生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-09-30	A biological circuit to anticipate trend 2024-Sep, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qrae027 PMID:39328288	研究论文	本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势	本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性	本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证	研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势	生物电路的设计和其在趋势预测中的应用	NA	NA	指数移动平均	NA	NA	NA
102	2024-09-28	Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement 2024-Sep-24, Nanoscale advances IF:4.6Q2 DOI:10.1039/d4na00379a PMID:39323422	研究论文	本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器	利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器	NA	开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用	DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用	NA	NA	DNA链置换技术	NA	NA	NA
103	2024-09-28	Towards Chinese text and DNA shift encoding scheme based on biomass plasmid storage 2023, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2023.1276934 PMID:37900965	研究论文	本文提出了一种基于生物量质粒存储的中文文本和DNA移位编码方案	设计了一种新的中文汉字编码表，具有极高的信息存储密度，并开发了一种低算法复杂度的DNA移位编码方案，能够编码任何长度的DNA链，包括过长的同聚物	NA	解决现有电磁存储介质的缺点，如信息密度低、维护能耗高和存储时间短	中文文本和DNA的编码与存储	生物信息学	NA	DNA存储	NA	文本和DNA序列	744bp的双链质粒
104	2024-09-28	DNA circuits driven by conformational changes in DNAzyme recognition arms 2020-Feb-18, RSC advances IF:3.9Q2 DOI:10.1039/d0ra00115e PMID:35492184	研究论文	本文提出了一种通过Mg驱动的E6型DNAzyme识别臂构象变化来调节DNA电路的策略	该策略改变了DNAzyme信号传输的单一模式，扩展了E6型DNAzyme的功能，并节省了分子尺度上的信号传输时间	NA	提高DNAzyme驱动的逻辑单元的效率	DNAzyme识别臂的构象变化	NA	NA	NA	NA	NA	NA
105	2024-09-26	Rewireable Building Blocks for Enzyme-Powered DNA Computing Networks 2024-Sep-25, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c07221 PMID:39255470	研究论文	本文探讨了通过酶驱动的DNA计算网络的可重构构建模块，以提高DNA神经网络的可扩展性	提出了三种策略来解决当前DNA神经网络架构的局限性，包括酶促合成高纯度神经元、基于网络位置的空间神经元集群模式以及在通用单链DNA骨架上编码神经元连接	当前DNA神经网络架构需要大量核酸来模拟单个神经元，导致组装时间长、背景信号高和组件间串扰	提高DNA神经网络的可扩展性，以实现便携式诊断、紧凑数据存储和芯片实验室的自主决策	DNA神经网络的可重构构建模块和自动化操作的微流控设备	生物信息学	NA	酶促合成	DNA神经网络	DNA	NA
106	2024-09-26	DBTRG: De Bruijn Trim rotation graph encoding for reliable DNA storage 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.004 PMID:37736298	研究论文	本文提出了一种基于De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)的DNA存储编码方案	通过动态二进制序列与原始二进制序列的XOR操作，将k-mers划分为De Bruijn Trim图，并根据重叠关系压缩存储信息，确保碱基平衡和多样性，减少不期望的motif，提高DNA存储和数据恢复的稳定性	NA	解决现有DNA存储编码方案在局部和全局稳定性以及读写准确性方面的不足	DNA存储编码方案	NA	NA	DNA存储编码	De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)	图像	510 KB图像
107	2024-09-20	Advanced DNA Amplification for Efficient Data Storage 2024-Sep-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c12102 PMID:39254000	研究论文	本文探讨了DNA扩增技术在数据存储中的应用及其面临的挑战	本文提出了优化DNA存储协议以提高可扩展性和鲁棒性的方法，并探讨了酶促过程和新扩增方法的进展	本文未详细讨论具体的优化方法和新技术	研究如何利用先进的DNA扩增策略提高数据存储的效率和可行性	DNA扩增技术及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	聚合酶链反应（PCR）、等温扩增	NA	DNA	NA
108	2024-09-20	Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids 2024-Sep-18, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02388-9 PMID:39294394	研究论文	本文研究了噬菌体λ核酸外切酶（λExo）与5'-磷酸化DNA引导序列结合，实现对双链核酸的无PAM依赖性靶向识别	本文发现λExo酶的活性，并展示了5'-磷酸化单链DNA（pDNA）与双链DNA和DNA-RNA杂交体的互补区域结合，无需PAM样基序，显著扩展了靶向序列的范围	NA	探索新的双链核酸序列特异性识别方法，减少脱靶效应	噬菌体λ核酸外切酶、5'-磷酸化单链DNA、双链DNA和DNA-RNA杂交体	分子诊断学	NA	单分子荧光共振能量转移分析	NA	DNA	NA
109	2024-09-20	PELMI: Realize robust DNA image storage under general errors via parity encoding and local mean iteration 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae463 PMID:39288232	研究论文	提出了一种基于奇偶校验编码和局部均值迭代的PELMI方案，以实现DNA图像存储的鲁棒性	通过奇偶校验编码和局部均值迭代，提高了DNA序列的稳定性和图像重建质量	未提及具体的研究局限性	提高DNA图像存储的鲁棒性和重建质量	DNA图像存储中的错误处理和图像重建	生物信息学	NA	奇偶校验编码、局部均值迭代	NA	图像	未提及具体样本数量
110	2024-09-20	Magnetic DNA random access memory with nanopore readouts and exponentially-scaled combinatorial addressing 2023-05-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-29575-z PMID:37231057	研究论文	本文介绍了一种名为MDRAM的DNA存储系统，通过结合磁性琼脂糖珠和纳米孔测序技术，实现了对目标文件的重复高效读取	创新点在于利用磁性琼脂糖珠结合合成DNA，实现了DNA分析物的重复读取，并保持了数据读取质量；同时采用卷积编码方案，利用纳米孔测序信号中的软信息，实现了与Illumina测序相当的信息读取成本	NA	解决DNA存储中合成DNA的分子消耗、碱基调用错误以及扩展读取操作的限制问题	DNA存储系统MDRAM及其在数据存储和读取中的应用	生物信息学	NA	纳米孔测序	卷积编码	DNA序列	NA
111	2024-09-19	H-ACO with Consecutive Bases Pairing Constraint for Designing DNA Sequences 2024-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00614-1 PMID:38683280	研究论文	本文提出了一种新的连续碱基配对约束，并结合层次蚁群算法（H-ACO）用于设计DNA序列	引入了连续碱基配对约束和层次蚁群算法（H-ACO），提高了DNA序列设计的效率和能力	未提及	改进DNA计算中的DNA序列设计	DNA序列设计	生物信息学	NA	层次蚁群算法（H-ACO）	NA	DNA序列	未提及
112	2024-09-16	Study of the error correction capability of multiple sequence alignment algorithm (MAFFT) in DNA storage 2023-Mar-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05237-9 PMID:36959531	研究论文	研究了多序列比对算法（MAFFT）在DNA存储中的纠错能力	通过多序列比对（MSA）算法解决DNA存储中的同步错误问题，并展示了其在不同错误率下的纠错能力	MSA算法在错误率超过20%时性能达到瓶颈，无法完全恢复信息	评估MAFFT算法在DNA存储中的纠错能力	DNA存储中的同步错误	生物信息学	NA	多序列比对（MSA）	NA	DNA序列	NA
113	2024-09-14	GradHC: highly reliable gradual hash-based clustering for DNA storage systems 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae274 PMID:38648049	研究论文	本文介绍了一种名为GradHC的基于哈希的渐进式聚类算法，用于DNA存储系统中的DNA读取聚类	GradHC算法能够以高精度聚类各种类型的设计，包括不同长度的链、不同大小的簇以及不同错误范围	NA	解决DNA存储系统中DNA读取聚类的挑战	DNA存储系统中的DNA读取	NA	NA	聚类算法	GradHC	DNA序列	NA
114	2024-09-14	A dual-rule encoding DNA storage system using chaotic mapping to control GC content 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae113 PMID:38419588	研究论文	本文提出了一种使用混沌映射控制GC含量的双规则编码DNA存储系统	该系统通过两种GC含量互补的编码规则对二进制数据进行编码，解决了早期编码方案忽视DNA序列生物约束性的问题	NA	解决DNA存储中合成和测序困难的问题	DNA存储编码方案	生物信息学	NA	混沌映射	NA	DNA序列	代表性文档和图像文件格式
115	2024-09-14	GCNSA: DNA storage encoding with a graph convolutional network and self-attention 2023-Mar-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106231 PMID:36876131	研究论文	本文提出了一种基于图卷积网络和自注意力机制的DNA存储编码系统GCNSA	GCNSA系统在基本约束下平均提高了14.4%的DNA存储码，在其他约束下提高了5%-40%，有效提升了DNA存储系统的存储密度	NA	提高DNA存储系统的编码效率和速度	DNA存储编码系统	NA	NA	图卷积网络、自注意力机制	图卷积网络、自注意力机制	DNA序列	NA
116	2024-09-14	The compact integration of a cascaded HCR circuit for highly reliable cancer cell discrimination 2023-Feb-22, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d2sc05568f PMID:36845932	研究论文	本文设计了一种紧凑的级联DNA电路，用于高可靠性的癌细胞鉴别	提出了结合传统级联DNA电路与多重局部响应特性的新型DNA电路，通过精细设计两个超发夹反应物，实现了电路组件的简化和局部增强的级联信号放大	NA	开发一种高可靠性的癌细胞鉴别方法	癌细胞与正常细胞的鉴别	生物医学工程	癌症	DNA电路	NA	细胞影像	NA
117	2024-09-14	DNAsmart: Multiple attribute ranking tool for DNA data storage systems 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.02.016 PMID:36851917	研究论文	本文介绍了一个名为DNAsmart的交互式可视化分析框架，用于DNA数据存储系统中的多属性排序	提出了一个交互式和可视化的分析框架，帮助用户通过设置不同权重和组合多个属性来找到最佳的编码和解码方法	仅通过任务特定的用户研究验证了其有效性，未涉及更广泛的实际应用场景	开发一个工具，帮助用户在DNA数据存储系统中进行多属性排序，以优化编码和解码方法	DNA数据存储系统中的编码和解码方法	计算机视觉	NA	NA	NA	NA	涉及的样本为领域专家，具体数量未明确
118	2024-09-13	Enabling technology and core theory of synthetic biology 2023-08, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2214-2 PMID:36753021	review	本文综述了合成生物学的使能技术和核心理论进展	介绍了合成生物学的新范式和未来发展方向	NA	探讨合成生物学的使能技术和核心理论	合成生物学的各种原理和技术	NA	NA	基因编辑、分子进化、从头设计功能蛋白、细胞和基因电路工程、无细胞合成生物学、人工智能辅助合成生物学	NA	NA	NA
119	2024-09-13	DNA-Aeon provides flexible arithmetic coding for constraint adherence and error correction in DNA storage 2023-02-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36297-3 PMID:36746948	研究论文	本文介绍了一种名为DNA-Aeon的DNA数据存储编码方案，支持生成可变长度的编码序列，并能遵守特定的GC含量、同聚物长度限制和避免不希望的基序	DNA-Aeon能够纠正替换错误、插入、删除以及整个DNA链的丢失，并且在类似冗余水平下具有更好的错误纠正能力，同时降低了DNA合成成本	NA	开发一种灵活的DNA数据存储编码方案，以提高DNA存储的可靠性和效率	DNA数据存储中的错误纠正和约束遵守	NA	NA	DNA合成与测序	NA	DNA序列	NA
120	2024-09-05	Monitoring and modulating a catalytic hybridization circuit for self-adaptive bioorthogonal DNA assembly 2022-Sep-14, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d2sc03757b PMID:36277649	研究论文	本文开发了一种自适应的局部催化电路（LCC），用于在拥挤的细胞内环境中实现DNA纳米海绵的自持续生物正交组装	提出了一种新型的自适应局部催化电路，通过利用LCC生成的DNA支架作为多功能模板，实现了LCC反应物的近距离限制，从而加速了反应速率和效率	NA	构建人工多米诺纳米结构，特别是与活细胞内生物功能激活相关的动态DNA电路，以调节各种生物实体的行为和命运	DNA纳米海绵的生物正交组装	生物技术	NA	荧光相关光谱（FCS）	NA	NA	NA