生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 32 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-06 |
mRNA-Initiated, Three-Dimensional DNA Amplifier Able to Function inside Living Cells
2018-01-10, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.7b09789
PMID:29211455
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研究论文 | 本文报道了一种基于mRNA启动的三维DNA放大器（EDTD），能够在活细胞内响应特定mRNA目标进行操作 | 开发了一种新的三维DNA放大器（EDTD），通过分子工程设计，具有增强的生物稳定性和细胞摄取效率，能够在活细胞内进行信号放大 | NA | 解决DNA机器在活细胞内操作的挑战，提供一种新的分子工具用于细胞内生物标志物的检测 | 三维DNA放大器（EDTD）及其在活细胞内的应用 | DNA纳米技术 | NA | DNA分子工程 | NA | NA | NA |
| 2 | 2024-08-05 |
Comparative Study of DNA Circuit System-Based Proportional and Exponential Amplification Strategies for Enzyme-Free and Rapid Detection of miRNA at Room Temperature
2018-Mar-31, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.7b01866
PMID:30023866
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研究论文 | 该研究比较了基于DNA电路系统的比例和指数放大策略在室温下快速检测miRNA的性能 | 提出了无酶等温检测系统，并展示了指数放大DNA电路系统在灵敏度和检测时间方面的优势 | 指数放大DNA电路系统在荧光噪声信号方面表现较差，存在泄漏反应的问题 | 开发基于循环miRNA的快速检测点-of-care测试系统 | 主要研究对象是靶miRNA（miR-141） | 数字病理学 | NA | 无酶等温检测系统 | DNA电路系统 | 荧光信号 | NA |
| 3 | 2024-08-06 |
First characterization of a biphasic, switch-like DNA amplification
2018-Apr-16, The Analyst
DOI:10.1039/c8an00130h
PMID:29577124
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研究论文 | 我们报告了首个具有开关特性的DNA扩增化学反应，该反应表现出双相特征 | 首次提出了双相开关式DNA扩增机制，并展示了其反应途径和热力学原理 | 缺乏关于不具回文序列时的反应机制的深入探讨 | 研究一种新的DNA扩增反应以提高产品产量 | 使用具有回文结构的DNA模板和引物进行的DNA扩增反应 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 化学反应数据 | 提供了一定量的反应类型和路径分析，但具体样本量未明确 |
| 4 | 2024-08-06 |
Correcting Errors in Image Encryption Based on DNA Coding
2018-Jul-27, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules23081878
PMID:30060471
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研究论文 | 本文提出一种新颖的方法用于纠正基于DNA编码的图像加密中的错误 | 提出了一种新方法，通过DNA编码降低DNA序列的相似性并纠正图像加密和解密过程中的错误 | NA | 研究图像加密中错误的纠正方法 | 图像加密中的错误 | 数字病理学 | NA | DNA计算 | NA | 图像 | 实验结果显示应用了相关数据，但具体样本数量未提及 |
| 5 | 2024-08-06 |
Noise control for molecular computing
2018-07, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2018.0199
PMID:29997258
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研究论文 | 本文提出了一种用于分子计算的噪声控制方法。 | 开发了一种算法，通过结构性修改反应网络，引入可控的状态依赖噪声，同时保留确定性动力学。 | 尚未提及具体的实验验证或应用范围，可能限制实际应用的推广。 | 旨在通过控制系统内部噪声，促进生化网络在随机水平上的设计。 | 针对生化反应网络的设计与优化。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 反应网络数据 | 未指定样本数量 |
| 6 | 2024-08-06 |
Renewable Time-Responsive DNA Circuits
2018-Jul-18, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.201801470
PMID:30022600
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研究论文 | 本文展示了可再生和时间响应的DNA电路。 | 介绍了可手动恢复至原始状态的可再生DNA电路和时间响应DNA电路，能够在重置后正确计算输出。 | NA | 探讨DNA电路的可再生性和时间响应特性。 | 可再生和异步的DNA电路 | NA | NA | DNA电路设计 | NA | NA | NA |
| 7 | 2024-08-07 |
Streptavidin-Decorated Algorithmic DNA Lattices Constructed by Substrate-Assisted Growth Method
2018-Oct-08, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.8b00950
PMID:33450799
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研究论文 | 本文开发了一种通过基质辅助生长方法构建的链霉亲和素修饰的算法DNA晶格，用于高密度信息存储和复杂问题解决 | 引入了基质辅助生长方法和链霉亲和素修饰，提高了算法晶格的覆盖率和可视化效率，同时降低了DNA浓度需求 | NA | 探索DNA计算的高密度信息存储和复杂问题解决 | 算法COPY和XOR晶格的构建及其在分子多路分解电路和计算中的应用 | NA | NA | 基质辅助生长方法 | NA | DNA晶格 | 使用了不同比例的0-和1-位规则DNA片 |
| 8 | 2024-08-07 |
Subcellular connectomic analyses of energy networks in striated muscle
2018-11-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-07676-y
PMID:30504768
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研究论文 | 本文开发了一种框架，用于定量评估肌肉线粒体网络的连接性和与细胞能量储存、利用及钙循环位点的相互作用。 | 首次展示了肌肉线粒体网络的电连接性，并开发了评估单细胞内线粒体连接性的工具。 | 目前缺乏评估单细胞内高空间分辨率器官连接性的工具。 | 探索肌肉中线粒体网络的连接性及其与细胞能量分布和钙循环的关系。 | 心脏肌、氧化肌和糖酵解肌的线粒体网络连接性及其与细胞能量储存和钙循环的相互作用。 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-07 |
Computing with biological switches and clocks
2018, Natural computing
IF:1.7Q2
DOI:10.1007/s11047-018-9686-x
PMID:30524215
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研究论文 | 本文回顾了生物系统中计算的历史视角，重点关注生物开关和时钟，并讨论了生物学与计算之间的相似性 | 探讨了生物系统中开关和时钟组合如何推动新型计算算法的发展 | NA | 探讨生物计算的未来愿景 | 生物系统中的开关和时钟 | 生物信息学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-07 |
8-Bit Adder and Subtractor with Domain Label Based on DNA Strand Displacement
2018-Nov-15, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules23112989
PMID:30445809
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research paper | 本文设计了一种基于DNA链置换的级联8位加法器/减法器，使用域标签表示信号1和信号0 | 首次设计了基于DNA链置换的带有域标签的级联8位加法器/减法器，并重构了基本逻辑门、放大门、扇出门和报告门为域标签门 | NA | 探索和扩展分子逻辑电路的应用 | 基于DNA链置换的生物逻辑电路 | 生物计算 | NA | DNA链置换 | NA | 逻辑计算模型 | NA |
| 11 | 2024-08-07 |
Single-molecule catalytic hairpin assembly for rapid and direct quantification of circulating miRNA biomarkers
2018-Dec-26, Analytica chimica acta
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.aca.2018.08.037
PMID:30428976
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研究论文 | 本文介绍了一种结合动态DNA电路和单分子荧光检测的高灵敏度方法，用于快速直接定量血清中的循环miRNA生物标志物 | 该方法通过单分子计数和全内反射荧光显微镜（TIRFM）检测，实现了对miRNA目标的高灵敏度和快速定量 | NA | 开发一种高灵敏度和特异性的方法来检测循环miRNA生物标志物 | 循环miRNA生物标志物，包括miR-141、miR-21和miR-16 | 数字病理学 | 前列腺癌，乳腺癌 | 全内反射荧光显微镜（TIRFM） | NA | miRNA | 29个健康样本，18个前列腺癌样本，23个乳腺癌样本 |
| 12 | 2024-08-07 |
Highly Sensitive Assay of Methyltransferase Activity Based on an Autonomous Concatenated DNA Circuit
2018-11-26, ACS sensors
IF:8.2Q1
DOI:10.1021/acssensors.8b00738
PMID:30350594
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研究论文 | 本文开发了一种基于两层DNA电路的非酶MTase传感平台，通过上游催化发夹组装（CHA）电路和下游杂交链反应（HCR）电路的级联放大，实现了对MTase及其抑制剂的超灵敏检测。 | 该方法利用多重保证的MTase/内切酶识别特异性和级联CHA-HCR电路的协同放大特性，实现了对MTase的超灵敏检测，并可通过简单设计相应底物来探测其他不同的生物转化。 | NA | 开发一种超灵敏的MTase检测方法，以满足临床诊断和生物医学研究的需求。 | MTase及其抑制剂在血清和E. coli细胞中的检测。 | 生物技术 | NA | DNA电路，催化发夹组装（CHA），杂交链反应（HCR） | NA | DNA | 血清和E. coli细胞 |
| 13 | 2024-08-07 |
Sc-ncDNAPred: A Sequence-Based Predictor for Identifying Non-coding DNA in Saccharomyces cerevisiae
2018, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2018.02174
PMID:30258427
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于序列的预测工具Sc-ncDNAPred，用于识别酵母中的非编码DNA序列 | 开发了一种基于支持向量机的预测工具Sc-ncDNAPred，用于高效准确地预测非编码DNA序列 | NA | 开发机器学习方法以预测非编码DNA序列 | 酵母中的非编码DNA序列 | 基因组学 | NA | 支持向量机学习方法 | 支持向量机 | DNA序列 | 使用了包含单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸的特征提取策略 |
| 14 | 2024-08-07 |
Design of DNA-based innovative computing system of digital comparison
2018-10-15, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2018.09.018
PMID:30223093
|
研究论文 | 本文首次构建了一种基于DNA的新型逻辑计算系统，用于比较两个或多个数字是否相等 | 利用石墨烯氧化物和DNA的简易制备和独特性质，开发了DNA杂交和GO与单链DNA有效结合的数字比较器系统 | NA | 探索基于DNA和石墨烯氧化物相互作用的新型数字比较器DNA计算系统的构建 | DNA和石墨烯氧化物在数字比较器中的应用 | 生物分子计算 | NA | DNA杂交 | 数字比较器 | DNA | 2-输入、3-输入和4-输入的数字比较器电路 |
| 15 | 2024-08-07 |
Comet-like Heterodimers "Gold Nanoflower @Graphene Quantum Dots" Probe with FRET "Off" to DNA Circuit Signal "On" for Sensing and Imaging MicroRNA In Vitro and In Vivo
2018-10-02, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.8b02854
PMID:30182713
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
Towards a Bioelectronic Computer: A Theoretical Study of a Multi-Layer Biomolecular Computing System That Can Process Electronic Inputs
2018-Sep-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms19092620
PMID:30181468
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研究论文 | 本文通过理论研究探讨了一种多层生物分子计算系统，该系统能够处理电子输入并进行信息处理 | 首次提出并模拟了一种完全集成的生物分子计算系统，该系统具有多级信息处理能力，能够接受电子输入并独立运行 | 实际应用中需要显著提高系统的速度 | 探讨如何构建一种能够处理电子输入并进行逻辑操作的生物分子计算系统 | 多层生物分子计算系统及其在自主机器人导航中的应用 | NA | NA | DNA分子机器 | NA | 电子信号 | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Nanopore Decoding of Oligonucleotides in DNA Computing
2018-Dec, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.201800091
PMID:30076732
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综述 | 本文综述了利用无标记和电学纳米孔测量技术解码DNA计算的最新方法 | 提出将纳米孔技术作为DNA计算电学和简单解码的候选方法 | 该解码方法仍处于开发阶段，尚未被广泛接受 | 旨在向科学界介绍纳米孔解码DNA计算方法的有用性 | DNA计算的解码方法及其临床应用 | NA | 癌症 | 纳米孔技术 | NA | DNA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
Construction of an enzyme-free concatenated DNA circuit for signal amplification and intracellular imaging
2018-Jul-14, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/c8sc01981a
PMID:30079197
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研究论文 | 本文通过整合催化发夹组装（CHA）和杂交链反应（HCR）两种信号放大方法，建立了一种等温无酶放大策略，用于高灵敏度和选择性的核酸检测 | 本文创新性地构建了串联的CHA-HCR系统，实现了高效的荧光共振能量转移（FRET）信号读出，并可转换为通用传感平台，用于检测癌症生物标志物 | NA | 开发一种新型的无酶核酸放大系统，用于生物标志物的高灵敏度检测和细胞内成像 | 核酸检测技术及其在生物标志物检测和细胞内成像中的应用 | 生物工程 | 癌症 | 催化发夹组装（CHA），杂交链反应（HCR） | NA | 核酸 | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
Entropy-driven DNA logic circuits regulated by DNAzyme
2018-09-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky663
PMID:30053158
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research paper | 本研究开发了由DNAzyme调控的催化DNA逻辑电路，提出了一种基于共价修饰的调控策略，结合DNAzyme消化和熵驱动的链置换两种反应机制。 | 本研究提出了一种新的策略，通过共价修饰诱导构象变化来调控催化DNA电路，不仅依赖于toehold介导的机制。 | NA | 开发新的催化DNA逻辑电路调控策略，实现更复杂的DNA工程功能和信号传输。 | 催化DNA逻辑电路的调控机制。 | NA | NA | DNAzyme | NA | DNA | NA |
| 20 | 2024-08-07 |
Accelerating DNA-Based Computing on a Supramolecular Polymer
2018-08-01, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.8b06146
PMID:29989400
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研究论文 | 本文介绍了一种基于DNA功能化的苯-1,3,5-三羧酰胺（BTA）超分子聚合物作为动态支架，用于模板化DNA分子计算，显著加速了DNA电路的反应速率 | 通过选择性招募DNA电路组件到功能化的超分子BTA聚合物上，实现了100倍的链置换和链交换反应加速，并优化了聚合物组成以适应不同应用 | NA | 探索超分子BTA聚合物在DNA分子计算中的应用，提高计算效率 | DNA功能化的BTA超分子聚合物及其在DNA分子计算中的应用 | NA | NA | DNA分子计算 | NA | NA | 使用了10个核苷酸的把手链进行功能化 |