生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 787 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-06-27 |
Room temperature storage and shipping of encapsulated synthetic RNAs as quality control materials for SARS-CoV-2 molecular diagnostic assays
2025-09, Journal of virological methods
IF:2.2Q3
DOI:10.1016/j.jviromet.2025.115169
PMID:40288444
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研究论文 | 本文介绍了一种在室温下存储和运输封装合成RNA的方法，用于SARS-CoV-2分子诊断检测的质量控制材料 | 开发了一种在金属胶囊中封装脱水RNA的技术，实现了RNA在室温下的稳定存储和环保运输 | 未提及具体局限性 | 开发稳定的RNA质量控制材料，用于SARS-CoV-2及其他RNA病毒的分子诊断检测 | 封装合成RNA的质量控制材料 | 分子诊断 | COVID-19 | RT-PCR, RT-LAMP | NA | RNA序列数据 | 多个实验室使用不同设备和试剂盒进行验证 |
| 22 | 2025-06-27 |
Family of Mutually Uncorrelated Codes for DNA Storage Address Design
2025-Jul, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3530470
PMID:40030887
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研究论文 | 本文提出了一系列基于k-弱互不相关（k-WMU）编码的方法，用于设计DNA存储的地址序列以提高访问效率 | 结合k-WMU编码和0-m-ruling编码方案，解决了DNA序列在碱基水平上扩展性差的问题，并进一步扩展了具有纠错功能的k-WMU编码 | NA | 提高DNA存储系统中地址序列的质量，以实现准确的随机访问并增强系统的鲁棒性 | DNA存储系统中的地址序列 | DNA存储 | NA | k-弱互不相关（k-WMU）编码，0-m-ruling编码 | NA | DNA序列数据 | NA |
| 23 | 2025-06-27 |
High Fault-Tolerant DNA Image Storage System Based on VAE
2025-Jul, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3544401
PMID:40031865
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研究论文 | 本文设计了一种基于VAE的高容错DNA图像存储系统，用于DNA存储中的图像压缩 | 1) 使用VAE将图像压缩为统一大小的潜在变量块，再通过SVD进一步压缩；2) 对潜在变量块中的浮点数进行量化，并对结果的三元序列应用旋转编码；3) 优化纠错方案以最佳恢复每种类型的错误 | NA | 降低基于DNA存储的图像压缩的错误率 | 图像数据 | 数字病理 | NA | DNA存储 | VAE, SVD | 图像 | NA |
| 24 | 2025-06-27 |
Effective IDS Error Correction Algorithms for DNA Storage Channels With Multiple Output Sequences
2025-Jul, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3558853
PMID:40198284
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研究论文 | 本文研究了DNA数据存储中针对多输出序列的IDS错误校正算法，提出了两种编码方案下的有效解码方法 | 提出了分段渐进匹配(SPM)算法推断共识序列，针对不同内码分别设计了基于隐马尔可夫模型的同步解码算法(SDH)和迭代外部解码(IED)算法，显著降低了误码率 | 未提及算法在极端噪声条件下的表现及实际DNA合成/测序环境中的验证 | 提高DNA数据存储系统的解码准确性和可靠性 | DNA数据存储中的IDS错误校正 | 生物信息学 | NA | DNA合成与测序技术 | 隐马尔可夫模型(HMM), LDPC码 | DNA序列数据 | NA |
| 25 | 2025-06-26 |
Review on Advancement of AI in Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4690-8_26
PMID:40553349
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review | 本文综述了人工智能在合成生物学中的进展及其应用 | 探讨了AI在基因组编辑、代谢途径优化和生物电路设计等方面的创新应用 | 存在高质量生物数据集整理不足以及计算与实验科学家之间的跨学科鸿沟等挑战 | 研究人工智能如何推动合成生物学的发展 | 合成生物学中的基因组编辑、代谢途径优化和生物电路设计等 | synthetic biology | NA | deep learning, machine learning | NA | biological datasets | NA |
| 26 | 2025-06-26 |
INNSE: Invertible neural network-based DNA image storage with self-correction encoding
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.003
PMID:40547456
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research paper | 提出了一种基于可逆神经网络的DNA图像存储自校正编码方法（INNSE），以提高编码密度和降低时间复杂性 | 利用神经网络的可逆性对图像和视频数据进行上下采样处理，显著减少数据存储所需的DNA序列数量，并设计了自校正方法在碱基层面实现DNA序列错误校正 | 未提及实际应用中可能遇到的其他类型错误或大规模数据存储的可行性 | 提高DNA存储技术在编码密度、时间复杂性和错误校正能力方面的性能 | 图像和视频数据的DNA存储 | machine learning | NA | DNA存储技术 | invertible neural network | image, video | NA |
| 27 | 2025-06-24 |
Engineered 3D DNA Crystals: A Molecular Design Perspective
2025-Jun, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401455
PMID:39777863
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综述 | 本文综述了工程化3D DNA晶体的分子设计，探讨了其在材料科学中的多种应用 | 通过DNA自下而上的自组装方法，实现了具有高精度和高可编程性的3D DNA晶体 | NA | 探讨工程化3D DNA晶体的分子设计及其在先进材料设计中的应用 | 3D DNA晶体 | 材料科学 | NA | DNA自组装 | NA | NA | NA |
| 28 | 2025-06-12 |
Challenges and opportunities in DNA computing and data storage
2025-Jun, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-025-01937-w
PMID:40494931
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2025-06-19 |
A DNA circuit that records molecular events
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn3329
PMID:38578999
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研究论文 | 开发了一种新型分子事件记录器，能够通过DNA电路记录分子事件的相对发生时间、强度和持续时间 | 利用链置换反应网络和引物交换反应处理信息，并通过DNA测序解码和量化，实现了对分子事件的多参数同时记录 | 在持续时间记录方面的准确率为75%，相对较低 | 开发能够记录分子事件相对发生时间、强度和持续时间的工具 | 分子信号 | 分子生物学 | NA | DNA测序 | NA | DNA序列 | NA |
| 30 | 2025-06-18 |
On-Demand Regulation of Catalytic DNA Circuits Using Phosphorylated Charge Reversal Peptides
2025-Jun-17, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202425113
PMID:40249733
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研究论文 | 本研究开发了一种多功能酶响应肽（ERP），用于高效负载和特异性细胞内递送及释放催化电路探针，通过磷酸化电荷反转过程实现精确的体内microRNA成像 | 首次利用磷酸化电荷反转肽实现催化DNA电路的可控调节，并开发了具有肿瘤细胞主动靶向和磷酸化引导释放功能的多功能肽 | 未提及临床前或临床试验结果，体内应用效果需进一步验证 | 开发安全高效的体内递送系统用于催化DNA电路的调控 | 催化DNA电路和多功能酶响应肽 | 生物传感 | 肿瘤 | 磷酸化电荷反转技术 | NA | 生物分子数据 | 未明确说明样本量 |
| 31 | 2025-06-16 |
Programmable PCR-like Nonenzymatic DNA Molecular Circuit for Split-Free Autocatalytic Amplification
2025-Jun-10, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c01612
PMID:40442030
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research paper | 开发了一种无需分裂设计的PCR样非酶DNA分子电路，用于自催化扩增，具有高效的信号放大能力 | 提出了一种新型的无需分裂设计的自催化扩增DNA电路，简化了设计并提高了自催化效率 | 目前的自催化DNA电路仍存在设计复杂、自催化效率低、需要额外探针以及缺乏通用设计原则的问题 | 开发高效的非酶DNA分子电路，用于低丰度生物标志物的分析 | 非酶自催化DNA电路 | 生物化学 | NA | 非酶DNA分子电路 | NA | NA | NA |
| 32 | 2025-06-15 |
Coli bond: A dual-function encryption system for secure information storage and transmission by microorganisms
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325926
PMID:40498745
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research paper | 介绍了一种名为Coli Bond的双功能加密系统，利用微生物进行安全信息存储和传输 | 结合DNA存储的分子精确性与合成生物学的可控动态性，提供数据加密和存储的创新平台 | NA | 开发一种安全可控的信息存储和传输系统 | 利用合成生物学改造的大肠杆菌菌株 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | DNA编码的信息 | NA |
| 33 | 2025-06-15 |
Hyperchaotic color image encryption using eight-base DNA complementary rules and extended Zigzag transform
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325197
PMID:40505085
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研究论文 | 本文提出了一种结合八碱基DNA互补规则和扩展Zigzag变换的超混沌彩色图像加密方案EDCREZT | 提出了5040种八碱基DNA互补规则，远超传统四碱基DNA的6种规则，并引入了新的扩展Zigzag变换，显著增加了加密的灵活性和复杂性 | NA | 开发一种更安全高效的彩色图像加密方法 | 彩色图像 | 计算机视觉 | NA | DNA计算、超混沌系统 | EDCREZT（基于4D超混沌系统的加密方案） | 图像 | NA |
| 34 | 2025-06-09 |
DNA-Based Signal Circuit for Self-Regulated Bidirectional Communication in Protocell-Living Cell Communities
2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202503903
PMID:40195061
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research paper | 该研究设计了一种基于DNA的电路，用于调控原生细胞与活细胞之间的自主双向通讯 | 通过设计包含识别、激活和反馈模块的DNA电路，实现了原生细胞对活细胞信号的自主感知与响应，并控制细胞间粘附 | 未提及该技术在复杂生理环境中的适用性及长期稳定性 | 开发合成生物学工具以调控细胞间信号传导并编程细胞行为 | 原生细胞与活细胞群落 | 合成生物学 | NA | DNA电路设计 | NA | NA | NA |
| 35 | 2025-06-07 |
ReLume: Enhancing DNA storage data reconstruction with flow network and graph partitioning
2025-Aug, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.022
PMID:40268154
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research paper | 提出了一种基于流网络和图分区技术的DNA存储数据重建方法ReLume，显著提高了序列恢复率并降低了内存使用 | ReLume方法在笔记本电脑上实现了数百万读取的数据重建任务，序列恢复率提高了一倍以上，内存使用减少了约60%，且数据持久性提高了10倍 | NA | 解决DNA存储中的数据重建问题，提高序列恢复率和数据持久性 | DNA存储数据 | 生物信息学 | NA | 流网络和图分区技术 | NA | DNA序列数据 | 数百万读取 |
| 36 | 2025-06-06 |
Data Readout Techniques for DNA-Based Information Storage
2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202412926
PMID:39910849
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综述 | 本文系统介绍了DNA信息存储中的数据读出技术，包括序列和结构两种存储单元及其对应的测序和非测序方法 | 首次系统性地总结和讨论了DNA数据存储系统中的读出技术，特别是存储系统设计与读出技术选择之间的关联 | 未提及具体的实验验证数据或性能比较 | 探讨DNA作为数字数据存储介质的读出技术发展现状与挑战 | DNA分子及其结构作为信息存储载体 | 生物信息存储技术 | NA | 测序技术、非测序方法、微流控技术、荧光探针 | NA | DNA序列数据、分子结构数据 | NA |
| 37 | 2025-06-06 |
Leveraging Demethylase Activation in DNA Circuits to Overcome Signal Leakage for Reliable MicroRNA Bioimaging
2025-Jun, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202412843
PMID:40211605
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research paper | 该研究设计了一种去甲基化酶激活的DNA组装（DAD）电路，用于可靠且稳健地成像细胞microRNA，通过整合杂交链反应（HCR）放大器系统的顺序激活 | 利用去甲基化酶激活DNA电路来克服信号泄漏，实现可靠的microRNA生物成像 | NA | 开发一种可靠的细胞内microRNA成像方法，以区分癌细胞和正常细胞 | 细胞microRNA | 生物技术 | 癌症 | DNA电路、杂交链反应（HCR） | NA | 生物分子数据 | NA |
| 38 | 2025-06-04 |
Entropy-driven DNA circuit induced rolling circle transcription generates fluorescent light-up RNA aptamer for one-pot and label-free detection of miRNA-133a
2025-Nov-01, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2025.128173
PMID:40262346
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research paper | 该研究构建了一种基于熵驱动DNA电路和滚环转录的级联扩增策略，用于一锅无标记检测miRNA-133a | 结合熵驱动DNA电路和滚环转录技术，生成重复的荧光RNA适配体，实现高灵敏度和高选择性的miRNA检测 | 未提及在实际临床样本中的大规模验证 | 开发一种高灵敏度、高选择性的miRNA-133a检测方法，用于急性心肌梗死的早期诊断 | miRNA-133a | 分子诊断 | 心血管疾病 | 熵驱动DNA电路(EDC), 滚环转录(RCT) | NA | 荧光信号 | 线性范围50 pM至50 nM，检测限38.3 pM |
| 39 | 2025-06-04 |
Dual-Signal Probing of Molecular Subtypes of Breast Cancer: Synergistic Chirality and Charge-Transfer Effect Enable Enhanced Accuracy
2025-Jun-03, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c01620
PMID:40388600
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研究论文 | 本研究利用DNA纳米技术构建了一种双信号探测系统，用于乳腺癌分子亚型的快速准确分类 | 通过结合手性和电荷转移效应的协同作用，提高了检测准确性，并实现了在1小时内快速检测关键生物标志物 | NA | 开发一种快速、简单的乳腺癌分子亚型检测方法 | 乳腺癌分子亚型 | DNA纳米技术 | 乳腺癌 | DNA纳米技术、光谱测量 | NA | 光学信号(圆二色性和荧光) | NA |
| 40 | 2025-06-04 |
Exploring potential biosafety implications in DNA information storage
2025-Apr, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2025.03.006
PMID:40453469
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研究论文 | 本研究评估了五种代表性DNA存储编码方法的生物安全风险，分析了它们与自然生物DNA的序列相似性 | 首次系统地评估了DNA信息存储中人工合成DNA序列的生物安全风险，并提出了缓解潜在风险的随机化策略 | 研究仅评估了五种编码方法，可能未涵盖所有潜在风险 | 评估DNA信息存储技术的生物安全风险 | 五种DNA存储编码方法（Church、Goldman、DNA Fountain、Grass和MT编码） | 合成生物学 | NA | Kraken2分类、BLASTn比对分析 | NA | DNA序列数据 | 五种代表性DNA存储编码方法 |