生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-14	Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes 2024-Jul-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00726 PMID:38885464	综述	本文综述了细菌噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNA聚合酶）在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出了减少这些反应的设计策略	提出了减少T7 RNA聚合酶非启动子依赖性转录的设计策略，以提高DNA纳米技术和DNA计算应用的成功率	NA	探讨T7 RNA聚合酶在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出相应的设计策略	T7 RNA聚合酶在单链DNA区域的非启动子依赖性转录反应及其对DNA纳米结构和DNA计算功能的影响	生物技术	NA	RNA聚合酶	NA	DNA	NA
2	2024-09-20	PELMI: Realize robust DNA image storage under general errors via parity encoding and local mean iteration 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae463 PMID:39288232	研究论文	提出了一种基于奇偶校验编码和局部均值迭代的PELMI方案，以实现DNA图像存储的鲁棒性	通过奇偶校验编码和局部均值迭代，提高了DNA序列的稳定性和图像重建质量	未提及具体的研究局限性	提高DNA图像存储的鲁棒性和重建质量	DNA图像存储中的错误处理和图像重建	生物信息学	NA	奇偶校验编码、局部均值迭代	NA	图像	未提及具体样本数量
3	2024-08-07	A Dual-Recognition Fluorescence Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Specific Detection of Intact Lipid Nanoparticles via a Localized Scaffolding Autocatalytic DNA Circuit Amplifier 2024-07-16, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c00455 PMID:38967035	研究论文	开发了一种双识别荧光酶联免疫吸附测定法（DR-FELISA），用于直接分离和检测完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs）	结合双识别分离与一步信号放大策略，通过局部支架自催化DNA电路系统进行信号放大，提高了检测的灵敏度和效率	NA	开发一种新方法，用于特异性和敏感地检测完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs）	完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs）	生物技术	NA	荧光酶联免疫吸附测定法（FELISA）	局部支架自催化DNA电路（SADC）	脂质纳米颗粒	检测范围从0.2到1.25 mg/mL，检测限为0.1 mg/mL，血清样本中不同配方的i-LNPs回收率在94.8%到116.3%之间
4	2024-08-05	Spatially Localized Entropy-Driven Evolution of Nucleic Acid-Based Constitutional Dynamic Networks for Intracellular Imaging and Spatiotemporal Programmable Gene Therapy 2024-Jul-31, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c03651 PMID:39012486	研究论文	介绍了一种基于DNA的宪法动态网络的熵驱动高通量进化，用于癌细胞的内源成像和空间编程基因治疗	提出了一种可编程的空间局部DNA电路，能够在肿瘤细胞内实现基因调控治疗	未提及研究的具体局限性	研究基于DNA的动态网络在癌细胞治疗中的应用	主要针对乳腺癌细胞和肿瘤-bearing小鼠进行实验	数字病理学	乳腺癌	DNA电路	NA	NA	涉及肿瘤-bearing小鼠
5	2024-08-05	Explorer: efficient DNA coding by De Bruijn graph toward arbitrary local and global biochemical constraints 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae363 PMID:39073829	研究论文	本文提出了一种基于De Bruijn图的高效DNA编码算法Explorer。	Explorer能够在各种生化约束下进行编码，同时提高编码效率和比特率，Codeformer显示出在解码效率上超越传统算法的能力。	NA	旨在开发高效的DNA编码方法以应对信息存储的挑战。	针对DNA存储中的复杂生化约束进行编码和解码的算法。	数字病理学	NA	DNA编码	Transformer	序列	NA
6	2024-08-05	Selective Activation of Cascade Assembly Amplification for DNA Methyltransferase Detection Using a Double-Loop Interlocked DNA Circuit 2024-Jul-18, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c02498 PMID:39024185	研究论文	本研究设计了一个动态的DNA纳米设备，用于精确监测DNA腺苷甲基转移酶的活性	创新性地设计了一种双环互锁DNA电路，具备出色的灵敏度、特异性和稳定性	现有技术依赖DNA识别探针，易受DNA降解影响，且目标灵敏度和特异性有限	研究DNA腺苷甲基转移酶的活性监测方法	监测DNA腺苷甲基转移酶在复杂生物环境中的活性	数字病理学	NA	DNA纳米技术	双环互锁DNA电路	NA	NA
7	2024-08-05	Neural Network Circuits for Bionic Associative Memory and Temporal Order Memory Based on DNA Strand Displacement 2024-Jul-16, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3425060 PMID:39012737	研究论文	该文章构建了基于DNA链置换的仿生关联记忆和时间顺序记忆电路	通过DNA链置换反应实现了DNA分子层面的Pavlovian关联记忆，拓展了生物计算的发展和神经网络的应用场景	NA	探讨在DNA分子层面实现关联记忆和时间顺序记忆的可能性	DNA链置换反应构建的各种记忆电路	计算机视觉	NA	DNA链置换	NA	NA	NA
8	2024-08-05	Erasable and Field Programmable DNA Circuits Based on Configurable Logic Blocks 2024-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400011 PMID:38698560	研究论文	该文章提出了一种基于可配置逻辑块的可擦除现场可编程DNA电路	该电路通过使用操作控制信号的夹子链条实现了可擦除和现场可编程的功能，能高效实现多种逻辑操作	目前仅展示了基本的与二进制计算相关的操作，可能缺乏其他复杂电路的示范	研究和开发一种新的可编程DNA电路，提高其在实际应用中的可行性	本研究对象是基于可配置逻辑块的DNA电路	数字病理学	NA	DNA电路设计	可配置逻辑块	NA	NA
9	2024-08-05	High-Risk Sequence Prediction Model in DNA Storage: The LQSF Method 2024-Jul-08, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3424576 PMID:38976468	研究论文	本文介绍了一种利用深度学习模型预测高风险序列的LQSF方法，以改善传统DNA存储技术中的错误修正问题	LQSF方法通过主动过滤低质量序列，在编码阶段引入了积极的序列过滤，这是对传统方法的重大改进	未提及具体的限制因素	改善DNA存储技术中的错误修正，提高存储效率	高风险序列的预测与低质量序列的过滤	数字病理学	NA	深度学习	神经网络	序列数据	在多个数据集上进行了广泛的训练和测试，具体样本数量未提供
10	2024-08-05	DetSpace: a web server for engineering detectable pathways for bio-based chemical production 2024-Jul-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae287 PMID:38634809	研究论文	DetSpace是一个网络服务器，用于设计可检测的生物电路以促进生物基化学品的生产	提供了一种系统的方法来设计对特定目标化合物浓度响应的遗传电路	当前的生产效率在标度化过程中仍然面临挑战，如滴度、速率和产量	旨在提高生物基化学品的生产效率	研究生物电路的设计与应用	合成生物学	NA	生物传感器	NA	NA	NA
11	2024-08-06	Exploring the Potential of DNA Computing for Complex Big Data Problems: A Case Study on the Traveling Car Renter Problem 2024-Jul, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3396142 PMID:38709614	研究论文	本文探讨了DNA计算在复杂大数据问题中的潜力，以旅行租车问题为例	采用基于Adleman-Lipton模型的DNA算法解决旅行租车问题，展现了DNA计算在处理NP难题中的独特优势	对该算法的性能依赖于模拟实验和特定实例的计算，可能不能普遍适用于所有情况	研究DNA计算在复杂问题中的应用潜力，尤其是在旅行租车问题中的应用	旅行租车问题（TCRP），作为旅行销售员问题的变种	计算机科学	NA	DNA计算	Adleman-Lipton模型	模拟数据	多个旅行租车问题实例
12	2024-08-06	Design of DNA Storage Coding Scheme With LDPC Codes and Interleaving 2024-Jul, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3379976 PMID:38512749	研究论文	本文提出了一种新的DNA存储编码方案，使用低密度奇偶校验(平衡LDPC)编码和交织技术	该方法通过差分进化优化的交错LDPC编码确保了DNA存储的可靠性，并通过交织技术处理非均匀误差特征	本文未提及具体的限制	研究DNA存储系统中的编码方案以提高数据恢复性能	主要关注低密度奇偶校验代码和交织技术在DNA存储中的应用	NA	NA	低密度奇偶校验编码，交织技术	NA	NA	NA
13	2024-08-06	Inhibition of kinetic random-distribution in DNA Seesaw gates and biosensors for complete leakage prevention 2024-Jul-01, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2024.116203 PMID:38531225	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过DNA三重体设计有效抑制Seesaw基DNA电路的泄漏	发现了Seesaw基DNA电路泄漏的新源，并提出了基于DNA三重体的抑制新方法	尚未明确提及此方法在更复杂系统中的适用性	研究DNA电路和生物传感器中的泄漏问题并提出解决方案	Seesaw基DNA电路及其相关的生物传感器	生物医学	NA	DNA三重体	NA	实验数据	构建了基础Seesaw模块、AND门、OR门和DNA探测器