生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-03	Rapid Information Retrieval from DNA Storage with Microfluidic Very Large-Scale Integration Platform 2024-04, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202309867 PMID:38048539	研究论文	介绍了一种使用微流控超大规模集成（mVLSI）平台从DNA存储中快速检索信息的方法	利用mVLSI平台实现高度并行和快速的DNA数据读取，并通过芯片熔解曲线分析解码DNA中的多状态数据	未提及该方法在成本、准确率或大规模应用中的具体表现	开发一种快速、高效的DNA数据检索技术	DNA存储的数据	生物技术	NA	微流控超大规模集成（mVLSI）平台、DNA识别、熔解曲线分析	NA	DNA数据	NA
2	2025-03-29	A Spatially Controlled Proximity Split Tweezer Switch for Enhanced DNA Circuit Construction and Multifunctional Transduction 2024-05, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202307421 PMID:38072808	研究论文	本文开发了一种基于空间控制的邻近分裂镊子开关（PST）策略，用于增强DNA电路构建和多功能转导	利用双链镊子的刚性和发夹锁的阻碍效应，有效减少电路泄漏，并设计独立于目标结合序列的自由输出链，实现对多种靶标的适应性	NA	开发一种新型DNA电路构建和信号转导策略，以增强复杂核酸电路的构建和多功能转导	DNA链置换反应和核酸电路	生物分子工程	NA	DNA链置换反应	NA	核酸序列	NA
3	2025-03-27	A generative adversarial network for multiple reads reconstruction in DNA storage 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83806-5 PMID:39738820	research paper	该论文提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的方法，用于DNA存储中多读数的重建，以解决测序过程中的错误问题	首次将GAN应用于DNA存储中的多读数重建，相比传统方法在第三代测序技术中表现更优	仅在两套真实数据集上进行了测试，未在其他数据集上验证其泛化能力	解决DNA存储中由于合成、PCR和测序过程导致的错误读数问题	DNA存储中的多读数数据	machine learning	NA	第三代纳米孔测序技术	GAN	DNA序列数据	两套真实数据集
4	2025-03-13	Converting an allocentric goal into an egocentric steering signal 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07006-3 PMID:38326612	研究论文	本文描述了果蝇中央复合体中的一个神经元回路，该回路通过比较内部生成的头向角和目标角来生成以身体为中心的转向信号	揭示了果蝇大脑中如何将两个群体水平的外中心信号进行比较，以产生适合运动控制的内中心输出信号	研究仅限于果蝇模型，尚未在其他物种中验证	研究果蝇大脑中神经元回路如何将外中心目标转换为内中心转向信号	果蝇的神经元回路	神经科学	NA	光遗传学	神经元回路模型	神经元活动数据	果蝇
5	2025-03-05	What does a consent conversation for whole genome sequencing look like in the NHS Genomic Medicine Service? An observational study 2024-Nov-26, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01749-x PMID:39592828	研究论文	本文通过观察研究，探讨了英格兰基因组医学服务中全基因组测序（WGS）的同意对话内容	首次通过音频记录和分析，揭示了WGS同意对话的实际内容和结构，特别是在罕见病儿童父母与医疗专业人员之间的对话	研究样本量较小（n=26），且仅限于英格兰的七个NHS信托机构，可能无法全面反映所有情况	了解英格兰基因组医学服务中全基因组测序的同意对话内容和结构	罕见病儿童父母与医疗专业人员之间的同意对话	基因组医学	罕见病	全基因组测序（WGS）	NA	音频记录	26次同意对话
6	2025-03-01	Three-Point-Star Deoxyribonucleic Acid Tiles with the Core Arm Length at Three Half-Turns for Two-Dimensional Archimedean Tilings and Beyond 2024-05-14, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acs.langmuir.4c00985 PMID:38686650	研究论文	本文报道了使用新型三点星DNA瓦片构建二维阿基米德镶嵌图案及复杂镶嵌图案的研究	提出了一种新型三点星DNA瓦片（3PSO），并通过与四点星DNA瓦片（4PSO）和两点星DNA瓦片（2PSO）的组合，实现了复杂的镶嵌图案	未明确提及研究的局限性	探索DNA瓦片在纳米制造、纳米电子学、纳米光子学、生物医学传感、药物递送和治疗等领域的应用	三点星DNA瓦片（3PSO）及其与四点星DNA瓦片（4PSO）和两点星DNA瓦片（2PSO）的组合	纳米技术	NA	DNA自组装技术	NA	NA	NA
7	2025-02-23	Programming and monitoring surface-confined DNA computing 2024-02, Bioorganic chemistry IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.bioorg.2023.107080 PMID:38183684	综述	本文系统回顾了基于表面的DNA计算系统的计算生物分子相互作用及其操作方法，并描述了这些系统的监测技术和应用	本文详细探讨了表面限制的DNA计算系统相较于溶液基系统的优势，如更高的特异性和计算速度	讨论了表面限制DNA计算的优势和挑战，但未具体指出其局限性	探讨基于表面的DNA计算系统的计算生物分子相互作用及其应用	DNA origamis、纳米颗粒、脂质膜和芯片等表面限制的DNA计算系统	分子计算	NA	DNA计算	NA	NA	NA
8	2025-02-21	Flow Cytometry Sorting for Random Access in DNA Data Storage: Encapsulation for Enhanced Stability and Sequence Integrity of DNA 2024-10-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c04637 PMID:39319639	研究论文	本研究开发了一种利用流式细胞术分选技术保护和检索DNA存储过程中数据的方法，通过封装荧光DNA微粒增强其稳定性和序列完整性	采用流式细胞术分选技术实现DNA数据存储中的随机访问，并通过层层自组装封装荧光DNA微粒以增强其稳定性和序列完整性	未提及具体的数据存储容量和长期稳定性测试的时间范围	提高DNA数据存储的长期稳定性和随机读取能力	荧光DNA微粒	DNA数据存储	NA	流式细胞术分选（FCS），层层自组装	NA	DNA数据	未提及具体样本数量
9	2025-02-21	Titanium Carbide-Based Spatiotemporally Selectable-Activated Entropy-Driven DNA Nanoplatform for Amplified MicroRNA Imaging and Photothermal Therapy In Vivo 2024-10-08, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c03628 PMID:39342508	研究论文	本文介绍了一种基于碳化钛的时空选择性激活熵驱动DNA纳米平台，用于体内微RNA成像和光热治疗	该平台通过近红外激光功率的变化实现时空控制的miRNA-21成像和成像引导的光热治疗，创新性地结合了光热转换和熵驱动链置换反应	NA	开发一种能够实现时空选择性miRNA成像和成像引导治疗的纳米诊疗平台，用于精确癌症诊断和高效治疗	miRNA-21	生物医学工程	癌症	光热转换技术、熵驱动链置换反应	NA	荧光信号	NA
10	2025-01-16	Robust multi-read reconstruction from noisy clusters using deep neural network for DNA storage 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.02.019 PMID:39807110	研究论文	本文提出了一种名为RobuSeqNet的深度神经网络，用于从包含噪声的DNA存储系统中稳健地重建多个读取序列	RobuSeqNet通过注意力机制和精心设计的网络结构，能够处理包含链断裂、重排和错误聚类的高噪声集群，有效应对链内IDS错误	NA	解决DNA存储系统中由于合成、扩增、测序和存储过程中引入的各种错误导致的信息恢复挑战	DNA存储系统中的序列重建	机器学习	NA	下一代测序（NGS）	深度神经网络	DNA序列数据	三个代表性的下一代测序数据集
11	2025-01-15	Efficient data reconstruction: The bottleneck of large-scale application of DNA storage 2024-04-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113699 PMID:38517891	综述	本文回顾了现有的先进DNA存储方法，分析了数据写入和读取各阶段生物技术方法的特点和性能，并从数据重建的角度讨论了影响DNA存储的潜在因素	从数据重建的角度分析DNA存储的挑战和影响因素，为大规模应用DNA存储提供了新的视角	未提出具体的解决方案，主要集中于现有方法的回顾和分析	探讨DNA存储在大规模应用中的数据重建瓶颈	DNA存储技术	生物信息学	NA	DNA合成与测序技术	NA	数字数据	NA
12	2025-01-05	High-Speed Sequential DNA Computing Using a Solid-State DNA Origami Register 2024-Dec-25, ACS central science IF:12.7Q1 DOI:10.1021/acscentsci.4c01557 PMID:39735316	研究论文	本文介绍了一种固态DNA折纸寄存器，用于高速顺序DNA计算	设计了一种固态DNA折纸寄存器，将输出数据从3D溶液压缩到2D表面，实现了可重写的寄存器，并开发了液态电路和固态寄存器的异质集成架构，显著减少了寄存器介导的信号传输时间	之前的DNA折纸寄存器仅支持单次写入操作，信号传输涉及繁琐且耗时的寄存器移动，限制了顺序计算的速度	提高顺序DNA计算的速度，并增强DNA分子算法的可视调试和自动执行能力	DNA折纸寄存器	DNA计算	NA	DNA折纸技术	NA	分子数据	NA
13	2024-12-31	Stationary DNA Origami Register Drives Fast Sequential DNA Computing 2024-Dec-25, ACS central science IF:12.7Q1 DOI:10.1021/acscentsci.4c02006 PMID:39735317	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14	2024-12-28	Exploring the Potential of DNA Computing for Complex Big Data Problems: A Case Study on the Traveling Car Renter Problem 2024-07, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3396142 PMID:38709614	研究论文	本文探讨了DNA计算在解决复杂大数据问题中的潜力，特别是针对旅行租车问题（TCRP）的案例研究	提出了一种基于Adleman-Lipton模型的DNA算法来解决TCRP问题，展示了DNA计算在并行计算中的潜力	研究仅通过模拟实验验证了算法的有效性，未在实际DNA计算环境中进行测试	探索DNA计算在解决NP难问题中的应用，特别是针对TCRP问题	旅行租车问题（TCRP）	计算机科学	NA	DNA计算	Adleman-Lipton模型	模拟数据	NA
15	2024-12-28	Design of DNA Storage Coding Scheme With LDPC Codes and Interleaving 2024-07, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3379976 PMID:38512749	研究论文	本文提出了一种新的DNA存储编码方案，结合了低密度奇偶校验（LDPC）码和交织技术	通过使用优化的LDPC码和交织技术，显著减少了完美恢复所需的寡核苷酸读取次数，并开发了一个非均匀二进制对称通道的DNA通道模型	未提及具体实验样本数量及实际应用中的潜在限制	提高DNA存储的可靠性和解码性能	DNA存储编码方案	机器学习	NA	LDPC码, 交织技术	LDPC	DNA序列数据	NA
16	2024-12-28	An Encoding Table Corresponding to ASCII Codes for DNA Data Storage and a New Error Correction Method HMSA 2024-04, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2024.3356522 PMID:38252580	研究论文	本文提出了一种与ASCII码对应的DNA数据存储编码表及新的错误校正方法HMSA	结合ASCII码构建了ASCII-DNA编码表，并提出了新的错误校正方法HMSA，能够校正Reads中的替换、插入和删除错误，以及连续错误	未提及具体实验数据或实际应用中的限制	标准化DNA编码系统，提高DNA数据存储的编码密度和错误校正能力	DNA数据存储系统	数据存储	NA	DNA编码、错误校正	HMSA	文本、音频、视频	NA
17	2024-12-28	DNA Sequences Under Multiple Guanine-Cytosine (GC) Base Pairs Constraint 2024-04, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2023.3316431 PMID:37721871	研究论文	本文提出了一种基于麻雀进化搜索算法（SESA）的DNA序列设计方法，并引入了多重GC碱基对约束以提高DNA序列的质量	提出了麻雀进化搜索算法（SESA）和多重GC碱基对约束，显著提高了DNA序列设计的效率和质量	未提及具体实验样本量或实际应用场景的验证	提高DNA序列设计的效率和质量，以优化DNA计算的结果	DNA序列	生物信息学	NA	DNA计算	麻雀进化搜索算法（SESA）	DNA序列数据	NA
18	2024-12-28	A Novel Algorithm for Solving the Prize Collecting Traveling Salesman Problem Based on DNA Computing 2024-04, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2023.3307458 PMID:37607150	研究论文	本文提出了一种基于DNA计算的新算法，用于解决奖励收集旅行商问题（PCTSP）	使用Adleman-Lipton模型基于DNA计算解决PCTSP，并通过模拟实验验证了该模型的可行性	NA	解决奖励收集旅行商问题（PCTSP）及其他组合优化问题	奖励收集旅行商问题（PCTSP）的开放实例	计算机科学	NA	DNA计算	Adleman-Lipton模型	NA	NA
19	2024-12-28	Iterative Soft Decoding Algorithm for DNA Storage Using Quality Score and Redecoding 2024-01, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2023.3284406 PMID:37294652	研究论文	本文提出了一种新的迭代软解码算法，用于DNA存储系统中的错误纠正	提出了一种基于质量评分和重新解码的迭代软解码算法，提高了错误纠正码的纠正能力和DNA存储系统的鲁棒性	NA	提高DNA存储系统中错误纠正码的纠正能力和系统的鲁棒性	DNA存储系统中的错误纠正	生物信息学	NA	FASTQ文件分析	迭代软解码算法	DNA测序数据	三组不同的测序数据集
20	2024-12-26	Random Sanitization in DNA Information Storage Using CRISPR-Cas12a 2024-Dec-25, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c11380 PMID:39658506	研究论文	本文提出了一种基于CRISPR-Cas12a的DNA信息存储随机消毒方法（RSDISC），用于实现元数据的安全擦除	利用CRISPR-Cas12a的侧链切割（trans-activity）特性，实现了对单链DNA（ssDNA）的选择性消毒，消毒效率高达99.9%	目前的研究主要集中于存储和读取数据的过程，缺乏全面的元数据安全擦除解决方案	开发一种DNA信息存储中的随机消毒方法，以提高元数据的安全性和可管理性	DNA信息存储中的元数据	DNA信息存储	NA	CRISPR-Cas12a	NA	DNA序列	28,258个寡核苷酸