired nanovector for light-gated spatiotemporal biosensing in live organisms
2025-Oct-01, Analytica chimica acta
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.aca.2025.344370
PMID:40701709
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研究论文 | 开发了一种基于自反馈级联DNA电路的光控时空生物传感系统，用于活体生物中疾病标志物的高灵敏度检测 | 将杂交链式反应与催化发夹组装结合实现自反馈级联机制，采用基因修饰的双功能病毒样纳米载体封装核酸模块，并引入光裂解连接器实现光控时空模式 | 仅以microRNA-21作为概念验证，尚未验证对其他生物标志物的适用性 | 开发高灵敏度、高准确性的活体生物传感技术用于疾病诊断 | microRNA-21（多种癌症的潜在生物标志物）、活细胞系和动物模型 | 生物传感 | 癌症 | 杂交链式反应(HCR)、催化发夹组装(CHA)、光控技术 | DNA电路 | 生物分子信号、光学成像数据 | 活细胞系和动物模型（具体数量未明确说明） | DNA, RNA | 核酸杂交编码 | DNA计算, 分子计算 | 超高灵敏度检测、低丰度分析物测量能力、改进的生物摄取效率 |
| 52 | 2025-10-05 |
Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes
2024-07-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00726
PMID:38885464
|
综述 | 探讨如何减少DNA纳米结构和链置换复合物中启动子非依赖性转录的策略 | 系统总结了T7 RNAP启动子非依赖性转录对DNA纳米技术的影响，并提出了具体的设计缓解策略 | 主要聚焦于T7 RNAP，未涉及其他RNA聚合酶的类似问题 | 提高T7 RNAP在DNA纳米技术和DNA计算应用中的成功率 | 噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNAP）的启动子非依赖性转录行为 | DNA纳米技术 | NA | DNA纳米技术，链置换反应，转录分析 | NA | 文献数据，实验观察 | NA | DNA | NA | DNA计算 | NA |
| 53 | 2025-10-05 |
Transferring the released component of Z-scheme heterojunction onto opposite photoelectrode: A dual-electrode-cooperating signal amplification strategy in photo fuel cell for self-powered biosensing
2025-Nov-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.117732
PMID:40580740
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研究论文 | 开发了一种基于Z型异质结的双电极协同信号放大策略，用于自供电光电化学生物传感器的超灵敏生物分析 | 通过将Z型异质结释放的组分转移到对侧光电极，建立了双电极协同信号放大模式，并与DNA熵驱动放大设计相结合 | NA | 开发自供电光电化学生物传感器的信号放大策略 | microRNA-155生物分子 | 生物传感 | NA | 光电化学检测，DNA熵驱动放大 | NA | 电化学信号 | NA | DNA | NA | NA | NA |
| 54 | 2025-10-05 |
Scaling the High-Yield Potential of Large-Scale DNA Data Storage with Cap-Free DNA Synthesis
2025-Jul-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00175
PMID:40611637
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研究论文 | 本文提出了一种新型无帽高产量DNA合成策略，用于提升大规模DNA数据存储的产量和容量 | 开发了无帽高产量合成策略，克服传统固相亚磷酰胺化学在合成长度和产量上的限制 | 未明确说明实验验证的规模和具体应用场景限制 | 提高DNA数据存储的合成产量和存储容量 | DNA合成技术和数据存储系统 | 分子计算 | NA | 无帽DNA合成，固相亚磷酰胺化学 | 理论产品预测模型 | DNA序列数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 存储容量提升2个数量级，有效序列产量提高3倍，存储成本降低 |
| 55 | 2025-10-05 |
Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids
2025-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02388-9
PMID:39294394
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研究论文 | 本文发现噬菌体λ外切酶与5'-磷酸化DNA组成的系统能够实现PAM非依赖性的双链核酸靶向识别 | 首次发现λ外切酶-pDNA系统可在无需PAM序列的情况下特异性结合双链核酸，并具有催化消化pDNA的能力 | NA | 开发新型双链核酸序列特异性识别工具 | 双链DNA和DNA-RNA双链体 | 分子诊断 | NA | 单分子荧光共振能量转移分析 | NA | 分子相互作用数据 | NA | DNA, RNA | NA | DNA计算 | NA |
| 56 | 2025-10-05 |
in situ Transformation of Information Into DNA Storage With Microfluidic Very Large-Scale Integration Platform
2025-Jul, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202412225
PMID:40317885
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研究论文 | 提出一种基于微流控超大规模集成平台的原位DNA存储方法，实现二进制数据到DNA的高效编码与解码 | 采用受动态随机存取存储器架构启发的微流控VLSI芯片，结合重叠延伸PCR和可编程微流控分区技术，实现高通量原位DNA写入 | 目前仅完成2304位数据的概念验证，存储容量和规模有待进一步提升 | 开发高效、快速、便携的DNA数据存储和基因合成技术 | 二进制数据与DNA分子之间的编码转换 | 生物信息存储 | NA | 重叠延伸PCR、下一代测序、微流控VLSI qPCR平台 | NA | 二进制数据、DNA序列 | 2304位数据 | DNA | 二进制编码 | DNA计算 | 4小时内编码2304位数据，写入到读取延迟低于8小时，支持可扩展并行化处理 |
| 57 | 2025-10-05 |
Predict the degree of secondary structures of the encoding sequences in DNA storage by deep learning model
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05717-3
PMID:40596218
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研究论文 | 通过构建BiLSTM-Transformer深度学习模型预测DNA存储中编码序列的二级结构程度，以筛选高风险序列 | 首次将k-mer嵌入与BiLSTM-Transformer模型结合用于DNA存储中序列自由能预测，实现高风险二级结构序列的主动筛查 | 模型性能依赖于训练数据的质量和覆盖范围，实际应用效果需进一步验证 | 解决DNA存储中二级结构对信息可靠恢复的干扰问题 | DNA存储编码序列 | 机器学习 | NA | 深度学习 | BiLSTM-Transformer | DNA序列数据 | NA | DNA | NA | 分子计算 | 通过筛选高风险序列提高存储可靠性，减少读取错误和检索副本数损失 |
| 58 | 2025-10-05 |
A hybridization chain reaction-based electrochemical sensor for rapid detection of respiratory pathogens
2025-Jul-03, Analytical methods : advancing methods and applications
IF:2.7Q1
DOI:10.1039/d5ay00418g
PMID:40557701
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研究论文 | 开发了一种基于杂交链式反应的电化学传感器，用于快速检测呼吸道病原体 | 采用串联DNA电路和修饰电极实现长序列核酸的高效快速检测，通过引入拥挤剂将反应时间从120分钟缩短至30分钟 | 未明确说明对实际临床样本的验证结果和交叉反应性测试 | 开发高性能电化学传感器用于呼吸道病原体检测 | 呼吸道病原体基因组核酸序列 | 生物传感器 | 呼吸道感染 | 杂交链式反应(HCR), 电化学检测, 趾置换反应 | DNA电路传感器 | 电化学信号 | NA | DNA | 核酸序列编码 | 分子计算, DNA计算 | 检测限4.876 fM，检测时间小于50分钟，适合微流控设备集成 |
| 59 | 2025-10-05 |
Do we need a standardized 16S rRNA gene amplicon sequencing analysis protocol for poultry microbiota research?
2025-Jul, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105242
PMID:40334389
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综述 | 本文综述了家禽微生物群研究中16S rRNA基因扩增子测序的现状，并提出了标准化分析协议的需求 | 首次系统评估家禽微生物群研究中16S rRNA基因分析方法的标准化需求，并提出建立从样本采集到数据存储的完整指南 | 未提供具体的标准化协议实施方案，主要停留在问题分析和建议层面 | 评估家禽微生物群研究中16S rRNA基因分析方法的标准化需求并制定指导原则 | 家禽胃肠道微生物群 | 微生物组学 | NA | 16S rRNA基因扩增子测序 | NA | 基因序列数据 | NA | DNA | NA | NA | NA |
| 60 | 2025-10-05 |
GC-balanced polar codes correcting insertions, deletions and substitutions for DNA storage
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf278
PMID:40536818
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研究论文 | 提出一种新型GC平衡极化码方案，用于纠正DNA存储中的插入、删除和替换错误 | 将DNA存储通道特性融入极化码设计，通过将错误建模为漂移向量来改进DNA数据存储可靠性 | 未明确说明实验数据规模和具体应用场景限制 | 提高DNA存储系统的数据准确性和可靠性 | DNA存储通道中的插入、删除和替换错误 | DNA存储 | NA | 极化码编码技术 | DNA-BP Code（平衡极化码） | DNA序列数据 | NA | DNA | 极化码，GC平衡编码 | DNA计算 | 编码解码计算复杂度为O(NlogN)，支持不同码长N和IDS错误概率 |