生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 91 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 存储介质 | 编码方案 | 计算范式 | 可扩展性指标 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes
2024-07-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.3c00726
PMID:38885464
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综述 | 探讨如何减少DNA纳米结构和链置换复合物中启动子非依赖性转录的策略 | 系统总结了T7 RNAP启动子非依赖性转录对DNA纳米技术的影响，并提出了具体的设计缓解策略 | 主要聚焦于T7 RNAP，未涉及其他RNA聚合酶的类似问题 | 提高T7 RNAP在DNA纳米技术和DNA计算应用中的成功率 | 噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNAP）的启动子非依赖性转录行为 | DNA纳米技术 | NA | DNA纳米技术，链置换反应，转录分析 | NA | 文献数据，实验观察 | NA | DNA | NA | DNA计算 | NA |
| 2 | 2025-10-05 |
A DNA circuit that records molecular events
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn3329
PMID:38578999
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研究论文 | 开发了一种能够记录分子事件信息的DNA电路系统 | 首次实现了能够同时记录分子信号出现顺序、浓度和持续时间等多参数信息的分子事件记录器 | 事件持续时间记录的准确率为75%，仍有提升空间 | 开发能够记录瞬态分子事件信息的分子记录系统 | 分子信号的出现时间、强度和持续时间 | 分子计算 | NA | 链置换反应网络，引物交换反应，DNA测序 | NA | DNA序列数据 | NA | DNA | 引物交换反应编码 | DNA计算,分子计算 | 可实现大规模分子事件解码，适用于动态反应环境、活细胞或组织 |
| 3 | 2025-10-05 |
An Effective DNA-Based File Storage System for Practical Archiving and Retrieval of Medical MRI Data
2024-10, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301585
PMID:38807543
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研究论文 | 提出一种基于DNA的医疗MRI数据存储系统，解决数据完整性、准确性和高效检索问题 | 提出包含分段策略、基于规则的四进制转码方法和索引技术的综合DNA存储方法 | 仅通过计算机模拟和生物实验验证，尚未进行大规模实际应用 | 开发用于医疗MRI数据存档和检索的DNA存储系统 | 医疗MRI数据 | 合成生物学 | NA | DNA数据存储 | NA | 医学影像数据 | NA | DNA | 四进制编码 | DNA计算 | 高密度数据存储、长期存档、高效检索 |
| 4 | 2025-10-05 |
FEN1-assisted DNA logic amplifier circuit for fast and compact DNA computing
2024-Apr-23, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d4cc00203b
PMID:38577866
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研究论文 | 本研究开发了基于FEN1酶催化信号放大的DNA逻辑放大器电路，用于实现快速紧凑的DNA计算 | 利用FEN1催化的信号放大反应构建DNA逻辑门，输入链浓度低于1 nM，比其他DNA逻辑电路低100倍以上 | NA | 开发快速紧凑的DNA计算方法 | DNA逻辑放大器电路 | 分子计算 | NA | FEN1酶催化信号放大 | DNA逻辑门（AND-OR、OR-AND、FAN-IN、FAN-OUT、4位平方根电路） | DNA链 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 输入浓度低于1 nM，快速紧凑的计算能力 |
| 5 | 2025-10-05 |
Programmable Primer Switching for Regulating Enzymatic DNA Circuits
2024-02-13, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.3c12000
PMID:38286819
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研究论文 | 提出一种通过引入可切换导线实现酶促DNA电路可编程调控的引物切换调控方法 | 开发了引物切换调控机制，无需重构基础电路框架即可通过添加切换导线实现复杂功能 | 未明确说明实验规模和数据量限制 | 开发更灵活便捷的酶促DNA电路调控方法 | 酶促DNA电路和引物调控机制 | DNA计算 | NA | DNA链置换反应(SDRs) | NA | 分子电路数据 | NA | DNA | NA | DNA计算,分子计算 | 支持级联、扇入/扇出、双轨、前馈和反馈等复杂电路功能 |
| 6 | 2025-10-05 |
Rapid Information Retrieval from DNA Storage with Microfluidic Very Large-Scale Integration Platform
2024-04, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202309867
PMID:38048539
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微流控超大规模集成平台实现DNA存储数据快速读取的方法 | 结合微流控VLSI平台实现高度并行化DNA数据读取，并通过片上熔解曲线分析解码多状态DNA编码数据 | 未提及具体存储容量限制和错误率数据 | 开发快速、低成本的DNA数据检索技术 | DNA存储系统中的编码数据 | DNA存储技术 | NA | 微流控VLSI平台、熔解曲线分析、DNA识别技术 | NA | DNA编码数据 | NA | DNA | 多状态编码 | DNA计算 | 可扩展平台，支持高度并行数据读取 |
| 7 | 2025-10-05 |
A Spatially Controlled Proximity Split Tweezer Switch for Enhanced DNA Circuit Construction and Multifunctional Transduction
2024-05, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202307421
PMID:38072808
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研究论文 | 开发了一种基于空间控制邻近分裂镊子开关的DNA电路构建策略，用于增强生物分子信号转导 | 利用双链镊子结构的刚性与发夹锁的阻碍效应协同作用，有效减少电路泄漏，并实现多类型靶标检测 | 未明确说明具体实验规模和应用场景的局限性 | 开发高效低泄漏的DNA电路构建方法，实现多功能生物分子信号转导 | 核酸、小分子和蛋白质等生物分子靶标 | 分子计算 | NA | DNA链置换反应，邻近分裂镊子开关技术 | NA | 分子信号数据 | NA | DNA | 核酸序列编码 | DNA计算，分子计算 | 可扩展的复杂性，系统兼容性，适用于复杂转导网络构建 |
| 8 | 2025-10-05 |
A generative adversarial network for multiple reads reconstruction in DNA storage
2024-12-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-83806-5
PMID:39738820
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研究论文 | 提出一种基于生成对抗网络的DNA存储多读段重建方法，将多读段转换为噪声图像并通过条件GAN生成共识序列 | 首次将生成对抗网络应用于DNA存储的多读段重建，能够处理第三代测序技术的高错误率数据 | 未明确说明模型在更大规模数据集上的性能表现 | 解决DNA存储中因合成、PCR和测序过程导致的读段错误问题 | DNA存储系统中的多读段数据 | 机器学习 | NA | 纳米孔测序，下一代测序 | GAN，条件生成对抗网络 | DNA测序读段，图像表示 | 两个真实数据集 | DNA | NA | 分子计算，DNA计算 | 可处理高达5.9%错误率的序列，在20%读段污染情况下仍保持鲁棒性 |
| 9 | 2025-10-05 |
Converting an allocentric goal into an egocentric steering signal
2024-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-07006-3
PMID:38326612
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇中央复合体中将世界坐标系的目标信号转换为身体坐标系转向信号的神经回路机制 | 首次在果蝇大脑中发现并描述了将朝向角度和目标角度比较生成转向信号的完整神经回路 | 研究主要基于果蝇模型，在更复杂动物中的适用性需要进一步验证 | 理解空间导航中不同坐标信号如何相互作用指导导航行为的神经机制 | 果蝇大脑中的EPG神经元、FC2神经元和PFL3神经元 | 神经科学 | NA | 光遗传学激活、突触传递干扰、定量分析 | 神经回路计算模型 | 神经元活动记录、行为数据 | 果蝇神经元回路 | NA | NA | 神经计算 | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Three-Point-Star Deoxyribonucleic Acid Tiles with the Core Arm Length at Three Half-Turns for Two-Dimensional Archimedean Tilings and Beyond
2024-05-14, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acs.langmuir.4c00985
PMID:38686650
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研究论文 | 本文报道了利用核心臂长为三个半螺旋的三点星DNA瓦片构建二维阿基米德铺砌和复杂镶嵌图案的研究 | 开发了新型3PSO DNA瓦片，通过中心交叉杂交编织结构实现了多种二维铺砌图案的构建，并首次将3PSO与4PSO、2PSO瓦片组合形成复杂镶嵌 | 研究中使用的DNA寡核苷酸支架长度固定为96-nt，可能限制了结构的多样性 | 探索新型DNA瓦片在构建复杂二维纳米结构中的应用 | 三点星DNA瓦片及其组装形成的二维纳米结构 | DNA纳米技术 | NA | DNA自组装技术，交叉杂交编织 | NA | 分子结构数据 | 使用96-nt长度的环形DNA寡核苷酸作为支架 | DNA | NA | DNA计算 | 能够构建复杂的二维镶嵌图案，在纳米制造、DNA计算和生物医学中具有广泛应用潜力 |
| 11 | 2025-10-05 |
Programming and monitoring surface-confined DNA computing
2024-02, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2023.107080
PMID:38183684
|
综述 | 系统评述表面受限DNA计算的编程与监测方法及其应用 | 首次系统总结不同表面（DNA折纸、纳米颗粒、脂质膜和芯片）对DNA计算的限制效应及其操控方法 | 未提出新的实验数据或计算模型，主要基于现有文献的归纳分析 | 探讨表面受限DNA计算系统的设计原理、监测技术及应用前景 | 基于表面反应的DNA计算系统 | 分子计算 | NA | DNA计算，表面反应技术 | NA | 分子相互作用数据 | NA | DNA | NA | DNA计算，分子计算 | 相较于溶液体系具有更高的特异性和计算速度 |
| 12 | 2025-10-05 |
Flow Cytometry Sorting for Random Access in DNA Data Storage: Encapsulation for Enhanced Stability and Sequence Integrity of DNA
2024-10-08, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c04637
PMID:39319639
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于流式细胞分选技术的DNA数据存储方法，通过封装荧光DNA微粒增强数据稳定性和序列完整性 | 采用流式细胞分选技术实现DNA数据存储中的随机访问，并通过层层自组装封装技术保护DNA结构完整性 | NA | 提高DNA数据存储的长期稳定性和随机读取能力 | 封装荧光DNA微粒 | DNA数据存储 | NA | 流式细胞分选技术，层层自组装封装，微流控芯片 | NA | 数字数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 高密度DNA负载，长期稳定性，随机读取能力 |
| 13 | 2025-10-05 |
Titanium Carbide-Based Spatiotemporally Selectable-Activated Entropy-Driven DNA Nanoplatform for Amplified MicroRNA Imaging and Photothermal Therapy In Vivo
2024-10-08, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c03628
PMID:39342508
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研究论文 | 开发了一种基于碳化钛的时空选择性激活熵驱动DNA纳米平台，用于活体内microRNA成像和光热治疗 | 通过近红外激光功率调控实现时空选择性microRNA成像和成像引导的按需治疗 | 未明确说明实验样本数量和具体技术参数 | 开发精确癌症诊断和高效治疗的纳米诊疗平台 | microRNA-21和癌细胞 | 生物医学工程 | 癌症 | 熵驱动链置换反应、光热治疗、荧光成像 | DNA纳米平台 | 荧光信号、图像数据 | NA | DNA | DNA链置换编码 | 分子计算 | 时空选择性成像和按需治疗能力 |
| 14 | 2025-10-05 |
Robust multi-read reconstruction from noisy clusters using deep neural network for DNA storage
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.02.019
PMID:39807110
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研究论文 | 提出一种基于深度神经网络的鲁棒多读重建方法RobuSeqNet，用于DNA存储系统中的序列重建 | 首次设计专门处理含污染序列噪声簇的神经网络，通过注意力机制和精心设计的网络结构有效应对链断裂、重排和错误聚类等问题 | 仅在三个下一代测序数据集上验证，未测试在其他类型DNA存储数据上的性能 | 提高DNA存储系统中序列重建的准确性和鲁棒性 | DNA存储系统中的序列重建 | 机器学习 | NA | 下一代测序 | 深度神经网络，注意力机制 | DNA测序数据 | 三个下一代测序数据集 | DNA | NA | 分子计算，DNA计算 | 在含20%污染序列的噪声簇中仍保持96.44%-99.74%的重建成功率 |
| 15 | 2025-10-05 |
Efficient data reconstruction: The bottleneck of large-scale application of DNA storage
2024-04-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113699
PMID:38517891
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综述 | 本文回顾DNA存储技术现状，分析数据重建瓶颈对大规模应用的影响 | 从数据重建角度系统分析DNA存储技术瓶颈，提出影响实际应用的关键因素 | 未提出具体解决方案，主要基于现有技术分析 | 探讨DNA存储技术在大规模应用中的数据重建瓶颈问题 | DNA存储技术及其数据重建过程 | 生物信息存储 | NA | DNA合成、DNA测序 | NA | 数字数据 | NA | DNA | NA | DNA计算 | 存储容量、持久性、重建成本与延迟 |
| 16 | 2025-01-05 |
High-Speed Sequential DNA Computing Using a Solid-State DNA Origami Register
2024-Dec-25, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.4c01557
PMID:39735316
|
研究论文 | 本文介绍了一种固态DNA折纸寄存器，用于高速顺序DNA计算 | 设计了一种固态DNA折纸寄存器，将输出数据从3D溶液压缩到2D表面，实现了可重写的寄存器，并开发了液态电路和固态寄存器的异质集成架构，显著减少了寄存器介导的信号传输时间 | 之前的DNA折纸寄存器仅支持单次写入操作，信号传输涉及繁琐且耗时的寄存器移动，限制了顺序计算的速度 | 提高顺序DNA计算的速度，并增强DNA分子算法的可视调试和自动执行能力 | DNA折纸寄存器 | DNA计算 | NA | DNA折纸技术 | NA | 分子数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-12-31 |
Stationary DNA Origami Register Drives Fast Sequential DNA Computing
2024-Dec-25, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.4c02006
PMID:39735317
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-12-28 |
Exploring the Potential of DNA Computing for Complex Big Data Problems: A Case Study on the Traveling Car Renter Problem
2024-07, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2024.3396142
PMID:38709614
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研究论文 | 本文探讨了DNA计算在解决复杂大数据问题中的潜力，特别是针对旅行租车问题（TCRP）的案例研究 | 提出了一种基于Adleman-Lipton模型的DNA算法来解决TCRP问题，展示了DNA计算在并行计算中的潜力 | 研究仅通过模拟实验验证了算法的有效性，未在实际DNA计算环境中进行测试 | 探索DNA计算在解决NP难问题中的应用，特别是针对TCRP问题 | 旅行租车问题（TCRP） | 计算机科学 | NA | DNA计算 | Adleman-Lipton模型 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-12-28 |
Design of DNA Storage Coding Scheme With LDPC Codes and Interleaving
2024-07, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2024.3379976
PMID:38512749
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研究论文 | 本文提出了一种新的DNA存储编码方案，结合了低密度奇偶校验（LDPC）码和交织技术 | 通过使用优化的LDPC码和交织技术，显著减少了完美恢复所需的寡核苷酸读取次数，并开发了一个非均匀二进制对称通道的DNA通道模型 | 未提及具体实验样本数量及实际应用中的潜在限制 | 提高DNA存储的可靠性和解码性能 | DNA存储编码方案 | 机器学习 | NA | LDPC码, 交织技术 | LDPC | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-12-28 |
An Encoding Table Corresponding to ASCII Codes for DNA Data Storage and a New Error Correction Method HMSA
2024-04, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2024.3356522
PMID:38252580
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研究论文 | 本文提出了一种与ASCII码对应的DNA数据存储编码表及新的错误校正方法HMSA | 结合ASCII码构建了ASCII-DNA编码表，并提出了新的错误校正方法HMSA，能够校正Reads中的替换、插入和删除错误，以及连续错误 | 未提及具体实验数据或实际应用中的限制 | 标准化DNA编码系统，提高DNA数据存储的编码密度和错误校正能力 | DNA数据存储系统 | 数据存储 | NA | DNA编码、错误校正 | HMSA | 文本、音频、视频 | NA | NA | NA | NA | NA |