生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	An Efficient Method for DNA Purification-Free PCR from Plant Tissue 2021-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.289 PMID:34748285	研究论文	本文介绍了一种无需DNA纯化的高通量PCR方法，用于从植物组织中扩增基因组DNA片段	该方法无需DNA纯化或特殊样品存储设备，使用商业化或自制的DNA存储卡，直接从植物组织中进行PCR扩增	NA	开发一种低成本、高通量的PCR方法，使植物DNA分子诊断技术更易于在资源有限的条件下进行	至少包括拟南芥、番茄、大豆、马铃薯、棉花和稻在内的十一种植物	分子生物学	NA	PCR	NA	DNA	至少十一种植物物种
22	2024-08-07	CRISPR-Powered DNA Computing and Digital Display 2021-11-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00431 PMID:34704742	研究论文	本文报道了一种基于CRISPR技术的DNA计算和数字显示系统，该系统通过编程的DNA目标作为输入，并通过ON/OFF荧光信号表示TRUE/FALSE输出	该系统能够建立输入与输出之间的一对一关系，实现多级DNA逻辑计算，并通过预CRISPR反应选择性维持或抑制CRISPR反应性来扩展输入大小	NA	开发一种新型的CRISPR驱动的DNA计算和数字显示系统	CRISPR技术在DNA计算和分子编程中的应用	生物技术	NA	CRISPR技术	NA	DNA	NA
23	2024-08-07	Scaling up DNA digital data storage by efficiently predicting DNA hybridisation using deep learning 2021-10-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-97238-y PMID:34654863	research paper	本文通过深度学习方法有效预测DNA杂交过程，以扩大DNA数字数据存储的应用	首次全面研究机器学习方法在预测DNA杂交任务中的应用，并引入了一个包含超过250万个数据点的模拟杂交数据集	NA	控制和预测DNA杂交过程，以推动混合分子-电子计算的未来发展	DNA杂交过程及其在DNA数字数据存储和计算中的应用	machine learning	NA	deep learning	NA	DNA序列数据	超过250万个数据点
24	2024-08-07	A Loser-Take-All DNA Circuit 2021-11-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00318 PMID:34623152	研究论文	本文介绍了一种新型DNA电路——失败者全取电路，该电路通过DNA链置换实现，能够在输入中选择最小模拟值的信号	引入了一种新的DNA电路类型——失败者全取电路，与传统的赢家全取电路互补，能够识别基于最小相似性的分子模式	NA	开发一种新型的DNA电路，用于分子模式识别任务	DNA电路的设计和性能	NA	NA	DNA链置换	NA	NA	成功演示了一个包含九种独特输入组合的三输入失败者全取电路
25	2024-08-07	Stochastic Hazard Analysis of Genetic Circuits in iBioSim and STAMINA 2021-10-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00159 PMID:34606710	研究论文	本文通过使用STAMINA工具对三种已知具有故障行为的遗传电路实现进行随机分析，预测故障倾向，并通过与iBioSim中的随机模拟结果对比验证了STAMINA的有效性	本文展示了随机验证在遗传设计中的应用，帮助设计者评估设计选择和输入限制，以实现所需的运行可靠性	NA	研究如何通过随机分析预测遗传电路中的故障倾向，并提高电路的运行可靠性	三种已知具有故障行为的遗传电路实现	合成生物学	NA	随机验证	NA	遗传电路数据	三种遗传电路实现
26	2024-08-07	Integrated Iontronic Circuits Based on Single Nanochannels 2021-Oct-13, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.1c12324 PMID:34585930	研究论文	本文介绍了一种基于并行单个聚二甲基硅氧烷（PDMS）纳米通道的离子电子电路的发明，用于实现有效的电子信号操控	该电路能够作为双极结型晶体管或离子整流器，通过不对称地装饰带电聚电解质在纳米通道上来调控离子传输	NA	开发新型离子电子集成电路，以改进生物计算和传感技术	离子电子电路及其在生物计算和传感中的应用	NA	NA	离子电子技术	离子电子电路	NA	NA
27	2024-08-07	Modular DNA Circuits for Point-of-Care Colorimetric Assay of Infectious Pathogens 2021-10-19, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.1c02597 PMID:34506117	研究论文	本文介绍了一种基于核酸等温扩增技术和DNA酶介导比色读出的模块化DNA电路，用于即时检测多种传染性病原体	该研究设计了一种固定模块和灵活模块组成的模块化DNA电路，能够同时检测多种遗传目标，并通过尿素处理和磁分离实现固定模块的重复使用	NA	开发一种准确、特异且经济的检测方法，用于同时检测多种传染性病原体，以提高人类健康和安全	传染性病原体的检测	生物技术	传染性疾病	核酸等温扩增技术	DNA电路	遗传目标	NA
28	2024-08-07	In Situ Programmable DNA Circuit-Promoted Electrochemical Characterization of Stemlike Phenotype in Breast Cancer 2021-10-06, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.1c06436 PMID:34495654	研究论文	本文报道了一种电化学表型方法，用于表征乳腺癌中的干细胞样表型，提供了一种低成本且稳健的选择，替代昂贵且依赖经验的流式细胞术。	设计了一种原位可编程DNA电路，使用捕获探针引入DNA组装的触发点和效应探针加速背景信号的移除，提高了电化学表型方法的灵敏度和准确性。	NA	开发一种新的电化学表型方法，用于表征乳腺癌中的干细胞样表型。	乳腺癌干细胞样表型。	数字病理学	乳腺癌	电化学表型方法	NA	细胞	涉及乳腺癌细胞和小鼠乳腺癌异种移植瘤模型。
29	2024-08-07	DNA Logic Circuits for Multiple Tumor Cells Identification Using Intracellular MicroRNA Molecular Bispecific Recognition 2021-11, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202101130 PMID:34486246	研究论文	本文介绍了一种基于细胞内双特异性微小RNA识别的DNA逻辑电路，用于多种肿瘤细胞亚型的识别	开发了一种集成多个识别和报告模块的DNA电路，通过三维逻辑门纳米六面体框架实现三种细胞亚型的同时识别	NA	旨在开发一种新方法，通过细胞内微小RNA的双特异性识别来区分多种肿瘤细胞亚型	肿瘤细胞亚型	生物技术	肿瘤	DNA逻辑电路	NA	微小RNA	NA
30	2024-08-07	NOREC4DNA: using near-optimal rateless erasure codes for DNA storage 2021-Aug-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04318-x PMID:34404355	研究论文	介绍NOREC4DNA软件框架，用于使用、测试、比较和改进近最优无速率擦除码（NORECs）在DNA存储系统中的应用	提出NOREC4DNA框架，使用近最优无速率擦除码，如Raptor和Online码，相较于之前的LT码，在DNA存储系统中实现显著改进	NA	探索和优化用于DNA存储的近最优无速率擦除码	DNA存储系统中的近最优无速率擦除码	生物信息学	NA	近最优无速率擦除码	NA	DNA序列	NA
31	2024-08-07	Securing Bio-Cyber Interface for the Internet of Bio-Nano Things using Particle Swarm Optimization and Artificial Neural Networks based parameter profiling 2021-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.104707 PMID:34375900	研究论文	本文提出了一种使用粒子群优化（PSO）和人工神经网络（ANN）进行参数分析的框架，以提高生物纳米物联网（IoBNT）的安全性	本文创新性地使用PSO算法优化ANN，以检测IoBNT传输中的异常活动，并提高了98.9%的准确性	NA	研究如何提高生物纳米物联网的安全性，特别是在医疗应用中的安全性	生物纳米物联网（IoBNT）及其生物网络接口（Bio Cyber Interface）的安全性	计算机视觉	NA	粒子群优化（PSO），人工神经网络（ANN）	人工神经网络（ANN）	模拟数据	NA
32	2024-08-07	A Cascaded DNA Circuit in Bead Arrays for Quantitative Single-Cell MicroRNA Analysis 2021-08-24, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.1c02388 PMID:34375096	research paper	本文构建了一种级联DNA电路，通过催化发夹组装和杂交链反应，在珠阵列平台上实现单细胞微RNA的定量分析	提出了一个结合催化发夹组装和杂交链反应的级联DNA电路，用于在珠阵列平台上进行微RNA的信号放大和定量分析	NA	开发一种高灵敏度和高特异性的方法，用于单细胞微RNA的定量分析	单细胞微RNA	NA	cancer	催化发夹组装和杂交链反应	NA	microRNA	单个癌细胞
33	2024-08-07	HD-Code: End-to-End High Density Code for DNA Storage 2021-10, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2021.3102122 PMID:34343096	研究论文	本文提出了一种端到端的高密度DNA编码算法（称为HD-code），用于DNA存储	该算法通过充分利用原始多媒体数据的统计特性和考虑DNA碱基的生物学约束，实现了更高的逻辑存储密度，并提高了数据存储的灵活性和一致性	NA	探索和优化DNA作为信息存储媒介的方法	DNA存储技术及其编码算法	生物信息学	NA	DNA编码	NA	多媒体数据	NA
34	2024-08-07	Bioorthogonal information storage in L-DNA with a high-fidelity mirror-image Pfu DNA polymerase 2021-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00969-6 PMID:34326549	research paper	本文通过化学合成90 kDa高保真镜像Pfu DNA聚合酶，实现了在L-DNA中准确组装千碱基大小的镜像基因，并在L-DNA中编码了Louis Pasteur提出的1860段镜像生物学信息	首次使用高保真镜像Pfu DNA聚合酶在L-DNA中实现信息存储，并通过D-DNA/L-DNA嵌合分子实现手性隐写术	NA	开发下一代镜像分子工具，推动镜像生物学系统的发展	L-DNA中的信息存储及手性隐写术	生物化学	NA	化学合成	NA	DNA	1个L-DNA条形码样本
35	2024-08-07	A Biological Circuit Involving Mef2c, Mef2d, and Hdac9 Controls the Immunosuppressive Functions of CD4+Foxp3+ T-Regulatory Cells 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.703632 PMID:34290714	研究论文	研究Mef2c、Mef2d和Hdac9在CD4+Foxp3+ T调节细胞免疫抑制功能中的生物电路作用	揭示了Mef2c在Treg细胞中缺失导致Hdac9表达增加，进而影响Mef2d的转录抑制功能，增强抗肿瘤免疫的新机制	NA	探讨Mef2/Hdac9轴在CD4+Foxp3+ Treg功能调控中的作用	CD4+Foxp3+ T调节细胞	免疫学	肺癌	NA	NA	NA	NA
36	2024-08-07	A fluorescent microarray platform based on catalytic hairpin assembly for MicroRNAs detection 2021-Aug-15, Analytica chimica acta IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.aca.2021.338666 PMID:34172148	研究论文	本文开发了一种基于催化发夹组装（CHA）的荧光微阵列平台，用于同时检测多种miRNA	该方法利用固体相CHA产生的双链在芯片特定位置固定并释放荧光信号，无需不同的荧光标记，提高了检测的灵敏度和特异性	NA	开发一种高灵敏度和特异性的miRNA检测方法	人类癌症相关miRNA（如miR-21和miR-155）	生物传感技术	癌症	催化发夹组装（CHA）	NA	miRNA	在人类血清和癌细胞中进行了目标miRNA的分析
37	2024-08-07	A multi-commodity network model for optimal quantum reversible circuit synthesis 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0253140 PMID:34157035	研究论文	本文提出了一种优化模型，用于合成具有最低实现成本的量子电路，以降低错误率	模型结合了弧子集选择问题与传统的多商品网络流模型，具有统一且直接的结构，用于利用量子门的操作特性	NA	提高量子计算的输出保真度，通过有效合成量子电路减少量子计算算法中的错误	量子电路合成，特别是多控制Toffoli门的电路合成	量子计算	NA	多商品网络流模型	优化模型	NA	NA
38	2024-08-07	DNA Computing: NOT Logic Gates See the Light 2021-07-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00062 PMID:34142811	研究论文	本文开发了一种新型DNA门设计，利用光笼组防止门功能直到特定时间点照射，从而实现对电路性能的时间控制	通过使用光笼组，实现了对DNA计算电路中NOT逻辑门的时间控制，防止了过早计算导致的不可逆错误	NA	开发一种新型的DNA计算电路设计，实现对逻辑门操作的时间控制	DNA计算电路中的NOT逻辑门	生物信息学	NA	光笼组	NA	DNA序列	NA
39	2024-08-07	Image Encoding Using Multi-Level DNA Barcodes with Nanopore Readout 2021-07, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202100711 PMID:34133074	研究论文	本文提出了一种基于DNA纳米结构和固态纳米孔传感平台的二维灰度图像存储和加密方法	利用DNA多路连接结构在纳米孔中的电流阻断特性实现四进制编码，相比传统二进制系统容量翻倍	NA	实现基于DNA纳米结构的高容量和可编程性的图像存储系统	二维灰度图像的存储和加密	生物信息学	NA	纳米孔传感	NA	图像	16个DNA载体
40	2024-08-07	Programmable, Multiplexed DNA Circuits Supporting Clinically Relevant, Electrochemical Antibody Detection 2021-06-25, ACS sensors IF:8.2Q1 DOI:10.1021/acssensors.1c00790 PMID:34129321	研究论文	本文报道了一种电化学DNA电路的设计，该电路能够定量响应多种特定抗体	采用合成抗原偶联的核酸链，通过理性设计引发链置换反应并释放修饰有氧化还原报告分子的链，实现了对抗体的快速、灵敏和便捷检测	NA	开发一种快速、灵敏且便捷的平台用于特定抗体的检测	多种特定抗体，包括三种临床相关抗体	生物技术	NA	电化学DNA电路	NA	核酸	五种不同抗体