生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 779 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-07-17 |
Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids
2025-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02388-9
PMID:39294394
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研究论文 | 本文发现噬菌体λ外切酶（λExo）与5'-磷酸化单链DNA（pDNA）结合后，可在不需要PAM序列的情况下特异性识别双链核酸，并具有高序列特异性和低脱靶效应 | 发现了λExo-pDNA系统可在无PAM序列依赖的情况下特异性结合并消化双链核酸，拓宽了靶标范围并减少了脱靶效应 | NA | 开发一种不依赖PAM序列的双链核酸识别工具，用于分子诊断、DNA计算和基因成像 | 双链DNA（dsDNA）和DNA-RNA双链体 | 分子生物学 | NA | 单分子荧光共振能量转移分析（smFRET） | NA | 核酸序列数据 | NA |
| 2 | 2025-07-16 |
Inverted Molecular Beacons as Reaction-Based Hybridization Probes for Small-Molecule Activation by Nucleic Acid Inputs
2025-Jul-15, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.5c00333
PMID:40662663
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的核酸杂交探针，能够在存在未修饰的核酸输入分子时通过模板诱导的近端反应激活小分子 | 提出了一种新型的发夹形成核酸报告探针，利用模板诱导的近端反应性在未修饰的核酸输入分子存在时激活小分子 | 已发表的报告门设计由两个独立的化学修饰寡核苷酸组成，在设计上游电路时需要考虑这一点 | 扩展DNA计算的实用性，通过提供化学反应作为最终输出 | 核酸杂交探针和小分子激活 | 分子计算 | NA | 逆电子需求Diels-Alder反应 | NA | NA | NA |
| 3 | 2025-07-10 |
in situ Transformation of Information Into DNA Storage With Microfluidic Very Large-Scale Integration Platform
2025-Jul, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202412225
PMID:40317885
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research paper | 介绍了一种新型的高通量原位DNA写入策略，使用微流控超大规模集成（VLSI）芯片，灵感来源于动态随机存取存储器（DRAM）架构 | 提出了一种基于微流控VLSI芯片的高通量原位DNA写入策略，实现了快速编码和解码DNA数据 | 目前仅为概念验证阶段，尚未大规模应用 | 开发高效、快速且便携的DNA数据存储和基因合成方法 | DNA数据存储技术 | 生物技术 | NA | 微流控VLSI技术、OE-PCR、下一代测序 | NA | 二进制数据 | 2304位数据在4小时内编码 |
| 4 | 2025-07-09 |
Scaling the High-Yield Potential of Large-Scale DNA Data Storage with Cap-Free DNA Synthesis
2025-Jul-04, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00175
PMID:40611637
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research paper | 本研究提出了一种新型无帽高产量合成（HYCFS）策略，以克服传统固相亚磷酰胺化学在合成长度和产量上的限制 | 开发了一种无帽高产量合成（HYCFS）策略，显著提高了DNA合成的有效序列产量，并预测在大规模数据存储应用中表现更优 | 研究主要基于理论模型和标准DNA存储工作流程评估，实际大规模应用效果尚需进一步验证 | 提高DNA数据存储的产量和降低成本，推动大规模DNA数据存储技术的发展 | DNA合成技术及其在数据存储中的应用 | DNA数据存储 | NA | 无帽高产量合成（HYCFS）策略 | 理论产品预测模型 | DNA序列数据 | NA |
| 5 | 2025-07-05 |
Predict the degree of secondary structures of the encoding sequences in DNA storage by deep learning model
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05717-3
PMID:40596218
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research paper | 该研究利用BiLSTM-Transformer模型结合k-mer嵌入预测DNA存储中编码序列的二级结构自由能，以筛选高风险序列 | 提出结合BiLSTM-Transformer模型与k-mer嵌入的方法，有效预测DNA序列的自由能并筛选高风险二级结构序列 | 未提及模型在更大规模或多样化DNA存储数据集上的泛化能力 | 解决DNA存储中二级结构对合成、PCR扩增和测序过程的干扰问题 | DNA存储中的编码序列 | machine learning | NA | k-mer嵌入 | BiLSTM-Transformer | DNA序列数据 | 未明确提及具体样本量，但包含模拟数据和真实数据集应用 |
| 6 | 2025-07-04 |
A hybridization chain reaction-based electrochemical sensor for rapid detection of respiratory pathogens
2025-Jul-03, Analytical methods : advancing methods and applications
IF:2.7Q1
DOI:10.1039/d5ay00418g
PMID:40557701
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研究论文 | 本文报道了一种基于杂交链式反应的电化学传感器，用于快速检测呼吸道病原体 | 开发了一种新型传感器平台，结合串联DNA电路和修饰电极，实现了长序列核酸的高效快速检测，并通过引入拥挤剂显著缩短反应时间 | 虽然传感器性能优越，但未在临床样本中进行大规模验证 | 开发高性能电化学传感器用于呼吸道病原体诊断 | 呼吸道病原体的长序列核酸 | 生物传感器 | 呼吸道感染 | 杂交链式反应(HCR)、电化学检测 | NA | 电化学信号 | 未明确说明临床样本数量 |
| 7 | 2025-07-03 |
Do we need a standardized 16S rRNA gene amplicon sequencing analysis protocol for poultry microbiota research?
2025-Jul, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105242
PMID:40334389
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review | 本文探讨了在家禽微生物群研究中是否需要标准化的16S rRNA基因扩增子测序分析协议 | 提出了开发从样本收集到数据存储的16S rRNA基因测序指南，以实现跨研究的数据可比性 | 当前家禽16S rRNA基因测序研究中实验设计和DNA处理方法报告不足，导致结果难以重现和比较 | 评估和改善家禽微生物群研究的16S rRNA基因分析方法的标准化 | 家禽胃肠道微生物群 | 微生物组学 | NA | 16S rRNA基因扩增子测序 | NA | 基因序列数据 | NA |
| 8 | 2025-07-02 |
Transferring the released component of Z-scheme heterojunction onto opposite photoelectrode: A dual-electrode-cooperating signal amplification strategy in photo fuel cell for self-powered biosensing
2025-Jun-25, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.117732
PMID:40580740
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研究论文 | 本文开发了一种双电极协同信号放大模式，通过将Z型异质结的释放组分转移到相对光电极上，并与DNA熵驱动放大设计结合，用于超灵敏自供电光电化学生物传感器（SPECs）的生物分析 | 提出了一种新颖的双电极协同信号放大策略，通过转移Z型异质结的释放组分到相对光电极上，结合DNA熵驱动放大设计，实现了SPECs的级联信号放大 | NA | 开发一种新型信号放大策略，用于提高自供电光电化学生物传感器的灵敏度 | microRNA-155作为模型分析物 | 生物传感器 | NA | DNA熵驱动放大设计，光电化学技术 | NA | NA | NA |
| 9 | 2025-06-30 |
Light-Triggered Phase Separation for Enhanced DNA Computing
2025-Jun-04, ChemPlusChem
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/cplu.202500074
PMID:40464587
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研究论文 | 本文介绍了一种利用光触发相分离增强DNA计算速度的新方法 | 首次将光开关相分离技术应用于DNA计算系统，显著提高了计算速度 | 未讨论该方法在不同环境条件下的稳定性及长期使用效果 | 提高DNA分子计算系统的运算速度 | DNA计算系统 | 分子计算 | NA | 光开关相分离技术 | NA | 分子数据 | NA |
| 10 | 2025-06-30 |
GC-balanced polar codes correcting insertions, deletions and substitutions for DNA storage
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf278
PMID:40536818
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研究论文 | 提出一种新型GC平衡的极化码方案，用于纠正DNA存储中的插入、删除和替换错误 | 将DNA存储通道的独特特性融入极化码设计，通过将错误建模为漂移向量来提高DNA数据存储的可靠性 | 未提及具体实验验证或实际应用中的性能表现 | 提高DNA存储系统的数据准确性和可靠性 | DNA存储通道中的插入、删除和替换错误 | 数字病理 | NA | 极化码编码与解码算法 | DNA-BP Code | DNA序列数据 | 未提及具体样本量 |
| 11 | 2025-06-27 |
Room temperature storage and shipping of encapsulated synthetic RNAs as quality control materials for SARS-CoV-2 molecular diagnostic assays
2025-09, Journal of virological methods
IF:2.2Q3
DOI:10.1016/j.jviromet.2025.115169
PMID:40288444
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研究论文 | 本文介绍了一种在室温下存储和运输封装合成RNA的方法，用于SARS-CoV-2分子诊断检测的质量控制材料 | 开发了一种在金属胶囊中封装脱水RNA的技术，实现了RNA在室温下的稳定存储和环保运输 | 未提及具体局限性 | 开发稳定的RNA质量控制材料，用于SARS-CoV-2及其他RNA病毒的分子诊断检测 | 封装合成RNA的质量控制材料 | 分子诊断 | COVID-19 | RT-PCR, RT-LAMP | NA | RNA序列数据 | 多个实验室使用不同设备和试剂盒进行验证 |
| 12 | 2025-06-27 |
Family of Mutually Uncorrelated Codes for DNA Storage Address Design
2025-Jul, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3530470
PMID:40030887
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研究论文 | 本文提出了一系列基于k-弱互不相关（k-WMU）编码的方法，用于设计DNA存储的地址序列以提高访问效率 | 结合k-WMU编码和0-m-ruling编码方案，解决了DNA序列在碱基水平上扩展性差的问题，并进一步扩展了具有纠错功能的k-WMU编码 | NA | 提高DNA存储系统中地址序列的质量，以实现准确的随机访问并增强系统的鲁棒性 | DNA存储系统中的地址序列 | DNA存储 | NA | k-弱互不相关（k-WMU）编码，0-m-ruling编码 | NA | DNA序列数据 | NA |
| 13 | 2025-06-27 |
High Fault-Tolerant DNA Image Storage System Based on VAE
2025-Jul, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3544401
PMID:40031865
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研究论文 | 本文设计了一种基于VAE的高容错DNA图像存储系统，用于DNA存储中的图像压缩 | 1) 使用VAE将图像压缩为统一大小的潜在变量块，再通过SVD进一步压缩；2) 对潜在变量块中的浮点数进行量化，并对结果的三元序列应用旋转编码；3) 优化纠错方案以最佳恢复每种类型的错误 | NA | 降低基于DNA存储的图像压缩的错误率 | 图像数据 | 数字病理 | NA | DNA存储 | VAE, SVD | 图像 | NA |
| 14 | 2025-06-27 |
Effective IDS Error Correction Algorithms for DNA Storage Channels With Multiple Output Sequences
2025-Jul, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3558853
PMID:40198284
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研究论文 | 本文研究了DNA数据存储中针对多输出序列的IDS错误校正算法，提出了两种编码方案下的有效解码方法 | 提出了分段渐进匹配(SPM)算法推断共识序列，针对不同内码分别设计了基于隐马尔可夫模型的同步解码算法(SDH)和迭代外部解码(IED)算法，显著降低了误码率 | 未提及算法在极端噪声条件下的表现及实际DNA合成/测序环境中的验证 | 提高DNA数据存储系统的解码准确性和可靠性 | DNA数据存储中的IDS错误校正 | 生物信息学 | NA | DNA合成与测序技术 | 隐马尔可夫模型(HMM), LDPC码 | DNA序列数据 | NA |
| 15 | 2025-06-26 |
Review on Advancement of AI in Synthetic Biology
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4690-8_26
PMID:40553349
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review | 本文综述了人工智能在合成生物学中的进展及其应用 | 探讨了AI在基因组编辑、代谢途径优化和生物电路设计等方面的创新应用 | 存在高质量生物数据集整理不足以及计算与实验科学家之间的跨学科鸿沟等挑战 | 研究人工智能如何推动合成生物学的发展 | 合成生物学中的基因组编辑、代谢途径优化和生物电路设计等 | synthetic biology | NA | deep learning, machine learning | NA | biological datasets | NA |
| 16 | 2025-06-26 |
INNSE: Invertible neural network-based DNA image storage with self-correction encoding
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.003
PMID:40547456
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research paper | 提出了一种基于可逆神经网络的DNA图像存储自校正编码方法（INNSE），以提高编码密度和降低时间复杂性 | 利用神经网络的可逆性对图像和视频数据进行上下采样处理，显著减少数据存储所需的DNA序列数量，并设计了自校正方法在碱基层面实现DNA序列错误校正 | 未提及实际应用中可能遇到的其他类型错误或大规模数据存储的可行性 | 提高DNA存储技术在编码密度、时间复杂性和错误校正能力方面的性能 | 图像和视频数据的DNA存储 | machine learning | NA | DNA存储技术 | invertible neural network | image, video | NA |
| 17 | 2025-06-24 |
Engineered 3D DNA Crystals: A Molecular Design Perspective
2025-Jun, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401455
PMID:39777863
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综述 | 本文综述了工程化3D DNA晶体的分子设计，探讨了其在材料科学中的多种应用 | 通过DNA自下而上的自组装方法，实现了具有高精度和高可编程性的3D DNA晶体 | NA | 探讨工程化3D DNA晶体的分子设计及其在先进材料设计中的应用 | 3D DNA晶体 | 材料科学 | NA | DNA自组装 | NA | NA | NA |
| 18 | 2025-06-12 |
Challenges and opportunities in DNA computing and data storage
2025-Jun, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-025-01937-w
PMID:40494931
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2025-06-19 |
A DNA circuit that records molecular events
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn3329
PMID:38578999
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研究论文 | 开发了一种新型分子事件记录器，能够通过DNA电路记录分子事件的相对发生时间、强度和持续时间 | 利用链置换反应网络和引物交换反应处理信息，并通过DNA测序解码和量化，实现了对分子事件的多参数同时记录 | 在持续时间记录方面的准确率为75%，相对较低 | 开发能够记录分子事件相对发生时间、强度和持续时间的工具 | 分子信号 | 分子生物学 | NA | DNA测序 | NA | DNA序列 | NA |
| 20 | 2025-06-18 |
On-Demand Regulation of Catalytic DNA Circuits Using Phosphorylated Charge Reversal Peptides
2025-Jun-17, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202425113
PMID:40249733
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研究论文 | 本研究开发了一种多功能酶响应肽（ERP），用于高效负载和特异性细胞内递送及释放催化电路探针，通过磷酸化电荷反转过程实现精确的体内microRNA成像 | 首次利用磷酸化电荷反转肽实现催化DNA电路的可控调节，并开发了具有肿瘤细胞主动靶向和磷酸化引导释放功能的多功能肽 | 未提及临床前或临床试验结果，体内应用效果需进一步验证 | 开发安全高效的体内递送系统用于催化DNA电路的调控 | 催化DNA电路和多功能酶响应肽 | 生物传感 | 肿瘤 | 磷酸化电荷反转技术 | NA | 生物分子数据 | 未明确说明样本量 |