生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 11 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-03-05 |
Family of Mutually Uncorrelated Codes for DNA Storage Address Design
2025-Jan-16, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3530470
PMID:40030887
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研究论文 | 本文提出了一系列基于k-弱互不相关（k-WMU）码的方法，用于设计DNA存储的地址序列，以提高DNA存储的访问效率 | 提出了一种结合k-WMU码的0-m-统治编码方案，使地址序列避免生成二级结构，并扩展了k-WMU码以具备纠错功能，同时满足组合生物学约束 | 未提及具体实验样本量及实际应用中的验证结果 | 提高DNA存储系统的访问效率和鲁棒性 | DNA存储地址序列 | DNA存储 | NA | k-弱互不相关（k-WMU）码，0-m-统治编码方案 | NA | DNA序列 | NA |
| 2 | 2025-03-05 |
High-Risk Sequence Prediction Model in DNA Storage: The LQSF Method
2025-Jan, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2024.3424576
PMID:38976468
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研究论文 | 本文介绍了一种名为低质量序列过滤器（LQSF）的创新方法，用于DNA存储中的高风险序列预测，通过深度学习模型提高序列过滤效率 | LQSF方法首次在DNA存储技术中引入了主动序列过滤，利用深度学习模型在编码阶段预测高风险序列，显著提高了错误校正的效率和准确性 | 尽管LQSF方法在多个数据集上表现出色，但其在不同类型DNA存储应用中的普适性仍需进一步验证 | 提高DNA存储技术中的序列过滤效率和错误校正能力 | DNA存储中的序列数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Alexnet, VGG16, VGG19 | 序列数据 | 多个数据集，具体样本数量未明确 |
| 3 | 2025-03-05 |
Biotechnological tools boost the functional diversity of DNA-based data storage systems
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.02.002
PMID:40027441
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研究论文 | 本文总结了生物技术工具如何基于DNA分子的序列特异性、封装和高维结构，促进DNA数据存储系统中各种功能的实现 | 探讨了生物技术工具在DNA数据存储系统中的创新应用，包括随机访问、搜索和数据操作等功能 | 使用生化反应限制了更精确和高效信息存储系统的发展 | 研究DNA数据存储系统的功能多样性和效率提升 | DNA分子及其在数据存储中的应用 | 生物技术 | NA | DNA序列特异性、封装、高维结构 | NA | DNA数据 | NA |
| 4 | 2025-02-07 |
A practical DNA data storage using an expanded alphabet introducing 5-methylcytosine
2025, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.147
PMID:39906332
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研究论文 | 本文介绍了一种基于扩展分子字母表的实用DNA数据存储转码方案R+，该方案引入了5-甲基胞嘧啶（5mC） | 提出了使用5-甲基胞嘧啶（5mC）作为扩展分子字母表的一部分，以提高DNA数据存储的信息密度 | 非天然DNA序列的合成及其复杂结构带来的挑战 | 验证5mC在DNA存储系统中的实用性 | DNA数据存储 | 生物信息学 | NA | 纳米孔测序 | NA | DNA序列 | 多个1.3∼1.6 kbps的DNA片段 |
| 5 | 2025-02-04 |
Construction of a hierarchical DNA circuit for single-molecule profiling of locus-specific N6-methyladenosine-MALAT1 in clinical tissues
2025-Jan-28, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.117198
PMID:39893948
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研究论文 | 本文首次构建了一种分层DNA电路，用于临床组织中特定位置N6-甲基腺苷（mA）-MALAT1的单分子分析 | 首次构建分层DNA电路用于单分子分析，具有阿摩尔级灵敏度和7个数量级的动态范围 | 未提及具体局限性 | 开发新方法以准确和敏感地分析RNA中特定位置的mA修饰 | 临床组织中的mA-MALAT1 | 分子生物学 | 肺癌 | 分层DNA电路，单分子检测 | NA | 分子数据 | 多种癌细胞和乳腺癌患者及健康个体的样本 |
| 6 | 2025-01-31 |
Not all is lost: resilience of microbiome samples to freezer failures and long-term storage
2025-Jan-28, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00603-24
PMID:39704536
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研究论文 | 本文研究了冷冻故障和长期存储对土壤样本微生物组的影响，评估了样本解冻后的恢复能力 | 揭示了真菌丰富度和细菌及真菌β多样性对土壤样本解冻和长期冷冻存储的显著恢复能力，并比较了不同存储方法的有效性 | 研究仅针对土壤样本，未涉及其他类型的微生物组样本 | 评估冷冻故障和长期存储对微生物组样本的影响，比较不同存储方法的有效性 | 土壤样本中的细菌和真菌 | 微生物组研究 | NA | Illumina MiSeq测序 | NA | DNA序列数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 7 | 2025-01-24 |
Bead-Based DNA Synthesis and Sequencing for Integrated Data Storage Using Digital Microfluidics
2025-Jan-21, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202416004
PMID:39606901
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研究论文 | 本研究开发了一种基于数字微流控技术的紧凑型DNA数据存储管道，实现了从合成到测序的整个流程 | 利用200纳米磁珠进行基于磷酸酰胺化学的DNA合成，并通过三酶级联反应的化学发光信号进行测序，显著提高了存储速度和精度 | 目前仅作为概念验证试验，存储容量和速度仍需进一步优化 | 开发一种高保真、全集成且成本效益高的DNA数据存储系统 | DNA数据存储系统 | 数字微流控技术 | NA | 磷酸酰胺化学、三酶级联反应、Huffman编码算法、Reed-Solomon纠错 | NA | DNA序列数据 | 8字节数据 |
| 8 | 2025-01-16 |
miR-Cabiner: A Universal microRNA Sensing Platform Based on Self-Stacking Cascaded Bicyclic DNA Circuit-Mediated CRISPR/Cas12a
2025-Jan-14, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05370
PMID:39704707
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自堆叠级联双环DNA电路介导的CRISPR/Cas12a的通用miRNA传感平台miR-Cabiner | miR-Cabiner平台结合了催化发夹组装（CHA）和杂交链反应（HCR）到一个统一的电路中，并最终级联到CRISPR/Cas12a，相比CHA-Cas12a和HCR-Cas12a系统，具有显著更高的反应速率 | NA | 开发一种敏感且通用的miRNA分析平台，用于乳腺癌的诊断、分期和预后 | 与乳腺癌相关的miRNA（miR-130a, miR-10b, miR-21, 和 miR-1285） | 生物技术 | 乳腺癌 | CRISPR/Cas12a, 催化发夹组装（CHA）, 杂交链反应（HCR） | NA | NA | NA |
| 9 | 2025-01-14 |
Instruction-responsive programmable assemblies with DNA origami block pieces
2025-Jan-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1193
PMID:39698832
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研究论文 | 本文介绍了一种基于DNA折纸技术的可编程组装系统，能够根据指令集将DNA折纸构建块组装成特定的二维阵列 | 设计了具有八个相互独立可编程边缘的DNA折纸构建块（DOBPs），并制定了相应的DNA指令集，实现了确定性和非确定性组装 | 未提及具体应用场景或实际生物医学应用的限制 | 创建更标准化和可控的DNA折纸组件，以组装成有限规模和多样化的超结构 | DNA折纸构建块（DOBPs）及其组装系统 | DNA纳米技术 | NA | DNA折纸技术 | NA | 分子信息 | 未明确提及具体样本数量 |
| 10 | 2025-01-07 |
Energy-Transfer-Based Dual-Mode PEC-ECL Biosensor for Acetamiprid Analysis Sensitized by Two-Step DNA Circuit Amplification
2025-Jan-06, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c18752
PMID:39760699
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研究论文 | 本文开发了一种基于能量转移的双模式光电化学-电化学发光生物传感器，用于检测农药啶虫脒，通过两步DNA电路放大提高检测灵敏度 | 结合能量转移、两步DNA电路放大和双模式传感策略，实现了啶虫脒的高灵敏度和准确分析 | NA | 开发一种高灵敏度和准确性的生物传感器，用于检测食品中的啶虫脒，保障食品安全 | 啶虫脒 | 生物传感器 | NA | 光电化学（PEC）和电化学发光（ECL）技术 | NA | 化学信号 | NA |
| 11 | 2025-01-04 |
Harnessing DNA computing and nanopore decoding for practical applications: from informatics to microRNA-targeting diagnostics
2025-Jan-02, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/d3cs00396e
PMID:39471098
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教程综述 | 本文综述了DNA计算和纳米孔解码的基础知识、技术和方法，并重点介绍了针对microRNA作为生物标志物的医学诊断中的最新进展 | 将DNA计算与纳米孔解码技术结合，应用于医学诊断，特别是针对microRNA的检测 | 实际应用中仍面临技术和实施挑战 | 探索DNA计算和纳米孔解码在医学诊断中的实际应用 | DNA计算设备和纳米孔解码技术 | 分子计算 | NA | DNA计算、纳米孔技术 | NA | 核酸分子 | NA |