生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-25	Harnessing Demethylase-Regulated Catalytic DNA Circuit for In-Situ Investigation of the Regulatory Connection with MicroRNA 2024-Dec-24, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05225 PMID:39668155	研究论文	本文构建了一种由ALKBH5调节的催化DNA电路，用于在活细胞中进行miRNA的原位成像	本文创新性地将N6-甲基腺苷（mA）修饰的I-R3 DNAzyme引入电路组件，通过ALKBH5介导的去甲基化途径恢复其催化活性，实现了miRNA的高特异性和高灵敏度成像	NA	研究表观遗传调节因子与miRNA之间的潜在关联	ALKBH5、miRNA、DNAzyme、催化DNA电路	生物分析	NA	DNAzyme、催化DNA电路	NA	DNA、miRNA	活细胞
22	2024-12-24	Empowering DNA-Based Information Processing: Computation and Data Storage 2024-Dec-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c13948 PMID:39648356	综述	本文综述了DNA计算和DNA数据存储领域的材料和界面进展	介绍了多种材料和界面在DNA信息处理技术中的应用，推动了DNA计算和DNA数据存储的显著进展	讨论了当前领域的瓶颈和障碍	总结DNA计算和DNA数据存储领域的最新进展，并探讨未来发展方向	DNA计算和DNA数据存储系统中的材料和界面	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23	2024-12-20	Refined design of a DNA logic gate for implementing a DNA-based three-level circuit 2024-Dec-19, Nanoscale IF:5.8Q1 DOI:10.1039/d4nr03606a PMID:39558877	研究论文	本文提出了一种改进的DNA逻辑门设计，用于实现基于DNA的三级电路	本文创新性地提出了三级电路设计，将输入信号分为“无”、逻辑“0”和逻辑“1”三种情况，从而解决了现有DNA电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆	NA	旨在改进DNA计算电路的设计，解决现有电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆	DNA逻辑门和基于DNA的三级电路	NA	NA	DNA计算	NA	NA	34种输入组合和12条DNA链
24	2024-12-13	A rapid and inexpensive 96-well DNA-extraction method from blood using silicon dioxide powder (Glassmilk) 2024, Biology methods & protocols IF:2.5Q3 DOI:10.1093/biomethods/bpae079 PMID:39659671	研究论文	本文介绍了一种使用硅 dioxide 粉末（Glassmilk）从 EDTA 抗凝血中快速提取 DNA 的高通量方法	该方法在 96 孔深孔板中进行，无需 DNA 转移，成本低且快速，避免了昂贵或有毒的试剂	NA	开发一种快速、经济且适用于多种样本类型的 DNA 提取方法	从 EDTA 抗凝血中提取 DNA	分子生物学	NA	DNA 提取	NA	DNA	96 个样本
25	2024-12-09	"Cell Disk" DNA Storage System Capable of Random Reading and Rewriting 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305921 PMID:38332565	研究论文	本文介绍了一种名为“Cell Disk”的DNA存储系统，能够在体内实现高密度DNA数据存储，并支持随机读取和重写	该系统利用酵母细胞作为存储单元，通过定制的CRISPR/Cas9模块实现对目标细胞块的选择性检索、擦除或重写，并开发了具有无损压缩能力的编解码算法以提高信息密度	NA	实现DNA存储系统中的随机读取和重写功能	酵母细胞中的DNA数据存储	生物信息学	NA	CRISPR/Cas9	NA	DNA数据	最多包含10个‘块’的模拟细胞‘磁盘’
26	2024-12-06	Multi-file dynamic compression method based on classification algorithm in DNA storage 2024-Dec, Medical & biological engineering & computing IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11517-024-03156-2 PMID:38922373	研究论文	本文提出了一种基于机器学习分类算法的多文件动态压缩方法，以优化DNA存储中的数据压缩效果	该方法通过机器学习分类算法为每个文件选择最合适的压缩方法，相比传统单一压缩方法，显著提高了压缩比和成本效益	文章未提及该方法在实际应用中的效率和稳定性，以及对不同类型数据集的适应性	研究如何通过优化数据压缩方法降低DNA存储成本	DNA存储中的数据压缩方法	机器学习	NA	机器学习分类算法	k-nearest neighbor	文件	收集了多个文件用于训练和验证
27	2024-11-24	DP-ID: Interleaving and Denoising to Improve the Quality of DNA Storage Image 2024-Nov-22, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00671-6 PMID:39578306	研究论文	本文提出了一种名为DP-ID的新编码和解码方法，用于提高DNA存储图像的质量	DP-ID方法通过交织和去噪技术，有效处理插入和删除错误，提高了信息密度和重建图像的质量	NA	提高DNA存储图像的质量和信息密度	DNA存储图像的编码和解码方法	NA	NA	动态规划算法	NA	图像	NA
28	2024-11-23	A Deniable Encryption Method for Modulation-Based DNA Storage 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00648-5 PMID:39155324	研究论文	本文提出了一种基于调制技术的DNA存储否认加密方法	利用DNA噪声通道进行加密，实现了真实信息和虚假信息的不可区分性	未提及具体限制	确保DNA存储信息的安全性	DNA存储中的信息加密与否认加密	生物信息学	NA	DNA调制技术	NA	DNA序列	未提及具体样本数量
29	2024-11-21	Optimizing fountain codes for DNA data storage 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.038 PMID:39559773	研究论文	本文探讨了优化喷泉码在DNA数据存储中的应用	提出了针对DNA数据存储的喷泉码优化算法，创建了定制的分布函数	NA	提高喷泉码在DNA数据存储系统中的可靠性和容量	喷泉码在DNA数据存储中的优化方法	NA	NA	喷泉码	NA	DNA数据	NA
30	2024-11-14	Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes 2024-Jul-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00726 PMID:38885464	综述	本文综述了细菌噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNA聚合酶）在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出了减少这些反应的设计策略	提出了减少T7 RNA聚合酶非启动子依赖性转录的设计策略，以提高DNA纳米技术和DNA计算应用的成功率	NA	探讨T7 RNA聚合酶在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出相应的设计策略	T7 RNA聚合酶在单链DNA区域的非启动子依赖性转录反应及其对DNA纳米结构和DNA计算功能的影响	生物技术	NA	RNA聚合酶	NA	DNA	NA
31	2024-11-06	Parallel molecular data storage by printing epigenetic bits on DNA 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08040-5 PMID:39443776	研究论文	提出了一种通过酶促甲基化在DNA上打印表观遗传信息位的新方法，实现了大规模并行数据存储	利用预制的核酸通过自组装和酶促甲基化在DNA模板上精确引入表观遗传修饰，实现了无需合成的数据写入	需要进一步验证该方法在实际应用中的稳定性和可扩展性	探索一种新的DNA数据存储方式，超越现有的硅基数据存储技术	DNA数据存储的效率和成本	生物信息学	NA	酶促甲基化、纳米孔测序	NA	DNA序列	60名缺乏专业生物实验室经验的志愿者参与了实验
32	2024-10-30	Exploring nanoparticle dynamics in binary chemical reactions within magnetized porous media: a computational analysis 2024-Oct-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76757-4 PMID:39462113	研究论文	研究了在磁化多孔介质中二元化学反应中的纳米颗粒动力学，并使用人工神经网络进行计算分析	结合反向传播人工神经网络和Levenberg-Marquardt算法评估混合纳米流体中的传热	NA	探讨人工神经网络在处理复杂非线性数学问题中的应用	MgO + GO/EG混合纳米流体在指数拉伸表面的稳态混合对流流动	计算流体动力学	NA	人工神经网络	反向传播人工神经网络	数值数据	训练集70%，测试集15%，验证集15%
33	2024-10-21	Reconstruction algorithms for DNA-storage systems 2024-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-51730-3 PMID:38263421	研究论文	本文提出了一种用于DNA存储系统的重建算法，旨在通过动态规划方法最小化原始字符串与算法估计之间的编辑距离	本文提出了几种新的DNA重建算法，这些算法在全局范围内处理整个序列，并使用动态规划算法进行解码，无需对输入和迹的数量进行限制，并且在高错误概率下表现良好	NA	开发一种能够最小化DNA存储系统中原始字符串与算法估计之间编辑距离的重建算法	DNA存储系统中的字符串重建问题	计算机科学	NA	动态规划算法	NA	字符串	NA
34	2024-10-19	Advancements in DNA computing: exploring DNA logic systems and their biomedical applications 2024-Oct-17, Journal of materials chemistry. B DOI:10.1039/d4tb00936c PMID:39282799	综述	本文综述了DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用	介绍了基于功能DNA序列、纳米材料和三维DNA纳米结构的新型DNA逻辑系统，并总结了推动DNA计算的材料创新	讨论了DNA计算发展中存在的挑战和未来研究方向	总结DNA计算逻辑系统的最新进展及其在生物医学领域的应用	DNA逻辑系统及其在细胞成像、临床诊断和疾病治疗中的应用	生物信息学	NA	DNA计算	NA	NA	NA
35	2024-10-18	An Effective DNA-Based File Storage System for Practical Archiving and Retrieval of Medical MRI Data 2024-Oct, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301585 PMID:38807543	研究论文	本文提出了一种基于DNA的文件存储系统，用于实际存档和检索医学MRI数据	本文的创新点包括一种新的分段策略来解决旋转编码中的数据丢失问题，一种基于规则的四进制转码方法以满足生物约束并确保可靠映射，以及一种索引技术以简化随机搜索和访问	NA	开发一种有效的基于DNA的医学数据存储系统，以解决长期、高密度数据存档的需求	医学MRI数据	计算生物学	NA	DNA存储	NA	MRI数据	NA
36	2024-10-09	DNA circuit-based immunoassay for ultrasensitive protein pattern classification 2024-Oct-07, The Analyst DOI:10.1039/d4an00728j PMID:39206940	研究论文	本文介绍了一种基于DNA电路的免疫分析法i-PUMA，用于超灵敏蛋白质模式分类	i-PUMA结合了ELISA协议的便利性和DNA/酶电路的计算能力，实现了对IL12、IL4和IFNγ细胞因子的超灵敏检测，并能创建2输入感知器类分类器	NA	开发一种超灵敏的免疫分析法，用于多标记样本分类	IL12、IL4和IFNγ细胞因子	生物技术	NA	DNA纳米技术	感知器类分类器	蛋白质	NA
37	2024-10-05	Efficient and low-complexity variable-to-variable length coding for DNA storage 2024-Oct-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05943-y PMID:39354338	研究论文	本文提出了一种高效的DNA存储系统中的变长编码方法，解决了同聚物和GC含量约束问题	引入了一种新的编码技术，能够在满足同聚物和GC含量约束的同时，保持线性复杂度并接近最优编码率	NA	解决DNA存储中的编码问题，提高编码效率和复杂度	DNA存储系统中的数据编码	NA	NA	变长编码	NA	DNA序列	随机生成的数据和现有文件
38	2024-09-30	Levy Sooty Tern Optimization Algorithm Builds DNA Storage Coding Sets for Random Access 2024-Sep-11, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e26090778 PMID:39330111	研究论文	本文提出了一种基于Levy Sooty Tern优化算法的DNA存储编码集构建方法，以实现高效的随机访问DNA存储系统	引入Levy飞行操作改进Sooty Tern优化算法，提出Levy Sooty Tern优化算法，并利用该算法构建满足组合约束的DNA存储编码集	未提及具体限制	解决DNA存储中的低存储密度、高延迟和存储过程中的错误问题	DNA存储编码集的构建	生物信息学	NA	Levy Sooty Tern优化算法	Levy Sooty Tern优化算法	DNA序列	13个基准测试函数
39	2024-09-30	A biological circuit to anticipate trend 2024-Sep, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qrae027 PMID:39328288	研究论文	本文介绍了一种简单的生物电路，用于预测环境变化的趋势	本文提出的生物电路通过计算短期和长期指数移动平均值的差异来测量动量，从而预测未来趋势，这一方法具有简单性和普遍性	本文未详细讨论该生物电路在实际生物系统中的应用和验证	研究如何通过生物电路预测环境变化的趋势	生物电路的设计和其在趋势预测中的应用	NA	NA	指数移动平均	NA	NA	NA
40	2024-09-28	Scalable DNA recognition circuits based on DNA strand displacement 2024-Sep-24, Nanoscale advances IF:4.6Q2 DOI:10.1039/d4na00379a PMID:39323422	研究论文	本文提出并实现了一种基于DNA链置换技术的分子识别电路，能够实现识别和求和功能，并构建了分子比较器	利用DNA链置换技术开发了一种可扩展的分子识别电路，并集成了交叉抑制模块以构建分子比较器	NA	开发基于DNA链置换技术的分子识别电路，并探索其在智能分子电路或生物传感器中的应用	DNA分子识别电路及其在分子计算中的应用	NA	NA	DNA链置换技术	NA	NA	NA