生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 19 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-09-28 |
Towards Chinese text and DNA shift encoding scheme based on biomass plasmid storage
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1276934
PMID:37900965
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研究论文 | 本文提出了一种基于生物量质粒存储的中文文本和DNA移位编码方案 | 设计了一种新的中文汉字编码表，具有极高的信息存储密度，并开发了一种低算法复杂度的DNA移位编码方案，能够编码任何长度的DNA链，包括过长的同聚物 | NA | 解决现有电磁存储介质的缺点，如信息密度低、维护能耗高和存储时间短 | 中文文本和DNA的编码与存储 | 生物信息学 | NA | DNA存储 | NA | 文本和DNA序列 | 744bp的双链质粒 |
| 2 | 2024-09-26 |
DBTRG: De Bruijn Trim rotation graph encoding for reliable DNA storage
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.09.004
PMID:37736298
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研究论文 | 本文提出了一种基于De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG)的DNA存储编码方案 | 通过动态二进制序列与原始二进制序列的XOR操作，将k-mers划分为De Bruijn Trim图，并根据重叠关系压缩存储信息，确保碱基平衡和多样性，减少不期望的motif，提高DNA存储和数据恢复的稳定性 | NA | 解决现有DNA存储编码方案在局部和全局稳定性以及读写准确性方面的不足 | DNA存储编码方案 | NA | NA | DNA存储编码 | De Bruijn Trim Rotation Graph (DBTRG) | 图像 | 510 KB图像 |
| 3 | 2024-09-14 |
DNAsmart: Multiple attribute ranking tool for DNA data storage systems
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.02.016
PMID:36851917
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研究论文 | 本文介绍了一个名为DNAsmart的交互式可视化分析框架，用于DNA数据存储系统中的多属性排序 | 提出了一个交互式和可视化的分析框架，帮助用户通过设置不同权重和组合多个属性来找到最佳的编码和解码方法 | 仅通过任务特定的用户研究验证了其有效性，未涉及更广泛的实际应用场景 | 开发一个工具，帮助用户在DNA数据存储系统中进行多属性排序，以优化编码和解码方法 | DNA数据存储系统中的编码和解码方法 | 计算机视觉 | NA | NA | NA | NA | 涉及的样本为领域专家，具体数量未明确 |
| 4 | 2024-08-05 |
Integrating Genomics into the Care of People with Palliative Needs: A Global Scoping Review of Policy Recommendations
2023, Public health genomics
IF:1.3Q4
DOI:10.1159/000527963
PMID:36380618
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研究论文 | 这篇文章回顾了与姑息护理需求患者整合基因组学的政策建议 | 发现将基因组学整合到姑息护理中的政策缺口 | 缺乏政策指导可能导致健康服务资金的不足，从而影响基因组学的应用 | 识别与姑息护理患者及其家庭整合基因组学的政策建议 | 涉及姑息护理和基因组政策的相关政策文件 | NA | NA | NA | NA | 政策文件 | 78个政策 |
| 5 | 2024-08-06 |
RepairNatrix: a Snakemake workflow for processing DNA sequencing data for DNA storage
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad117
PMID:38496344
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研究论文 | 本文章介绍了一种用于处理DNA存储的DNA测序数据的工作流程RepairNatrix | RepairNatrix通过支持对原始测序数据进行预处理并修复违反约束的序列，增强了数据编码的可恢复性 | 没有提到具体的局限性 | 提高DNA存储系统中原始测序数据处理的效率 | DNA测序数据及其存储 | 数字病理学 | NA | DNA测序 | NA | 测序数据 | 不同数据集的原始读数，数量减少了25-35倍 |
| 6 | 2024-08-06 |
Molecular circuit for exponentiation based on the domain coding strategy
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1331951
PMID:38323242
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研究论文 | 本文提出了一种新的DNA域编码方法用于逻辑计算。 | 提出基于领域编码策略的DNA域编码方法，简化分子逻辑电路结构并提高响应速度。 | 未提及具体的实验规模和适用范围，可能对某些应用有限制。 | 研究如何利用域编码策略构建高效的大规模复杂分子电路。 | 构建平方根和指数的分子电路，验证领域编码策略的优越性。 | 分子计算 | NA | DNA链置换技术 | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-07 |
PRO-Simat: Protein network simulation and design tool
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.04.023
PMID:37181657
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研究论文 | PRO-Simat是一个用于分析蛋白质相互作用网络、动态变化及路径工程的模拟工具 | 集成了Jimena框架进行动态网络模拟，快速有效地模拟布尔遗传调控网络，并提供深入的蛋白质相互作用类型、强度、持续时间和路径的分析 | NA | 开发一个用于蛋白质网络模拟和设计的工具 | 蛋白质相互作用网络及其动态变化和路径工程 | 生物信息学 | NA | 网络模拟 | 布尔遗传调控网络 | 蛋白质相互作用数据 | 超过800万蛋白质相互作用数据，涵盖32种模型生物及人类蛋白质组 |
| 8 | 2024-08-07 |
An image cryptography method by highly error-prone DNA storage channel
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2023.1173763
PMID:37152655
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研究论文 | 本文提出了一种基于调制存储架构的图像加密方法，利用不可预测的调制信号在高度错误倾向的DNA存储通道中加密图像 | 本文的创新点在于利用DNA存储通道的不可预测性进行图像加密，提高了数据安全性 | NA | 研究如何在DNA存储系统中实现数据安全 | 图像加密方法 | 计算机视觉 | NA | DNA存储 | NA | 图像 | NA |
| 9 | 2024-08-07 |
DNA Origami: Recent Progress and Applications
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3028-0_1
PMID:37166708
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review | 本章探讨了DNA折纸的基本概念及其多种类型 | 展示了过去15年中结构DNA纳米技术取得的进展，强调了DNA折纸在构建2D和3D复杂结构方面的能力 | NA | 探讨DNA折纸的进展及其在不同领域的应用潜力 | DNA折纸及其在生物计算、纳米机器人和DNA步行器等领域的应用 | NA | NA | DNA折纸 | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
Optimizing mycobacteria molecular diagnostics: No decontamination! Human DNA depletion? Greener storage at 4 °C!
2023, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2023.1104752
PMID:37113238
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研究论文 | 本文研究了优化分枝杆菌分子诊断的方法，包括不使用去污染、减少人类DNA和在4°C下更环保的存储方法。 | 本文首次展示了在分子诊断中不使用去污染和人类DNA减少的方法，并发现样本可以在4°C下存储而不会显著影响检测结果。 | 本文的实验设置可能不适用于所有类型的样本，特别是那些分枝杆菌载量极低的样本。 | 优化分枝杆菌分子诊断的前处理和提取步骤，以提高检测效率和准确性。 | 分枝杆菌DNA的提取效率和存储方法。 | 分子诊断 | 结核病 | 下一代测序（NGS） | NA | DNA | 五个常用设备从相同样本中提取的DNA |
| 11 | 2024-08-07 |
Evolutionary approach to construct robust codes for DNA-based data storage
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1158337
PMID:37021008
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研究论文 | 本文提出了一种基于协同飞蛾火焰优化器和莱维飞行与对立学习变异策略的计算进化方法，用于构建满足反向互补约束的DNA序列，以优化DNA存储中的编码问题 | 提出的方法通过三种不同的生物约束条件，显著提高了DNA编码的下界，并大幅减少了错误 | NA | 优化DNA存储中的编码问题，提高编码的下界和编码率 | DNA序列的构建和优化 | 生物信息学 | NA | 进化算法 | 飞蛾火焰优化器（MFOS） | DNA序列 | 使用了19种最先进的功能进行实验 |
| 12 | 2024-08-07 |
Organoid intelligence (OI) - The ultimate functionality of a brain microphysiological system
2023, ALTEX
DOI:10.14573/altex.2303261
PMID:37009773
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研究论文 | 本文探讨了通过结合尖端人工智能与脑微生理系统（MPS）研究，实现器官智能（OI）作为合成生物智能的可能性 | 提出将人工智能与脑微生理系统结合，实现认知功能和长期记忆能力，并用于神经发育和神经功能的研究以及药物和化学测试 | 文章提出了伦理问题，如感知和意识的起点以及干细胞捐赠者与OI系统之间的关系，这些需要在社会可接受的范围内进行讨论 | 旨在通过生物计算的前沿进展，创建智能盘模型以研究人类认知功能的基础，并提供模型以推进对神经疾病有毒物质的研究和识别治疗神经疾病的补救措施 | 研究对象包括人类认知功能、神经疾病的有毒物质以及生物计算能力 | 生物工程 | NA | 脑微生理系统（MPS） | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-07 |
DNA strand displacement based computational systems and their applications
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1120791
PMID:36911397
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综述 | 本文综述了基于DNA链置换（DSD）的计算系统的最新发展和应用 | DSD是构建DNA计算系统最简单但最有效的方法，可用于构建逻辑门、集成电路和人工神经网络等 | NA | 探讨基于DNA链置换的计算系统的最新进展及其应用 | DNA计算系统及其在逻辑门、集成电路和人工神经网络中的应用 | 生物计算 | NA | DNA链置换（DSD） | NA | DNA序列 | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
DNA storage-from natural biology to synthetic biology
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.01.045
PMID:36817961
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研究论文 | 本文讨论了DNA存储的基本方面及其在自然生物学和合成生物学中的最新进展，特别强调了可以利用的自然过程和解决方案 | 提出了受自然启发的DNA和核苷酸存储的新方法，以及基于DNA的信息存储可能成为当前电子数据存储系统的自然补充 | NA | 探讨DNA存储在生物技术和人类遗传学中的应用，以及作为合成生物学方法的可能性 | DNA存储的自然过程和合成生物学应用 | 生物技术 | NA | DNA存储技术 | NA | DNA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
An Algorithm-optimized Scheme for In situ Synthesis of DNA Microarrays
2023, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 本文提出了一种基于算法优化的DNA微阵列原位合成方案，旨在降低DNA合成的成本 | 通过数据分级和并行合成策略，减少了合成周期，提高了合成效率 | NA | 寻找一种算法优化的方案，用于DNA微阵列的原位合成，以降低DNA合成的成本 | DNA微阵列的原位合成 | 合成生物学 | NA | NA | 优化算法 | 序列数据 | 12,000个序列 |
| 16 | 2024-08-07 |
A versatile and convenient tool for regulation of DNA strand displacement and post-modification on pre-fabricated DNA nanodevices
2023-01-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1193
PMID:36537218
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cap的新型调控工具，用于DNA链置换反应的微调及预制DNA纳米器件的后修饰 | Cap工具能够在不改变原始反应序列的情况下，实现对DNA链置换反应速率的微调及可擦除性，并进一步开发了三种高级功能，实现了对预制DNA电路的个性化定制后修饰 | NA | 开发一种新型调控工具，以实现对DNA纳米技术的标准化、包装化设备的个性化后修饰 | DNA链置换反应及预制DNA纳米器件 | DNA纳米技术 | NA | DNA链置换反应 | NA | DNA序列 | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Construction of a scalable DNA computing nano-system for large-scale and complex logical operations
2023-01-30, Nanoscale horizons
IF:8.0Q1
DOI:10.1039/d2nh00525e
PMID:36524605
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研究论文 | 本研究设计了一种基于多功能DNA纳米结构的反应平台，实现了大规模和复杂逻辑运算的可扩展DNA计算系统 | 首次成功进行了连续整数的平方根和立方根计算，并保留了小数点后两位数字 | NA | 解决DNA计算中逻辑电路操作范围的扩展和电路集成与可扩展性的关键问题 | DNA计算系统的可扩展性和复杂逻辑运算能力 | 生物计算 | NA | DNA纳米技术 | NA | 荧光信号 | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Colorimetric aptasensor for the sensitive detection of ochratoxin A based on a triple cascade amplification strategy
2023-Jan-02, Analytica chimica acta
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.aca.2022.340616
PMID:36442942
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research paper | 本文介绍了一种基于三重级联放大策略的比色适体传感器，用于高灵敏度检测赭曲霉素A。 | 该研究采用了熵驱动DNA电路、催化发夹组装和Mg辅助DNA酶催化三重级联放大策略，显著提高了检测灵敏度和选择性。 | NA | 开发一种灵敏、准确、简单且成本效益高的检测方法，以保障食品安全和质量控制。 | 赭曲霉素A的检测。 | NA | NA | 比色法 | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Multiple errors correction for position-limited DNA sequences with GC balance and no homopolymer for DNA-based data storage
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac484
PMID:36410731
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研究论文 | 本文提出了一种名为DNA-LC的新型编码方案，用于在DNA数据存储中减少和纠正插入、删除和替换错误，该方案能将二进制序列转换为满足GC平衡和游程限制的DNA碱基序列 | DNA-LC编码模式能够检测并纠正多重错误，其错误纠正能力高于针对单链中单个错误纠正的其他方法 | NA | 旨在减少和纠正DNA数据存储中的错误 | DNA序列中的插入、删除和替换错误 | NA | NA | NA | NA | DNA序列 | NA |