生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 37 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-04-04 |
Homogeneous Multicycle Cascaded DNA Circuit for Sensitive "Signal On-Off-Super On" PEC Biosensing
2025-Apr-02, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00373
PMID:40175284
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研究论文 | 提出了一种基于均相多循环级联DNA电路和SnSe/CdS光阳极的'信号开-关-超级开'PEC生物传感器，用于敏感检测生物标志物miRNA-222 | 采用'信号开-关-超级开'策略，结合均相多循环级联DNA电路和Z型SnSe/CdS异质结，显著提高了PEC生物传感器的灵敏度和准确性 | NA | 开发高灵敏度和高准确性的PEC生物传感器，用于早期疾病诊断 | 生物标志物miRNA-222 | 生物传感 | 癌症 | 均相多循环级联DNA电路，PEC生物传感 | NA | 电化学信号 | NA |
| 2 | 2025-04-03 |
Engineered Living Memory Microspheroid-Based Archival File System for Random Accessible In Vivo DNA Storage
2025-Apr, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202415358
PMID:39981833
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研究论文 | 介绍了一种基于工程化活体记忆微球（ELMM）的新型DNA数据存储、检索和管理材料 | 提出了ELMM作为DNA数据存储的新材料，并设计了基于质粒功能与DNA数据键值配对的随机访问策略 | NA | 开发高效且可随机访问的DNA数据存储系统，以应对全球对数据存储的日益增长需求 | DNA数据存储系统 | 生物信息学 | NA | 液滴微流控技术、荧光分选 | NA | DNA数据 | NA |
| 3 | 2025-03-27 |
Engineering DNA circuit powered by entropy integrated into robust and elegant photoelectrochemical and photothermal dual-mode biosensing
2025-Mar-25, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-025-05848-6
PMID:40131437
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research paper | 开发了一种基于熵驱动DNA电路的光电化学和光热双模式生物传感器，用于检测microRNA-221 | 创新的熵驱动DNA电路设计，不仅将输出DNA产量翻倍，还显著提高了传感器灵敏度，同时通过目标触发的EDC扩增策略有效减少了反应步骤的可逆性，增强了特异性和稳定性 | NA | 开发一种具有自验证检测结果能力的双信号模式传感器，提高检测的准确性和可靠性 | microRNA-221 | 生物传感 | NA | 光电化学(PEC)和光热(PT)双模式检测 | NA | NA | NA |
| 4 | 2025-03-26 |
Localized DNA Logic Circuit Equipped with Cascade Amplifiers for Precise Identification of Cancer Cells
2025-Mar-25, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00247
PMID:40091166
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研究论文 | 本文构建了一种配备级联放大器的局部DNA逻辑电路（LDC），用于精确识别癌细胞 | 通过引入Y形AND门电路模块和三个发夹放大器模块到DNA四面体中，构建了具有级联放大功能的局部DNA电路，显著提高了检测灵敏度 | NA | 开发高灵敏度、高特异性的癌细胞识别技术 | 癌细胞特异性生物标志物（miR-21和FEN1） | 分子诊断 | 癌症 | DNA逻辑电路、荧光信号放大 | Y形AND门逻辑电路 | 荧光信号 | NA |
| 5 | 2025-03-22 |
A Robust and Efficient Representation-based DNA Storage Architecture by Deep Learning
2025-Mar, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202400959
PMID:40114483
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的表示型DNA存储架构，利用自动编码器和U-Net网络从DNA存储的噪声读取中实现图像的表示、构建和优化 | 该架构结合了深度学习的表示和图像生成能力，通过特征量化和多读取提升图像质量，提供了一种在压缩比和图像质量之间实现平衡的灵活方法 | 在插入-删除-替换（IDS）错误率低于6%的场景下才能重建中等质量的图像 | 实现大规模图像应用的稳健和高效DNA存储 | 图像数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 自动编码器, U-Net | 图像 | 14个质粒 |
| 6 | 2025-03-21 |
pH-Controlled DNA Switching Circuits with Multi-State Responsiveness for Logic Computation and Control
2025-Mar-20, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/chem.202404541
PMID:39876816
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研究论文 | 本文提出了一种pH控制的多状态DNA开关电路构建策略，通过三链体的构象转变实现三种状态之间的动态调控，并构建了可切换的DNA电路用于逻辑计算和杂交链式反应（HCR）的控制 | 提出了一种pH控制的多状态DNA开关电路构建策略，能够通过三链体的构象转变实现三种状态之间的动态调控，并应用于逻辑计算和HCR的编程控制 | NA | 实现DNA电路功能的动态调控，构建复杂的化学反应网络（CRNs）以实现复杂功能 | DNA电路 | 生物计算 | NA | DNA开关电路，杂交链式反应（HCR） | NA | NA | NA |
| 7 | 2025-03-21 |
Solving Minimum Spanning Tree Problems Based on DNA Chemical Reaction Networks
2025-Mar-18, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 本文探讨了利用DNA链置换反应网络解决最小生成树问题，并提出了基于DNA链置换反应的计算模型 | 创新点在于将DNA链置换反应网络应用于解决图论中的最小生成树问题，并提出了一个基于DNA链置换反应的计算模型 | NA | 研究目的是探索DNA链置换反应网络在图论问题中的应用，特别是最小生成树问题 | 最小生成树问题 | 生物计算 | NA | DNA链置换反应 | 基于DNA链置换反应的计算模型 | DNA序列 | NA |
| 8 | 2025-03-20 |
Pragmatic soft-decision data readout of encoded large DNA
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf102
PMID:40091194
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研究论文 | 本文提出了一种实用的软决策数据读出方法，用于编码的大DNA，实现了无需组装的序列重建、插入和删除错误校正以及超低覆盖率数据读出 | 创新点包括在水印中巧妙嵌入大DNA片段，通过水印对齐直接定位原始读取，避免复杂的读取组装；提出了一种软决策前向-后向算法，能够识别插入和删除错误，并为纠错码提供概率信息，实现无错误数据恢复 | NA | 研究目的是开发一种高效的大DNA数据读出方法，特别适用于DNA存储的快速读取 | 研究对象是编码的大DNA片段 | 生物信息学 | NA | 纳米孔测序 | 软决策前向-后向算法 | DNA序列数据 | 两个环形质粒（约51 kb） |
| 9 | 2025-03-19 |
Highly Reusable Enzyme-Driven DNA Logic Circuits
2025-Mar-18, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c15176
PMID:40035235
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研究论文 | 本研究提出了一种利用外切酶III实现酶驱动DNA逻辑电路高重复使用的方法 | 通过选择性消化双链DNA同时保留门链，系统高度恢复电路至初始状态，实现了电路的高重复使用 | 研究中未提及该方法在更复杂电路中的适用性和稳定性 | 提高酶驱动DNA逻辑电路的重复使用能力，以增强计算能力、纠正错误并降低成本 | 酶驱动DNA逻辑电路 | 分子计算 | NA | 外切酶III | NA | DNA序列 | NA |
| 10 | 2025-03-15 |
Integrating lanthanide coordination polymer ratiometric fluorescence biosensors with a concatenated DNA circuit for locus-specific N6-methyladenosine quantification
2025-Mar-13, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc06742h
PMID:39992289
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研究论文 | 本文开发了一种集成镧系配位聚合物比例荧光生物传感器与点击化学驱动的串联DNA电路的生物传感器，用于准确和灵敏地监测癌症细胞和组织中特定位点的N6-甲基腺苷 | 创新点在于将镧系配位聚合物比例荧光生物传感器与点击化学驱动的串联DNA电路结合，实现了对特定位点N6-甲基腺苷的高精度和灵敏监测 | NA | 研究目的是开发一种能够准确和灵敏监测癌症细胞和组织中特定位点N6-甲基腺苷的生物传感器 | 癌症细胞和组织 | 生物传感器 | 癌症 | 点击化学驱动的串联DNA电路 | NA | 荧光数据 | NA |
| 11 | 2025-03-13 |
Low-cost and automated magnetic bead-based DNA data writing via digital microfluidics
2025-Mar-12, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc00106d
PMID:40070261
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研究论文 | 本研究介绍了一种集成E47 DNAzyme连接化学的数字微流控（DMF）平台，用于开发可编程、成本效益高且自动化的DNA数据写入过程 | 利用DNAzyme作为生物催化剂，实现了室温下无酶的连接过程，显著降低了成本，并通过DNAzyme辅助的磁珠纯化方法简化了平台布局 | NA | 开发一种成本效益高且自动化的DNA数据写入过程，以解决当前DNA数据存储方法的高成本问题 | DNA数据存储技术 | 数字微流控 | NA | 数字微流控（DMF），DNAzyme连接化学 | NA | DNA序列 | NA |
| 12 | 2025-03-13 |
A Multi-Input Molecular Classifier Based on Digital DNA Strand Displacement for Disease Diagnostics
2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202413198
PMID:39891016
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研究论文 | 本文介绍了一种基于数字DNA链置换（DDSD）的多输入分子分类器，用于疾病诊断 | 开发了DDSD方法，显著减少了使用的寡核苷酸种类，提供了稳健的分子分类器，并在临床血液样本中实现了高准确率 | NA | 提高基于价态的智能分子诊断和多路生物标志物检测的能力 | 细菌和病毒感染以及病原体类型的识别 | 分子计算 | 感染性疾病 | 数字DNA链置换（DDSD） | 分子分类器 | DNA序列 | 临床血液样本 |
| 13 | 2025-03-08 |
Cost-Effective DNA Storage System with DNA Movable Type
2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411354
PMID:39555674
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的、成本效益高的DNA存储系统，称为DNA活字存储系统，该系统通过预制的DNA活字和自动化打印机实现数据的高效存储和检索 | 提出了一种基于DNA活字的存储系统，通过预制的DNA活字和自动化打印机实现数据的高效存储和检索，显著降低了成本并提高了效率 | 尽管该系统在成本和效率上有显著优势，但其在大规模应用中的实际效果和稳定性仍需进一步验证 | 开发一种成本效益高的DNA存储系统，以应对大数据时代的数据存储需求 | DNA存储系统及其在数据存储中的应用 | DNA存储技术 | NA | DNA合成、DNA活字组装、自动化打印机 | NA | 文本、图像、音频、视频 | 43.7 KB的数据文件，使用350个DNA活字 |
| 14 | 2025-03-08 |
Adaptive Arithmetic Coding-Based Encoding Method Toward High-Density DNA Storage
2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0697
PMID:39544175
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研究论文 | 本文提出了一种基于自适应算术编码（AAC）的高密度DNA存储编码方法 | 该方法将编码过程分为压缩、纠错和映射三个阶段，利用PPM-based AAC进行数据压缩，使用八进制汉明码进行纠错，并采用“3-2码”映射关系确保生化约束 | NA | 提高DNA存储的编码效率和存储密度 | 文本、图片和音频等不同格式的文件 | DNA存储 | NA | 自适应算术编码（AAC）、八进制汉明码 | NA | 文本、图片、音频 | NA |
| 15 | 2025-03-05 |
High fault-tolerant DNA image storage system based on VAE
2025-Feb-21, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3544401
PMID:40031865
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研究论文 | 本文设计了一种基于VAE的高容错DNA图像存储系统，用于DNA存储中的图像压缩 | 1) 使用VAE将图像压缩为统一大小的潜在变量块，并通过SVD进一步压缩；2) 对潜在变量块中的浮点数进行量化，并对生成的三元序列应用旋转编码，有效确保同聚物运行长度和GC含量的正约束；3) 优化纠错方案以最好地恢复每种类型的错误 | NA | 减少基于DNA存储的图像压缩的错误率 | 图像数据 | 数字病理 | NA | DNA存储 | VAE, SVD | 图像 | NA |
| 16 | 2025-03-05 |
Family of Mutually Uncorrelated Codes for DNA Storage Address Design
2025-Jan-16, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3530470
PMID:40030887
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研究论文 | 本文提出了一系列基于k-弱互不相关（k-WMU）码的方法，用于设计DNA存储的地址序列，以提高DNA存储的访问效率 | 提出了一种结合k-WMU码的0-m-统治编码方案，使地址序列避免生成二级结构，并扩展了k-WMU码以具备纠错功能，同时满足组合生物学约束 | 未提及具体实验样本量及实际应用中的验证结果 | 提高DNA存储系统的访问效率和鲁棒性 | DNA存储地址序列 | DNA存储 | NA | k-弱互不相关（k-WMU）码，0-m-统治编码方案 | NA | DNA序列 | NA |
| 17 | 2025-03-05 |
High-Risk Sequence Prediction Model in DNA Storage: The LQSF Method
2025-Jan, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2024.3424576
PMID:38976468
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研究论文 | 本文介绍了一种名为低质量序列过滤器（LQSF）的创新方法，用于DNA存储中的高风险序列预测，通过深度学习模型提高序列过滤效率 | LQSF方法首次在DNA存储技术中引入了主动序列过滤，利用深度学习模型在编码阶段预测高风险序列，显著提高了错误校正的效率和准确性 | 尽管LQSF方法在多个数据集上表现出色，但其在不同类型DNA存储应用中的普适性仍需进一步验证 | 提高DNA存储技术中的序列过滤效率和错误校正能力 | DNA存储中的序列数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Alexnet, VGG16, VGG19 | 序列数据 | 多个数据集，具体样本数量未明确 |
| 18 | 2025-03-05 |
Biotechnological tools boost the functional diversity of DNA-based data storage systems
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.02.002
PMID:40027441
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研究论文 | 本文总结了生物技术工具如何基于DNA分子的序列特异性、封装和高维结构，促进DNA数据存储系统中各种功能的实现 | 探讨了生物技术工具在DNA数据存储系统中的创新应用，包括随机访问、搜索和数据操作等功能 | 使用生化反应限制了更精确和高效信息存储系统的发展 | 研究DNA数据存储系统的功能多样性和效率提升 | DNA分子及其在数据存储中的应用 | 生物技术 | NA | DNA序列特异性、封装、高维结构 | NA | DNA数据 | NA |
| 19 | 2025-03-01 |
CRISPR-Cas12a-Assisted DNA Circuit for Nonmicroscopic Detection of Cell Surface Receptor Clustering
2025-Feb-28, ACS sensors
IF:8.2Q1
DOI:10.1021/acssensors.4c02770
PMID:39924908
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研究论文 | 本文设计了一种基于CRISPR-Cas12a的DNA电路，用于非显微镜检测细胞表面受体聚集事件 | 提出了一种不依赖显微镜的检测方法，通过将局部蛋白质-蛋白质相互作用转化为DNA条形码，并利用Cas12a进行信号生成 | 实验中发现了一些泄漏反应，并进行了最小化处理 | 开发一种非显微镜依赖的方法来检测细胞表面受体聚集事件 | 人类乳腺癌细胞系模型中的HER2同源二聚体和与HER1、HER3的异源二聚体 | 生物技术 | 乳腺癌 | CRISPR-Cas12a, DNA电路 | NA | DNA条形码 | 人类乳腺癌细胞系模型 |
| 20 | 2025-02-26 |
Molecular Circuit-Controlled Nanoparticle Folders for Programmable DNA Information Access
2025-Feb-25, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c13882
PMID:39945285
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研究论文 | 本文提出了一种可编程的DNA数据访问策略，通过DNAzyme电路控制的纳米粒子文件夹实现特定信息的操作 | 创新点在于使用DNAzyme电路控制的纳米粒子文件夹进行动态和可编程的数据访问，超越了传统的PCR和DNA杂交方法 | 未明确提及具体限制 | 研究目的是开发一种高效、准确的DNA数据访问方法，以提升分子数据读取的效率和准确性 | 研究对象是DNA数据存储和访问技术 | 分子计算 | NA | DNAzyme电路 | NA | DNA数据 | 未明确提及样本数量 |