生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 50 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
Long-Term Rewritable Report and Recording of Environmental Stimuli in Engineered Bacterial Populations
2020-09-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00193
PMID:32794765
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研究论文 | 本研究设计了一种基于CRISPR基础编辑器的合成遗传电路，名为CRISPR-istop，用于长期可重写的记录系统，能够将刺激转换为荧光强度的变化和基因组DNA的单碱基突变 | 开发了一种新的CRISPR-istop系统，能够实现刺激的长期报告和记录，并且记录可以手动擦除和重写 | 该系统的功能仍需扩展，且在复杂生物环境中的重写难度限制了其应用 | 设计一种新的合成遗传电路，用于长期可重写的记录环境刺激 | 环境刺激的长期记录和报告 | 合成生物学 | NA | CRISPR基础编辑器 | 合成遗传电路 | 基因组DNA | 两轮连续操作，每轮10次传代，每次传代12小时 |
| 22 | 2024-08-07 |
A mixed culture of bacterial cells enables an economic DNA storage on a large scale
2020-07-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-01141-7
PMID:32737399
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研究论文 | 本文展示了利用携带大量寡核苷酸池的细菌混合培养细胞作为大规模数据存储的稳定材料 | 首次报道了在活细胞中存储超过十万个不同寡核苷酸，编码445 KB数字数据，为体外和体内系统之间的桥梁提供了一种新方法 | 同源组装显示出序列上下文依赖性偏差 | 探索DNA作为大规模数据存储材料的可能性 | 细菌细胞和寡核苷酸池 | NA | NA | 深度生物信息学分析 | NA | DNA | 超过十万个不同寡核苷酸 |
| 23 | 2024-08-07 |
Thioflavin T as a noncovalent reporter for a label-free, non-enzymatic, catalytic DNA amplifier
2020-Jul-20, Methods and applications in fluorescence
IF:2.4Q3
DOI:10.1088/2050-6120/aba357
PMID:32686656
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研究论文 | 本文介绍了一种利用硫黄素T作为非共价报告分子，实现无标记、非酶催化的催化DNA放大器的方法 | 发现了一种新型DNA序列，该序列在与硫黄素T结合时会产生荧光，并将其命名为ThTSignal，用于无标记报告多种DNA-DNA反应的活性 | NA | 开发一种无标记、成本效益高的荧光检测方法，用于监测DNA-DNA反应 | 研究硫黄素T与特定DNA序列的相互作用及其在DNA电路中的应用 | 生物技术 | NA | DNA-DNA反应监测 | NA | DNA序列 | NA |
| 24 | 2024-08-07 |
HEDGES error-correcting code for DNA storage corrects indels and allows sequence constraints
2020-08-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2004821117
PMID:32675237
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research paper | 本文介绍了一种名为HEDGES的错误纠正码，用于DNA存储中纠正插入、删除和替换错误，并能满足用户定义的序列约束 | HEDGES能够修复所有三种基本的DNA错误类型，并将未解决或复合错误转换为替换错误，恢复同步以通过标准Reed-Solomon外码进行纠正。此外，HEDGES还能整合广泛的序列约束 | NA | 开发一种能够在DNA存储中纠正错误并满足序列约束的错误纠正码 | HEDGES错误纠正码的性能和应用 | NA | NA | DNA合成与测序 | NA | DNA序列 | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Aptamer-Braked Multi-hairpin Cascade Circuits for Logic-Controlled Label-Free In Situ Bioimaging
2020-08-04, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c00583
PMID:32600028
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研究论文 | 本文介绍了一种利用ATP适配体作为DNA刹车的新型四发夹级联电路，用于减少电路泄漏并构建逻辑控制的无标记原位生物成像系统 | 引入了ATP适配体作为DNA刹车，有效减少了四发夹级联电路中的泄漏问题 | NA | 开发一种新型的DNA电路，用于在酸性细胞膜微环境中响应多重外部刺激，实现逻辑控制的无标记细胞膜成像 | 四发夹级联电路及其在生物成像中的应用 | 生物传感 | NA | DNA电路构建 | NA | 生物成像 | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
Hydrogen bonding of ionic liquids in the groove region of DNA controls the extent of its stabilization: synthesis, spectroscopic and simulation studies
2020-Jul-21, Physical chemistry chemical physics : PCCP
IF:2.9Q1
DOI:10.1039/d0cp01548b
PMID:32613973
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研究论文 | 研究了离子液体与DNA沟槽区域的氢键作用对其稳定性的影响，通过合成两种离子液体并结合光谱和模拟研究 | 首次详细探讨了离子液体与DNA沟槽区域的氢键作用对DNA稳定性的影响 | 研究仅限于两种特定的离子液体，可能不适用于所有类型的离子液体 | 探究离子液体与DNA沟槽区域的氢键作用对DNA稳定性的影响 | 两种离子液体（TMG和DETMG）与DNA的相互作用 | NA | NA | MD模拟和光谱研究 | NA | DNA | 两种离子液体（TMG和DETMG） |
| 27 | 2024-08-07 |
pH-Controlled Detachable DNA Circuitry and Its Application in Resettable Self-Assembly of Spherical Nucleic Acids
2020-07-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.0c02329
PMID:32579339
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研究论文 | 本文开发了一种可分离的DNA电路，通过在传统“线性底物”的触发区域和分支迁移域之间嵌入pH控制的分子间三链结构，实现了对反应速率和“开/关”状态的调节，并应用于可重置的球形核酸自组装系统。 | 本文创新性地利用pH控制的分子间三链结构，构建了可分离的DNA电路，实现了对复杂分子系统的动态调控和可重编程的纳米颗粒组装结构。 | NA | 开发一种新型的DNA电路，用于动态调控分子系统和纳米颗粒组装结构。 | DNA电路和球形核酸自组装系统。 | DNA纳米技术 | NA | DNA纳米技术 | DNA电路 | DNA | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
Intracellular Entropy-Driven Multi-Bit DNA Computing for Tumor Progression Discrimination
2020-08-03, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202001598
PMID:32367682
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研究论文 | 本文报道了一种基于细胞内熵驱动的多价DNA电路，用于实现多比特计算，以同时分析细胞内的端粒酶和微小RNA（包括miR-21和miR-31），从而区分肿瘤进展。 | 利用计算DNA纳米技术，通过荧光成像和多比特二进制编码，实现了对不同细胞类型和肿瘤进展的精确区分。 | NA | 开发一种新的DNA计算电路，用于实时监测和区分肿瘤进展。 | 细胞内的端粒酶和微小RNA（miR-21和miR-31）。 | 生物技术 | 乳腺癌 | DNA纳米技术 | NA | 荧光图像 | 非肿瘤性、恶性及转移性乳腺癌细胞及相应肿瘤。 |
| 29 | 2024-08-07 |
Footprints of a Singular 22-Nucleotide RNA Ring at the Origin of Life
2020-Apr-25, Biology
DOI:10.3390/biology9050088
PMID:32344921
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研究论文 | 本文提出了一种模型，通过RNA群体的进化动力学重新审视生命起源时RNA-肽相互作用的结构，并推断出一种独特的二十二核苷酸RNA分子序列（ALPHA序列），该序列在早期生命形式中具有高度统计相关性。 | 本文通过逐步计算最小的可能发夹/环RNA序列，推断出一种独特的二十二核苷酸RNA分子序列（ALPHA序列），并发现其在早期生命形式中的高度统计相关性。 | NA | 重新审视生命起源时RNA-肽相互作用的结构，并通过进化动力学推断出一种独特的RNA分子序列。 | 二十二核苷酸RNA分子（ALPHA序列）及其在早期生命形式中的存在和功能。 | NA | NA | NA | NA | 序列 | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Digital Sensing and Molecular Computation by an Enzyme-Free DNA Circuit
2020-05-26, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.0c00628
PMID:32293175
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研究论文 | 本文通过优化催化发夹组装，实现了一种无酶DNA电路的单分子传感，并展示了单分子水平的DNA计算数字报告。 | 本文通过优化催化发夹组装，克服了非共价系统中非催化背景反应导致的信号泄露问题，提高了DNA放大电路的检测限，并展示了单分子水平的DNA计算数字报告。 | NA | 提高DNA计算、生物传感及信号放大中等温放大电路的效能。 | 无酶DNA电路的单分子传感及DNA计算。 | 分子生物学 | NA | 催化发夹组装 | DNA逻辑门 | DNA分子 | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
Target-fueled catalytic hairpin assembly for sensitive and multiplex microRNA detection
2020-May, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-020-02531-w
PMID:32232523
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研究论文 | 本文提出了一种基于目标驱动的催化发夹组装（CHA）平台，用于敏感和多重microRNA检测 | 首次将CHA与Luminex xMAP系统结合，构建了一个适用于多重microRNA检测的敏感传感平台 | NA | 开发一种新的方法用于敏感和多重microRNA检测 | 肝癌相关的miRNA-21、miRNA-122和miRNA-222 | 生物医学研究 | 肝癌 | 催化发夹组装（CHA） | NA | 荧光信号 | 检测限为2 pM |
| 32 | 2024-08-07 |
In Vitro Identification of the Hamiltonian Cycle Using a Circular Structure Assisted DNA Computer
2020-05-11, ACS combinatorial science
DOI:10.1021/acscombsci.9b00150
PMID:32212630
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研究论文 | 本文展示了一种利用环状结构辅助的DNA计算机解决较大规模哈密顿回路问题的方法 | 开发了一种结构辅助的DNA计算方法，通过形成和消化环状结构DNA，迭代多个阶段以消除组合问题的错误解 | NA | 展示一种新的DNA计算方法，解决较大规模的哈密顿回路问题 | 哈密顿回路问题 | 计算生物学 | NA | DNA计算 | NA | DNA | 18个顶点 |
| 33 | 2024-08-07 |
Dual catalytic DNA circuit-induced gold nanoparticle aggregation: An enzyme-free and colorimetric strategy for amplified detection of nucleic acids
2020-Jul-01, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2020.03.059
PMID:32169450
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研究论文 | 开发了一种无酶的双催化DNA电路，用于放大检测核酸 | 通过巧妙地结合两个具有反馈放大能力的催化电路，系统可以检测到低至5飞摩尔的靶核酸，并能明确区分含有替换、插入和删除核苷酸的假目标，无需仪器 | NA | 开发一种新型的无酶、比色法核酸检测策略 | 核酸的检测 | 生物技术 | NA | DNA电路 | NA | 核酸 | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
Demonstration of Arithmetic Calculations by DNA Tile-Based Algorithmic Self-Assembly
2020-05-26, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.0c01387
PMID:32159938
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研究论文 | 本文通过基于DNA瓦片的算法自组装构建了一个DNA计算器，用于执行加法和减法操作 | 首次使用DNA瓦片构建计算器，通过算法自组装实现加法和减法操作 | 由于规则设计的复杂性和实验验证的挑战，基于DNA瓦片的计算器研究较少 | 探索DNA计算在纳米技术中的应用，特别是算术计算的实现 | DNA计算器及其在算术计算中的应用 | NA | NA | DNA计算 | NA | DNA序列 | 使用了三种类型的构建块（传播器、连接器和溶液瓦片） |
| 35 | 2024-08-07 |
Catalytic formation of luminescent lanthanide complexes using an entropy-driven DNA circuit
2020-Apr-07, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d0cc00602e
PMID:32134088
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研究论文 | 本文通过制备两种修饰有乙二胺四乙酸和1,10-菲罗啉的DNA偶联物作为一对分裂探针，设计它们形成双链结构，其辅助基团相对，为镧系离子提供微环境，利用基于熵驱动的DNA电路的催化双链形成来放大发光信号。 | 利用熵驱动的DNA电路实现催化发光镧系配合物的形成。 | NA | 开发一种新的方法来形成和放大镧系配合物的发光信号。 | DNA偶联物和镧系离子。 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Contribution of de novo and inherited rare CNVs to very preterm birth
2020-08, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmedgenet-2019-106619
PMID:32051258
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研究论文 | 本文研究了罕见CNVs对极早产儿（<32周妊娠）出生影响的贡献，包括新生和遗传的罕见CNVs。 | 发现极早产儿中新生CNVs的比率较高，尤其是罕见致病性CNVs。 | 需要进行更大规模的研究以证实结论。 | 探究罕见CNVs对极早产儿不良健康后果的基因组贡献。 | 研究了488个父母-子女三元组的罕见CNVs。 | NA | NA | Illumina Infinium OmniExpress Arrays用于基因分型，使用已发表的协议进行CNV调用和质量控制。 | NA | 基因组数据 | 488个父母-子女三元组 |
| 37 | 2024-08-07 |
Simple Single-Legged DNA Walkers at Diffusion-Limited Nanointerfaces of Gold Nanoparticles Driven by a DNA Circuit Mechanism
2020-03-24, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.9b09581
PMID:32053345
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研究论文 | 设计并制备了一种单腿DNA步行器，该步行器依赖于在金纳米颗粒（DNA/PEG-GNP）轨道上创建的简单扩散限制纳米界面，该轨道共修饰有荧光标记的发夹DNA和含有正电荷氨基基团的一端聚乙二醇（PEG）。 | 通过酶免DNA电路机制驱动单腿DNA步行器的运动，利用燃料发夹DNA通过级联的脚趾介导的DNA位移反应（TMDRs）实现。 | NA | 研究单腿DNA步行器在金纳米颗粒轨道上的运动机制及其在miRNA检测系统中的应用。 | 单腿DNA步行器及其在金纳米颗粒轨道上的运动行为和miRNA检测系统。 | 生物传感器 | NA | DNA电路机制 | NA | 荧光信号 | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
SFRP1 promotor methylation analysis of FTA card touch-prep samples derived from colonic polyps
2020-06, Experimental and molecular pathology
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.yexmp.2020.104397
PMID:32007530
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研究论文 | 本研究旨在证明从FTA滤纸卡上保存的结肠腺瘤样本中提取的DNA适合进行甲基化分析 | 首次报道了从FTA卡衍生的肿瘤DNA进行表观遗传分析的可行性 | NA | 验证从FTA卡保存的结肠腺瘤样本中提取的DNA进行甲基化分析的可行性 | 结肠腺瘤样本 | 数字病理学 | 结肠腺瘤 | 实时甲基化特异性PCR (MSP) | NA | DNA | 40个散发性结直肠腺瘤样本 |
| 39 | 2024-08-07 |
Constraining DNA Sequences With a Triplet-Bases Unpaired
2020-04, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2020.2971644
PMID:32031945
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研究论文 | 本文提出了一种新的三联体碱基非配对约束，并结合和谐搜索算法与鲸鱼优化算法设计满足新约束的DNA序列，以提高DNA计算的准确性 | 引入了一种新的三联体碱基非配对约束，并开发了HSWOA算法来设计符合新约束的DNA序列 | NA | 提高DNA计算中DNA序列的准确性和杂交反应的效率 | DNA序列及其在DNA计算中的应用 | 分子生物学 | NA | DNA计算 | HSWOA算法 | DNA序列 | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Isothermal digital detection of microRNAs using background-free molecular circuit
2020-01, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aay5952
PMID:32010788
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研究论文 | 本文报道了一种使用等温扩增化学和液滴数字读出的高灵敏度微小RNA检测方法 | 设计了一种基于分子编程概念的DNA电路，能够转换、阈值、放大并报告特定微小RNA的存在，并通过泄漏吸收机制抑制非特异性扩增 | NA | 开发一种高灵敏度和定量性的微小RNA检测方法 | 微小RNA的准确量化 | 分子生物学 | NA | 等温扩增化学 | DNA电路 | 微小RNA | 单个微小RNA |