生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 13 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-03-27 |
A generative adversarial network for multiple reads reconstruction in DNA storage
2024-12-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-83806-5
PMID:39738820
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research paper | 该论文提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，用于DNA存储中多读数的重建，以解决测序过程中的错误问题 | 首次将GAN应用于DNA存储中的多读数重建，相比传统方法在第三代测序技术中表现更优 | 仅在两套真实数据集上进行了测试，未在其他数据集上验证其泛化能力 | 解决DNA存储中由于合成、PCR和测序过程导致的错误读数问题 | DNA存储中的多读数数据 | machine learning | NA | 第三代纳米孔测序技术 | GAN | DNA序列数据 | 两套真实数据集 |
| 2 | 2025-01-16 |
Robust multi-read reconstruction from noisy clusters using deep neural network for DNA storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.02.019
PMID:39807110
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研究论文 | 本文提出了一种名为RobuSeqNet的深度神经网络，用于从包含噪声的DNA存储系统中稳健地重建多个读取序列 | RobuSeqNet通过注意力机制和精心设计的网络结构，能够处理包含链断裂、重排和错误聚类的高噪声集群，有效应对链内IDS错误 | NA | 解决DNA存储系统中由于合成、扩增、测序和存储过程中引入的各种错误导致的信息恢复挑战 | DNA存储系统中的序列重建 | 机器学习 | NA | 下一代测序（NGS） | 深度神经网络 | DNA序列数据 | 三个代表性的下一代测序数据集 |
| 3 | 2025-01-05 |
High-Speed Sequential DNA Computing Using a Solid-State DNA Origami Register
2024-Dec-25, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.4c01557
PMID:39735316
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研究论文 | 本文介绍了一种固态DNA折纸寄存器，用于高速顺序DNA计算 | 设计了一种固态DNA折纸寄存器，将输出数据从3D溶液压缩到2D表面，实现了可重写的寄存器，并开发了液态电路和固态寄存器的异质集成架构，显著减少了寄存器介导的信号传输时间 | 之前的DNA折纸寄存器仅支持单次写入操作，信号传输涉及繁琐且耗时的寄存器移动，限制了顺序计算的速度 | 提高顺序DNA计算的速度，并增强DNA分子算法的可视调试和自动执行能力 | DNA折纸寄存器 | DNA计算 | NA | DNA折纸技术 | NA | 分子数据 | NA |
| 4 | 2024-12-31 |
Stationary DNA Origami Register Drives Fast Sequential DNA Computing
2024-Dec-25, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.4c02006
PMID:39735317
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2024-12-26 |
Random Sanitization in DNA Information Storage Using CRISPR-Cas12a
2024-Dec-25, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c11380
PMID:39658506
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研究论文 | 本文提出了一种基于CRISPR-Cas12a的DNA信息存储随机消毒方法（RSDISC），用于实现元数据的安全擦除 | 利用CRISPR-Cas12a的侧链切割（trans-activity）特性，实现了对单链DNA（ssDNA）的选择性消毒，消毒效率高达99.9% | 目前的研究主要集中于存储和读取数据的过程，缺乏全面的元数据安全擦除解决方案 | 开发一种DNA信息存储中的随机消毒方法，以提高元数据的安全性和可管理性 | DNA信息存储中的元数据 | DNA信息存储 | NA | CRISPR-Cas12a | NA | DNA序列 | 28,258个寡核苷酸 |
| 6 | 2024-12-25 |
Harnessing Demethylase-Regulated Catalytic DNA Circuit for In-Situ Investigation of the Regulatory Connection with MicroRNA
2024-Dec-24, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05225
PMID:39668155
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研究论文 | 本文构建了一种由ALKBH5调节的催化DNA电路，用于在活细胞中进行miRNA的原位成像 | 本文创新性地将N6-甲基腺苷（mA）修饰的I-R3 DNAzyme引入电路组件，通过ALKBH5介导的去甲基化途径恢复其催化活性，实现了miRNA的高特异性和高灵敏度成像 | NA | 研究表观遗传调节因子与miRNA之间的潜在关联 | ALKBH5、miRNA、DNAzyme、催化DNA电路 | 生物分析 | NA | DNAzyme、催化DNA电路 | NA | DNA、miRNA | 活细胞 |
| 7 | 2024-12-24 |
Empowering DNA-Based Information Processing: Computation and Data Storage
2024-Dec-18, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c13948
PMID:39648356
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综述 | 本文综述了DNA计算和DNA数据存储领域的材料和界面进展 | 介绍了多种材料和界面在DNA信息处理技术中的应用，推动了DNA计算和DNA数据存储的显著进展 | 讨论了当前领域的瓶颈和障碍 | 总结DNA计算和DNA数据存储领域的最新进展，并探讨未来发展方向 | DNA计算和DNA数据存储系统中的材料和界面 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2024-12-20 |
Refined design of a DNA logic gate for implementing a DNA-based three-level circuit
2024-Dec-19, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d4nr03606a
PMID:39558877
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研究论文 | 本文提出了一种改进的DNA逻辑门设计，用于实现基于DNA的三级电路 | 本文创新性地提出了三级电路设计，将输入信号分为“无”、逻辑“0”和逻辑“1”三种情况，从而解决了现有DNA电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆 | NA | 旨在改进DNA计算电路的设计，解决现有电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆 | DNA逻辑门和基于DNA的三级电路 | NA | NA | DNA计算 | NA | NA | 34种输入组合和12条DNA链 |
| 9 | 2024-12-06 |
Multi-file dynamic compression method based on classification algorithm in DNA storage
2024-Dec, Medical & biological engineering & computing
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11517-024-03156-2
PMID:38922373
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研究论文 | 本文提出了一种基于机器学习分类算法的多文件动态压缩方法，以优化DNA存储中的数据压缩效果 | 该方法通过机器学习分类算法为每个文件选择最合适的压缩方法，相比传统单一压缩方法，显著提高了压缩比和成本效益 | 文章未提及该方法在实际应用中的效率和稳定性，以及对不同类型数据集的适应性 | 研究如何通过优化数据压缩方法降低DNA存储成本 | DNA存储中的数据压缩方法 | 机器学习 | NA | 机器学习分类算法 | k-nearest neighbor | 文件 | 收集了多个文件用于训练和验证 |
| 10 | 2024-11-23 |
A Deniable Encryption Method for Modulation-Based DNA Storage
2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00648-5
PMID:39155324
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研究论文 | 本文提出了一种基于调制技术的DNA存储否认加密方法 | 利用DNA噪声通道进行加密，实现了真实信息和虚假信息的不可区分性 | 未提及具体限制 | 确保DNA存储信息的安全性 | DNA存储中的信息加密与否认加密 | 生物信息学 | NA | DNA调制技术 | NA | DNA序列 | 未提及具体样本数量 |
| 11 | 2024-11-21 |
Optimizing fountain codes for DNA data storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.038
PMID:39559773
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研究论文 | 本文探讨了优化喷泉码在DNA数据存储中的应用 | 提出了针对DNA数据存储的喷泉码优化算法，创建了定制的分布函数 | NA | 提高喷泉码在DNA数据存储系统中的可靠性和容量 | 喷泉码在DNA数据存储中的优化方法 | NA | NA | 喷泉码 | NA | DNA数据 | NA |
| 12 | 2024-08-07 |
Data recovery methods for DNA storage based on fountain codes
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.048
PMID:38707543
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研究论文 | 本文提出了一种基于喷泉编码的DNA存储数据恢复方法 | 提出了一种利用喷泉编码自动重构损坏或丢失的DNA存储数据的方法 | 目前方法的局限性未在摘要中提及 | 研究DNA存储系统中的数据恢复技术 | 涉及DNA存储中的损坏或丢失的数据 | 数字病理学 | NA | 喷泉编码 | NA | 文本 | 使用了体内和体外实验的评估 |
| 13 | 2024-08-06 |
On secondary structure avoidance of codes for DNA storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.035
PMID:38146435
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研究论文 | 本文讨论了单链DNA存储中避免次级结构的重要性 | 提出了一种新颖的序列替换方法，成功解决了次级结构避免问题 | 未提及具体的实验数据或样本验证 | 研究如何在单链DNA序列中避免次级结构 | 单链DNA序列 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA |