生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 748 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-12-11 |
Endogenous enzyme-activated AND-gate DNA nanomachines for intracellular miRNA detection and cell-selective imaging
2025-Feb-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2024.127087
PMID:39471719
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研究论文 | 本研究开发了一种内源性酶激活的AND逻辑电路，用于细胞内miRNA检测和细胞选择性成像 | 首次利用内源性酶（APE1和TE）作为控制开关，构建了AND逻辑电路，实现了对细胞内miRNA-21和miRNA-210的同时检测，并能区分不同类型的癌细胞 | NA | 开发一种高效、简单且敏感的miRNA成像方法，用于疾病的早期诊断、治疗和药物开发 | miRNA-21和miRNA-210的检测，以及癌细胞和正常细胞的区分 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 62 | 2024-12-09 |
"Cell Disk" DNA Storage System Capable of Random Reading and Rewriting
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305921
PMID:38332565
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研究论文 | 本文介绍了一种名为“Cell Disk”的DNA存储系统，能够在体内实现高密度DNA数据存储，并支持随机读取和重写 | 该系统利用酵母细胞作为存储单元，通过定制的CRISPR/Cas9模块实现对目标细胞块的选择性检索、擦除或重写，并开发了具有无损压缩能力的编解码算法以提高信息密度 | NA | 实现DNA存储系统中的随机读取和重写功能 | 酵母细胞中的DNA数据存储 | 生物信息学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | DNA数据 | 最多包含10个‘块’的模拟细胞‘磁盘’ |
| 63 | 2024-12-06 |
Multi-file dynamic compression method based on classification algorithm in DNA storage
2024-Dec, Medical & biological engineering & computing
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11517-024-03156-2
PMID:38922373
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研究论文 | 本文提出了一种基于机器学习分类算法的多文件动态压缩方法，以优化DNA存储中的数据压缩效果 | 该方法通过机器学习分类算法为每个文件选择最合适的压缩方法，相比传统单一压缩方法，显著提高了压缩比和成本效益 | 文章未提及该方法在实际应用中的效率和稳定性，以及对不同类型数据集的适应性 | 研究如何通过优化数据压缩方法降低DNA存储成本 | DNA存储中的数据压缩方法 | 机器学习 | NA | 机器学习分类算法 | k-nearest neighbor | 文件 | 收集了多个文件用于训练和验证 |
| 64 | 2024-11-24 |
DP-ID: Interleaving and Denoising to Improve the Quality of DNA Storage Image
2024-Nov-22, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00671-6
PMID:39578306
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研究论文 | 本文提出了一种名为DP-ID的新编码和解码方法，用于提高DNA存储图像的质量 | DP-ID方法通过交织和去噪技术，有效处理插入和删除错误，提高了信息密度和重建图像的质量 | NA | 提高DNA存储图像的质量和信息密度 | DNA存储图像的编码和解码方法 | NA | NA | 动态规划算法 | NA | 图像 | NA |
| 65 | 2024-11-23 |
A Deniable Encryption Method for Modulation-Based DNA Storage
2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00648-5
PMID:39155324
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研究论文 | 本文提出了一种基于调制技术的DNA存储否认加密方法 | 利用DNA噪声通道进行加密，实现了真实信息和虚假信息的不可区分性 | 未提及具体限制 | 确保DNA存储信息的安全性 | DNA存储中的信息加密与否认加密 | 生物信息学 | NA | DNA调制技术 | NA | DNA序列 | 未提及具体样本数量 |
| 66 | 2024-11-21 |
Optimizing fountain codes for DNA data storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.038
PMID:39559773
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研究论文 | 本文探讨了优化喷泉码在DNA数据存储中的应用 | 提出了针对DNA数据存储的喷泉码优化算法，创建了定制的分布函数 | NA | 提高喷泉码在DNA数据存储系统中的可靠性和容量 | 喷泉码在DNA数据存储中的优化方法 | NA | NA | 喷泉码 | NA | DNA数据 | NA |
| 67 | 2024-11-14 |
Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes
2024-Jul-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00726
PMID:38885464
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综述 | 本文综述了细菌噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNA聚合酶）在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出了减少这些反应的设计策略 | 提出了减少T7 RNA聚合酶非启动子依赖性转录的设计策略，以提高DNA纳米技术和DNA计算应用的成功率 | NA | 探讨T7 RNA聚合酶在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出相应的设计策略 | T7 RNA聚合酶在单链DNA区域的非启动子依赖性转录反应及其对DNA纳米结构和DNA计算功能的影响 | 生物技术 | NA | RNA聚合酶 | NA | DNA | NA |
| 68 | 2024-11-06 |
Parallel molecular data storage by printing epigenetic bits on DNA
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08040-5
PMID:39443776
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研究论文 | 提出了一种通过酶促甲基化在DNA上打印表观遗传信息位的新方法，实现了大规模并行数据存储 | 利用预制的核酸通过自组装和酶促甲基化在DNA模板上精确引入表观遗传修饰，实现了无需合成的数据写入 | 需要进一步验证该方法在实际应用中的稳定性和可扩展性 | 探索一种新的DNA数据存储方式，超越现有的硅基数据存储技术 | DNA数据存储的效率和成本 | 生物信息学 | NA | 酶促甲基化、纳米孔测序 | NA | DNA序列 | 60名缺乏专业生物实验室经验的志愿者参与了实验 |
| 69 | 2024-11-06 |
Limit and screen sequences with high degree of secondary structures in DNA storage by deep learning method
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107548
PMID:37801922
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研究论文 | 本文研究了如何通过深度学习方法筛选和限制DNA存储中具有高二级结构程度的序列 | 提出了一个双向长短期记忆（BiLSTM）-注意力深度学习模型来预测DNA序列的自由能，并筛选出可能产生更多错误和低测序拷贝的序列 | NA | 研究如何避免DNA序列中高二级结构对DNA存储信息写入和读取的干扰 | DNA序列的二级结构及其对DNA存储的影响 | 机器学习 | NA | 深度学习 | BiLSTM-注意力模型 | DNA序列 | 在模拟实验中使用了随机生成的DNA序列，并在真实数据集中筛选了94个预测自由能中的70个 |
| 70 | 2024-11-06 |
mRNA-Initiated, Three-Dimensional DNA Amplifier Able to Function inside Living Cells
2018-01-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.7b09789
PMID:29211455
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研究论文 | 本文报道了一种基于mRNA启动的三维DNA放大器（EDTD），能够在活细胞内响应特定mRNA目标进行操作 | 开发了一种新的三维DNA放大器（EDTD），通过分子工程设计，具有增强的生物稳定性和细胞摄取效率，能够在活细胞内进行信号放大 | NA | 解决DNA机器在活细胞内操作的挑战，提供一种新的分子工具用于细胞内生物标志物的检测 | 三维DNA放大器（EDTD）及其在活细胞内的应用 | DNA纳米技术 | NA | DNA分子工程 | NA | NA | NA |
| 71 | 2024-10-30 |
Exploring nanoparticle dynamics in binary chemical reactions within magnetized porous media: a computational analysis
2024-Oct-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-76757-4
PMID:39462113
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研究论文 | 研究了在磁化多孔介质中二元化学反应中的纳米颗粒动力学，并使用人工神经网络进行计算分析 | 结合反向传播人工神经网络和Levenberg-Marquardt算法评估混合纳米流体中的传热 | NA | 探讨人工神经网络在处理复杂非线性数学问题中的应用 | MgO + GO/EG混合纳米流体在指数拉伸表面的稳态混合对流流动 | 计算流体动力学 | NA | 人工神经网络 | 反向传播人工神经网络 | 数值数据 | 训练集70%，测试集15%，验证集15% |
| 72 | 2024-10-21 |
Reconstruction algorithms for DNA-storage systems
2024-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-51730-3
PMID:38263421
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研究论文 | 本文提出了一种用于DNA存储系统的重建算法，旨在通过动态规划方法最小化原始字符串与算法估计之间的编辑距离 | 本文提出了几种新的DNA重建算法，这些算法在全局范围内处理整个序列，并使用动态规划算法进行解码，无需对输入和迹的数量进行限制，并且在高错误概率下表现良好 | NA | 开发一种能够最小化DNA存储系统中原始字符串与算法估计之间编辑距离的重建算法 | DNA存储系统中的字符串重建问题 | 计算机科学 | NA | 动态规划算法 | NA | 字符串 | NA |
| 73 | 2024-10-19 |
Advancements in DNA computing: exploring DNA logic systems and their biomedical applications
2024-Oct-17, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d4tb00936c
PMID:39282799
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综述 | 本文综述了DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用 | 介绍了基于功能DNA序列、纳米材料和三维DNA纳米结构的新型DNA逻辑系统，并总结了推动DNA计算的材料创新 | 讨论了DNA计算发展中存在的挑战和未来研究方向 | 总结DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用 | DNA逻辑系统及其在细胞成像、临床诊断和疾病治疗中的应用 | 生物信息学 | NA | DNA计算 | NA | NA | NA |
| 74 | 2024-10-18 |
An Effective DNA-Based File Storage System for Practical Archiving and Retrieval of Medical MRI Data
2024-Oct, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301585
PMID:38807543
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研究论文 | 本文提出了一种基于DNA的文件存储系统，用于实际存档和检索医学MRI数据 | 本文的创新点包括一种新的分段策略来解决旋转编码中的数据丢失问题，一种基于规则的四进制转码方法以满足生物约束并确保可靠映射，以及一种索引技术以简化随机搜索和访问 | NA | 开发一种有效的基于DNA的医学数据存储系统，以解决长期、高密度数据存档的需求 | 医学MRI数据 | 计算生物学 | NA | DNA存储 | NA | MRI数据 | NA |
| 75 | 2024-10-13 |
Processing DNA Storage through Programmable Assembly in a Droplet-Based Fluidics System
2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303197
PMID:37755129
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研究论文 | 本文开发了一种在液滴控制流体系统中使用接头连接进行主动DNA数据编辑的方法 | 首次在液滴控制流体系统中实现了DNA数据的可编程组装和处理 | NA | 开发一种在DNA池中主动处理和编辑DNA数据的方法 | 合成短序列DNA池中的DNA数据处理 | 生物信息学 | NA | 接头连接 | NA | DNA序列 | 八个90 bps DNA池和八个270 bps DNA池 |
| 76 | 2024-10-09 |
DNA circuit-based immunoassay for ultrasensitive protein pattern classification
2024-Oct-07, The Analyst
DOI:10.1039/d4an00728j
PMID:39206940
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研究论文 | 本文介绍了一种基于DNA电路的免疫分析法i-PUMA，用于超灵敏蛋白质模式分类 | i-PUMA结合了ELISA协议的便利性和DNA/酶电路的计算能力，实现了对IL12、IL4和IFNγ细胞因子的超灵敏检测，并能创建2输入感知器类分类器 | NA | 开发一种超灵敏的免疫分析法，用于多标记样本分类 | IL12、IL4和IFNγ细胞因子 | 生物技术 | NA | DNA纳米技术 | 感知器类分类器 | 蛋白质 | NA |
| 77 | 2024-10-05 |
Efficient and low-complexity variable-to-variable length coding for DNA storage
2024-Oct-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05943-y
PMID:39354338
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研究论文 | 本文提出了一种高效的DNA存储系统中的变长编码方法，解决了同聚物和GC含量约束问题 | 引入了一种新的编码技术，能够在满足同聚物和GC含量约束的同时，保持线性复杂度并接近最优编码率 | NA | 解决DNA存储中的编码问题，提高编码效率和复杂度 | DNA存储系统中的数据编码 | NA | NA | 变长编码 | NA | DNA序列 | 随机生成的数据和现有文件 |
| 78 | 2024-09-30 |
Levy Sooty Tern Optimization Algorithm Builds DNA Storage Coding Sets for Random Access
2024-Sep-11, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e26090778
PMID:39330111
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研究论文 | 本文提出了一种基于Levy Sooty Tern优化算法的DNA存储编码集构建方法，以实现高效的随机访问DNA存储系统 | 引入Levy飞行操作改进Sooty Tern优化算法，提出Levy Sooty Tern优化算法，并利用该算法构建满足组合约束的DNA存储编码集 | 未提及具体限制 | 解决DNA存储中的低存储密度、高延迟和存储过程中的错误问题 | DNA存储编码集的构建 | 生物信息学 | NA | Levy Sooty Tern优化算法 | Levy Sooty Tern优化算法 | DNA序列 | 13个基准测试函数 |
| 79 | 2024-09-30 |
A biological circuit to anticipate trend
2024-Sep, Evolution letters
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/evlett/qrae027
PMID:39328288
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研究论文 | 本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势 | 本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性 | 本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证 | 研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势 | 生物电路的设计和其在趋势预测中的应用 | NA | NA | 指数移动平均 | NA | NA | NA |
| 80 | 2024-09-28 |
Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement
2024-Sep-24, Nanoscale advances
IF:4.6Q2
DOI:10.1039/d4na00379a
PMID:39323422
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研究论文 | 本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器 | 利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器 | NA | 开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用 | DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用 | NA | NA | DNA链置换技术 | NA | NA | NA |