生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 838 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 存储介质 | 编码方案 | 计算范式 | 可扩展性指标 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-02-11 |
Amplification-free one-pot RNA detection by pairing CRISPR-Cas13a with cascade amplification circuit-driven DNAzyme (RAPID)
2026-Mar-15, Analytica chimica acta
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.aca.2026.345138
PMID:41663226
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RAPID的等温、一锅式RNA检测生物传感平台，该平台结合了CRISPR-Cas13a的精确靶标识别和级联扩增电路驱动的DNAzyme信号放大，无需样本预扩增 | RAPID平台创新性地将CRISPR-Cas13a与基于toehold介导的链置换DNA电路相结合，实现了无需逆转录和热循环的快速RNA检测，避免了核酸残留污染问题 | 研究未明确讨论平台在复杂临床样本中的干扰因素或长期稳定性，且可能受限于特定病原体的crRNA设计 | 开发一种适用于即时诊断或资源有限环境的快速、准确RNA检测方法 | 细菌（如梅毒螺旋体和淋病奈瑟菌）和病毒（如单纯疱疹病毒）的RNA靶标 | 分子诊断 | 传染病 | CRISPR-Cas13a, DNAzyme, 级联扩增电路, toehold介导的链置换 | NA | 荧光信号, 侧向层析试纸条信号 | 未明确指定样本数量，但包括临床诊断验证 | RNA, DNA | NA | 分子计算 | 检测灵敏度为5 fM每反应，检测时间30分钟，操作温度37°C |
| 2 | 2026-02-10 |
From deep archival to real-time applications: Challenges and opportunities in DNA data storage
2026-Feb-03, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108833
PMID:41643789
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综述 | 本文探讨了DNA作为下一代数据存储介质在从深度冷存档到实时应用的不同场景中的挑战与机遇 | 系统分析了DNA数据存储从冷到热全谱系场景的技术需求，并提出了针对性的分子设计和系统集成策略 | 未提供具体实验数据验证，主要基于理论分析和现有技术综述 | 评估DNA数据存储技术在不同访问频率场景下的适用性并识别关键发展障碍 | DNA数据存储系统及其在冷、温、热数据场景中的应用 | 数据存储技术 | NA | 硅胶封装、多孔光子微球、微生物底盘、分子索引、微流控分区、等温扩增 | NA | 分子数据 | NA | DNA | NA | 分子计算 | 存储密度、长期耐久性（数百年至千年）、访问延迟、读写吞吐量 |
| 3 | 2026-02-07 |
CRISPR/Cas12a platform activated by a protospacer adjacent motif-engineered DNA circuit for specific target sensing
2026-Feb-06, Analytical methods : advancing methods and applications
IF:2.7Q1
DOI:10.1039/d5ay02079d
PMID:41648912
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研究论文 | 本研究开发了一种基于PAM工程DNA电路激活的CRISPR/Cas12a平台，用于特异性目标检测 | 通过设计PAM工程DNA电路作为Cas12a的有效激活剂，实现了对非核酸目标（如ctDNA、UDG和ACE）的高灵敏度检测，并展示了两阶段信号放大机制 | 未明确提及平台在复杂样本中的长期稳定性或大规模应用时的成本限制 | 开发一种通用的CRISPR/Cas12a传感平台，用于分子诊断、食品安全评估和环境监测 | 循环肿瘤DNA（ctDNA）、尿嘧啶-DNA糖基化酶（UDG）和啶虫脒（ACE） | 分子诊断 | 癌症 | CRISPR/Cas12a系统、DNA电路设计 | NA | 核酸序列数据 | 未明确指定样本数量，但包括真实样本测试 | DNA | NA | 分子计算 | 检测限低至0.023 fM（ctDNA）、0.00004 U mL（UDG）和0.12 fM（ACE），表明高灵敏度和潜在的可扩展性 |
| 4 | 2026-02-06 |
Intramolecular DNA Machine Coupled with Catalytic Redox-Recycling Amplification for Highly Efficient Electrochemical Detection of Dipicolinic Acid
2026-Feb-04, ACS sensors
IF:8.2Q1
DOI:10.1021/acssensors.5c03980
PMID:41637444
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研究论文 | 本文开发了一种基于分子内DNA机器与催化氧化还原循环放大的高效电化学传感器，用于检测二吡啶甲酸 | 采用分子内DNA机器放大范式替代传统的分子间扩散驱动设计，并结合CeO催化氧化还原循环放大，显著提高了检测灵敏度 | NA | 开发高效电化学生物传感器以准确及时检测二吡啶甲酸，预防炭疽疫情 | 二吡啶甲酸（DPA）及细菌孢子样本 | 生物传感器 | 炭疽病 | 电化学检测、催化氧化还原循环放大 | NA | 电化学信号 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 检测限低至7.4 pM，反应时间40分钟，灵敏度比分子间DNA机器传感器高3个数量级 |
| 5 | 2026-02-05 |
Protocell Computing on Aragonite Substrates
2026-Jan-27, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c09786
PMID:41626509
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研究论文 | 本文研究了基于文石-类蛋白微结构的生物计算材料，展示了其执行基本布尔逻辑运算和自主振荡的能力 | 首次将无机碳酸钙与自组装有机类蛋白网络结合，创建出能够执行所有七种基本布尔逻辑运算并表现出自主振荡行为的生物计算材料 | 循环伏安法测试表明电化学降解随时间增加，材料的长期稳定性有待改进 | 开发基于矿物-有机界面的新型生物计算材料，用于信息处理和信号生成 | 文石-类蛋白微结构（无机碳酸钙与自组装有机蛋白网络的混合物） | 分子计算 | NA | 扫描电子显微镜、电化学测试、频率相关方波伏安法、阻抗光谱法、循环伏安法 | NA | 电化学信号、显微图像 | NA | 无机碳酸钙, 自组装有机蛋白网络 | 布尔逻辑编码（AND, OR, NOT, NAND, NOR, XOR, XNOR） | 分子计算, 生物计算 | 结构尺寸超过50微米，在30-50 Hz频率范围内性能最佳，自主振荡行为可持续超过25小时 |
| 6 | 2026-02-04 |
Logic-gated fluorescent biosensor integrating aptamer recognition and oxidative cleavage-responsive DNA circuit for myeloperoxidase detection
2026-Feb-02, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07780-4
PMID:41629951
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研究论文 | 本文提出了一种新型双锁DNA生物传感平台，用于同时检测髓过氧化物酶的蛋白表达和酶活性 | 创新点在于整合了适配体介导的分子识别和次氯酸触发的氧化切割，通过严格的AND逻辑门配置实现高特异性检测 | 未明确提及具体局限性，可能包括对复杂生物样本中干扰物的敏感性或技术适用范围 | 研究目标是开发一种能同时量化蛋白酶含量和功能活性的生物传感工具 | 研究对象是髓过氧化物酶及其在血清、唾液和细胞裂解物等生物样本中的检测 | 生物传感 | NA | 催化发夹组装、氧化切割反应、适配体识别 | AND逻辑门生物传感器 | 荧光信号数据 | 多种复杂生物样本（如血清、唾液、细胞裂解物） | DNA | NA | 分子计算 | NA |
| 7 | 2026-02-03 |
Light-Up Nanostructures with Allosterically Controlled Fluorogenic DNA Aptamers
2026-Feb, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202514306
PMID:41243624
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研究论文 | 本文提出了一种系统方法用于理性设计合成变构DNA适配体，实现对荧光DNA适配体变构开关转换的精确控制，并应用于DNA计算和响应性纳米结构构建 | 开发了基于toehold介导链置换的变构适配体设计方法，使目标序列作为特异性变构调节剂，实现荧光性质的高度可调 | NA | 开发可精确控制变构转换的合成DNA适配体设计方法 | 变构DNA适配体及其在DNA计算和纳米结构中的应用 | DNA计算 | NA | toehold介导链置换 | NA | NA | NA | DNA | NA | DNA计算 | NA |
| 8 | 2026-02-03 |
DVOUG enables robust DNA sequence assembly and reconstruction with a dynamic, variable-order graph
2025-Dec-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101243
PMID:41371225
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研究论文 | 本文介绍了一种动态可变阶单元图组装图（DVOUG），用于在低覆盖度或高噪声条件下提高DNA序列组装和重建的鲁棒性 | DVOUG通过动态调整k值，在低覆盖度或高噪声区域逐步降低k值，解决了路径纠缠问题，显著提升了基因组组装和DNA存储数据重建的性能 | 未明确提及具体限制，但可能涉及对极端噪声或极低覆盖度条件的适应性 | 开发一种鲁棒的DNA序列组装和重建方法，以应对低覆盖度或错误倾向的测序条件 | DNA序列数据，包括基因组组装和DNA存储数据 | 生物信息学 | NA | DNA测序，图神经网络（GNNs） | 图神经网络（GNNs） | DNA序列数据 | NA | DNA | NA | 分子计算 | 组装准确性、连通性和可学习性增强，在低覆盖度下表现优异 |
| 9 | 2026-02-02 |
DNA diamond formulates a decomposable composite letter constellation model for DNA data storage
2026-Jan-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68861-y
PMID:41620456
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研究论文 | 本文提出了一种名为DNA diamond的可分解复合字母星座模型，用于提高DNA数据存储的逻辑密度和可靠性 | 提出了由15个可分解点组成的DNA diamond星座模型，并设计了两阶段字母检测框架，利用离散熵将字母划分为四个可区分子集，同时结合编码双端索引和长度过滤来消除串扰并抑制错误传播 | 未明确说明模型在更大规模数据集或不同合成技术下的泛化性能，也未讨论长期存储稳定性 | 开发一种高密度、可靠的复合字母DNA数据存储框架 | 复合字母DNA存储系统 | DNA数据存储 | NA | DNA合成技术、复合字母编码 | DNA diamond星座模型、两阶段字母检测框架 | DNA序列数据 | 八字母和15字母系统各10,000条复合链 | DNA | 复合字母编码、双端索引编码 | DNA计算 | 八字母系统：2.5比特/字母（有效载荷密度），14×覆盖度下无误恢复；15字母系统：3.125比特/字母（有效载荷），2.23比特/字母（有效载荷加索引），33×覆盖度下无误恢复 |
| 10 | 2026-01-30 |
DNA conjugation on functionalized plastic surfaces for sequential, iterative single molecule sequencing
2026-Jan-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-37575-y
PMID:41606070
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研究论文 | 开发了一种在功能化塑料表面进行DNA共价结合的方法，用于实现可重复、顺序、迭代的单分子测序 | 利用点击化学将DNA分子共价固定在塑料表面，实现了原始源分子的非破坏性、重复性聚合酶扩增和不同DNA数据组的多次访问 | 本研究为概念验证性质，未涉及大规模数据存储的实际应用测试 | 开发一种新型的、基于塑料的DNA存储系统，用于实现稳健可靠的迭代式靶向DNA检索与测序 | 合成DNA序列（编码任意数据）及其在功能化塑料表面的共价结合 | DNA存储技术 | NA | 点击化学、PCR、重组酶聚合酶扩增（RPA）、单分子测序 | NA | 合成DNA序列数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了对照链和特定的DNA数据元素进行实验 | DNA, 塑料 | 未明确说明，但使用合成DNA序列编码任意数据 | DNA计算 | 展示了长期稳定性、可重复检索和顺序访问不同DNA文件组的能力，但未提供具体的存储容量、密度或错误率等量化指标 |
| 11 | 2026-01-30 |
Minding the gap between artificial and biological computing paradigms for biologically loyal AI
2025, Frontiers in systems neuroscience
IF:3.1Q2
DOI:10.3389/fnsys.2025.1695493
PMID:41607564
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研究论文 | 本文探讨人工智能与神经生物学之间的理论差距，并提出需要新的计算范式来弥合这一差距 | 通过分析可计算性理论忽略的数学和生物活动，为连接神经生物学与通用人工智能提供新视角 | 未提出具体的新计算范式实现方案，主要停留在理论探讨层面 | 弥合人工智能与生物计算范式之间的理论差距，促进通用人工智能与神经生物学的融合 | 可计算性理论、数学证明活动、神经元功能、神经生物学系统 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 分子计算, DNA计算, 蛋白质计算, 细胞计算, 神经形态计算, 量子生物计算 | NA |
| 12 | 2026-01-28 |
Highly Secure In Vivo DNA Data Storage Driven by Genomic Dynamics
2026-Jan-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514565
PMID:41588883
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研究论文 | 提出了一种集成计算-生物编程的统一范式，用于实现基于基因组动态的高安全性体内DNA数据存储 | 利用计算和微生物系统的内在数字特性，通过从基因调控网络或跨物种完整基因组构建动态密码表，将密钥空间扩展了超过100个数量级 | 未明确说明在更复杂生物环境或长期进化压力下的数据稳定性与安全性 | 解决现有体内DNA数据存储方法存在的安全风险和数据泄露通道问题 | 数字文件在活体系统中的加密、微生物存储和解密 | DNA数据存储 | NA | 基因调控网络分析、基因组测序 | 集成计算-生物编程范式 | 数字文件 | NA | DNA | 动态密码表 | DNA计算, 分子计算 | 密钥空间扩展超过100个数量级，100代复制后数据恢复率100% |
| 13 | 2026-01-24 |
Stimulus-Responsive NOT Gate for Single-Rail DNA Logic Circuits and Biosensing
2026-Jan-23, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c17487
PMID:41575263
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研究论文 | 本文开发了光控和热控的NOT门，用于单轨DNA逻辑电路和生物传感应用 | 实现了与聚合酶驱动和toehold介导电路系统兼容的快速逻辑反转，解决了单轨NOT门在DNA分子电路中的实现难题 | 未明确说明在复杂生物环境中的长期稳定性和错误率 | 开发适用于生物医学应用的DNA分子计算平台 | DNA分子电路和生物传感系统 | DNA计算 | NA | DNA分子电路技术、光控和热控技术 | NOT门逻辑电路 | DNA分子信号 | NA | DNA | 物理存在或缺失编码 | DNA计算 | 可扩展的DNA计算平台，具有在生物环境中的直接转化潜力 |
| 14 | 2026-01-24 |
Engineering a flat-lying three-stranded duplex probe for catalytic DNA circuit toward enhanced electrochemical biosensing
2026-Jan-20, Bioelectrochemistry (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.bioelechem.2026.109230
PMID:41570539
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研究论文 | 本文提出了一种基于催化DNA反应的电化学DNA生物传感器，通过设计一种平躺的三链双链体探针，优化了探针固定化策略，提高了传感性能 | 创新点在于设计了一种内部定位硫基的平躺三链双链体探针，相比传统直立探针，提供了更易接近的界面和更稳定的组装密度，无需复杂密度优化 | 局限性未在摘要中明确提及 | 研究目标是开发一种高性能的电化学DNA生物传感器，用于DNA检测 | 研究对象是DNA目标序列，包括在稀释血清中的检测 | 生物传感 | NA | 催化DNA反应、电化学传感 | NA | 电化学信号 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 检测限为244 fM，反应时间缩短至1.5小时，相比直立探针提升约40倍灵敏度 |
| 15 | 2026-01-22 |
High-Data-Density, High-Decoding-Speed, and High-Decoding-Accuracy DNA Data Ink for Digital Preservation
2026-Jan-21, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c13665
PMID:41562500
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研究论文 | 本文提出了一种集成DNA存储系统，通过优化的编码和处理策略解决DNA数据存储的实际应用问题 | 实现了9.78比特/核苷酸的高信息密度，解码速度比传统方法快360倍，并开发了成本效益高的NGS制备流程 | 未明确说明长期存储稳定性测试结果，也未详细讨论极端环境条件下的性能表现 | 解决DNA数据存储在实际应用中的高成本、测序错误和访问速度慢等问题 | DNA数据存储系统及其在文化遗产保护、自动驾驶数据管理和机器学习等领域的应用 | DNA数据存储 | NA | 下一代测序（NGS），DNA合成 | NA | 数字数据（通过DNA编码） | 处理了457万条测序读长（1.63 GB数据） | DNA | 内层Reed-Solomon码与外层XOR码结合的纠错编码 | DNA计算 | 存储密度：9.78比特/核苷酸，处理数据量范围：0.37 KB至2.79×10^? YB（原文中单位不明确），解码速度：1.63 GB数据在34.5秒内处理 |
| 16 | 2026-01-21 |
Advances and Challenges in Random Access Techniques for In Vitro DNA Data Storage
2024-08-21, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c07235
PMID:39110103
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综述 | 本文综述了DNA数据存储中随机存取技术的最新进展、挑战及现有解决方案 | 系统总结了DNA存储中随机存取功能的技术发展，并讨论了大规模数据条件下的未来研究趋势 | 作为综述文章，未提出新的实验方法或技术突破 | 探讨DNA数据存储中随机存取技术的重要性及其对存储系统实用性的影响 | DNA数据存储系统中的随机存取技术 | DNA数据存储 | NA | DNA存储技术 | NA | 数字数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 高密度存储、大规模数据条件 |
| 17 | 2026-01-19 |
Steric regulation of CRISPR/Cas12a trans-cleavage kinetics via split-activator extensions
2026-Jan-14, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1535
PMID:41533584
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研究论文 | 本研究建立了一种空间调控框架，通过合理设计分裂激活剂的延伸结构，实现了对Cas12a反式切割动力学的可预测调控 | 提出了基于分裂激活剂延伸结构的空间调控机制，可定量、方向依赖地控制Cas12a激活动力学，并构建了无需分离步骤的一锅级联检测系统 | 未明确说明该调控框架在其他CRISPR系统（如Cas13）中的普适性，且实际临床样本验证数据有限 | 开发一种可调控CRISPR/Cas12a激活动力学的空间调控策略，以解决背景泄漏问题并实现上游反应模块的协调 | CRISPR/Cas12a系统、分裂激活剂、熵驱动DNA电路、microRNA-21 | 分子诊断 | NA | CRISPR/Cas12a、熵驱动DNA电路、荧光检测 | NA | 荧光信号数据、动力学曲线 | NA | DNA | NA | 分子计算 | 检测限达1.24 pM（microRNA-21），高保真度，适用于一锅法诊断系统 |
| 18 | 2026-01-18 |
Computer-intelligent customized CHA-graphene oxide-DNA circuit for multiplex miRNA detection and accurate cancer cell identification
2026-Mar-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.118303
PMID:41391296
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研究论文 | 本研究提出了一种结合计算机智能定制技术的荧光生物传感器，用于超灵敏、多重同时检测溶液和细胞中的miRNA-21和miRNA-30a | 采用计算机智能定制技术精确输出DNA电路元件，并结合氧化石墨烯作为荧光淬灭剂和DNA电路载体，实现了高效的多重miRNA检测与癌细胞识别 | 未明确说明检测通量的具体提升程度，且在实际临床样本中的验证数据未展示 | 开发高灵敏度、高效率的多重miRNA检测方法，用于癌症早期诊断、治疗和亚型识别 | miRNA-21和miRNA-30a两种肿瘤标志物 | 数字病理学 | 癌症 | 催化发夹组装反应、荧光检测 | DNA电路 | 荧光信号 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 检测范围20 aM-200 nM，检测限达10.64-12.46 aM，检测时间30分钟 |
| 19 | 2026-01-17 |
Advanced DNA Amplification for Efficient Data Storage
2024-09-18, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c12102
PMID:39254000
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综述 | 本文探讨了DNA扩增技术在DNA数据存储中的应用、挑战与未来发展方向 | 系统性地将自然与人工DNA扩增策略（如PCR和等温扩增）与DNA数据存储的需求相结合，并提出了优化协议以提升可扩展性和鲁棒性的新视角 | 主要关注技术层面的挑战与前景，未涉及具体实验验证或大规模实际应用案例 | 优化DNA扩增技术，以提升DNA数据存储的效率、吞吐量和数据保真度 | DNA扩增技术及其在数据存储中的应用 | 生物信息学/生物技术 | NA | 聚合酶链式反应(PCR)、等温扩增 | NA | 数字数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 高吞吐量、数据保真度、可扩展性、鲁棒性 |
| 20 | 2026-01-15 |
Catalytic DNA Circuit-Driven Surface-Enhanced Raman Scattering Amplification Enables Multiplexed Live-Cell Imaging of Receptor Crosstalk and Feedback Regulation
2026-Jan-13, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c18629
PMID:41478732
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研究论文 | 开发了一种催化DNA电路驱动的表面增强拉曼散射放大平台，用于活细胞中受体串扰和反馈调控的多重成像 | 利用催化发夹组装引导不同探针形成等离子体网络，实现c-Met同源二聚化和VEGF分泌的独立同时检测，并能区分同源和异源二聚体 | 未明确说明平台在复杂生物环境中的长期稳定性或潜在脱靶效应 | 开发时间分辨的多重成像技术以研究HGF/c-Met/VEGF信号网络的互连调控 | 肝细胞生长因子/c-Met信号通路、上皮-间质转化、血管内皮生长因子分泌及受体二聚化 | 生物医学成像 | 癌症（涉及侵袭性上皮-间质转化） | 催化DNA电路、表面增强拉曼散射、催化发夹组装 | NA | 拉曼光谱信号 | 活细胞（具体数量未明确） | DNA | NA | 分子计算 | 可实现多通道SERS输出，适用于多种细胞膜生物标志物，但未提供具体存储容量或数据密度指标 |