生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 86 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-06 |
Limit and screen sequences with high degree of secondary structures in DNA storage by deep learning method
2023-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107548
PMID:37801922
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研究论文 | 本文研究了如何通过深度学习方法筛选和限制DNA存储中具有高二级结构程度的序列 | 提出了一个双向长短期记忆（BiLSTM）-注意力深度学习模型来预测DNA序列的自由能，并筛选出可能产生更多错误和低测序拷贝的序列 | NA | 研究如何避免DNA序列中高二级结构对DNA存储信息写入和读取的干扰 | DNA序列的二级结构及其对DNA存储的影响 | 机器学习 | NA | 深度学习 | BiLSTM-注意力模型 | DNA序列 | 在模拟实验中使用了随机生成的DNA序列，并在真实数据集中筛选了94个预测自由能中的70个 |
| 2 | 2024-10-13 |
Processing DNA Storage through Programmable Assembly in a Droplet-Based Fluidics System
2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303197
PMID:37755129
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研究论文 | 本文开发了一种在液滴控制流体系统中使用接头连接进行主动DNA数据编辑的方法 | 首次在液滴控制流体系统中实现了DNA数据的可编程组装和处理 | NA | 开发一种在DNA池中主动处理和编辑DNA数据的方法 | 合成短序列DNA池中的DNA数据处理 | 生物信息学 | NA | 接头连接 | NA | DNA序列 | 八个90 bps DNA池和八个270 bps DNA池 |
| 3 | 2024-09-28 |
Towards Chinese text and DNA shift encoding scheme based on biomass plasmid storage
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1276934
PMID:37900965
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物量质粒存储的中文文本和DNA移位编码方案 | 设计了一种新的中文汉字编码表，具有极高的信息存储密度，并开发了一种低算法复杂度的DNA移位编码方案，能够编码任何长度的DNA链，包括过长的同聚物 | NA | 解决现有电磁存储介质的缺点，如信息密度低、维护能耗高和存储时间短 | 中文文本和DNA的编码与存储 | 生物信息学 | NA | DNA存储 | NA | 文本和DNA序列 | 744bp的双链质粒 |
| 4 | 2024-09-26 |
DBTRG: De Bruijn Trim rotation graph encoding for reliable DNA storage
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.004
PMID:37736298
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研究论文 | 本文提出了一种基于De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)的DNA存储编码方案 | 通过动态二进制序列与原始二进制序列的XOR操作，将k-mers划分为De Bruijn Trim图，并根据重叠关系压缩存储信息，确保碱基平衡和多样性，减少不期望的motif，提高DNA存储和数据恢复的稳定性 | NA | 解决现有DNA存储编码方案在局部和全局稳定性以及读写准确性方面的不足 | DNA存储编码方案 | NA | NA | DNA存储编码 | De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG) | 图像 | 510 KB图像 |
| 5 | 2024-09-20 |
Magnetic DNA random access memory with nanopore readouts and exponentially-scaled combinatorial addressing
2023-05-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-29575-z
PMID:37231057
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MDRAM的DNA存储系统，通过结合磁性琼脂糖珠和纳米孔测序技术，实现了对目标文件的重复高效读取 | 创新点在于利用磁性琼脂糖珠结合合成DNA，实现了DNA分析物的重复读取，并保持了数据读取质量；同时采用卷积编码方案，利用纳米孔测序信号中的软信息，实现了与Illumina测序相当的信息读取成本 | NA | 解决DNA存储中合成DNA的分子消耗、碱基调用错误以及扩展读取操作的限制问题 | DNA存储系统MDRAM及其在数据存储和读取中的应用 | 生物信息学 | NA | 纳米孔测序 | 卷积编码 | DNA序列 | NA |
| 6 | 2024-09-16 |
Study of the error correction capability of multiple sequence alignment algorithm (MAFFT) in DNA storage
2023-Mar-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05237-9
PMID:36959531
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研究论文 | 研究了多序列比对算法（MAFFT）在DNA存储中的纠错能力 | 通过多序列比对（MSA）算法解决DNA存储中的同步错误问题，并展示了其在不同错误率下的纠错能力 | MSA算法在错误率超过20%时性能达到瓶颈，无法完全恢复信息 | 评估MAFFT算法在DNA存储中的纠错能力 | DNA存储中的同步错误 | 生物信息学 | NA | 多序列比对（MSA） | NA | DNA序列 | NA |
| 7 | 2024-09-14 |
GCNSA: DNA storage encoding with a graph convolutional network and self-attention
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106231
PMID:36876131
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研究论文 | 本文提出了一种基于图卷积网络和自注意力机制的DNA存储编码系统GCNSA | GCNSA系统在基本约束下平均提高了14.4%的DNA存储码，在其他约束下提高了5%-40%，有效提升了DNA存储系统的存储密度 | NA | 提高DNA存储系统的编码效率和速度 | DNA存储编码系统 | NA | NA | 图卷积网络、自注意力机制 | 图卷积网络、自注意力机制 | DNA序列 | NA |
| 8 | 2024-09-14 |
The compact integration of a cascaded HCR circuit for highly reliable cancer cell discrimination
2023-Feb-22, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d2sc05568f
PMID:36845932
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研究论文 | 本文设计了一种紧凑的级联DNA电路，用于高可靠性的癌细胞鉴别 | 提出了结合传统级联DNA电路与多重局部响应特性的新型DNA电路，通过精细设计两个超发夹反应物，实现了电路组件的简化和局部增强的级联信号放大 | NA | 开发一种高可靠性的癌细胞鉴别方法 | 癌细胞与正常细胞的鉴别 | 生物医学工程 | 癌症 | DNA电路 | NA | 细胞影像 | NA |
| 9 | 2024-09-14 |
DNAsmart: Multiple attribute ranking tool for DNA data storage systems
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.02.016
PMID:36851917
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研究论文 | 本文介绍了一个名为DNAsmart的交互式可视化分析框架，用于DNA数据存储系统中的多属性排序 | 提出了一个交互式和可视化的分析框架，帮助用户通过设置不同权重和组合多个属性来找到最佳的编码和解码方法 | 仅通过任务特定的用户研究验证了其有效性，未涉及更广泛的实际应用场景 | 开发一个工具，帮助用户在DNA数据存储系统中进行多属性排序，以优化编码和解码方法 | DNA数据存储系统中的编码和解码方法 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | NA | 涉及的样本为领域专家，具体数量未明确 |
| 10 | 2024-09-13 |
Enabling technology and core theory of synthetic biology
2023-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2214-2
PMID:36753021
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review | 本文综述了合成生物学的使能技术和核心理论进展 | 介绍了合成生物学的新范式和未来发展方向 | NA | 探讨合成生物学的使能技术和核心理论 | 合成生物学的各种原理和技术 | NA | NA | 基因编辑、分子进化、从头设计功能蛋白、细胞和基因电路工程、无细胞合成生物学、人工智能辅助合成生物学 | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-09-13 |
DNA-Aeon provides flexible arithmetic coding for constraint adherence and error correction in DNA storage
2023-02-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36297-3
PMID:36746948
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DNA-Aeon的DNA数据存储编码方案，支持生成可变长度的编码序列，并能遵守特定的GC含量、同聚物长度限制和避免不希望的基序 | DNA-Aeon能够纠正替换错误、插入、删除以及整个DNA链的丢失，并且在类似冗余水平下具有更好的错误纠正能力，同时降低了DNA合成成本 | NA | 开发一种灵活的DNA数据存储编码方案，以提高DNA存储的可靠性和效率 | DNA数据存储中的错误纠正和约束遵守 | NA | NA | DNA合成与测序 | NA | DNA序列 | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
Integrating Genomics into the Care of People with Palliative Needs: A Global Scoping Review of Policy Recommendations
2023, Public health genomics
IF:1.3Q4
DOI:10.1159/000527963
PMID:36380618
|
研究论文 | 这篇文章回顾了与姑息护理需求患者整合基因组学的政策建议 | 发现将基因组学整合到姑息护理中的政策缺口 | 缺乏政策指导可能导致健康服务资金的不足，从而影响基因组学的应用 | 识别与姑息护理患者及其家庭整合基因组学的政策建议 | 涉及姑息护理和基因组政策的相关政策文件 | NA | NA | NA | NA | 政策文件 | 78个政策 |
| 13 | 2024-08-06 |
A molecular assessment of the practical potential of DNA-based computation
2023-06, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2023.102940
PMID:37058876
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研究论文 | 本文评估了DNA计算的实际潜力与应用 | 探讨了自1990年代以来DNA计算系统的演变及其新兴应用 | 本文未提及具体的实验数据或案例研究 | 重新评估DNA计算系统的潜力和应用 | DNA计算系统及其应用 | 计算机视觉 | NA | DNA计算 | 合成电路 | NA | NA |
| 14 | 2024-08-06 |
RepairNatrix: a Snakemake workflow for processing DNA sequencing data for DNA storage
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad117
PMID:38496344
|
研究论文 | 本文章介绍了一种用于处理DNA存储的DNA测序数据的工作流程RepairNatrix | RepairNatrix通过支持对原始测序数据进行预处理并修复违反约束的序列，增强了数据编码的可恢复性 | 没有提到具体的局限性 | 提高DNA存储系统中原始测序数据处理的效率 | DNA测序数据及其存储 | 数字病理学 | NA | DNA测序 | NA | 测序数据 | 不同数据集的原始读数，数量减少了25-35倍 |
| 15 | 2024-08-06 |
Molecular circuit for exponentiation based on the domain coding strategy
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1331951
PMID:38323242
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研究论文 | 本文提出了一种新的DNA域编码方法用于逻辑计算。 | 提出基于领域编码策略的DNA域编码方法，简化分子逻辑电路结构并提高响应速度。 | 未提及具体的实验规模和适用范围，可能对某些应用有限制。 | 研究如何利用域编码策略构建高效的大规模复杂分子电路。 | 构建平方根和指数的分子电路，验证领域编码策略的优越性。 | 分子计算 | NA | DNA链置换技术 | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-06 |
Tick extracellular vesicles impair epidermal homeostasis through immune-epithelial networks during hematophagy
2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566612
PMID:37986907
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研究论文 | 这篇文章探讨蜱的细胞外囊泡如何通过免疫上皮网络损害表皮的稳态 | 揭示了蜱细胞外囊泡对组织修复网络的影响，尤其是影响了表皮γδ T细胞频率和功能 | 研究主要集中于三种医学相关蜱，从而可能限制了结果的广泛适用性 | 研究蜱如何通过细胞外囊泡影响皮肤修复和宿主的免疫反应 | 蜱的细胞外囊泡和小鼠模型 | 数字病理学 | 脊椎动物疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术、小鼠遗传学、体内显微镜 | NA | 皮肤样本 | 涉及三种医学相关蜱 |
| 17 | 2024-08-06 |
pH-Controlled Resettable Modular DNA Strand-Displacement Circuits
2023-Dec-27, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.3c03265
PMID:38085915
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研究论文 | 本文开发了一种通过pH响应的策略实现模块化DNA电路的完全重置。 | 提出了一种简单的质子驱动策略，解决了TMSD动态系统重置的难题，允许在不产生DNA废物的情况下反复操作。 | 未讨论质子驱动策略在其他类型纳米电路中的应用潜力。 | 探索动态DNA纳米技术中如何有效重置DNA电路。 | 模块化DNA电路和DNA逻辑门的构建与应用。 | 动态DNA纳米技术 | NA | TMSD | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Toward Minute-Level DNA Computing: An Ultrafast, Cost-Effective, and Universal System for Lighting Up Various Concurrent DNA Logic Nanodevices (CDLNs) and Concatenated Circuits
2023-11-14, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c03793
PMID:37906527
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研究论文 | 本文报道了一种超快速且成本效益高的系统，用于工程化并发DNA逻辑纳米器件（CDLNs），通过结合聚胸腺嘧啶铜纳米簇（CuNCs）与SYBR Green I（SG I）作为通用双输出生产者 | 该系统利用无标记发光剂和无链置换设计的快速响应，实现了所有CDLNs在10分钟内完成，操作时间和成本分别仅为先前工作的1/12和1/4 | NA | 开发一种超快速、成本效益高且通用的系统，用于实现并发DNA逻辑纳米器件和串联电路 | 并发DNA逻辑纳米器件（CDLNs）及其串联电路 | 分子计算 | 癌症相关疾病 | DNA逻辑纳米器件 | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Flexible Self-Powered Sensing System Based on Novel DNA Circuit Strategy and Graphdiyne for Thalassemia Gene by Rapid Naked-Eye Tracking and Open-Circuit Voltage
2023-11-07, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c03841
PMID:37871958
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研究论文 | 开发了一种基于长链分支DNA纳米结构可控瞬时自组装能力和无酶核酸扩增协同效应的高灵敏度、高特异性的自供电生物传感平台 | 利用二维石墨二炔和金纳米粒子修饰的柔性碳布，通过目标地中海贫血基因CD122触发的双催化发夹组装反应，实现了对地中海贫血基因的高效双模式自供电检测 | NA | 建立一种高效的双模式自供电传感平台，用于检测地中海贫血基因CD122 | 地中海贫血基因CD122 | 生物传感技术 | 地中海贫血 | DNA纳米技术，石墨二炔，金纳米粒子 | NA | DNA，颜色信号 | 目标浓度范围为0.0001-10,000 pM，电化学模式检测限为36.3 aM，比色模式检测限为12.1 aM |
| 20 | 2024-08-07 |
Nanoclusters with specific DNA overhangs: modifying configurability, engineering contrary logic pairs and the parity generator/checker for error detection
2023-Nov-09, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d3nr04167k
PMID:37847391
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研究论文 | 本文研究了具有特定DNA悬垂的纳米团簇，通过改进其配置性，设计了相反逻辑对和奇偶生成/检查器用于错误检测 | 提出了使用DNA悬垂改进DNA纳米团簇的适应性，并设计了能够执行基本和复杂逻辑操作的纳米团簇，以及用于错误检测的奇偶生成器和检查器 | NA | 探索下一代分子计算机的替代方案，即使用DNA作为主要构建块执行布尔操作的生物计算 | DNA纳米团簇及其在生物传感应用中的潜力 | 生物计算 | NA | DNA纳米技术 | DNA纳米团簇 | DNA | NA |