生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 12 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-12-21 |
Not all is lost: resilience of microbiome samples to freezer failures and long-term storage
2024-Dec-20, mSphere
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/msphere.00603-24
PMID:39704536
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研究论文 | 研究评估了-80°C冰箱故障对土壤样本微生物群落的影响，并与长期-20°C存储的DNA进行了比较 | 发现真菌的丰富度和细菌与真菌的beta多样性对土壤样本解冻和延长冷冻存储具有显著的恢复力，且真菌比细菌更具恢复力 | 研究仅限于土壤样本，未涵盖其他类型的微生物样本 | 评估冰箱故障和长期存储对微生物群落的影响 | 土壤样本中的细菌和真菌 | 微生物学 | NA | Illumina MiSeq测序 | NA | DNA | 土壤样本 |
| 2 | 2024-12-21 |
miR-Cabiner: A Universal microRNA Sensing Platform Based on Self-Stacking Cascaded Bicyclic DNA Circuit-Mediated CRISPR/Cas12a
2024-Dec-20, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05370
PMID:39704707
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自堆叠级联双环DNA电路介导的CRISPR/Cas12a的通用microRNA传感平台miR-Cabiner | miR-Cabiner平台结合了催化发夹组装（CHA）和杂交链反应（HCR），并最终级联到CRISPR/Cas12a，相比CHA-Cas12a和HCR-Cas12a系统，具有更高的反应速率 | NA | 开发一种通用的microRNA传感平台，用于临床诊断 | 与乳腺癌诊断、分期和预后相关的miRNA（如miR-130a、miR-10b、miR-21和miR-1285） | 生物技术 | 乳腺癌 | CRISPR/Cas12a | NA | 核酸 | 四个miRNA样本（miR-130a、miR-10b、miR-21和miR-1285） |
| 3 | 2024-12-20 |
Refined design of a DNA logic gate for implementing a DNA-based three-level circuit
2024-Dec-19, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d4nr03606a
PMID:39558877
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研究论文 | 本文提出了一种改进的DNA逻辑门设计，用于实现基于DNA的三级电路 | 本文创新性地提出了三级电路设计，将输入信号分为“无”、逻辑“0”和逻辑“1”三种情况，从而解决了现有DNA电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆 | NA | 旨在改进DNA计算电路的设计，解决现有电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆 | DNA逻辑门和基于DNA的三级电路 | NA | NA | DNA计算 | NA | NA | 34种输入组合和12条DNA链 |
| 4 | 2024-12-20 |
Instruction-responsive programmable assemblies with DNA origami block pieces
2024-Dec-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1193
PMID:39698832
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研究论文 | 本文设计并实现了具有八个相互独立可编程边缘的DNA折纸构建块（DOBPs），并通过DNA指令将其组装成特定的二维阵列 | 提出了一个可编程的DNA折纸构建块系统，能够根据指令集组装成特定的二维阵列，并展示了布尔逻辑门的计算能力 | NA | 创建更标准化和可控的DNA折纸组件，用于组装有限规模和更多样化的超结构 | DNA折纸构建块（DOBPs）及其组装成的二维阵列 | DNA纳米技术 | NA | DNA折纸技术 | NA | DNA序列 | NA |
| 5 | 2024-12-20 |
Empowering DNA-Based Information Processing: Computation and Data Storage
2024-Dec-18, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c13948
PMID:39648356
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综述 | 本文综述了DNA计算和DNA数据存储领域的材料和界面的最新进展 | 介绍了多种材料和界面在DNA信息处理技术中的应用，推动了DNA计算和DNA数据存储的显著进展 | 讨论了当前领域的瓶颈和障碍，并提供了未来发展的见解 | 总结DNA计算和DNA数据存储领域的材料和界面的进展，探讨未来发展方向 | DNA计算和DNA数据存储系统中的材料和界面 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2024-12-14 |
Harnessing Demethylase-Regulated Catalytic DNA Circuit for In-Situ Investigation of the Regulatory Connection with MicroRNA
2024-Dec-12, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05225
PMID:39668155
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研究论文 | 本文构建了一种由ALKBH5调节的催化DNA电路，用于在活细胞中进行miRNA的原位成像 | 本文创新性地利用ALKBH5介导的去甲基化途径恢复I-R3 DNAzyme的催化活性，并通过催化发夹组装（CHA）电路实现miRNA的高灵敏度和特异性成像 | NA | 研究表观遗传调节因子与miRNA之间的潜在关联 | ALKBH5调节的催化DNA电路和miRNA | 生物分析 | NA | DNAzyme | NA | DNA | NA |
| 7 | 2024-12-12 |
Random Sanitization in DNA Information Storage Using CRISPR-Cas12a
2024-Dec-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c11380
PMID:39658506
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研究论文 | 本文提出了一种基于CRISPR-Cas12a的随机消毒方法，用于DNA信息存储中的元数据安全擦除 | 首次提出使用CRISPR-Cas12a进行DNA信息存储中的随机消毒，实现了高效的元数据擦除 | 目前仅在实验室条件下验证了该方法的有效性，尚未进行大规模应用测试 | 开发一种高效的DNA信息存储元数据安全擦除方法 | DNA信息存储中的元数据安全擦除 | NA | NA | CRISPR-Cas12a | NA | DNA | 28,258个寡核苷酸 |
| 8 | 2024-12-06 |
Multi-file dynamic compression method based on classification algorithm in DNA storage
2024-Dec, Medical & biological engineering & computing
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11517-024-03156-2
PMID:38922373
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研究论文 | 本文提出了一种基于机器学习分类算法的多文件动态压缩方法，以优化DNA存储中的数据压缩效果 | 该方法通过机器学习分类算法为每个文件选择最合适的压缩方法，相比传统单一压缩方法，显著提高了压缩比和成本效益 | 文章未提及该方法在实际应用中的效率和稳定性，以及对不同类型数据集的适应性 | 研究如何通过优化数据压缩方法降低DNA存储成本 | DNA存储中的数据压缩方法 | 机器学习 | NA | 机器学习分类算法 | k-nearest neighbor | 文件 | 收集了多个文件用于训练和验证 |
| 9 | 2024-11-23 |
A Deniable Encryption Method for Modulation-Based DNA Storage
2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00648-5
PMID:39155324
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研究论文 | 本文提出了一种基于调制技术的DNA存储否认加密方法 | 利用DNA噪声通道进行加密，实现了真实信息和虚假信息的不可区分性 | 未提及具体限制 | 确保DNA存储信息的安全性 | DNA存储中的信息加密与否认加密 | 生物信息学 | NA | DNA调制技术 | NA | DNA序列 | 未提及具体样本数量 |
| 10 | 2024-11-21 |
Optimizing fountain codes for DNA data storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.038
PMID:39559773
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研究论文 | 本文探讨了优化喷泉码在DNA数据存储中的应用 | 提出了针对DNA数据存储的喷泉码优化算法，创建了定制的分布函数 | NA | 提高喷泉码在DNA数据存储系统中的可靠性和容量 | 喷泉码在DNA数据存储中的优化方法 | NA | NA | 喷泉码 | NA | DNA数据 | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Data recovery methods for DNA storage based on fountain codes
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.048
PMID:38707543
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研究论文 | 本文提出了一种基于喷泉编码的DNA存储数据恢复方法 | 提出了一种利用喷泉编码自动重构损坏或丢失的DNA存储数据的方法 | 目前方法的局限性未在摘要中提及 | 研究DNA存储系统中的数据恢复技术 | 涉及DNA存储中的损坏或丢失的数据 | 数字病理学 | NA | 喷泉编码 | NA | 文本 | 使用了体内和体外实验的评估 |
| 12 | 2024-08-06 |
On secondary structure avoidance of codes for DNA storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.035
PMID:38146435
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研究论文 | 本文讨论了单链DNA存储中避免次级结构的重要性 | 提出了一种新颖的序列替换方法，成功解决了次级结构避免问题 | 未提及具体的实验数据或样本验证 | 研究如何在单链DNA序列中避免次级结构 | 单链DNA序列 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA |