生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-11-14	Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes 2024-Jul-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00726 PMID:38885464	综述	本文综述了细菌噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNA聚合酶）在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出了减少这些反应的设计策略	提出了减少T7 RNA聚合酶非启动子依赖性转录的设计策略，以提高DNA纳米技术和DNA计算应用的成功率	NA	探讨T7 RNA聚合酶在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出相应的设计策略	T7 RNA聚合酶在单链DNA区域的非启动子依赖性转录反应及其对DNA纳米结构和DNA计算功能的影响	生物技术	NA	RNA聚合酶	NA	DNA	NA
102	2024-11-06	Parallel molecular data storage by printing epigenetic bits on DNA 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08040-5 PMID:39443776	研究论文	提出了一种通过酶促甲基化在DNA上打印表观遗传信息位的新方法，实现了大规模并行数据存储	利用预制的核酸通过自组装和酶促甲基化在DNA模板上精确引入表观遗传修饰，实现了无需合成的数据写入	需要进一步验证该方法在实际应用中的稳定性和可扩展性	探索一种新的DNA数据存储方式，超越现有的硅基数据存储技术	DNA数据存储的效率和成本	生物信息学	NA	酶促甲基化、纳米孔测序	NA	DNA序列	60名缺乏专业生物实验室经验的志愿者参与了实验
103	2024-11-06	Limit and screen sequences with high degree of secondary structures in DNA storage by deep learning method 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107548 PMID:37801922	研究论文	本文研究了如何通过深度学习方法筛选和限制DNA存储中具有高二级结构程度的序列	提出了一个双向长短期记忆（BiLSTM）-注意力深度学习模型来预测DNA序列的自由能，并筛选出可能产生更多错误和低测序拷贝的序列	NA	研究如何避免DNA序列中高二级结构对DNA存储信息写入和读取的干扰	DNA序列的二级结构及其对DNA存储的影响	机器学习	NA	深度学习	BiLSTM-注意力模型	DNA序列	在模拟实验中使用了随机生成的DNA序列，并在真实数据集中筛选了94个预测自由能中的70个
104	2024-11-06	mRNA-Initiated, Three-Dimensional DNA Amplifier Able to Function inside Living Cells 2018-01-10, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.7b09789 PMID:29211455	研究论文	本文报道了一种基于mRNA启动的三维DNA放大器（EDTD），能够在活细胞内响应特定mRNA目标进行操作	开发了一种新的三维DNA放大器（EDTD），通过分子工程设计，具有增强的生物稳定性和细胞摄取效率，能够在活细胞内进行信号放大	NA	解决DNA机器在活细胞内操作的挑战，提供一种新的分子工具用于细胞内生物标志物的检测	三维DNA放大器（EDTD）及其在活细胞内的应用	DNA纳米技术	NA	DNA分子工程	NA	NA	NA
105	2024-10-30	Exploring nanoparticle dynamics in binary chemical reactions within magnetized porous media: a computational analysis 2024-Oct-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76757-4 PMID:39462113	研究论文	研究了在磁化多孔介质中二元化学反应中的纳米颗粒动力学，并使用人工神经网络进行计算分析	结合反向传播人工神经网络和Levenberg-Marquardt算法评估混合纳米流体中的传热	NA	探讨人工神经网络在处理复杂非线性数学问题中的应用	MgO + GO/EG混合纳米流体在指数拉伸表面的稳态混合对流流动	计算流体动力学	NA	人工神经网络	反向传播人工神经网络	数值数据	训练集70%，测试集15%，验证集15%
106	2024-10-21	Reconstruction algorithms for DNA-storage systems 2024-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-51730-3 PMID:38263421	研究论文	本文提出了一种用于DNA存储系统的重建算法，旨在通过动态规划方法最小化原始字符串与算法估计之间的编辑距离	本文提出了几种新的DNA重建算法，这些算法在全局范围内处理整个序列，并使用动态规划算法进行解码，无需对输入和迹的数量进行限制，并且在高错误概率下表现良好	NA	开发一种能够最小化DNA存储系统中原始字符串与算法估计之间编辑距离的重建算法	DNA存储系统中的字符串重建问题	计算机科学	NA	动态规划算法	NA	字符串	NA
107	2024-10-19	Advancements in DNA computing: exploring DNA logic systems and their biomedical applications 2024-Oct-17, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d4tb00936c PMID:39282799	综述	本文综述了DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用	介绍了基于功能DNA序列、纳米材料和三维DNA纳米结构的新型DNA逻辑系统，并总结了推动DNA计算的材料创新	讨论了DNA计算发展中存在的挑战和未来研究方向	总结DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用	DNA逻辑系统及其在细胞成像、临床诊断和疾病治疗中的应用	生物信息学	NA	DNA计算	NA	NA	NA
108	2024-10-18	An Effective DNA-Based File Storage System for Practical Archiving and Retrieval of Medical MRI Data 2024-Oct, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301585 PMID:38807543	研究论文	本文提出了一种基于DNA的文件存储系统，用于实际存档和检索医学MRI数据	本文的创新点包括一种新的分段策略来解决旋转编码中的数据丢失问题，一种基于规则的四进制转码方法以满足生物约束并确保可靠映射，以及一种索引技术以简化随机搜索和访问	NA	开发一种有效的基于DNA的医学数据存储系统，以解决长期、高密度数据存档的需求	医学MRI数据	计算生物学	NA	DNA存储	NA	MRI数据	NA
109	2024-10-13	Processing DNA Storage through Programmable Assembly in a Droplet-Based Fluidics System 2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303197 PMID:37755129	研究论文	本文开发了一种在液滴控制流体系统中使用接头连接进行主动DNA数据编辑的方法	首次在液滴控制流体系统中实现了DNA数据的可编程组装和处理	NA	开发一种在DNA池中主动处理和编辑DNA数据的方法	合成短序列DNA池中的DNA数据处理	生物信息学	NA	接头连接	NA	DNA序列	八个90 bps DNA池和八个270 bps DNA池
110	2024-10-09	DNA circuit-based immunoassay for ultrasensitive protein pattern classification 2024-Oct-07, The Analyst DOI:10.1039/d4an00728j PMID:39206940	研究论文	本文介绍了一种基于DNA电路的免疫分析法i-PUMA，用于超灵敏蛋白质模式分类	i-PUMA结合了ELISA协议的便利性和DNA/酶电路的计算能力，实现了对IL12、IL4和IFNγ细胞因子的超灵敏检测，并能创建2输入感知器类分类器	NA	开发一种超灵敏的免疫分析法，用于多标记样本分类	IL12、IL4和IFNγ细胞因子	生物技术	NA	DNA纳米技术	感知器类分类器	蛋白质	NA
111	2024-10-05	Efficient and low-complexity variable-to-variable length coding for DNA storage 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05943-y PMID:39354338	研究论文	本文提出了一种高效的DNA存储系统中的变长编码方法，解决了同聚物和GC含量约束问题	引入了一种新的编码技术，能够在满足同聚物和GC含量约束的同时，保持线性复杂度并接近最优编码率	NA	解决DNA存储中的编码问题，提高编码效率和复杂度	DNA存储系统中的数据编码	NA	NA	变长编码	NA	DNA序列	随机生成的数据和现有文件
112	2024-09-30	Levy Sooty Tern Optimization Algorithm Builds DNA Storage Coding Sets for Random Access 2024-Sep-11, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e26090778 PMID:39330111	研究论文	本文提出了一种基于Levy Sooty Tern优化算法的DNA存储编码集构建方法，以实现高效的随机访问DNA存储系统	引入Levy飞行操作改进Sooty Tern优化算法，提出Levy Sooty Tern优化算法，并利用该算法构建满足组合约束的DNA存储编码集	未提及具体限制	解决DNA存储中的低存储密度、高延迟和存储过程中的错误问题	DNA存储编码集的构建	生物信息学	NA	Levy Sooty Tern优化算法	Levy Sooty Tern优化算法	DNA序列	13个基准测试函数
113	2024-09-30	A biological circuit to anticipate trend 2024-Sep, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qrae027 PMID:39328288	研究论文	本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势	本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性	本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证	研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势	生物电路的设计和其在趋势预测中的应用	NA	NA	指数移动平均	NA	NA	NA
114	2024-09-28	Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement 2024-Sep-24, Nanoscale advances IF:4.6Q2 DOI:10.1039/d4na00379a PMID:39323422	研究论文	本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器	利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器	NA	开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用	DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用	NA	NA	DNA链置换技术	NA	NA	NA
115	2024-09-28	Towards Chinese text and DNA shift encoding scheme based on biomass plasmid storage 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1276934 PMID:37900965	研究论文	本文提出了一种基于生物量质粒存储的中文文本和DNA移位编码方案	设计了一种新的中文汉字编码表，具有极高的信息存储密度，并开发了一种低算法复杂度的DNA移位编码方案，能够编码任何长度的DNA链，包括过长的同聚物	NA	解决现有电磁存储介质的缺点，如信息密度低、维护能耗高和存储时间短	中文文本和DNA的编码与存储	生物信息学	NA	DNA存储	NA	文本和DNA序列	744bp的双链质粒
116	2024-09-28	DNA circuits driven by conformational changes in DNAzyme recognition arms 2020-Feb-18, RSC advances IF:3.9Q2 DOI:10.1039/d0ra00115e PMID:35492184	研究论文	本文提出了一种通过Mg驱动的E6型DNAzyme识别臂构象变化来调节DNA电路的策略	该策略改变了DNAzyme信号传输的单一模式，扩展了E6型DNAzyme的功能，并节省了分子尺度上的信号传输时间	NA	提高DNAzyme驱动的逻辑单元的效率	DNAzyme识别臂的构象变化	NA	NA	NA	NA	NA	NA
117	2024-09-26	Rewireable Building Blocks for Enzyme-Powered DNA Computing Networks 2024-Sep-25, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c07221 PMID:39255470	研究论文	本文探讨了通过酶驱动的DNA计算网络的可重构构建模块，以提高DNA神经网络的可扩展性	提出了三种策略来解决当前DNA神经网络架构的局限性，包括酶促合成高纯度神经元、基于网络位置的空间神经元集群模式以及在通用单链DNA骨架上编码神经元连接	当前DNA神经网络架构需要大量核酸来模拟单个神经元，导致组装时间长、背景信号高和组件间串扰	提高DNA神经网络的可扩展性，以实现便携式诊断、紧凑数据存储和芯片实验室的自主决策	DNA神经网络的可重构构建模块和自动化操作的微流控设备	生物信息学	NA	酶促合成	DNA神经网络	DNA	NA
118	2024-09-26	DBTRG: De Bruijn Trim rotation graph encoding for reliable DNA storage 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.004 PMID:37736298	研究论文	本文提出了一种基于De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)的DNA存储编码方案	通过动态二进制序列与原始二进制序列的XOR操作，将k-mers划分为De Bruijn Trim图，并根据重叠关系压缩存储信息，确保碱基平衡和多样性，减少不期望的motif，提高DNA存储和数据恢复的稳定性	NA	解决现有DNA存储编码方案在局部和全局稳定性以及读写准确性方面的不足	DNA存储编码方案	NA	NA	DNA存储编码	De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)	图像	510 KB图像
119	2024-09-20	Advanced DNA Amplification for Efficient Data Storage 2024-Sep-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c12102 PMID:39254000	研究论文	本文探讨了DNA扩增技术在数据存储中的应用及其面临的挑战	本文提出了优化DNA存储协议以提高可扩展性和鲁棒性的方法，并探讨了酶促过程和新扩增方法的进展	本文未详细讨论具体的优化方法和新技术	研究如何利用先进的DNA扩增策略提高数据存储的效率和可行性	DNA扩增技术及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	聚合酶链反应（PCR）、等温扩增	NA	DNA	NA
120	2024-09-20	Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids 2024-Sep-18, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02388-9 PMID:39294394	研究论文	本文研究了噬菌体λ核酸外切酶（λExo）与5'-磷酸化DNA引导序列结合，实现对双链核酸的无PAM依赖性靶向识别	本文发现λExo酶的活性，并展示了5'-磷酸化单链DNA（pDNA）与双链DNA和DNA-RNA杂交体的互补区域结合，无需PAM样基序，显著扩展了靶向序列的范围	NA	探索新的双链核酸序列特异性识别方法，减少脱靶效应	噬菌体λ核酸外切酶、5'-磷酸化单链DNA、双链DNA和DNA-RNA杂交体	分子诊断学	NA	单分子荧光共振能量转移分析	NA	DNA	NA