生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-09-26	Rewireable Building Blocks for Enzyme-Powered DNA Computing Networks 2024-Sep-25, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c07221 PMID:39255470	研究论文	本文探讨了通过酶驱动的DNA计算网络的可重构构建模块，以提高DNA神经网络的可扩展性	提出了三种策略来解决当前DNA神经网络架构的局限性，包括酶促合成高纯度神经元、基于网络位置的空间神经元集群模式以及在通用单链DNA骨架上编码神经元连接	当前DNA神经网络架构需要大量核酸来模拟单个神经元，导致组装时间长、背景信号高和组件间串扰	提高DNA神经网络的可扩展性，以实现便携式诊断、紧凑数据存储和芯片实验室的自主决策	DNA神经网络的可重构构建模块和自动化操作的微流控设备	生物信息学	NA	酶促合成	DNA神经网络	DNA	NA
42	2024-09-20	Advanced DNA Amplification for Efficient Data Storage 2024-Sep-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c12102 PMID:39254000	研究论文	本文探讨了DNA扩增技术在数据存储中的应用及其面临的挑战	本文提出了优化DNA存储协议以提高可扩展性和鲁棒性的方法，并探讨了酶促过程和新扩增方法的进展	本文未详细讨论具体的优化方法和新技术	研究如何利用先进的DNA扩增策略提高数据存储的效率和可行性	DNA扩增技术及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	聚合酶链反应（PCR）、等温扩增	NA	DNA	NA
43	2024-09-20	Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids 2024-Sep-18, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02388-9 PMID:39294394	研究论文	本文研究了噬菌体λ核酸外切酶（λExo）与5'-磷酸化DNA引导序列结合，实现对双链核酸的无PAM依赖性靶向识别	本文发现λExo酶的活性，并展示了5'-磷酸化单链DNA（pDNA）与双链DNA和DNA-RNA杂交体的互补区域结合，无需PAM样基序，显著扩展了靶向序列的范围	NA	探索新的双链核酸序列特异性识别方法，减少脱靶效应	噬菌体λ核酸外切酶、5'-磷酸化单链DNA、双链DNA和DNA-RNA杂交体	分子诊断学	NA	单分子荧光共振能量转移分析	NA	DNA	NA
44	2024-09-20	PELMI: Realize robust DNA image storage under general errors via parity encoding and local mean iteration 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae463 PMID:39288232	研究论文	提出了一种基于奇偶校验编码和局部均值迭代的PELMI方案，以实现DNA图像存储的鲁棒性	通过奇偶校验编码和局部均值迭代，提高了DNA序列的稳定性和图像重建质量	未提及具体的研究局限性	提高DNA图像存储的鲁棒性和重建质量	DNA图像存储中的错误处理和图像重建	生物信息学	NA	奇偶校验编码、局部均值迭代	NA	图像	未提及具体样本数量
45	2024-09-19	H-ACO with Consecutive Bases Pairing Constraint for Designing DNA Sequences 2024-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00614-1 PMID:38683280	研究论文	本文提出了一种新的连续碱基配对约束，并结合层次蚁群算法（H-ACO）用于设计DNA序列	引入了连续碱基配对约束和层次蚁群算法（H-ACO），提高了DNA序列设计的效率和能力	未提及	改进DNA计算中的DNA序列设计	DNA序列设计	生物信息学	NA	层次蚁群算法（H-ACO）	NA	DNA序列	未提及
46	2024-09-14	GradHC: highly reliable gradual hash-based clustering for DNA storage systems 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae274 PMID:38648049	研究论文	本文介绍了一种名为GradHC的基于哈希的渐进式聚类算法，用于DNA存储系统中的DNA读取聚类	GradHC算法能够以高精度聚类各种类型的设计，包括不同长度的链、不同大小的簇以及不同错误范围	NA	解决DNA存储系统中DNA读取聚类的挑战	DNA存储系统中的DNA读取	NA	NA	聚类算法	GradHC	DNA序列	NA
47	2024-09-14	A dual-rule encoding DNA storage system using chaotic mapping to control GC content 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae113 PMID:38419588	研究论文	本文提出了一种使用混沌映射控制GC含量的双规则编码DNA存储系统	该系统通过两种GC含量互补的编码规则对二进制数据进行编码，解决了早期编码方案忽视DNA序列生物约束性的问题	NA	解决DNA存储中合成和测序困难的问题	DNA存储编码方案	生物信息学	NA	混沌映射	NA	DNA序列	代表性文档和图像文件格式
48	2024-08-24	The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells 2024-Aug-15, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2024.06.001 PMID:38971158	综述	本文综述了合成生物学中利用卷曲螺旋（CC）二聚体形成模块作为调控蛋白质组装和生物过程的构建块的潜力	CC模块提供了高度特异性和正交的蛋白质-蛋白质相互作用，设计规则允许对这些相互作用进行精确控制和可调性	NA	探讨CC在哺乳动物细胞中的多样化应用潜力	卷曲螺旋（CC）模块在哺乳动物细胞中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
49	2024-08-23	Advances and Challenges in Random Access Techniques for In Vitro DNA Data Storage 2024-Aug-21, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c07235 PMID:39110103	综述	本文综述了DNA存储技术中随机访问功能的最新进展、面临的挑战及当前解决方案	总结了实现DNA存储中随机访问功能的新技术	现有DNA存储技术在实现快速准确的随机访问功能方面存在困难，限制了其在工业中的实际应用	帮助研究人员更好地理解随机访问步骤对DNA存储整体发展的重要性，并探讨其未来研究趋势	DNA存储技术中的随机访问功能	NA	NA	DNA存储技术	NA	DNA数据	NA
50	2024-08-22	The Promise and Potential of Brain Organoids 2024-Aug, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302745 PMID:38252094	综述	本文综述了脑类器官的生成技术、当前和潜在应用以及该领域的未来方向	脑类器官作为一种颠覆性技术，具有复杂的结构，包含多种神经细胞类型、突触和髓鞘，能够用于毒理学测试、疾病建模、感染研究、个性化医疗和基因-环境相互作用研究	NA	探讨脑类器官在神经科学研究中的应用，以及其在疾病建模、药物开发和人类大脑发育与障碍理解方面的潜力	脑类器官及其在多个领域的应用	NA	NA	NA	NA	NA	NA
51	2024-08-20	Ionic liquid-based aqueous biphasic system as an alternative tool for enhanced bacterial DNA extraction 2024-Sep-08, Analytica chimica acta IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.aca.2024.343045 PMID:39155099	研究论文	本文探讨了基于离子液体的水相双相系统在增强细菌DNA提取中的应用	提出了使用基于离子液体的水相双相系统作为DNA提取的新方法，该方法成本效益高且环境友好	在DNA回收率和双相系统可重复使用性方面仍有改进空间	开发一种替代且环保的DNA提取方法	细菌DNA的提取	NA	NA	基于离子液体的水相双相系统	NA	DNA	使用了鲑鱼精DNA和细菌质粒DNA进行实验
52	2024-08-20	Endogenous Glutathione-Activated Nucleic Acid Molecular Circuitry for Cell-Specific MicroRNA Imaging 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c02570 PMID:39042763	研究论文	本研究开发了一种内源性谷胱甘肽（GSH）调控的杂交链反应（HCR）电路，用于高对比度的miRNA成像	通过内源性GSH分子激活HCR系统，实现了对miRNA-21的选择性放大检测，避免了非目标细胞中的信号泄露	NA	开发一种新型的内源性激活DNA电路，用于提高活细胞中miRNA成像的敏感性和可靠性	miRNA-21在特定肿瘤细胞中的成像	生物技术	肿瘤	杂交链反应（HCR）	NA	分子	特定肿瘤细胞
53	2024-08-07	A Dual-Recognition Fluorescence Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for Specific Detection of Intact Lipid Nanoparticles via a Localized Scaffolding Autocatalytic DNA Circuit Amplifier 2024-07-16, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c00455 PMID:38967035	研究论文	开发了一种双识别荧光酶联免疫吸附测定法（DR-FELISA），用于直接分离和检测完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs）	结合双识别分离与一步信号放大策略，通过局部支架自催化DNA电路系统进行信号放大，提高了检测的灵敏度和效率	NA	开发一种新方法，用于特异性和敏感地检测完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs）	完整的脂质纳米颗粒（i-LNPs）	生物技术	NA	荧光酶联免疫吸附测定法（FELISA）	局部支架自催化DNA电路（SADC）	脂质纳米颗粒	检测范围从0.2到1.25 mg/mL，检测限为0.1 mg/mL，血清样本中不同配方的i-LNPs回收率在94.8%到116.3%之间
54	2024-08-07	Storing Images in DNA via base128 Encoding 2024-03-11, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.3c01592 PMID:38385334	研究论文	本文提出了一种通过base128编码将图像存储在DNA中的方法（DNA-base128），以提高图像存储的稳定性和重建率	DNA-base128编码方法通过数据分割、概率统计和约束编码集关联，实现了内部错误纠正，减少了不期望的基序并降低了局部GC含量变异	NA	提高DNA存储方案在处理高度冗余和相关图像数据时的灵活性和一致性	图像数据的存储和重建	生物信息学	NA	base128编码	NA	图像	未具体说明样本数量
55	2024-08-05	Spatially Localized Entropy-Driven Evolution of Nucleic Acid-Based Constitutional Dynamic Networks for Intracellular Imaging and Spatiotemporal Programmable Gene Therapy 2024-Jul-31, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c03651 PMID:39012486	研究论文	介绍了一种基于DNA的宪法动态网络的熵驱动高通量进化，用于癌细胞的内源成像和空间编程基因治疗	提出了一种可编程的空间局部DNA电路，能够在肿瘤细胞内实现基因调控治疗	未提及研究的具体局限性	研究基于DNA的动态网络在癌细胞治疗中的应用	主要针对乳腺癌细胞和肿瘤-bearing小鼠进行实验	数字病理学	乳腺癌	DNA电路	NA	NA	涉及肿瘤-bearing小鼠
56	2024-08-05	Intelligent Cell Profiling and Precision Release: Multimolecular Marker-Activated Transmembrane DNA Computing Nanosystem 2024-05-14, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01122 PMID:38691774	研究论文	本研究开发了多分子标记激活的跨膜DNA计算系统（MTD）用于准确分类肿瘤细胞	MTD系统利用细胞膜作为原生门控，能够直接在简单的空间事件后输出信号，省去了多步骤信号转换的需求	NA	提高肿瘤细胞的分类精度，以便于癌症诊断和治疗	主要针对MCF-7细胞及其他三种癌细胞系（HeLa和HepG2）进行研究	数字病理学	癌症	DNA计算	AND-AND逻辑门控制系统	影像信号	涉及四种细胞（MCF-7, HeLa, HepG2, 和 MCF-10A）的混合群体
57	2024-08-05	Spherical Nucleic Acid-Mediated Spatial Matching-Guided Nonenzymatic DNA Circuits for the Prediction and Prevention of Malignant Tumor Invasion 2024-05-07, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c00476 PMID:38663871	研究论文	这篇文章展示了一种基于金纳米颗粒的球形核酸介导的空间匹配引导非酶DNA电路，用于有效筛查细胞内miRNA	提出了一种新型的DNA电路，具有显著增强的核酸酶抵抗力和信号放大能力	在复杂生物介质中的表现尚未充分验证	精准预测和及时防止肿瘤发生	细胞内miRNA的检测，特别是活体内miRNA的成像	数字病理学	恶性肿瘤	金纳米颗粒	非酶DNA电路	荧光信号	NA
58	2024-08-05	Endogenous AND Logic DNA Nanomachine for Highly Specific Cancer Cell Imaging 2024-05-07, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c00211 PMID:38656919	研究论文	本研究构建了一种内源性AND逻辑DNA纳米机器，实现对癌细胞的高特异性成像	该研究结合了内源性酶驱动策略与逻辑响应和局部信号放大能力，克服了单一生物标志物传感策略的限制	局部DNA电路在特定影像癌细胞的能力受限于与单一生物标志物感应策略相关的信号泄漏问题	本研究旨在提高癌细胞成像的特异性以改善癌症的临床诊断和预后研究	研究对象为携带特定癌症相关生物标志物的癌细胞	数字病理学	癌症	DNA电路	内源性AND逻辑DNA纳米机器	荧光信号	NA
59	2024-08-05	Multiply Guaranteed Catalytic DNA Circuit for Cancer-Cell-Selective Imaging of miRNA and Robust Evaluation of Drug Resistance 2024-04-09, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c00018 PMID:38529650	研究论文	提出了一种新颖的DNA电路激活策略，用于选择性成像细胞内miRNA和评估药物耐药性	利用DNA修复酶（APE1）激活策略，增强了miRNA探测的信号与背景比，并提高了癌细胞的选择性成像	未提及特定的局限性	实现癌细胞选择性成像和药物耐受性评估的工具开发	研究癌细胞中的miRNA及其在药物耐药性中的作用	数字病理学	癌症	DNA电路	NA	荧光信号	NA
60	2024-08-05	Explorer: efficient DNA coding by De Bruijn graph toward arbitrary local and global biochemical constraints 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae363 PMID:39073829	研究论文	本文提出了一种基于De Bruijn图的高效DNA编码算法Explorer。	Explorer能够在各种生化约束下进行编码，同时提高编码效率和比特率，Codeformer显示出在解码效率上超越传统算法的能力。	NA	旨在开发高效的DNA编码方法以应对信息存储的挑战。	针对DNA存储中的复杂生化约束进行编码和解码的算法。	数字病理学	NA	DNA编码	Transformer	序列	NA