生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-21	Reconstruction algorithms for DNA-storage systems 2024-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-51730-3 PMID:38263421	研究论文	本文提出了一种用于DNA存储系统的重建算法，旨在通过动态规划方法最小化原始字符串与算法估计之间的编辑距离	本文提出了几种新的DNA重建算法，这些算法在全局范围内处理整个序列，并使用动态规划算法进行解码，无需对输入和迹的数量进行限制，并且在高错误概率下表现良好	NA	开发一种能够最小化DNA存储系统中原始字符串与算法估计之间编辑距离的重建算法	DNA存储系统中的字符串重建问题	计算机科学	NA	动态规划算法	NA	字符串	NA
22	2024-10-19	Advancements in DNA computing: exploring DNA logic systems and their biomedical applications 2024-Oct-17, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d4tb00936c PMID:39282799	综述	本文综述了DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用	介绍了基于功能DNA序列、纳米材料和三维DNA纳米结构的新型DNA逻辑系统，并总结了推动DNA计算的材料创新	讨论了DNA计算发展中存在的挑战和未来研究方向	总结DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用	DNA逻辑系统及其在细胞成像、临床诊断和疾病治疗中的应用	生物信息学	NA	DNA计算	NA	NA	NA
23	2024-10-18	An Effective DNA-Based File Storage System for Practical Archiving and Retrieval of Medical MRI Data 2024-Oct, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301585 PMID:38807543	研究论文	本文提出了一种基于DNA的文件存储系统，用于实际存档和检索医学MRI数据	本文的创新点包括一种新的分段策略来解决旋转编码中的数据丢失问题，一种基于规则的四进制转码方法以满足生物约束并确保可靠映射，以及一种索引技术以简化随机搜索和访问	NA	开发一种有效的基于DNA的医学数据存储系统，以解决长期、高密度数据存档的需求	医学MRI数据	计算生物学	NA	DNA存储	NA	MRI数据	NA
24	2024-10-09	Flow Cytometry Sorting for Random Access in DNA Data Storage: Encapsulation for Enhanced Stability and Sequence Integrity of DNA 2024-Oct-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c04637 PMID:39319639	研究论文	本研究开发了一种利用流式细胞术分选技术对编码数据的荧光DNA微粒进行分选和随机访问的方法，并通过层层自组装形成封装的荧光DNA微粒，以提高DNA数据存储的稳定性和序列完整性	本研究创新性地利用流式细胞术分选技术实现了DNA数据存储中的随机访问，并通过封装技术提高了DNA微粒在恶劣条件下的结构和序列完整性	NA	研究如何保护和检索DNA存储过程中的数据，提高DNA数据存储的稳定性和随机可读性	荧光DNA微粒及其在DNA数据存储中的应用	NA	NA	流式细胞术分选技术	NA	DNA	NA
25	2024-10-09	Titanium Carbide-Based Spatiotemporally Selectable-Activated Entropy-Driven DNA Nanoplatform for Amplified MicroRNA Imaging and Photothermal Therapy In Vivo 2024-Oct-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03628 PMID:39342508	研究论文	本文介绍了一种基于钛碳化物的时空选择性激活熵驱动DNA纳米平台，用于体内微小RNA成像和光热治疗	提出了一种光热激活的熵驱动链置换反应模块，结合光热转换模块，实现了时空控制的微小RNA-21体内成像和成像引导的光热治疗	NA	开发一种精确的癌症诊断和高效治疗的新型纳米治疗平台	微小RNA-21的体内成像和光热治疗	生物医学诊断与治疗	NA	光热转换技术	NA	NA	NA
26	2024-10-09	DNA circuit-based immunoassay for ultrasensitive protein pattern classification 2024-Oct-07, The Analyst DOI:10.1039/d4an00728j PMID:39206940	研究论文	本文介绍了一种基于DNA电路的免疫分析法i-PUMA，用于超灵敏蛋白质模式分类	i-PUMA结合了ELISA协议的便利性和DNA/酶电路的计算能力，实现了对IL12、IL4和IFNγ细胞因子的超灵敏检测，并能创建2输入感知器类分类器	NA	开发一种超灵敏的免疫分析法，用于多标记样本分类	IL12、IL4和IFNγ细胞因子	生物技术	NA	DNA纳米技术	感知器类分类器	蛋白质	NA
27	2024-10-05	Efficient and low-complexity variable-to-variable length coding for DNA storage 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05943-y PMID:39354338	研究论文	本文提出了一种高效的DNA存储系统中的变长编码方法，解决了同聚物和GC含量约束问题	引入了一种新的编码技术，能够在满足同聚物和GC含量约束的同时，保持线性复杂度并接近最优编码率	NA	解决DNA存储中的编码问题，提高编码效率和复杂度	DNA存储系统中的数据编码	NA	NA	变长编码	NA	DNA序列	随机生成的数据和现有文件
28	2024-09-30	Levy Sooty Tern Optimization Algorithm Builds DNA Storage Coding Sets for Random Access 2024-Sep-11, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e26090778 PMID:39330111	研究论文	本文提出了一种基于Levy Sooty Tern优化算法的DNA存储编码集构建方法，以实现高效的随机访问DNA存储系统	引入Levy飞行操作改进Sooty Tern优化算法，提出Levy Sooty Tern优化算法，并利用该算法构建满足组合约束的DNA存储编码集	未提及具体限制	解决DNA存储中的低存储密度、高延迟和存储过程中的错误问题	DNA存储编码集的构建	生物信息学	NA	Levy Sooty Tern优化算法	Levy Sooty Tern优化算法	DNA序列	13个基准测试函数
29	2024-09-30	A biological circuit to anticipate trend 2024-Sep, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qrae027 PMID:39328288	研究论文	本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势	本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性	本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证	研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势	生物电路的设计和其在趋势预测中的应用	NA	NA	指数移动平均	NA	NA	NA
30	2024-09-28	Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement 2024-Sep-24, Nanoscale advances IF:4.6Q2 DOI:10.1039/d4na00379a PMID:39323422	研究论文	本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器	利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器	NA	开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用	DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用	NA	NA	DNA链置换技术	NA	NA	NA
31	2024-09-26	Rewireable Building Blocks for Enzyme-Powered DNA Computing Networks 2024-Sep-25, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c07221 PMID:39255470	研究论文	本文探讨了通过酶驱动的DNA计算网络的可重构构建模块，以提高DNA神经网络的可扩展性	提出了三种策略来解决当前DNA神经网络架构的局限性，包括酶促合成高纯度神经元、基于网络位置的空间神经元集群模式以及在通用单链DNA骨架上编码神经元连接	当前DNA神经网络架构需要大量核酸来模拟单个神经元，导致组装时间长、背景信号高和组件间串扰	提高DNA神经网络的可扩展性，以实现便携式诊断、紧凑数据存储和芯片实验室的自主决策	DNA神经网络的可重构构建模块和自动化操作的微流控设备	生物信息学	NA	酶促合成	DNA神经网络	DNA	NA
32	2024-09-20	Advanced DNA Amplification for Efficient Data Storage 2024-Sep-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c12102 PMID:39254000	研究论文	本文探讨了DNA扩增技术在数据存储中的应用及其面临的挑战	本文提出了优化DNA存储协议以提高可扩展性和鲁棒性的方法，并探讨了酶促过程和新扩增方法的进展	本文未详细讨论具体的优化方法和新技术	研究如何利用先进的DNA扩增策略提高数据存储的效率和可行性	DNA扩增技术及其在数据存储中的应用	生物技术	NA	聚合酶链反应（PCR）、等温扩增	NA	DNA	NA
33	2024-09-20	Bacteriophage λ exonuclease and a 5'-phosphorylated DNA guide allow PAM-independent targeting of double-stranded nucleic acids 2024-Sep-18, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02388-9 PMID:39294394	研究论文	本文研究了噬菌体λ核酸外切酶（λExo）与5'-磷酸化DNA引导序列结合，实现对双链核酸的无PAM依赖性靶向识别	本文发现λExo酶的活性，并展示了5'-磷酸化单链DNA（pDNA）与双链DNA和DNA-RNA杂交体的互补区域结合，无需PAM样基序，显著扩展了靶向序列的范围	NA	探索新的双链核酸序列特异性识别方法，减少脱靶效应	噬菌体λ核酸外切酶、5'-磷酸化单链DNA、双链DNA和DNA-RNA杂交体	分子诊断学	NA	单分子荧光共振能量转移分析	NA	DNA	NA
34	2024-09-20	PELMI: Realize robust DNA image storage under general errors via parity encoding and local mean iteration 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae463 PMID:39288232	研究论文	提出了一种基于奇偶校验编码和局部均值迭代的PELMI方案，以实现DNA图像存储的鲁棒性	通过奇偶校验编码和局部均值迭代，提高了DNA序列的稳定性和图像重建质量	未提及具体的研究局限性	提高DNA图像存储的鲁棒性和重建质量	DNA图像存储中的错误处理和图像重建	生物信息学	NA	奇偶校验编码、局部均值迭代	NA	图像	未提及具体样本数量
35	2024-09-19	H-ACO with Consecutive Bases Pairing Constraint for Designing DNA Sequences 2024-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00614-1 PMID:38683280	研究论文	本文提出了一种新的连续碱基配对约束，并结合层次蚁群算法（H-ACO）用于设计DNA序列	引入了连续碱基配对约束和层次蚁群算法（H-ACO），提高了DNA序列设计的效率和能力	未提及	改进DNA计算中的DNA序列设计	DNA序列设计	生物信息学	NA	层次蚁群算法（H-ACO）	NA	DNA序列	未提及
36	2024-09-14	GradHC: highly reliable gradual hash-based clustering for DNA storage systems 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae274 PMID:38648049	研究论文	本文介绍了一种名为GradHC的基于哈希的渐进式聚类算法，用于DNA存储系统中的DNA读取聚类	GradHC算法能够以高精度聚类各种类型的设计，包括不同长度的链、不同大小的簇以及不同错误范围	NA	解决DNA存储系统中DNA读取聚类的挑战	DNA存储系统中的DNA读取	NA	NA	聚类算法	GradHC	DNA序列	NA
37	2024-09-14	A dual-rule encoding DNA storage system using chaotic mapping to control GC content 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae113 PMID:38419588	研究论文	本文提出了一种使用混沌映射控制GC含量的双规则编码DNA存储系统	该系统通过两种GC含量互补的编码规则对二进制数据进行编码，解决了早期编码方案忽视DNA序列生物约束性的问题	NA	解决DNA存储中合成和测序困难的问题	DNA存储编码方案	生物信息学	NA	混沌映射	NA	DNA序列	代表性文档和图像文件格式
38	2024-08-24	The art of designed coiled-coils for the regulation of mammalian cells 2024-Aug-15, Cell chemical biology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.chembiol.2024.06.001 PMID:38971158	综述	本文综述了合成生物学中利用卷曲螺旋（CC）二聚体形成模块作为调控蛋白质组装和生物过程的构建块的潜力	CC模块提供了高度特异性和正交的蛋白质-蛋白质相互作用，设计规则允许对这些相互作用进行精确控制和可调性	NA	探讨CC在哺乳动物细胞中的多样化应用潜力	卷曲螺旋（CC）模块在哺乳动物细胞中的应用	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
39	2024-08-23	Advances and Challenges in Random Access Techniques for In Vitro DNA Data Storage 2024-Aug-21, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c07235 PMID:39110103	综述	本文综述了DNA存储技术中随机访问功能的最新进展、面临的挑战及当前解决方案	总结了实现DNA存储中随机访问功能的新技术	现有DNA存储技术在实现快速准确的随机访问功能方面存在困难，限制了其在工业中的实际应用	帮助研究人员更好地理解随机访问步骤对DNA存储整体发展的重要性，并探讨其未来研究趋势	DNA存储技术中的随机访问功能	NA	NA	DNA存储技术	NA	DNA数据	NA
40	2024-08-22	The Promise and Potential of Brain Organoids 2024-Aug, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302745 PMID:38252094	综述	本文综述了脑类器官的生成技术、当前和潜在应用以及该领域的未来方向	脑类器官作为一种颠覆性技术，具有复杂的结构，包含多种神经细胞类型、突触和髓鞘，能够用于毒理学测试、疾病建模、感染研究、个性化医疗和基因-环境相互作用研究	NA	探讨脑类器官在神经科学研究中的应用，以及其在疾病建模、药物开发和人类大脑发育与障碍理解方面的潜力	脑类器官及其在多个领域的应用	NA	NA	NA	NA	NA	NA