生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-05	High-Risk Sequence Prediction Model in DNA Storage: The LQSF Method 2025-Jan, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3424576 PMID:38976468	研究论文	本文介绍了一种名为低质量序列过滤器（LQSF）的创新方法，用于DNA存储中的高风险序列预测，通过深度学习模型提高序列过滤效率	LQSF方法首次在DNA存储技术中引入了主动序列过滤，利用深度学习模型在编码阶段预测高风险序列，显著提高了错误校正的效率和准确性	尽管LQSF方法在多个数据集上表现出色，但其在不同类型DNA存储应用中的普适性仍需进一步验证	提高DNA存储技术中的序列过滤效率和错误校正能力	DNA存储中的序列数据	机器学习	NA	深度学习	Alexnet, VGG16, VGG19	序列数据	多个数据集，具体样本数量未明确
22	2025-03-05	Biotechnological tools boost the functional diversity of DNA-based data storage systems 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.02.002 PMID:40027441	研究论文	本文总结了生物技术工具如何基于DNA分子的序列特异性、封装和高维结构，促进DNA数据存储系统中各种功能的实现	探讨了生物技术工具在DNA数据存储系统中的创新应用，包括随机访问、搜索和数据操作等功能	使用生化反应限制了更精确和高效信息存储系统的发展	研究DNA数据存储系统的功能多样性和效率提升	DNA分子及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	DNA序列特异性、封装、高维结构	NA	DNA数据	NA
23	2025-03-05	What does a consent conversation for whole genome sequencing look like in the NHS Genomic Medicine Service? An observational study 2024-Nov-26, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01749-x PMID:39592828	研究论文	本文通过观察研究，探讨了英格兰基因组医学服务中全基因组测序（WGS）的同意对话内容	首次通过音频记录和分析，揭示了WGS同意对话的实际内容和结构，特别是在罕见病儿童父母与医疗专业人员之间的对话	研究样本量较小（n=26），且仅限于英格兰的七个NHS信托机构，可能无法全面反映所有情况	了解英格兰基因组医学服务中全基因组测序的同意对话内容和结构	罕见病儿童父母与医疗专业人员之间的同意对话	基因组医学	罕见病	全基因组测序（WGS）	NA	音频记录	26次同意对话
24	2025-03-01	CRISPR-Cas12a-Assisted DNA Circuit for Nonmicroscopic Detection of Cell Surface Receptor Clustering 2025-Feb-28, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.4c02770 PMID:39924908	研究论文	本文设计了一种基于CRISPR-Cas12a的DNA电路，用于非显微镜检测细胞表面受体聚集事件	提出了一种不依赖显微镜的检测方法，通过将局部蛋白质-蛋白质相互作用转化为DNA条形码，并利用Cas12a进行信号生成	实验中发现了一些泄漏反应，并进行了最小化处理	开发一种非显微镜依赖的方法来检测细胞表面受体聚集事件	人类乳腺癌细胞系模型中的HER2同源二聚体和与HER1、HER3的异源二聚体	生物技术	乳腺癌	CRISPR-Cas12a, DNA电路	NA	DNA条形码	人类乳腺癌细胞系模型
25	2025-03-01	Three-Point-Star Deoxyribonucleic Acid Tiles with the Core Arm Length at Three Half-Turns for Two-Dimensional Archimedean Tilings and Beyond 2024-05-14, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acs.langmuir.4c00985 PMID:38686650	研究论文	本文报道了使用新型三点星DNA瓦片构建二维阿基米德镶嵌图案及复杂镶嵌图案的研究	提出了一种新型三点星DNA瓦片（3PSO），并通过与四点星DNA瓦片（4PSO）和两点星DNA瓦片（2PSO）的组合，实现了复杂的镶嵌图案	未明确提及研究的局限性	探索DNA瓦片在纳米制造、纳米电子学、纳米光子学、生物医学传感、药物递送和治疗等领域的应用	三点星DNA瓦片（3PSO）及其与四点星DNA瓦片（4PSO）和两点星DNA瓦片（2PSO）的组合	纳米技术	NA	DNA自组装技术	NA	NA	NA
26	2025-02-26	Molecular Circuit-Controlled Nanoparticle Folders for Programmable DNA Information Access 2025-Feb-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c13882 PMID:39945285	研究论文	本文提出了一种可编程的DNA数据访问策略，通过DNAzyme电路控制的纳米粒子文件夹实现特定信息的操作	创新点在于使用DNAzyme电路控制的纳米粒子文件夹进行动态和可编程的数据访问，超越了传统的PCR和DNA杂交方法	未明确提及具体限制	研究目的是开发一种高效、准确的DNA数据访问方法，以提升分子数据读取的效率和准确性	研究对象是DNA数据存储和访问技术	分子计算	NA	DNAzyme电路	NA	DNA数据	未明确提及样本数量
27	2025-02-26	Ultrafast and Accurate DNA Storage and Reading Integrated System Via Microfluidic Magnetic Beads Polymerase Chain Reaction 2025-Feb-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c17817 PMID:39946680	研究论文	本研究构建了一种基于自制微流控PCR和DNA磁珠的集成系统，用于快速、准确且可重复的DNA存储和读取	开发了一种名为MMBP的自制微流控PCR和DNA磁珠系统，具有时间短、偏差低的优势，能够更快速、更准确地读取信息，并在较低的测序深度下实现	尚未与DNA电化学合成集成，未来需要开发便携式微流控设备以实现DNA合成-保存-读取的一体化	解决大数据时代电子信息技术面临的存储和管理海量数据的困境，实现高效可靠的DNA存储和读取	DNA存储和读取系统	生物信息学	NA	微流控PCR, DNA磁珠	NA	DNA序列数据	NA
28	2025-02-25	Photomodulated Transient Catalytic Constitutional Dynamic Networks and Reaction Circuits 2025-Feb-24, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202420787 PMID:39757120	研究论文	本文介绍了一种通过光调控动态瞬态DNA反应电路和网络的方法	该方法结合了光响应性o-硝基苄基磷酸酯笼状DNA发夹与“静默”反应模块，实现了对DNA电路/网络动态瞬态操作的光调控	NA	研究目的是开发一种光调控动态瞬态DNA反应电路和网络的方法	研究对象是DNA反应电路和网络	生物化学	NA	光调控技术	计算动力学模型	实验数据	NA
29	2025-02-25	Integrating an entropy-driven DNA circuit with a tetrahedral scaffold as a generic in situ electrochemical biosensor for amplified detection of microRNAs 2025-Feb-24, The Analyst DOI:10.1039/d4an01528b PMID:39925032	研究论文	本文提出了一种通用的电化学生物传感器，通过将熵驱动DNA电路（EDC）与四面体支架合理整合，用于敏感和有效地检测与致癌相关的miRNAs	本工作的关键进展是直接在电极表面实现了四面体DNA纳米结构（TDNs）作为EDC的支架和底物，增强了杂交效率并促进了EDC内的结构相互作用，实现了与均相液相反应相当的性能	NA	开发一种高度敏感和可靠的分析方法，用于检测与致癌相关的miRNAs	与致癌相关的miRNAs	生物传感器	癌症	电化学生物传感器，熵驱动DNA电路（EDC），四面体DNA纳米结构（TDNs）	NA	电化学信号	使用B[]PDE暴露的细胞衍生的生物样本进行验证
30	2025-02-23	Programming and monitoring surface-confined DNA computing 2024-02, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2023.107080 PMID:38183684	综述	本文系统回顾了基于表面的DNA计算系统的计算生物分子相互作用及其操作方法，并描述了这些系统的监测技术和应用	本文详细探讨了表面限制的DNA计算系统相较于溶液基系统的优势，如更高的特异性和计算速度	讨论了表面限制DNA计算的优势和挑战，但未具体指出其局限性	探讨基于表面的DNA计算系统的计算生物分子相互作用及其应用	DNA origamis、纳米颗粒、脂质膜和芯片等表面限制的DNA计算系统	分子计算	NA	DNA计算	NA	NA	NA
31	2025-02-21	Flow Cytometry Sorting for Random Access in DNA Data Storage: Encapsulation for Enhanced Stability and Sequence Integrity of DNA 2024-10-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c04637 PMID:39319639	研究论文	本研究开发了一种利用流式细胞术分选技术保护和检索DNA存储过程中数据的方法，通过封装荧光DNA微粒增强其稳定性和序列完整性	采用流式细胞术分选技术实现DNA数据存储中的随机访问，并通过层层自组装封装荧光DNA微粒以增强其稳定性和序列完整性	未提及具体的数据存储容量和长期稳定性测试的时间范围	提高DNA数据存储的长期稳定性和随机读取能力	荧光DNA微粒	DNA数据存储	NA	流式细胞术分选（FCS），层层自组装	NA	DNA数据	未提及具体样本数量
32	2025-02-21	Titanium Carbide-Based Spatiotemporally Selectable-Activated Entropy-Driven DNA Nanoplatform for Amplified MicroRNA Imaging and Photothermal Therapy In Vivo 2024-10-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03628 PMID:39342508	研究论文	本文介绍了一种基于碳化钛的时空选择性激活熵驱动DNA纳米平台，用于体内微RNA成像和光热治疗	该平台通过近红外激光功率的变化实现时空控制的miRNA-21成像和成像引导的光热治疗，创新性地结合了光热转换和熵驱动链置换反应	NA	开发一种能够实现时空选择性miRNA成像和成像引导治疗的纳米诊疗平台，用于精确癌症诊断和高效治疗	miRNA-21	生物医学工程	癌症	光热转换技术、熵驱动链置换反应	NA	荧光信号	NA
33	2025-02-19	Performance of cellulose-based card for direct genetic testing of spinal muscular atrophy 2025-Feb-14, BMC biotechnology IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12896-024-00938-2 PMID:39953527	研究论文	本文开发了一种基于纤维素的卡片，用于脊髓性肌萎缩症（SMA）的直接基因检测，并验证了其性能	开发了一种新型的基于纤维素的卡片，作为DBS制备的替代滤纸，适用于SMA的基因检测，包括直接PCR-RFLP和多重等位基因特异性扩增（multi-ASA）	研究主要针对印度尼西亚等发展中国家，可能在其他地区的适用性需要进一步验证	开发一种适用于SMA基因检测的纤维素基卡片，以替代标准滤纸	脊髓性肌萎缩症（SMA）患者	基因检测	脊髓性肌萎缩症	直接PCR-RFLP、多重等位基因特异性扩增（multi-ASA）	NA	血液样本	NA
34	2025-02-19	Proton Pump Inhibitor Omeprazole Alters the Spiking Characteristics of Proteinoids 2025-Feb-11, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.4c10790 PMID:39959035	研究论文	本研究揭示了质子泵抑制剂奥美拉唑对蛋白质体放电行为的显著影响，为非常规计算领域带来了变革性的转变	通过应用不同浓度的奥美拉唑，观察到蛋白质体放电特性的显著改变，包括幅度、频率和时间模式的显著变化，揭示了蛋白质体作为非常规计算基础的未开发潜力	NA	探索奥美拉唑对蛋白质体放电行为的影响及其在非常规计算中的应用	蛋白质体和奥美拉唑	生物电子学	NA	布尔逻辑技术	NA	NA	NA
35	2025-02-07	Data Readout Techniques for DNA-Based Information Storage 2025-Feb-05, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202412926 PMID:39910849	综述	本文综述了DNA信息存储中的数据读出技术，包括序列和结构两种主要存储单元及其对应的读出方法，并讨论了该领域的局限性和挑战	系统性地介绍了DNA数据存储系统中的读出技术，特别是存储系统设计与读出技术选择之间的关联	缺乏对DNA数据存储系统中读出技术的系统性讨论，尤其是在存储系统设计与读出技术选择之间的关联方面	探讨DNA信息存储中的数据读出技术及其发展	DNA数据存储系统中的读出技术	生物信息学	NA	测序和非测序方法	NA	DNA序列和结构	NA
36	2025-02-07	A practical DNA data storage using an expanded alphabet introducing 5-methylcytosine 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.147 PMID:39906332	研究论文	本文介绍了一种基于扩展分子字母表的实用DNA数据存储转码方案R+，该方案引入了5-甲基胞嘧啶（5mC）	提出了使用5-甲基胞嘧啶（5mC）作为扩展分子字母表的一部分，以提高DNA数据存储的信息密度	非天然DNA序列的合成及其复杂结构带来的挑战	验证5mC在DNA存储系统中的实用性	DNA数据存储	生物信息学	NA	纳米孔测序	NA	DNA序列	多个1.3∼1.6 kbps的DNA片段
37	2025-02-04	Construction of a hierarchical DNA circuit for single-molecule profiling of locus-specific N6-methyladenosine-MALAT1 in clinical tissues 2025-Jan-28, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117198 PMID:39893948	研究论文	本文首次构建了一种分层DNA电路，用于临床组织中特定位置N6-甲基腺苷（mA）-MALAT1的单分子分析	首次构建分层DNA电路用于单分子分析，具有阿摩尔级灵敏度和7个数量级的动态范围	未提及具体局限性	开发新方法以准确和敏感地分析RNA中特定位置的mA修饰	临床组织中的mA-MALAT1	分子生物学	肺癌	分层DNA电路，单分子检测	NA	分子数据	多种癌细胞和乳腺癌患者及健康个体的样本
38	2025-01-31	Not all is lost: resilience of microbiome samples to freezer failures and long-term storage 2025-Jan-28, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00603-24 PMID:39704536	研究论文	本文研究了冷冻故障和长期存储对土壤样本微生物组的影响，评估了样本解冻后的恢复能力	揭示了真菌丰富度和细菌及真菌β多样性对土壤样本解冻和长期冷冻存储的显著恢复能力，并比较了不同存储方法的有效性	研究仅针对土壤样本，未涉及其他类型的微生物组样本	评估冷冻故障和长期存储对微生物组样本的影响，比较不同存储方法的有效性	土壤样本中的细菌和真菌	微生物组研究	NA	Illumina MiSeq测序	NA	DNA序列数据	未明确提及具体样本数量
39	2025-01-24	Bead-Based DNA Synthesis and Sequencing for Integrated Data Storage Using Digital Microfluidics 2025-Jan-21, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202416004 PMID:39606901	研究论文	本研究开发了一种基于数字微流控技术的紧凑型DNA数据存储管道，实现了从合成到测序的整个流程	利用200纳米磁珠进行基于磷酸酰胺化学的DNA合成，并通过三酶级联反应的化学发光信号进行测序，显著提高了存储速度和精度	目前仅作为概念验证试验，存储容量和速度仍需进一步优化	开发一种高保真、全集成且成本效益高的DNA数据存储系统	DNA数据存储系统	数字微流控技术	NA	磷酸酰胺化学、三酶级联反应、Huffman编码算法、Reed-Solomon纠错	NA	DNA序列数据	8字节数据
40	2025-01-22	Redox-stimulated catalytic DNA circuit for high-fidelity imaging of microRNA and in situ interpretation of the relevant regulatory pathway 2025-Mar-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2024.117109 PMID:39756268	研究论文	本文提出了一种基于谷胱甘肽（GSH）激活的DNA电路，用于实现空间选择性microRNA成像，并通过非酶催化信号放大程序提高传感性能	通过将二硫键整合到预密封的核酸探针中，有效改善了电路泄漏问题，实现了高保真度的microRNA成像和相关调控通路的原位解释	该方法在目标癌细胞中依赖于高浓度的GSH和miR-21，可能限制了其在其他细胞类型或低浓度生物分子环境中的应用	开发一种高保真度的microRNA成像方法，并探索GSH与miR-21之间的相关性	癌细胞中的microRNA（miR-21）和谷胱甘肽（GSH）	生物化学	癌症	DNA电路技术	NA	生物分子数据	NA