生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-09	Titanium Carbide-Based Spatiotemporally Selectable-Activated Entropy-Driven DNA Nanoplatform for Amplified MicroRNA Imaging and Photothermal Therapy In Vivo 2024-Oct-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03628 PMID:39342508	研究论文	本文介绍了一种基于钛碳化物的时空选择性激活熵驱动DNA纳米平台，用于体内微小RNA成像和光热治疗	提出了一种光热激活的熵驱动链置换反应模块，结合光热转换模块，实现了时空控制的微小RNA-21体内成像和成像引导的光热治疗	NA	开发一种精确的癌症诊断和高效治疗的新型纳米治疗平台	微小RNA-21的体内成像和光热治疗	生物医学诊断与治疗	NA	光热转换技术	NA	NA	NA
22	2024-10-09	DNA circuit-based immunoassay for ultrasensitive protein pattern classification 2024-Oct-07, The Analyst DOI:10.1039/d4an00728j PMID:39206940	研究论文	本文介绍了一种基于DNA电路的免疫分析法i-PUMA，用于超灵敏蛋白质模式分类	i-PUMA结合了ELISA协议的便利性和DNA/酶电路的计算能力，实现了对IL12、IL4和IFNγ细胞因子的超灵敏检测，并能创建2输入感知器类分类器	NA	开发一种超灵敏的免疫分析法，用于多标记样本分类	IL12、IL4和IFNγ细胞因子	生物技术	NA	DNA纳米技术	感知器类分类器	蛋白质	NA
23	2024-10-05	Efficient and low-complexity variable-to-variable length coding for DNA storage 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05943-y PMID:39354338	研究论文	本文提出了一种高效的DNA存储系统中的变长编码方法，解决了同聚物和GC含量约束问题	引入了一种新的编码技术，能够在满足同聚物和GC含量约束的同时，保持线性复杂度并接近最优编码率	NA	解决DNA存储中的编码问题，提高编码效率和复杂度	DNA存储系统中的数据编码	NA	NA	变长编码	NA	DNA序列	随机生成的数据和现有文件
24	2024-09-30	Levy Sooty Tern Optimization Algorithm Builds DNA Storage Coding Sets for Random Access 2024-Sep-11, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e26090778 PMID:39330111	研究论文	本文提出了一种基于Levy Sooty Tern优化算法的DNA存储编码集构建方法，以实现高效的随机访问DNA存储系统	引入Levy飞行操作改进Sooty Tern优化算法，提出Levy Sooty Tern优化算法，并利用该算法构建满足组合约束的DNA存储编码集	未提及具体限制	解决DNA存储中的低存储密度、高延迟和存储过程中的错误问题	DNA存储编码集的构建	生物信息学	NA	Levy Sooty Tern优化算法	Levy Sooty Tern优化算法	DNA序列	13个基准测试函数
25	2024-09-30	A biological circuit to anticipate trend 2024-Sep, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qrae027 PMID:39328288	研究论文	本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势	本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性	本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证	研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势	生物电路的设计和其在趋势预测中的应用	NA	NA	指数移动平均	NA	NA	NA
26	2024-09-28	Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement 2024-Sep-24, Nanoscale advances IF:4.6Q2 DOI:10.1039/d4na00379a PMID:39323422	研究论文	本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器	利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器	NA	开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用	DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用	NA	NA	DNA链置换技术	NA	NA	NA
27	2024-09-28	Towards Chinese text and DNA shift encoding scheme based on biomass plasmid storage 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1276934 PMID:37900965	研究论文	本文提出了一种基于生物量质粒存储的中文文本和DNA移位编码方案	设计了一种新的中文汉字编码表，具有极高的信息存储密度，并开发了一种低算法复杂度的DNA移位编码方案，能够编码任何长度的DNA链，包括过长的同聚物	NA	解决现有电磁存储介质的缺点，如信息密度低、维护能耗高和存储时间短	中文文本和DNA的编码与存储	生物信息学	NA	DNA存储	NA	文本和DNA序列	744bp的双链质粒
28	2024-09-28	DNA circuits driven by conformational changes in DNAzyme recognition arms 2020-Feb-18, RSC advances IF:3.9Q2 DOI:10.1039/d0ra00115e PMID:35492184	研究论文	本文提出了一种通过Mg驱动的E6型DNAzyme识别臂构象变化来调节DNA电路的策略	该策略改变了DNAzyme信号传输的单一模式，扩展了E6型DNAzyme的功能，并节省了分子尺度上的信号传输时间	NA	提高DNAzyme驱动的逻辑单元的效率	DNAzyme识别臂的构象变化	NA	NA	NA	NA	NA	NA
29	2024-09-26	Rewireable Building Blocks for Enzyme-Powered DNA Computing Networks 2024-Sep-25, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c07221 PMID:39255470	研究论文	本文探讨了通过酶驱动的DNA计算网络的可重构构建模块，以提高DNA神经网络的可扩展性	提出了三种策略来解决当前DNA神经网络架构的局限性，包括酶促合成高纯度神经元、基于网络位置的空间神经元集群模式以及在通用单链DNA骨架上编码神经元连接	当前DNA神经网络架构需要大量核酸来模拟单个神经元，导致组装时间长、背景信号高和组件间串扰	提高DNA神经网络的可扩展性，以实现便携式诊断、紧凑数据存储和芯片实验室的自主决策	DNA神经网络的可重构构建模块和自动化操作的微流控设备	生物信息学	NA	酶促合成	DNA神经网络	DNA	NA
30	2024-09-26	DBTRG: De Bruijn Trim rotation graph encoding for reliable DNA storage 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.004 PMID:37736298	研究论文	本文提出了一种基于De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)的DNA存储编码方案	通过动态二进制序列与原始二进制序列的XOR操作，将k-mers划分为De Bruijn Trim图，并根据重叠关系压缩存储信息，确保碱基平衡和多样性，减少不期望的motif，提高DNA存储和数据恢复的稳定性	NA	解决现有DNA存储编码方案在局部和全局稳定性以及读写准确性方面的不足	DNA存储编码方案	NA	NA	DNA存储编码	De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)	图像	510 KB图像
31	2024-09-20	Advanced DNA Amplification for Efficient Data Storage 2024-Sep-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c12102 PMID:39254000	研究论文	本文探讨了DNA扩增技术在数据存储中的应用及其面临的挑战	本文提出了优化DNA存储协议以提高可扩展性和鲁棒性的方法，并探讨了酶促过程和新扩增方法的进展	本文未详细讨论具体的优化方法和新技术	研究如何利用先进的DNA扩增策略提高数据存储的效率和可行性	DNA扩增技术及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	聚合酶链反应（PCR）、等温扩增	NA	DNA	NA
32	2024-09-20	Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids 2024-Sep-18, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02388-9 PMID:39294394	研究论文	本文研究了噬菌体λ核酸外切酶（λExo）与5'-磷酸化DNA引导序列结合，实现对双链核酸的无PAM依赖性靶向识别	本文发现λExo酶的活性，并展示了5'-磷酸化单链DNA（pDNA）与双链DNA和DNA-RNA杂交体的互补区域结合，无需PAM样基序，显著扩展了靶向序列的范围	NA	探索新的双链核酸序列特异性识别方法，减少脱靶效应	噬菌体λ核酸外切酶、5'-磷酸化单链DNA、双链DNA和DNA-RNA杂交体	分子诊断学	NA	单分子荧光共振能量转移分析	NA	DNA	NA
33	2024-09-20	PELMI: Realize robust DNA image storage under general errors via parity encoding and local mean iteration 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae463 PMID:39288232	研究论文	提出了一种基于奇偶校验编码和局部均值迭代的PELMI方案，以实现DNA图像存储的鲁棒性	通过奇偶校验编码和局部均值迭代，提高了DNA序列的稳定性和图像重建质量	未提及具体的研究局限性	提高DNA图像存储的鲁棒性和重建质量	DNA图像存储中的错误处理和图像重建	生物信息学	NA	奇偶校验编码、局部均值迭代	NA	图像	未提及具体样本数量
34	2024-09-20	Magnetic DNA random access memory with nanopore readouts and exponentially-scaled combinatorial addressing 2023-05-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-29575-z PMID:37231057	研究论文	本文介绍了一种名为MDRAM的DNA存储系统，通过结合磁性琼脂糖珠和纳米孔测序技术，实现了对目标文件的重复高效读取	创新点在于利用磁性琼脂糖珠结合合成DNA，实现了DNA分析物的重复读取，并保持了数据读取质量；同时采用卷积编码方案，利用纳米孔测序信号中的软信息，实现了与Illumina测序相当的信息读取成本	NA	解决DNA存储中合成DNA的分子消耗、碱基调用错误以及扩展读取操作的限制问题	DNA存储系统MDRAM及其在数据存储和读取中的应用	生物信息学	NA	纳米孔测序	卷积编码	DNA序列	NA
35	2024-09-19	H-ACO with Consecutive Bases Pairing Constraint for Designing DNA Sequences 2024-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00614-1 PMID:38683280	研究论文	本文提出了一种新的连续碱基配对约束，并结合层次蚁群算法（H-ACO）用于设计DNA序列	引入了连续碱基配对约束和层次蚁群算法（H-ACO），提高了DNA序列设计的效率和能力	未提及	改进DNA计算中的DNA序列设计	DNA序列设计	生物信息学	NA	层次蚁群算法（H-ACO）	NA	DNA序列	未提及
36	2024-09-16	Study of the error correction capability of multiple sequence alignment algorithm (MAFFT) in DNA storage 2023-Mar-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05237-9 PMID:36959531	研究论文	研究了多序列比对算法（MAFFT）在DNA存储中的纠错能力	通过多序列比对（MSA）算法解决DNA存储中的同步错误问题，并展示了其在不同错误率下的纠错能力	MSA算法在错误率超过20%时性能达到瓶颈，无法完全恢复信息	评估MAFFT算法在DNA存储中的纠错能力	DNA存储中的同步错误	生物信息学	NA	多序列比对（MSA）	NA	DNA序列	NA
37	2024-09-14	GradHC: highly reliable gradual hash-based clustering for DNA storage systems 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae274 PMID:38648049	研究论文	本文介绍了一种名为GradHC的基于哈希的渐进式聚类算法，用于DNA存储系统中的DNA读取聚类	GradHC算法能够以高精度聚类各种类型的设计，包括不同长度的链、不同大小的簇以及不同错误范围	NA	解决DNA存储系统中DNA读取聚类的挑战	DNA存储系统中的DNA读取	NA	NA	聚类算法	GradHC	DNA序列	NA
38	2024-09-14	A dual-rule encoding DNA storage system using chaotic mapping to control GC content 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae113 PMID:38419588	研究论文	本文提出了一种使用混沌映射控制GC含量的双规则编码DNA存储系统	该系统通过两种GC含量互补的编码规则对二进制数据进行编码，解决了早期编码方案忽视DNA序列生物约束性的问题	NA	解决DNA存储中合成和测序困难的问题	DNA存储编码方案	生物信息学	NA	混沌映射	NA	DNA序列	代表性文档和图像文件格式
39	2024-09-14	GCNSA: DNA storage encoding with a graph convolutional network and self-attention 2023-Mar-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106231 PMID:36876131	研究论文	本文提出了一种基于图卷积网络和自注意力机制的DNA存储编码系统GCNSA	GCNSA系统在基本约束下平均提高了14.4%的DNA存储码，在其他约束下提高了5%-40%，有效提升了DNA存储系统的存储密度	NA	提高DNA存储系统的编码效率和速度	DNA存储编码系统	NA	NA	图卷积网络、自注意力机制	图卷积网络、自注意力机制	DNA序列	NA
40	2024-09-14	The compact integration of a cascaded HCR circuit for highly reliable cancer cell discrimination 2023-Feb-22, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d2sc05568f PMID:36845932	研究论文	本文设计了一种紧凑的级联DNA电路，用于高可靠性的癌细胞鉴别	提出了结合传统级联DNA电路与多重局部响应特性的新型DNA电路，通过精细设计两个超发夹反应物，实现了电路组件的简化和局部增强的级联信号放大	NA	开发一种高可靠性的癌细胞鉴别方法	癌细胞与正常细胞的鉴别	生物医学工程	癌症	DNA电路	NA	细胞影像	NA