生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-06-26	Review on Advancement of AI in Synthetic Biology 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4690-8_26 PMID:40553349	review	本文综述了人工智能在合成生物学中的进展及其应用	探讨了AI在基因组编辑、代谢途径优化和生物电路设计等方面的创新应用	存在高质量生物数据集整理不足以及计算与实验科学家之间的跨学科鸿沟等挑战	研究人工智能如何推动合成生物学的发展	合成生物学中的基因组编辑、代谢途径优化和生物电路设计等	synthetic biology	NA	deep learning, machine learning	NA	biological datasets	NA
2	2025-06-26	INNSE: Invertible neural network-based DNA image storage with self-correction encoding 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.003 PMID:40547456	research paper	提出了一种基于可逆神经网络的DNA图像存储自校正编码方法（INNSE），以提高编码密度和降低时间复杂性	利用神经网络的可逆性对图像和视频数据进行上下采样处理，显著减少数据存储所需的DNA序列数量，并设计了自校正方法在碱基层面实现DNA序列错误校正	未提及实际应用中可能遇到的其他类型错误或大规模数据存储的可行性	提高DNA存储技术在编码密度、时间复杂性和错误校正能力方面的性能	图像和视频数据的DNA存储	machine learning	NA	DNA存储技术	invertible neural network	image, video	NA
3	2025-06-15	Coli bond: A dual-function encryption system for secure information storage and transmission by microorganisms 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325926 PMID:40498745	research paper	介绍了一种名为Coli Bond的双功能加密系统，利用微生物进行安全信息存储和传输	结合DNA存储的分子精确性与合成生物学的可控动态性，提供数据加密和存储的创新平台	NA	开发一种安全可控的信息存储和传输系统	利用合成生物学改造的大肠杆菌菌株	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	DNA编码的信息	NA
4	2025-06-15	Hyperchaotic color image encryption using eight-base DNA complementary rules and extended Zigzag transform 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325197 PMID:40505085	研究论文	本文提出了一种结合八碱基DNA互补规则和扩展Zigzag变换的超混沌彩色图像加密方案EDCREZT	提出了5040种八碱基DNA互补规则，远超传统四碱基DNA的6种规则，并引入了新的扩展Zigzag变换，显著增加了加密的灵活性和复杂性	NA	开发一种更安全高效的彩色图像加密方法	彩色图像	计算机视觉	NA	DNA计算、超混沌系统	EDCREZT（基于4D超混沌系统的加密方案）	图像	NA
5	2025-05-29	High-Risk Sequence Prediction Model in DNA Storage: The LQSF Method 2025-01, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3424576 PMID:38976468	研究论文	本文介绍了一种名为LQSF的创新方法，利用深度学习模型预测DNA存储中的高风险序列，以提高存储效率和减少错误	引入了主动序列过滤方法LQSF，在编码阶段使用深度学习模型预测高风险序列，显著提高了DNA存储技术的效率和准确性	未提及具体的数据集规模限制或模型在不同类型DNA序列上的泛化能力	提高DNA存储技术的效率和准确性，减少合成和测序过程中的错误	DNA存储中的序列质量预测	机器学习	NA	深度学习	Alexnet, VGG16, VGG19	DNA序列数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多种神经网络和测试集进行广泛训练和测试
6	2025-05-01	Energy-Transfer-Based Dual-Mode PEC-ECL Biosensor for Acetamiprid Analysis Sensitized by Two-Step DNA Circuit Amplification 2025-Jan-15, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c18752 PMID:39760699	研究论文	开发了一种基于能量转移的双模式生物传感器，用于检测农药啶虫脒	结合能量转移、两步DNA电路放大和双模式传感策略，实现了啶虫脒的高灵敏和准确分析	NA	开发高灵敏度和准确度的啶虫脒检测方法，保障食品安全	啶虫脒	生物传感器	NA	光电化学(PEC)和电化学发光(ECL)传感技术	NA	化学信号	NA
7	2025-03-05	Biotechnological tools boost the functional diversity of DNA-based data storage systems 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.02.002 PMID:40027441	研究论文	本文总结了生物技术工具如何基于DNA分子的序列特异性、封装和高维结构，促进DNA数据存储系统中各种功能的实现	探讨了生物技术工具在DNA数据存储系统中的创新应用，包括随机访问、搜索和数据操作等功能	使用生化反应限制了更精确和高效信息存储系统的发展	研究DNA数据存储系统的功能多样性和效率提升	DNA分子及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	DNA序列特异性、封装、高维结构	NA	DNA数据	NA
8	2025-02-07	A practical DNA data storage using an expanded alphabet introducing 5-methylcytosine 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.147 PMID:39906332	研究论文	本文介绍了一种基于扩展分子字母表的实用DNA数据存储转码方案R+，该方案引入了5-甲基胞嘧啶（5mC）	提出了使用5-甲基胞嘧啶（5mC）作为扩展分子字母表的一部分，以提高DNA数据存储的信息密度	非天然DNA序列的合成及其复杂结构带来的挑战	验证5mC在DNA存储系统中的实用性	DNA数据存储	生物信息学	NA	纳米孔测序	NA	DNA序列	多个1.3∼1.6 kbps的DNA片段
9	2025-01-31	Not all is lost: resilience of microbiome samples to freezer failures and long-term storage 2025-Jan-28, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00603-24 PMID:39704536	研究论文	本文研究了冷冻故障和长期存储对土壤样本微生物组的影响，评估了样本解冻后的恢复能力	揭示了真菌丰富度和细菌及真菌β多样性对土壤样本解冻和长期冷冻存储的显著恢复能力，并比较了不同存储方法的有效性	研究仅针对土壤样本，未涉及其他类型的微生物组样本	评估冷冻故障和长期存储对微生物组样本的影响，比较不同存储方法的有效性	土壤样本中的细菌和真菌	微生物组研究	NA	Illumina MiSeq测序	NA	DNA序列数据	未明确提及具体样本数量
10	2025-01-24	Bead-Based DNA Synthesis and Sequencing for Integrated Data Storage Using Digital Microfluidics 2025-Jan-21, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202416004 PMID:39606901	研究论文	本研究开发了一种基于数字微流控技术的紧凑型DNA数据存储管道，实现了从合成到测序的整个流程	利用200纳米磁珠进行基于磷酸酰胺化学的DNA合成，并通过三酶级联反应的化学发光信号进行测序，显著提高了存储速度和精度	目前仅作为概念验证试验，存储容量和速度仍需进一步优化	开发一种高保真、全集成且成本效益高的DNA数据存储系统	DNA数据存储系统	数字微流控技术	NA	磷酸酰胺化学、三酶级联反应、Huffman编码算法、Reed-Solomon纠错	NA	DNA序列数据	8字节数据
11	2025-01-16	miR-Cabiner: A Universal microRNA Sensing Platform Based on Self-Stacking Cascaded Bicyclic DNA Circuit-Mediated CRISPR/Cas12a 2025-Jan-14, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05370 PMID:39704707	研究论文	本文介绍了一种基于自堆叠级联双环DNA电路介导的CRISPR/Cas12a的通用miRNA传感平台miR-Cabiner	miR-Cabiner平台结合了催化发夹组装（CHA）和杂交链反应（HCR）到一个统一的电路中，并最终级联到CRISPR/Cas12a，相比CHA-Cas12a和HCR-Cas12a系统，具有显著更高的反应速率	NA	开发一种敏感且通用的miRNA分析平台，用于乳腺癌的诊断、分期和预后	与乳腺癌相关的miRNA（miR-130a, miR-10b, miR-21, 和 miR-1285）	生物技术	乳腺癌	CRISPR/Cas12a, 催化发夹组装（CHA）, 杂交链反应（HCR）	NA	NA	NA
12	2025-01-14	Instruction-responsive programmable assemblies with DNA origami block pieces 2025-Jan-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1193 PMID:39698832	研究论文	本文介绍了一种基于DNA折纸技术的可编程组装系统，能够根据指令集将DNA折纸构建块组装成特定的二维阵列	设计了具有八个相互独立可编程边缘的DNA折纸构建块（DOBPs），并制定了相应的DNA指令集，实现了确定性和非确定性组装	未提及具体应用场景或实际生物医学应用的限制	创建更标准化和可控的DNA折纸组件，以组装成有限规模和多样化的超结构	DNA折纸构建块（DOBPs）及其组装系统	DNA纳米技术	NA	DNA折纸技术	NA	分子信息	未明确提及具体样本数量
13	2025-01-04	Harnessing DNA computing and nanopore decoding for practical applications: from informatics to microRNA-targeting diagnostics 2025-Jan-02, Chemical Society reviews IF:40.4Q1 DOI:10.1039/d3cs00396e PMID:39471098	教程综述	本文综述了DNA计算和纳米孔解码的基础知识、技术和方法，并重点介绍了针对microRNA作为生物标志物的医学诊断中的最新进展	将DNA计算与纳米孔解码技术结合，应用于医学诊断，特别是针对microRNA的检测	实际应用中仍面临技术和实施挑战	探索DNA计算和纳米孔解码在医学诊断中的实际应用	DNA计算设备和纳米孔解码技术	分子计算	NA	DNA计算、纳米孔技术	NA	核酸分子	NA