生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-03-27	Engineering DNA circuit powered by entropy integrated into robust and elegant photoelectrochemical and photothermal dual-mode biosensing 2025-Mar-25, Analytical and bioanalytical chemistry IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s00216-025-05848-6 PMID:40131437	research paper	开发了一种基于熵驱动DNA电路的光电化学和光热双模式生物传感器，用于检测microRNA-221	创新的熵驱动DNA电路设计，不仅将输出DNA产量翻倍，还显著提高了传感器灵敏度，同时通过目标触发的EDC扩增策略有效减少了反应步骤的可逆性，增强了特异性和稳定性	NA	开发一种具有自验证检测结果能力的双信号模式传感器，提高检测的准确性和可靠性	microRNA-221	生物传感	NA	光电化学(PEC)和光热(PT)双模式检测	NA	NA	NA
2	2025-03-26	Localized DNA Logic Circuit Equipped with Cascade Amplifiers for Precise Identification of Cancer Cells 2025-Mar-25, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.5c00247 PMID:40091166	研究论文	本文构建了一种配备级联放大器的局部DNA逻辑电路（LDC），用于精确识别癌细胞	通过引入Y形AND门电路模块和三个发夹放大器模块到DNA四面体中，构建了具有级联放大功能的局部DNA电路，显著提高了检测灵敏度	NA	开发高灵敏度、高特异性的癌细胞识别技术	癌细胞特异性生物标志物（miR-21和FEN1）	分子诊断	癌症	DNA逻辑电路、荧光信号放大	Y形AND门逻辑电路	荧光信号	NA
3	2025-03-22	A Robust and Efficient Representation-based DNA Storage Architecture by Deep Learning 2025-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400959 PMID:40114483	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的表示型DNA存储架构，利用自动编码器和U-Net网络从DNA存储的噪声读取中实现图像的表示、构建和优化	该架构结合了深度学习的表示和图像生成能力，通过特征量化和多读取提升图像质量，提供了一种在压缩比和图像质量之间实现平衡的灵活方法	在插入-删除-替换（IDS）错误率低于6%的场景下才能重建中等质量的图像	实现大规模图像应用的稳健和高效DNA存储	图像数据	机器学习	NA	深度学习	自动编码器, U-Net	图像	14个质粒
4	2025-03-21	pH-Controlled DNA Switching Circuits with Multi-State Responsiveness for Logic Computation and Control 2025-Mar-20, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202404541 PMID:39876816	研究论文	本文提出了一种pH控制的多状态DNA开关电路构建策略，通过三链体的构象转变实现三种状态之间的动态调控，并构建了可切换的DNA电路用于逻辑计算和杂交链式反应（HCR）的控制	提出了一种pH控制的多状态DNA开关电路构建策略，能够通过三链体的构象转变实现三种状态之间的动态调控，并应用于逻辑计算和HCR的编程控制	NA	实现DNA电路功能的动态调控，构建复杂的化学反应网络（CRNs）以实现复杂功能	DNA电路	生物计算	NA	DNA开关电路，杂交链式反应（HCR）	NA	NA	NA
5	2025-03-21	Solving Minimum Spanning Tree Problems Based on DNA Chemical Reaction Networks 2025-Mar-18, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073360358250128094601 PMID:40108905	研究论文	本文探讨了利用DNA链置换反应网络解决最小生成树问题，并提出了基于DNA链置换反应的计算模型	创新点在于将DNA链置换反应网络应用于解决图论中的最小生成树问题，并提出了一个基于DNA链置换反应的计算模型	NA	研究目的是探索DNA链置换反应网络在图论问题中的应用，特别是最小生成树问题	最小生成树问题	生物计算	NA	DNA链置换反应	基于DNA链置换反应的计算模型	DNA序列	NA
6	2025-03-20	Pragmatic soft-decision data readout of encoded large DNA 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf102 PMID:40091194	研究论文	本文提出了一种实用的软决策数据读出方法，用于编码的大DNA，实现了无需组装的序列重建、插入和删除错误校正以及超低覆盖率数据读出	创新点包括在水印中巧妙嵌入大DNA片段，通过水印对齐直接定位原始读取，避免复杂的读取组装；提出了一种软决策前向-后向算法，能够识别插入和删除错误，并为纠错码提供概率信息，实现无错误数据恢复	NA	研究目的是开发一种高效的大DNA数据读出方法，特别适用于DNA存储的快速读取	研究对象是编码的大DNA片段	生物信息学	NA	纳米孔测序	软决策前向-后向算法	DNA序列数据	两个环形质粒（约51 kb）
7	2025-03-19	Highly Reusable Enzyme-Driven DNA Logic Circuits 2025-Mar-18, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c15176 PMID:40035235	研究论文	本研究提出了一种利用外切酶III实现酶驱动DNA逻辑电路高重复使用的方法	通过选择性消化双链DNA同时保留门链，系统高度恢复电路至初始状态，实现了电路的高重复使用	研究中未提及该方法在更复杂电路中的适用性和稳定性	提高酶驱动DNA逻辑电路的重复使用能力，以增强计算能力、纠正错误并降低成本	酶驱动DNA逻辑电路	分子计算	NA	外切酶III	NA	DNA序列	NA
8	2025-03-15	Integrating lanthanide coordination polymer ratiometric fluorescence biosensors with a concatenated DNA circuit for locus-specific N6-methyladenosine quantification 2025-Mar-13, Chemical communications (Cambridge, England) DOI:10.1039/d4cc06742h PMID:39992289	研究论文	本文开发了一种集成镧系配位聚合物比例荧光生物传感器与点击化学驱动的串联DNA电路的生物传感器，用于准确和灵敏地监测癌症细胞和组织中特定位点的N6-甲基腺苷	创新点在于将镧系配位聚合物比例荧光生物传感器与点击化学驱动的串联DNA电路结合，实现了对特定位点N6-甲基腺苷的高精度和灵敏监测	NA	研究目的是开发一种能够准确和灵敏监测癌症细胞和组织中特定位点N6-甲基腺苷的生物传感器	癌症细胞和组织	生物传感器	癌症	点击化学驱动的串联DNA电路	NA	荧光数据	NA
9	2025-03-13	Low-cost and automated magnetic bead-based DNA data writing via digital microfluidics 2025-Mar-12, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d5lc00106d PMID:40070261	研究论文	本研究介绍了一种集成E47 DNAzyme连接化学的数字微流控（DMF）平台，用于开发可编程、成本效益高且自动化的DNA数据写入过程	利用DNAzyme作为生物催化剂，实现了室温下无酶的连接过程，显著降低了成本，并通过DNAzyme辅助的磁珠纯化方法简化了平台布局	NA	开发一种成本效益高且自动化的DNA数据写入过程，以解决当前DNA数据存储方法的高成本问题	DNA数据存储技术	数字微流控	NA	数字微流控（DMF），DNAzyme连接化学	NA	DNA序列	NA
10	2025-03-13	A Multi-Input Molecular Classifier Based on Digital DNA Strand Displacement for Disease Diagnostics 2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202413198 PMID:39891016	研究论文	本文介绍了一种基于数字DNA链置换（DDSD）的多输入分子分类器，用于疾病诊断	开发了DDSD方法，显著减少了使用的寡核苷酸种类，提供了稳健的分子分类器，并在临床血液样本中实现了高准确率	NA	提高基于价态的智能分子诊断和多路生物标志物检测的能力	细菌和病毒感染以及病原体类型的识别	分子计算	感染性疾病	数字DNA链置换（DDSD）	分子分类器	DNA序列	临床血液样本
11	2025-03-08	Cost-Effective DNA Storage System with DNA Movable Type 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411354 PMID:39555674	研究论文	本文介绍了一种新型的、成本效益高的DNA存储系统，称为DNA活字存储系统，该系统通过预制的DNA活字和自动化打印机实现数据的高效存储和检索	提出了一种基于DNA活字的存储系统，通过预制的DNA活字和自动化打印机实现数据的高效存储和检索，显著降低了成本并提高了效率	尽管该系统在成本和效率上有显著优势，但其在大规模应用中的实际效果和稳定性仍需进一步验证	开发一种成本效益高的DNA存储系统，以应对大数据时代的数据存储需求	DNA存储系统及其在数据存储中的应用	DNA存储技术	NA	DNA合成、DNA活字组装、自动化打印机	NA	文本、图像、音频、视频	43.7 KB的数据文件，使用350个DNA活字
12	2025-03-08	Adaptive Arithmetic Coding-Based Encoding Method Toward High-Density DNA Storage 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0697 PMID:39544175	研究论文	本文提出了一种基于自适应算术编码（AAC）的高密度DNA存储编码方法	该方法将编码过程分为压缩、纠错和映射三个阶段，利用PPM-based AAC进行数据压缩，使用八进制汉明码进行纠错，并采用“3-2码”映射关系确保生化约束	NA	提高DNA存储的编码效率和存储密度	文本、图片和音频等不同格式的文件	DNA存储	NA	自适应算术编码（AAC）、八进制汉明码	NA	文本、图片、音频	NA
13	2025-01-22	Redox-stimulated catalytic DNA circuit for high-fidelity imaging of microRNA and in situ interpretation of the relevant regulatory pathway 2025-Mar-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2024.117109 PMID:39756268	研究论文	本文提出了一种基于谷胱甘肽（GSH）激活的DNA电路，用于实现空间选择性microRNA成像，并通过非酶催化信号放大程序提高传感性能	通过将二硫键整合到预密封的核酸探针中，有效改善了电路泄漏问题，实现了高保真度的microRNA成像和相关调控通路的原位解释	该方法在目标癌细胞中依赖于高浓度的GSH和miR-21，可能限制了其在其他细胞类型或低浓度生物分子环境中的应用	开发一种高保真度的microRNA成像方法，并探索GSH与miR-21之间的相关性	癌细胞中的microRNA（miR-21）和谷胱甘肽（GSH）	生物化学	癌症	DNA电路技术	NA	生物分子数据	NA