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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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601 | 2024-08-07 |
Forecast calls for clouds over biological computing
2010-Jan, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/nm0110-6a
PMID:20057394
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
602 | 2024-08-07 |
Solving the fully-connected 15-city TSP using probabilistic DNA computing
2009-Mar, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1039/b821735c
PMID:20023738
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研究论文 | 本文展示了如何使用合理的DNA量、更高的效率和准确性以及一种新的读出方法来执行计算,成功解决了具有15个顶点和210条边的最大DNA计算问题 | 本文提出了一种新的读出方法,提高了DNA计算的效率和准确性 | NA | 展示如何克服DNA计算的技术限制,实现更高效和准确的计算 | 完全连接的15城市旅行商问题(TSP) | NA | NA | DNA计算 | NA | NA | 15个顶点和210条边的问题 |
603 | 2024-08-07 |
Green technologies for room temperature nucleic acid storage
2010, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
PMID:19801719
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研究论文 | 本研究评估了两种新型技术在室温下存储DNA的完整性和质量,并与-20°C冷冻存储进行了比较 | 介绍了两种新型核酸稳定技术,能够在室温下以成本效益高、环境友好的方式存储DNA和RNA | NA | 评估新型核酸稳定技术在室温下存储DNA和RNA的效果 | DNA和RNA的存储完整性和质量 | NA | NA | PCR, DNA测序, SNP微阵列, 定量逆转录PCR | NA | 核酸 | 具体样本数量未提及 |
604 | 2024-08-07 |
A splicing model-based DNA-computing approach on microfluidic chip
2009-Oct, Electrophoresis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/elps.200900323
PMID:19798677
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研究论文 | 本文提出了一种基于微流控芯片的拼接模型DNA计算方法 | 首次在微流控芯片上实现了基于拼接模型的DNA计算,并应用有限自动机进行等腰三角形的模式识别 | NA | 开发一种高效、可控且易于集成的DNA计算方法,为未来构建完整的生物分子计算机铺平道路 | 基于DNA生物化学反应的计算形式,特别是拼接计算模型 | 生物计算 | NA | DNA消化、连接、分离和检测 | 有限自动机 | DNA | 两个输入符号(a, b)和三个状态(S0, S1, S2) |
605 | 2024-08-07 |
CANADA: designing nucleic acid sequences for nanobiotechnology applications
2010-Feb, Journal of computational chemistry
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/jcc.21353
PMID:19530109
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研究论文 | 本文介绍了CANADA软件包,用于设计满足特定和高效杂交要求的核酸序列,适用于DNA计算和基于DNA的纳米技术应用 | CANADA软件包提供了设计、分析和处理核酸序列的工具,这些工具对于DNA计算和纳米技术应用至关重要 | NA | 开发用于设计核酸序列的软件工具,以支持DNA计算和纳米技术应用 | 核酸序列的设计和优化 | NA | NA | NA | NA | 序列数据 | NA |
606 | 2024-08-07 |
Network inference by combining biologically motivated regulatory constraints with penalized regression
2009-Mar, Annals of the New York Academy of Sciences
IF:4.1Q1
DOI:10.1111/j.1749-6632.2008.03751.x
PMID:19348637
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研究论文 | 本文通过结合生物学启发的调控约束与惩罚回归,扩展并测试了惩罚回归方案,以重建生物分子网络 | 提出了一个新的扩展方法,即在重建网络中加入生物约束,要求出链具有相同的调控符号 | 线性模型不足以涵盖大多数复杂行为,主要适用于接近稳态的系统 | 改进生物分子网络的重建性能 | 生物分子网络的重建算法 | 计算系统生物学 | NA | 惩罚回归 | 线性模型 | mRNA或蛋白质丰度测量 | 数据来自模拟和真实qPCR测量 |
607 | 2024-08-07 |
A review of prenatally detected femoral abnormalities
2009-Jul, Clinical dysmorphology
IF:0.4Q4
DOI:10.1097/MCD.0b013e32832443b1
PMID:19339877
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综述 | 本文综述了在产前检测到的股骨异常的管理和结果 | 提出了多学科团队方法,包括胎儿医学、遗传学、儿科放射学和病理学,以促进准确的诊断和适当的咨询 | 在分娩前很难达到正确的诊断,且家庭对不确定性的程度感到困难 | 评估产前检测到股骨异常的胎儿在三级护理胎儿医学单位的管理和结果 | 产前检测到股骨异常的胎儿及其家庭 | NA | NA | NA | NA | NA | 41例病例 |
608 | 2024-08-07 |
Deconstructing the core dynamics from a complex time-lagged regulatory biological circuit
2009-Mar, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/iet-syb.2007.0028
PMID:19292565
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研究论文 | 本文通过简化生物条件,利用动态模块识别和模型简化方法,分析了一个蛋白质-蛋白质网络的动态非线性计算模型中的周期性振荡 | 首次通过引入显式时间延迟和使用'撕裂-放大'方法,将系统简化为一个包含两个变量的分段线性系统,从而能够分析和证明系统稳定性的全局条件 | NA | 理解复杂生物调控网络的动态规律 | 蛋白质-蛋白质网络的动态模型 | 计算生物学 | NA | NA | 非线性计算模型 | NA | NA |
609 | 2024-08-07 |
System identification: DNA computing approach
2009-Jul, ISA transactions
IF:6.3Q1
DOI:10.1016/j.isatra.2009.01.006
PMID:19249778
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研究论文 | 提出了一种基于电子-离子相互作用势(EIIP)解码方案的DNA计算算法(DNACA),用于识别一类传递函数 | DNACA包括酶和病毒操作符,提供了一个高度模块化、灵活和准确的自组织结构环境 | NA | 识别一类传递函数 | DNA计算算法及其性能 | 计算生物学 | NA | DNA计算 | 遗传算法 | 函数 | 基于De Jong的测试函数进行模拟研究 |
610 | 2024-08-07 |
The role of predictive modelling in rationally re-engineering biological systems
2009-04, Nature reviews. Microbiology
DOI:10.1038/nrmicro2107
PMID:19252506
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综述 | 本文综述了预测建模在合理重构生物系统中的作用,并探讨了系统生物学与合成生物学融合的可能途径 | NA | NA | 探讨系统生物学与合成生物学融合的可能途径 | 生物系统的重构与优化 | 系统生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
611 | 2024-08-07 |
Production of random DNA oligomers for scalable DNA computing
2009-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.200800224
PMID:19156734
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研究论文 | 本文介绍了一种基于PCR扩增少量随机模板序列来生产大量不同DNA寡聚物的新方法 | 提出了一种利用PCR技术扩增随机模板序列以生成大量不同DNA寡聚物的方法 | NA | 开发一种经济可行的方法来生产大量不同的DNA寡聚物,以支持DNA计算 | DNA寡聚物的自动合成 | 生物技术 | NA | PCR | NA | DNA序列 | 约30种不同的模板分子 |
612 | 2024-08-07 |
A new solution for maximal clique problem based sticker model
2009-Feb, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2008.09.007
PMID:18992786
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研究论文 | 本文利用贴纸构建DNA的最大团问题(MCP)解空间,并在此基础上开发了一种基于贴纸模型的DNA算法 | 提出了一种新的基于贴纸模型的DNA算法来解决最大团问题,并展示了DNA计算解决NP完全问题的能力 | NA | 开发一种新的算法来解决最大团问题 | 最大团问题(MCP) | NA | NA | DNA计算 | 贴纸模型 | DNA | NA |
613 | 2024-08-07 |
Modeling convergent ON and OFF pathways in the early visual system
2008-Nov, Biological cybernetics
IF:1.7Q4
DOI:10.1007/s00422-008-0252-y
PMID:19011919
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研究论文 | 本文探讨了早期视觉系统中ON和OFF通路的收敛模型,并介绍了从实验数据中获取并行滤波器集的具体技术 | 提出了使用多个并行滤波器来调整线性-非线性(LN)模型,以更好地捕捉生物电路结构的响应特征 | NA | 理解感觉系统中单个神经元的计算和功能,以及感觉刺激与神经元响应之间的关系 | 早期视觉系统中的神经元响应模型 | 计算机视觉 | NA | 线性-非线性(LN)模型 | 并行滤波器模型 | 实验数据 | NA |
614 | 2024-08-07 |
DNA computing, computation complexity and problem of biological evolution rate
2008-Dec, Acta biotheoretica
IF:1.4Q4
DOI:10.1007/s10441-008-9055-8
PMID:18787960
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研究论文 | 本文探讨了生物进化与复杂计算问题之间的类比,并指出在没有先验信息的情况下,这类问题属于NP类,无法在多项式步骤内解决 | 提出了对进化机制的重新审视,并讨论了确定性进化方法的想法 | NA | 探讨生物进化与计算复杂性问题之间的关系 | 生物进化与复杂计算问题 | 计算生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
615 | 2024-08-07 |
Autonomous DNA computing machine based on photochemical gate transition
2008-Aug-06, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/ja802583z
PMID:18613667
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研究论文 | 本文报道了一种基于光化学门转换的自主DNA计算机的构建,并使用该机器进行了二进制数字加法运算 | 该系统利用光化学DNA操作,通过一次性366 nm照射在单一试管中自主完成二进制数字加法,并通过DNA芯片的荧光读出验证了结果的准确性 | NA | 开发一种基于光化学门转换的自主DNA计算机器,并验证其在二进制数字加法中的应用 | 自主DNA计算机器及其在二进制数字加法中的应用 | NA | NA | 光化学DNA操作(光裂解、杂交和光连接) | NA | DNA | 单一试管中的DNA样本 |
616 | 2024-08-07 |
DNA solution based on sequence alignment to the Minimum Spanning Tree problem
2008, International journal of bioinformatics research and applications
DOI:10.1504/IJBRA.2008.018345
PMID:18490262
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研究论文 | 本文将序列比对引入DNA计算领域,提出互补比对和反向互补比对的定义,给出计算互补比对和反向互补比对得分的方法,并通过反向互补比对设计了一种DNA编码方法和相应的DNA算法来解决最小生成树(MST)问题 | 本文的创新点在于将序列比对技术应用于DNA计算,扩展了DNA计算解决优化问题的范围 | NA | 研究目的是将序列比对技术应用于DNA计算,解决最小生成树问题 | 研究对象是DNA序列及其互补序列的比对 | 生物信息学 | NA | 序列比对 | NA | DNA序列 | NA |
617 | 2024-08-07 |
Participant characteristics that influence consent for genetic research in a population-based survey: the Baltimore epidemiologic catchment area follow-up
2008, Community genetics
DOI:10.1159/000113880
PMID:18376114
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研究论文 | 本研究旨在探讨社会人口统计和健康特征对参与纵向社区调查者捐赠DNA样本及同意测试和长期存储该样本意愿的影响 | 研究揭示了影响捐赠生物样本意愿与同意遗传测试或存储样本意愿的不同因素 | NA | 调查社会人口统计和健康特征对捐赠DNA样本及同意测试和长期存储意愿的影响 | 参与纵向社区调查的1,071名参与者 | NA | NA | NA | NA | NA | 1,071名参与者中,83%同意捐赠生物样本 |
618 | 2024-08-07 |
OptCircuit: an optimization based method for computational design of genetic circuits
2008-Mar-03, BMC systems biology
DOI:10.1186/1752-0509-2-24
PMID:18315885
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研究论文 | 本文介绍了OptCircuit,一种基于优化的框架,用于自动识别满足特定功能的遗传电路组件及其连接方式 | OptCircuit框架能够自动识别电路组件及其连接方式,以实现所需功能,并且能够设计出超越传统数字逻辑设计原则的电路配置 | 目前遗传电路元素间的相互作用使用确定性常微分方程建模,未来可能需要考虑更复杂的随机模拟 | 开发一种基于优化的方法,用于计算设计遗传电路 | 遗传电路的设计及其组件的优化选择 | 生物工程 | NA | 优化方法 | 常微分方程 | 文本 | NA |
619 | 2024-08-07 |
Spontaneous deadlock breaking on amoeba-based neurocomputer
2008-Jan, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2007.08.004
PMID:17889990
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研究论文 | 本文研究了基于变形虫的神经计算机如何自发地打破死锁情况 | 利用变形虫细胞膜的自发振荡产生多种时空模式来解决死锁问题 | NA | 探索生物计算范式与人工计算范式的本质差异 | 基于变形虫的神经计算机及其在死锁情况下的表现 | 计算机视觉 | NA | 光学反馈控制 | 循环神经网络 | 细胞信息处理 | 单个光敏变形虫细胞 |
620 | 2024-08-07 |
An evolutionary Monte Carlo algorithm for predicting DNA hybridization
2008-Jan, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2007.07.005
PMID:17897776
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research paper | 本文提出了一种基于群体的蒙特卡罗算法,用于模拟反应DNA分子的微观模型,以预测DNA杂交反应。 | 该算法使用DNA分子的两个基本热力学量:结合的DNA链的结合能和未结合链的熵,来模拟微观模型。 | NA | 开发一种新的算法来预测DNA杂交反应,并验证其在逻辑推理问题中的应用。 | DNA杂交反应及其在DNA计算、DNA纳米组装和DNA生物芯片等技术中的应用。 | NA | NA | 蒙特卡罗算法 | NA | NA | NA |