生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 91 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 存储介质 | 编码方案 | 计算范式 | 可扩展性指标 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-12-26 |
Random Sanitization in DNA Information Storage Using CRISPR-Cas12a
2024-Dec-25, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c11380
PMID:39658506
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研究论文 | 本文提出了一种基于CRISPR-Cas12a的DNA信息存储随机消毒方法（RSDISC），用于实现元数据的安全擦除 | 利用CRISPR-Cas12a的侧链切割（trans-activity）特性，实现了对单链DNA（ssDNA）的选择性消毒，消毒效率高达99.9% | 目前的研究主要集中于存储和读取数据的过程，缺乏全面的元数据安全擦除解决方案 | 开发一种DNA信息存储中的随机消毒方法，以提高元数据的安全性和可管理性 | DNA信息存储中的元数据 | DNA信息存储 | NA | CRISPR-Cas12a | NA | DNA序列 | 28,258个寡核苷酸 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-12-25 |
Harnessing Demethylase-Regulated Catalytic DNA Circuit for In-Situ Investigation of the Regulatory Connection with MicroRNA
2024-Dec-24, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c05225
PMID:39668155
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研究论文 | 本文构建了一种由ALKBH5调节的催化DNA电路，用于在活细胞中进行miRNA的原位成像 | 本文创新性地将N6-甲基腺苷（mA）修饰的I-R3 DNAzyme引入电路组件，通过ALKBH5介导的去甲基化途径恢复其催化活性，实现了miRNA的高特异性和高灵敏度成像 | NA | 研究表观遗传调节因子与miRNA之间的潜在关联 | ALKBH5、miRNA、DNAzyme、催化DNA电路 | 生物分析 | NA | DNAzyme、催化DNA电路 | NA | DNA、miRNA | 活细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-12-20 |
Refined design of a DNA logic gate for implementing a DNA-based three-level circuit
2024-Dec-19, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d4nr03606a
PMID:39558877
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研究论文 | 本文提出了一种改进的DNA逻辑门设计，用于实现基于DNA的三级电路 | 本文创新性地提出了三级电路设计，将输入信号分为“无”、逻辑“0”和逻辑“1”三种情况，从而解决了现有DNA电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆 | NA | 旨在改进DNA计算电路的设计，解决现有电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆 | DNA逻辑门和基于DNA的三级电路 | NA | NA | DNA计算 | NA | NA | 34种输入组合和12条DNA链 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-12-13 |
A rapid and inexpensive 96-well DNA-extraction method from blood using silicon dioxide powder (Glassmilk)
2024, Biology methods & protocols
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/biomethods/bpae079
PMID:39659671
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研究论文 | 本文介绍了一种使用硅 dioxide 粉末（Glassmilk）从 EDTA 抗凝血中快速提取 DNA 的高通量方法 | 该方法在 96 孔深孔板中进行，无需 DNA 转移，成本低且快速，避免了昂贵或有毒的试剂 | NA | 开发一种快速、经济且适用于多种样本类型的 DNA 提取方法 | 从 EDTA 抗凝血中提取 DNA | 分子生物学 | NA | DNA 提取 | NA | DNA | 96 个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-12-06 |
Multi-file dynamic compression method based on classification algorithm in DNA storage
2024-Dec, Medical & biological engineering & computing
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11517-024-03156-2
PMID:38922373
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研究论文 | 本文提出了一种基于机器学习分类算法的多文件动态压缩方法，以优化DNA存储中的数据压缩效果 | 该方法通过机器学习分类算法为每个文件选择最合适的压缩方法，相比传统单一压缩方法，显著提高了压缩比和成本效益 | 文章未提及该方法在实际应用中的效率和稳定性，以及对不同类型数据集的适应性 | 研究如何通过优化数据压缩方法降低DNA存储成本 | DNA存储中的数据压缩方法 | 机器学习 | NA | 机器学习分类算法 | k-nearest neighbor | 文件 | 收集了多个文件用于训练和验证 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-11-23 |
A Deniable Encryption Method for Modulation-Based DNA Storage
2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00648-5
PMID:39155324
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研究论文 | 本文提出了一种基于调制技术的DNA存储否认加密方法 | 利用DNA噪声通道进行加密，实现了真实信息和虚假信息的不可区分性 | 未提及具体限制 | 确保DNA存储信息的安全性 | DNA存储中的信息加密与否认加密 | 生物信息学 | NA | DNA调制技术 | NA | DNA序列 | 未提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-11-21 |
Optimizing fountain codes for DNA data storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.038
PMID:39559773
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研究论文 | 本文探讨了优化喷泉码在DNA数据存储中的应用 | 提出了针对DNA数据存储的喷泉码优化算法，创建了定制的分布函数 | NA | 提高喷泉码在DNA数据存储系统中的可靠性和容量 | 喷泉码在DNA数据存储中的优化方法 | NA | NA | 喷泉码 | NA | DNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-10-30 |
Exploring nanoparticle dynamics in binary chemical reactions within magnetized porous media: a computational analysis
2024-Oct-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-76757-4
PMID:39462113
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研究论文 | 研究了在磁化多孔介质中二元化学反应中的纳米颗粒动力学，并使用人工神经网络进行计算分析 | 结合反向传播人工神经网络和Levenberg-Marquardt算法评估混合纳米流体中的传热 | NA | 探讨人工神经网络在处理复杂非线性数学问题中的应用 | MgO + GO/EG混合纳米流体在指数拉伸表面的稳态混合对流流动 | 计算流体动力学 | NA | 人工神经网络 | 反向传播人工神经网络 | 数值数据 | 训练集70%，测试集15%，验证集15% | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-10-21 |
Reconstruction algorithms for DNA-storage systems
2024-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-51730-3
PMID:38263421
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研究论文 | 本文提出了一种用于DNA存储系统的重建算法，旨在通过动态规划方法最小化原始字符串与算法估计之间的编辑距离 | 本文提出了几种新的DNA重建算法，这些算法在全局范围内处理整个序列，并使用动态规划算法进行解码，无需对输入和迹的数量进行限制，并且在高错误概率下表现良好 | NA | 开发一种能够最小化DNA存储系统中原始字符串与算法估计之间编辑距离的重建算法 | DNA存储系统中的字符串重建问题 | 计算机科学 | NA | 动态规划算法 | NA | 字符串 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-10-09 |
DNA circuit-based immunoassay for ultrasensitive protein pattern classification
2024-Oct-07, The Analyst
DOI:10.1039/d4an00728j
PMID:39206940
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研究论文 | 本文介绍了一种基于DNA电路的免疫分析法i-PUMA，用于超灵敏蛋白质模式分类 | i-PUMA结合了ELISA协议的便利性和DNA/酶电路的计算能力，实现了对IL12、IL4和IFNγ细胞因子的超灵敏检测，并能创建2输入感知器类分类器 | NA | 开发一种超灵敏的免疫分析法，用于多标记样本分类 | IL12、IL4和IFNγ细胞因子 | 生物技术 | NA | DNA纳米技术 | 感知器类分类器 | 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-10-05 |
Efficient and low-complexity variable-to-variable length coding for DNA storage
2024-Oct-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05943-y
PMID:39354338
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研究论文 | 本文提出了一种高效的DNA存储系统中的变长编码方法，解决了同聚物和GC含量约束问题 | 引入了一种新的编码技术，能够在满足同聚物和GC含量约束的同时，保持线性复杂度并接近最优编码率 | NA | 解决DNA存储中的编码问题，提高编码效率和复杂度 | DNA存储系统中的数据编码 | NA | NA | 变长编码 | NA | DNA序列 | 随机生成的数据和现有文件 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-09-30 |
Levy Sooty Tern Optimization Algorithm Builds DNA Storage Coding Sets for Random Access
2024-Sep-11, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e26090778
PMID:39330111
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研究论文 | 本文提出了一种基于Levy Sooty Tern优化算法的DNA存储编码集构建方法，以实现高效的随机访问DNA存储系统 | 引入Levy飞行操作改进Sooty Tern优化算法，提出Levy Sooty Tern优化算法，并利用该算法构建满足组合约束的DNA存储编码集 | 未提及具体限制 | 解决DNA存储中的低存储密度、高延迟和存储过程中的错误问题 | DNA存储编码集的构建 | 生物信息学 | NA | Levy Sooty Tern优化算法 | Levy Sooty Tern优化算法 | DNA序列 | 13个基准测试函数 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-09-30 |
A biological circuit to anticipate trend
2024-Sep, Evolution letters
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/evlett/qrae027
PMID:39328288
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研究论文 | 本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势 | 本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性 | 本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证 | 研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势 | 生物电路的设计和其在趋势预测中的应用 | NA | NA | 指数移动平均 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-09-28 |
Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement
2024-Sep-24, Nanoscale advances
IF:4.6Q2
DOI:10.1039/d4na00379a
PMID:39323422
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研究论文 | 本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器 | 利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器 | NA | 开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用 | DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用 | NA | NA | DNA链置换技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-09-19 |
H-ACO with Consecutive Bases Pairing Constraint for Designing DNA Sequences
2024-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00614-1
PMID:38683280
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研究论文 | 本文提出了一种新的连续碱基配对约束，并结合层次蚁群算法（H-ACO）用于设计DNA序列 | 引入了连续碱基配对约束和层次蚁群算法（H-ACO），提高了DNA序列设计的效率和能力 | 未提及 | 改进DNA计算中的DNA序列设计 | DNA序列设计 | 生物信息学 | NA | 层次蚁群算法（H-ACO） | NA | DNA序列 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-09-14 |
GradHC: highly reliable gradual hash-based clustering for DNA storage systems
2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae274
PMID:38648049
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GradHC的基于哈希的渐进式聚类算法，用于DNA存储系统中的DNA读取聚类 | GradHC算法能够以高精度聚类各种类型的设计，包括不同长度的链、不同大小的簇以及不同错误范围 | NA | 解决DNA存储系统中DNA读取聚类的挑战 | DNA存储系统中的DNA读取 | NA | NA | 聚类算法 | GradHC | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-09-14 |
A dual-rule encoding DNA storage system using chaotic mapping to control GC content
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae113
PMID:38419588
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研究论文 | 本文提出了一种使用混沌映射控制GC含量的双规则编码DNA存储系统 | 该系统通过两种GC含量互补的编码规则对二进制数据进行编码，解决了早期编码方案忽视DNA序列生物约束性的问题 | NA | 解决DNA存储中合成和测序困难的问题 | DNA存储编码方案 | 生物信息学 | NA | 混沌映射 | NA | DNA序列 | 代表性文档和图像文件格式 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-20 |
Endogenous Glutathione-Activated Nucleic Acid Molecular Circuitry for Cell-Specific MicroRNA Imaging
2024-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c02570
PMID:39042763
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研究论文 | 本研究开发了一种内源性谷胱甘肽（GSH）调控的杂交链反应（HCR）电路，用于高对比度的miRNA成像 | 通过内源性GSH分子激活HCR系统，实现了对miRNA-21的选择性放大检测，避免了非目标细胞中的信号泄露 | NA | 开发一种新型的内源性激活DNA电路，用于提高活细胞中miRNA成像的敏感性和可靠性 | miRNA-21在特定肿瘤细胞中的成像 | 生物技术 | 肿瘤 | 杂交链反应（HCR） | NA | 分子 | 特定肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
A Dual-Recognition Fluorescence Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Specific Detection of Intact Lipid Nanoparticles via a Localized Scaffolding Autocatalytic DNA Circuit Amplifier
2024-07-16, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c00455
PMID:38967035
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研究论文 | 开发了一种双识别荧光酶联免疫吸附测定法（DR-FELISA），用于直接分离和检测完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs） | 结合双识别分离与一步信号放大策略，通过局部支架自催化DNA电路系统进行信号放大，提高了检测的灵敏度和效率 | NA | 开发一种新方法，用于特异性和敏感地检测完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs） | 完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs） | 生物技术 | NA | 荧光酶联免疫吸附测定法（FELISA） | 局部支架自催化DNA电路（SADC） | 脂质纳米颗粒 | 检测范围从0.2到1.25 mg/mL，检测限为0.1 mg/mL，血清样本中不同配方的i-LNPs回收率在94.8%到116.3%之间 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Storing Images in DNA via base128 Encoding
2024-03-11, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.3c01592
PMID:38385334
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研究论文 | 本文提出了一种通过base128编码将图像存储在DNA中的方法（DNA-base128），以提高图像存储的稳定性和重建率 | DNA-base128编码方法通过数据分割、概率统计和约束编码集关联，实现了内部错误纠正，减少了不期望的基序并降低了局部GC含量变异 | NA | 提高DNA存储方案在处理高度冗余和相关图像数据时的灵活性和一致性 | 图像数据的存储和重建 | 生物信息学 | NA | base128编码 | NA | 图像 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |