生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 812 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 存储介质 | 编码方案 | 计算范式 | 可扩展性指标 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-10-05 |
Computing with biological switches and clocks
2018, Natural computing
IF:1.7Q2
DOI:10.1007/s11047-018-9686-x
PMID:30524215
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综述 | 本文从历史视角探讨生物系统中开关和时钟模块的计算特性及其与计算科学的关联 | 提出生物开关与时钟模块作为计算单元的新颖视角，并展望生物计算的未来发展路径 | NA | 探讨生物系统与计算科学之间的相似性及生物计算的发展前景 | 生物分子网络中的开关和时钟动态行为 | 生物计算 | NA | 分子相互作用网络分析 | NA | 理论分析 | NA | NA | NA | 分子计算, 细胞计算 | NA |
| 82 | 2025-10-05 |
Accelerating DNA-Based Computing on a Supramolecular Polymer
2018-08-01, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.8b06146
PMID:29989400
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研究论文 | 本研究开发了一种基于DNA功能化超分子聚合物的动态支架，用于加速DNA分子计算 | 首次利用DNA功能化的苯-1,3,5-三羧酰胺超分子聚合物作为动态支架来模板化DNA分子计算，将链置换和链交换反应动力学加速100倍 | 未明确说明实验规模和实际应用中的潜在限制 | 提高DNA分子计算的效率和反应速率 | DNA功能化的超分子聚合物和DNA电路组件 | 分子计算 | NA | DNA计算、超分子聚合物技术 | 多输入AND门、催化发夹组装、杂交链式反应 | 分子反应数据 | NA | DNA | DNA碱基编码 | DNA计算,分子计算 | 反应速率提升100倍，支持多种DNA计算操作 |
| 83 | 2025-10-05 |
Evaluation of Two Matrices for Long-Term, Ambient Storage of Bacterial DNA
2017-Dec, Biopreservation and biobanking
IF:1.2Q3
DOI:10.1089/bio.2017.0040
PMID:29130748
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研究论文 | 评估两种环境温度存储基质对细菌DNA长期保存的效果 | 首次系统比较Biomatrica DNAstable® Plus和GenTegra® DNA两种环境温度存储基质对肺炎链球菌DNA的长期保护效果 | 仅针对肺炎链球菌DNA进行研究，未涵盖其他细菌种类；仅评估了64周实际存储和362周模拟存储 | 评估环境温度DNA存储基质在细菌DNA长期保存中的有效性 | 肺炎链球菌分离株的DNA样本 | 分子生物学 | 细菌感染疾病 | 实时PCR，Nanodrop 1000分光光度计 | NA | DNA浓度数据，实时PCR循环阈值数据 | 5株肺炎链球菌分离株的粗提和纯化DNA样本 | DNA | NA | NA | DNA保存效率103%-116%，循环阈值变化范围≤2.9 |
| 84 | 2025-10-05 |
An experimental study of the putative mechanism of a synthetic autonomous rotary DNA nanomotor
2017-Mar, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.160767
PMID:28405363
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研究论文 | 本文通过实验研究了一种基于链置换的自主旋转DNA纳米马达的推定工作机制 | 设计出能够自主运行的旋转DNA纳米马达，不同于多数需要外部干预的DNA机器 | 尚未在单分子水平直接观察旋转运动，需要未来改进设计实现 | 探索合成旋转DNA纳米马达的工作机制和自主运行能力 | 基于DNA的纳米尺度旋转马达 | 分子计算 | NA | 链置换技术 | NA | 实验数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | NA |
| 85 | 2025-10-05 |
Computing exponentially faster: implementing a non-deterministic universal Turing machine using DNA
2017-03, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2016.0990
PMID:28250099
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研究论文 | 本文首次实现了基于DNA的非确定性通用图灵机物理设计，通过DNA复制能力在多项式时间内执行指数级计算路径 | 首次提出非确定性通用图灵机的物理实现方案，利用DNA复制机制突破传统计算范式，实现指数级加速 | 设计依赖DNA分子操作技术，实际实现面临生物实验条件和规模扩展的挑战 | 构建非确定性通用图灵机的物理实现模型，探索DNA计算的潜力 | 基于Thue字符串重写系统的计算模型和DNA分子操作机制 | 分子计算 | NA | 聚合酶链式反应、定点诱变 | 非确定性图灵机 | DNA序列 | NA | DNA | 字符串重写系统 | DNA计算,分子计算 | 通过DNA复制实现指数级并行计算能力，空间资源换取时间效率，能耗远低于传统超级计算机 |
| 86 | 2025-10-05 |
Comparison of eleven methods for genomic DNA extraction suitable for large-scale whole-genome genotyping and long-term DNA banking using blood samples
2015, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0115960
PMID:25635817
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研究论文 | 比较十一种从绵羊血液样本中提取基因组DNA的方法，评估其适用于大规模全基因组基因分型和长期DNA存储的效果 | 首次系统比较十一种不同DNA提取方法在绵羊血液样本中的应用效果，包括传统方法和商业试剂盒 | 研究仅针对绵羊血液样本，未验证其他物种或组织类型的适用性 | 评估不同DNA提取方法对大规模基因分型和DNA存储的适用性 | 绵羊血液样本中的基因组DNA | 基因组学 | NA | DNA提取技术，包括酚-氯仿法、硅胶法和磁珠法 | NA | 基因组DNA | 600个个体 | DNA | NA | NA | 适用于大规模微阵列基因分型（600个样本规模） |
| 87 | 2025-10-05 |
Rational, modular adaptation of enzyme-free DNA circuits to multiple detection methods
2011-Sep-01, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkr504
PMID:21693555
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研究论文 | 本文设计并验证了一种基于催化发夹组装的简化DNA电路，可适配多种检测方法实现信号放大 | 通过优化发夹结构设计实现接近零背景的高效催化（k(cat) > 1 min⁻¹），并首次证明该电路可模块化应用于荧光、比色、电化学等多种检测平台 | 未明确说明在实际临床样本中的检测性能及与现有方法的对比验证 | 开发适用于即时诊断的酶免DNA信号放大电路 | RNA和小分子分析物 | 分子计算 | NA | 催化发夹组装 | DNA电路 | 分子信号数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 催化效率k(cat)>1 min⁻¹，模块化适配多检测平台 |
| 88 | 2025-10-05 |
Padlock probe-mediated qRT-PCR for DNA computing answer determination
2011-Jun, Natural computing
IF:1.7Q2
DOI:10.1007/s11047-010-9227-8
PMID:21691417
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研究论文 | 开发基于Padlock探针的qRT-PCR方法用于DNA计算中旅行商问题最优解的序列定量检测 | 首次将Padlock探针介导的qRT-PCR技术应用于DNA计算领域，实现多组短DNA序列的同时高效定量 | 未明确说明该方法在更复杂计算问题中的扩展性及最大并行检测目标数 | 建立DNA计算中答案判定的高效定量检测方法 | 10聚体DNA序列 | DNA计算 | NA | Padlock探针,qRT-PCR,酶连接 | NA | DNA序列数据 | 三组目标序列的验证实验 | DNA | 序列特异性杂交 | DNA计算 | 线性检测范围0.2 pg-20 ng，扩增效率98.7%，支持多重检测 |
| 89 | 2025-10-05 |
Kinetics of DNA and RNA Hybridization in Serum and Serum-SDS
2010-Sep-01, IEEE transactions on nanotechnology
IF:2.1Q3
DOI:10.1109/TNANO.2010.2053380
PMID:20967137
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研究论文 | 本研究开发了一种基于DNA的交叉催化网络，用于放大血清中与癌症相关的特定miRNA | 利用DNA计算技术构建核酸化学网络，无需PCR即可实现miRNA的扩增检测 | 目前仅报告了初步进展，DNA网络的子组件测试和初步模拟结果 | 开发基于DNA纳米技术的癌症早期检测方法 | 血清中的microRNA（miRNA）生物标志物 | DNA计算 | 癌症 | DNA纳米技术，DNA计算，核酸杂交 | DNA-based cross-catalytic network | 生物分子数据 | NA | DNA, RNA | 核酸序列编码 | DNA计算，分子计算 | 能够检测血液中低丰度的miRNA分子 |
| 90 | 2025-10-05 |
SELF-RECOGNITION OF DNA FROM LIFE PROCESSES TO DNA COMPUTATION
2007-Apr, Biophysical reviews and letters
DOI:10.1142/S1793048007000490
PMID:20640192
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研究论文 | 探讨DNA结构如何编码生命过程及其在自下而上纳米技术和DNA计算中的应用 | 利用DNA的自识别和自组装特性开发纳米技术，并基于DNA链的大规模并行性和沃森-克里克互补性实现计算技术微型化 | NA | 研究DNA结构对生命过程的编码机制及其在纳米技术和计算领域的应用潜力 | DNA分子及其核苷酸组成（腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和鸟嘌呤） | DNA计算 | NA | DNA纳米技术 | NA | 分子结构数据 | NA | DNA | 沃森-克里克互补性编码 | DNA计算 | 利用DNA链的大规模并行性实现高性能计算 |
| 91 | 2025-10-05 |
Robustness from flexibility in the fungal circadian clock
2010-Jun-24, BMC systems biology
DOI:10.1186/1752-0509-4-88
PMID:20576110
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研究论文 | 通过数学模型研究真菌生物钟电路中灵活性与鲁棒性的关系 | 揭示了生物钟电路中互锁反馈环结构通过增加灵活性来提升鲁棒性的新机制 | 研究基于数学模型和真菌Neurospora crassa，在其他生物系统中的普适性需要验证 | 探索生物电路中灵活性与鲁棒性的相互关系 | 真菌Neurospora crassa的生物钟电路及其分生孢子形成调控 | 系统生物学 | NA | 数学建模、计算机模拟、敏感性分析 | 转录翻译反馈模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2025-10-05 |
DNA Media Storage
2007-Sep, International Conference on Bio-inspired Computing, Theories and Applications : [proceedings]. International Conference on Bio-inspired Computing, Theories and Applications
PMID:20622994
|
研究论文 | 提出一种使用DNA作为文件存储介质的新方法，通过多序列比对和智能启发式算法实现低错误率的内容恢复 | 将DNA应用于数据存储领域，结合多序列比对和智能启发式算法来确定最可能的文件内容 | 发现时间限制、资源需求高和序列不匹配等问题尚未完全解决 | 探索DNA作为数据存储介质的可行性 | DNA存储技术 | DNA计算 | NA | 多序列比对、智能启发式算法 | NA | 文件数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 最小化错误率 |
| 93 | 2025-10-05 |
Neural Network Circuits for Bionic Associative Memory and Temporal Order Memory Based on DNA Strand Displacement
2025-05, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2024.3425060
PMID:39012737
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研究论文 | 基于DNA链置换反应构建了仿生联想记忆和时间顺序记忆的神经网络电路 | 首次在DNA分子水平实现巴甫洛夫联想记忆，并开发了具有时间顺序记忆能力的DNA电路 | 仅通过软件仿真验证电路可靠性，尚未进行实际生物实验验证 | 利用DNA链置换技术开发生物计算和神经网络的新型实现方法 | DNA分子电路和仿生记忆系统 | 分子计算 | NA | DNA链置换(DSD) | 神经网络电路 | 分子信号 | NA | DNA | DNA链置换编码 | DNA计算,分子计算 | 通过模块化设计支持构建更复杂的DNA仿生电路和智能电路 |
| 94 | 2025-10-05 |
The role of predictive modelling in rationally re-engineering biological systems
2009-04, Nature reviews. Microbiology
DOI:10.1038/nrmicro2107
PMID:19252506
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综述 | 本文综述了系统生物学与合成生物学的融合框架，探讨通过预测性建模重新设计生物系统的潜力 | 提出整合系统生物学与合成生物学的框架，为大规模生物电路重新工程化提供系统级优化方法 | 未提供具体实验验证，主要基于理论框架和前景展望 | 探讨预测性建模在生物系统重新工程化中的作用 | 生物系统、生物电路、细胞组成部件 | 合成生物学 | NA | 基因组合成与移植技术 | 预测性建模 | NA | NA | DNA | NA | 分子计算, 细胞计算 | 大规模生物电路重新工程化的系统级优化能力 |
| 95 | 2025-10-05 |
Participant characteristics that influence consent for genetic research in a population-based survey: the Baltimore epidemiologic catchment area follow-up
2008, Community genetics
DOI:10.1159/000113880
PMID:18376114
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研究论文 | 本研究探讨了基于人群调查中影响参与者同意基因研究的社会人口学和健康特征 | 揭示了影响生物样本捐赠、基因检测和长期存储意愿的不同因素模式 | 样本仅来自巴尔的摩流行病学集水区随访研究，可能限制结果的普适性 | 调查影响参与者同意基因研究的社会人口学和健康特征 | 纵向社区调查的参与者 | 流行病学 | 多种疾病 | 基因检测 | 逻辑回归分析 | 调查数据、生物样本 | 1071名2004/5年受访者中的83%同意捐赠生物样本 | DNA | NA | NA | NA |
| 96 | 2025-10-05 |
DP-ID: Interleaving and Denoising to Improve the Quality of DNA Storage Image
2025-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00671-6
PMID:39578306
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研究论文 | 提出一种名为DP-ID的新型DNA存储编码解码方法，用于提高图像存储的信息密度和重建质量 | 通过动态规划算法压缩图像、DNA序列交织和椒盐噪声中值滤波，有效应对插入删除错误，在高错误率下仍能重建高质量图像 | 未明确说明方法对特定类型图像的适用性限制 | 提高DNA存储中图像存储的信息密度和重建质量 | 数字图像 | DNA存储 | NA | 动态规划算法、中值滤波、DNA测序 | NA | 图像 | NA | DNA | 二进制编码、DNA碱基映射 | DNA计算 | 5倍测序深度下重建高质量图像，显著降低DNA存储成本 |
| 97 | 2025-10-05 |
Engineering DNA circuit powered by entropy integrated into robust and elegant photoelectrochemical and photothermal dual-mode biosensing
2025-Jun, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-025-05848-6
PMID:40131437
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研究论文 | 开发了一种基于熵驱动DNA电路的光电化学和光热双模式生物传感器，用于检测microRNA-221 | 优化设计的熵驱动DNA电路使输出DNA产量翻倍并显著提高传感器灵敏度，同时采用电沉积制备的ZnO纳米棒光电信标提高了稳定性和可控性 | NA | 开发具有自我验证检测结果能力的双信号模式生物传感器 | microRNA-221 | 生物传感 | NA | 光电化学检测、光热检测、DNA电路 | NA | 光电信号、温度信号 | NA | DNA | 碱基配对 | DNA计算 | 检测范围：1.0 fmol/L-50.0 pmol/L（光电模式）和5.0×10 fmol/L-5.0 nmol/L（光热模式） |
| 98 | 2025-10-05 |
Highly sensitive detection of the tetracycline resistance gene tetA in water supply systems with an autocatalytic deoxyribonucleic acid-based cascade circuit
2025-Jul-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138226
PMID:40220386
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研究论文 | 开发了一种基于杂交链式反应和脱氧核酶的等温无酶级联放大系统，用于水环境中四环素抗性基因的高灵敏度检测 | 结合杂交链式反应与脱氧核酶设计自催化反馈回路，实现指数级信号放大，无需PCR和酶参与 | 未明确说明检测系统的稳定性和长期使用性能 | 开发高效、低成本、稳定的水环境中抗生素抗性基因现场检测方法 | 水供应系统中的四环素抗性基因tetA | 生物传感 | 抗生素耐药性 | 杂交链式反应(HCR)、脱氧核酶、荧光检测 | DNA级联电路 | 荧光信号 | 实际水样 | DNA | NA | 分子计算 | 检测限低至4.6 pM，与ddPCR检测结果高度相关(R=0.997) |
| 99 | 2025-10-05 |
Localized DNA Logic Circuit Equipped with Cascade Amplifiers for Precise Identification of Cancer Cells
2025-Mar-25, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00247
PMID:40091166
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研究论文 | 开发了一种配备级联放大器的局部DNA逻辑电路，用于精确识别癌细胞 | 通过将Y形AND门电路模块和三个发夹放大器模块集成到DNA四面体中，构建了具有级联放大功能的局部DNA电路 | NA | 提高癌细胞检测的精确性和灵敏度 | 癌细胞和健康细胞 | 分子计算 | 癌症 | DNA逻辑电路，荧光检测 | Y形AND门逻辑电路 | 荧光信号 | NA | DNA | DNA链置换 | DNA计算，分子计算 | 检测灵敏度：miR-21为82.5 pM，FEN1为0.015 U/mL；信号放大倍数：与无放大器电路相比提高15.5倍，与非局部电路相比灵敏度提高5.2倍 |
| 100 | 2025-10-05 |
Pragmatic soft-decision data readout of encoded large DNA
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf102
PMID:40091194
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研究论文 | 提出一种实用的软决策数据读出方法，用于编码大DNA的数据读取，实现无需组装序列重构和错误校正 | 通过水印嵌入和软决策前向-后向算法，实现无需读段组装、插入缺失错误校正和超低覆盖度数据读取 | 方法仅在质粒规模(~51kb)验证，大规模实际应用效果需进一步验证 | 开发高效可靠的DNA存储数据读取方法 | 编码大DNA片段的数据读取 | DNA存储 | NA | 纳米孔测序，软决策算法，水印嵌入技术 | 前向-后向算法 | DNA序列数据 | 两个环形质粒(~51kb)，大规模数据集模拟 | DNA | 水印编码，错误校正编码 | 分子计算，DNA计算 | 在1-4×覆盖度下实现无错误恢复，支持多种错误率条件下的大规模数据集 |