生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 12 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-05-31 |
A Robust and Efficient Representation-based DNA Storage Architecture by Deep Learning
2025-03, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400959
PMID:40114483
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research paper | 提出了一种基于深度学习的DNA存储架构，利用自编码器和U-Net网络实现图像的表示、构建和从噪声读取中恢复 | 结合深度学习的表示能力和图像生成能力，提出了一种新的DNA存储架构，能够在存在插入-删除-替换错误的情况下恢复图像 | 在插入-删除-替换错误超过6%的情况下，图像恢复质量可能下降 | 开发一种鲁棒且高效的DNA存储解决方案，用于大规模图像应用 | 图像数据在DNA存储中的表示和恢复 | machine learning | NA | deep learning | autoencoder, U-Net | image | 14 plasmids（湿实验验证） |
| 2 | 2025-05-30 |
Circuit design in biology and machine learning. I. Random networks and dimensional reduction
2025-Mar-29, Evolution; international journal of organic evolution
DOI:10.1093/evolut/qpaf065
PMID:40439578
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research paper | 本文探讨了生物电路与机器学习电路在设计上的相似性与差异性，通过分析随机网络和维度缩减等经典机器学习模型，为理解生物电路的设计提供了新的视角 | 通过比较生物电路与机器学习电路的设计过程，提出了生物电路设计中随机连接网络的强大作用及环境内部模型的核心角色 | 研究主要基于理论模型，缺乏具体的生物实验验证 | 探讨生物电路与机器学习电路在设计上的相似性与差异性，以理解生物电路的设计原理 | 生物电路和机器学习电路 | machine learning | NA | NA | random networks, dimensional reduction models | theoretical models | NA |
| 3 | 2025-05-15 |
Localized DNA Logic Circuit Equipped with Cascade Amplifiers for Precise Identification of Cancer Cells
2025-Mar-25, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00247
PMID:40091166
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研究论文 | 本文构建了一种配备级联放大器的局部DNA电路（LDC），用于精确识别癌细胞 | 通过引入Y形AND门电路模块和三个发夹放大器模块到DNA四面体中，构建了具有级联放大功能的局部DNA电路，显著提高了检测灵敏度 | NA | 开发高灵敏度、高特异性的癌细胞识别技术 | 癌细胞中的microRNA-21（miR-21）和瓣状核酸内切酶1（FEN1）双生物标志物 | 分子诊断 | 癌症 | DNA逻辑电路、荧光信号放大 | Y形AND门逻辑电路 | 荧光信号 | NA |
| 4 | 2025-05-15 |
Pragmatic soft-decision data readout of encoded large DNA
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf102
PMID:40091194
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research paper | 提出了一种实用的软决策数据读出方法，用于编码大DNA的数据读取，实现无需组装的序列重构、插入缺失错误校正和超低覆盖度的数据读取 | 通过巧妙嵌入水印在大DNA片段中，直接定位原始读取以避免复杂的读取组装，并提出软决策前向-后向算法来识别插入缺失错误并提供概率信息给纠错码，实现无误数据恢复 | NA | 开发一种高效的大DNA数据读取方法，适用于DNA存储的快速读取 | 编码的大DNA | DNA存储技术 | NA | 纳米孔测序 | 软决策前向-后向算法 | DNA序列数据 | 两个环形质粒（约51 kb） |
| 5 | 2025-05-13 |
Highly Reusable Enzyme-Driven DNA Logic Circuits
2025-03-18, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c15176
PMID:40035235
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研究论文 | 提出了一种利用外切酶III实现酶驱动DNA逻辑电路高度重复使用的方法 | 通过选择性消化双链DNA同时保留门链，系统高度恢复电路至初始无废链状态，实现了电路的高度重复使用 | NA | 增强DNA逻辑电路的计算能力、纠错能力并降低成本 | 酶驱动DNA逻辑电路 | 分子计算 | NA | 外切酶III消化 | DNA逻辑电路 | 分子数据 | NA |
| 6 | 2025-05-11 |
Integrating lanthanide coordination polymer ratiometric fluorescence biosensors with a concatenated DNA circuit for locus-specific N6-methyladenosine quantification
2025-Mar-13, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc06742h
PMID:39992289
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research paper | 开发了一种集成镧系配位聚合物比例荧光生物传感器与点击化学驱动的串联DNA电路的生物传感器，用于准确、灵敏地监测癌症细胞和组织中位点特异的N6-甲基腺苷 | 结合了镧系配位聚合物比例荧光生物传感器和点击化学驱动的串联DNA电路，实现了位点特异的N6-甲基腺苷的高精度和灵敏检测 | NA | 开发一种用于位点特异性N6-甲基腺苷定量检测的生物传感器 | 癌症细胞和组织 | 生物传感器 | 癌症 | 点击化学驱动的串联DNA电路 | NA | 荧光信号 | NA |
| 7 | 2025-05-01 |
Redox-stimulated catalytic DNA circuit for high-fidelity imaging of microRNA and in situ interpretation of the relevant regulatory pathway
2025-Mar-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2024.117109
PMID:39756268
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研究论文 | 提出了一种基于谷胱甘肽（GSH）激活的DNA电路，用于实现微RNA的空间选择性成像，并通过非酶催化信号放大过程提高传感性能 | 通过将二硫键整合到预封闭的核酸探针中，有效减少了非特异性信号泄漏，实现了高保真度的微RNA成像 | NA | 开发一种高保真度的内源性生物分子可视化成像方法，并探索相关调控途径 | 微RNA（miR-21）和谷胱甘肽（GSH） | 生物分子成像 | 癌症 | DNA电路技术 | NA | 生物分子信号 | 多种细胞类型 |
| 8 | 2025-04-27 |
Adaptive Arithmetic Coding-Based Encoding Method Toward High-Density DNA Storage
2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0697
PMID:39544175
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研究论文 | 本文提出了一种基于自适应算术编码（AAC）的新型DNA存储编码方法，旨在提高存储密度和数据完整性 | 采用基于部分匹配预测（PPM）的自适应算术编码进行数据压缩，结合八进制汉明码进行错误校正，并使用'3-2码'映射关系满足生化约束 | NA | 开发一种高效的DNA存储编码方法以提高存储密度和数据完整性 | 文本、图片和音频等不同格式的文件 | DNA存储 | NA | 自适应算术编码（AAC）、部分匹配预测（PPM）、八进制汉明码 | NA | 文本、图片和音频 | NA |
| 9 | 2025-04-27 |
Cost-Effective DNA Storage System with DNA Movable Type
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411354
PMID:39555674
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research paper | 介绍了一种新型的、成本效益高的DNA存储系统，灵感来源于活字印刷 | 提出了一种基于DNA活字（DNA-MTs）的存储系统，通过预制的DNA片段进行数据存储，显著降低了成本并提高了效率 | NA | 解决大数据时代数据存储的高成本问题 | DNA存储技术 | 生物信息学 | NA | DNA合成与组装技术 | NA | DNA序列 | 43.7 KB的数据文件，使用350个DNA-MTs |
| 10 | 2025-03-21 |
pH-Controlled DNA Switching Circuits with Multi-State Responsiveness for Logic Computation and Control
2025-Mar-20, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202404541
PMID:39876816
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研究论文 | 本文提出了一种pH控制的多状态DNA开关电路构建策略，通过三链体的构象转变实现三种状态之间的动态调控，并构建了可切换的DNA电路用于逻辑计算和杂交链式反应（HCR）的控制 | 提出了一种pH控制的多状态DNA开关电路构建策略，能够通过三链体的构象转变实现三种状态之间的动态调控，并应用于逻辑计算和HCR的编程控制 | NA | 实现DNA电路功能的动态调控，构建复杂的化学反应网络（CRNs）以实现复杂功能 | DNA电路 | 生物计算 | NA | DNA开关电路，杂交链式反应（HCR） | NA | NA | NA |
| 11 | 2025-03-21 |
Solving Minimum Spanning Tree Problems Based on DNA Chemical Reaction Networks
2025-Mar-18, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 本文探讨了利用DNA链置换反应网络解决最小生成树问题，并提出了基于DNA链置换反应的计算模型 | 创新点在于将DNA链置换反应网络应用于解决图论中的最小生成树问题，并提出了一个基于DNA链置换反应的计算模型 | NA | 研究目的是探索DNA链置换反应网络在图论问题中的应用，特别是最小生成树问题 | 最小生成树问题 | 生物计算 | NA | DNA链置换反应 | 基于DNA链置换反应的计算模型 | DNA序列 | NA |
| 12 | 2025-03-13 |
A Multi-Input Molecular Classifier Based on Digital DNA Strand Displacement for Disease Diagnostics
2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202413198
PMID:39891016
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研究论文 | 本文介绍了一种基于数字DNA链置换（DDSD）的多输入分子分类器，用于疾病诊断 | 开发了DDSD方法，显著减少了使用的寡核苷酸种类，提供了稳健的分子分类器，并在临床血液样本中实现了高准确率 | NA | 提高基于价态的智能分子诊断和多路生物标志物检测的能力 | 细菌和病毒感染以及病原体类型的识别 | 分子计算 | 感染性疾病 | 数字DNA链置换（DDSD） | 分子分类器 | DNA序列 | 临床血液样本 |