生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-06	Detection, molecular typing and phylogenetic analysis of Leishmania isolated from cases of leishmaniasis among Syrian refugees in Lebanon 2016-Jun, Parasite epidemiology and control IF:2.0Q3 DOI:10.1016/j.parepi.2016.02.002 PMID:29988171	研究论文	本文研究了从黎巴嫩叙利亚难民中分离出的利什曼原虫的检测、分子分型和系统发育分析	首次比较了两种不同的分子方法在黎巴嫩的利什曼原虫检测和识别中的效果	未能全面阐明皮肤利什曼病的流行病学情况	探讨在黎巴嫩的利什曼病流行情况以及检测方法的有效性	39个来自石蜡包埋（FFPE）组织的利什曼原虫分离株	数字病理学	NA	ITS1-PCR RFLP和嵌套ITS1-5.8S rDNA基因扩增	邻接法（NJ）	DNA序列	39个FFPE样本
2	2024-08-07	DNA supercoiling is a fundamental regulatory principle in the control of bacterial gene expression 2016-Nov, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-016-0238-2 PMID:28510216	研究论文	本文探讨了DNA超螺旋在细菌基因表达调控中的基本原理	本文揭示了DNA超螺旋状态与代谢通量、DNA拓扑结构及基因表达之间的连续性关系，以及这种关系对基因组对细胞内和外部环境变化的全球响应的影响	NA	研究DNA超螺旋在细菌基因表达调控中的作用机制	细菌细胞中的DNA超螺旋状态及其对基因表达的影响	分子生物学	NA	NA	NA	NA	NA
3	2024-08-07	DNA supercoiling is a fundamental regulatory principle in the control of bacterial gene expression 2016-Sep, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-016-0205-y PMID:28510224	研究论文	本文探讨了DNA超螺旋在细菌基因表达调控中的基本原理	揭示了DNA超螺旋状态与代谢通量、DNA拓扑结构及基因表达之间的连续性关系，以及这种关系对基因组对内外环境变化的全球响应的影响	NA	研究DNA超螺旋在细菌基因表达调控中的作用机制	细菌细胞中的DNA超螺旋状态及其对基因表达的影响	分子生物学	NA	NA	NA	NA	NA
4	2024-08-07	Analytic framework for a stochastic binary biological switch 2016-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.94.062413 PMID:28085300	研究论文	本文提出并解析了一个随机模型，用于描述二元生物开关的动力学，该开关定义为具有两种互斥配置的DNA单元，每种配置触发不同基因的表达。	本文讨论了在活细胞中实现的重组酶可寻址数据（RAD）模块，并计算了从一种状态演化到另一种渐近状态时两个表达基因的精确时间依赖性联合分布。	NA	研究二元生物开关的行为，特别是RAD模块的操作机制，以优化生物计算系统的设计。	二元生物开关及其在生物计算系统中的应用。	生物学	NA	NA	随机模型	基因表达数据	NA
5	2024-08-07	A general resolution of intractable problems in polynomial time through DNA Computing 2016-Dec, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2016.09.008 PMID:27693626	研究论文	本文提出了一种基于已知生物操作的DNA计算方法，用于在多项式时间内解决难以处理的问题	该方案已成功应用于解决两个NP-Hard问题和三个co-NP-Complete问题，这些问题之前未通过此模型解决	NA	探索DNA计算模型的计算能力，并提出相关研究方向	NP-Hard问题和co-NP-Complete问题	生物计算	NA	DNA Computing	NA	NA	NA
6	2024-08-07	New Trends of Digital Data Storage in DNA 2016, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2016/8072463 PMID:27689089	研究论文	本文分析了将数据编码和加密到DNA中的各种方法，并评估了每种方案的优势和能力以克服先前识别的缺点	DNA作为一种高容量、高存储密度且能耐受极端环境条件的存储介质，已被开发出多种编码模型和加密技术	本文还指出了DNA作为存储介质的局限性，包括加密和隐写技术的限制	探讨DNA作为数据存储介质的潜力及其在加密和计算领域的应用	研究对象包括DNA存储技术、编码模型、加密技术以及DNA在计算中的应用	生物信息学	NA	DNA存储技术	NA	DNA数据	NA
7	2024-08-07	A DNA Circuit for IsomiR Detection 2016-Nov-17, Chembiochem : a European journal of chemical biology IF:2.6Q3 DOI:10.1002/cbic.201600452 PMID:27629276	研究论文	本文介绍了一种合成DNA寡核苷酸，该寡核苷酸被编程为生物电路，用于检测5'-异构miRNA（IsomiR）	该研究开发了一种创新的DNA电路，通过两个集成的DNA开关实现对miRNA的灵敏和快速检测	NA	开发一种新的生物电路技术，用于检测miRNA	5'-异构miRNA	生物技术	NA	DNA合成技术	DNA电路	DNA序列	NA
8	2024-08-07	Enzymatic Synthesis of Sequence-Defined Synthetic Nucleic Acid Polymers with Diverse Functional Groups 2016-10-10, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.201607538 PMID:27633832	研究论文	描述了利用T4 DNA连接酶催化DNA模板化寡核苷酸聚合反应，生成功能化核酸聚合物的发展和深入分析	开发了一种利用NNNNT密码子集进行低密码子偏倚、高保真度和高效率的聚合方法，能够生成包含多种功能基团的ANNNN库	NA	旨在开发一种高效、高保真的方法来生成多样化的功能化核酸聚合物	功能化核酸聚合物	DNA纳米技术	NA	T4 DNA连接酶催化DNA模板化寡核苷酸聚合反应	NA	核酸序列	256个成员的ANNNN库，包含16个子库，每个子库修饰不同的功能基团
9	2024-08-07	An Efficient Particle-Based DNA Circuit System: Catalytic Disassembly of DNA/PEG-Modified Gold Nanoparticle-Magnetic Bead Composites for Colorimetric Detection of miRNA 2016-Oct, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.201601741 PMID:27483209	研究论文	设计并开发了一种基于催化解装配策略的新型比色miRNA检测的粒子基DNA电路系统	该系统通过目标miRNA触发的DNA电路机制，实现了快速的颜色变化和显著的灵敏度提升，无需其他酶或仪器	NA	开发一种新型的比色miRNA检测方法	miRNA的检测	NA	NA	催化解装配策略	NA	NA	NA
10	2024-08-07	Analog Computation by DNA Strand Displacement Circuits 2016-08-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.6b00144 PMID:27363950	研究论文	本文提出了一种基于DNA链置换的模拟计算DNA电路架构	该架构包括加法、减法和乘法门，输入和输出为模拟信号，无需转换为布尔信号	NA	开发用于模拟计算的DNA电路	DNA链置换电路	生物计算	NA	DNA链置换	NA	DNA链	NA
11	2024-08-07	Parallel DNA Arithmetic Operation With One Error Detection Based on 3-Moduli Set 2016-07, IEEE transactions on nanobioscience IF:3.7Q3 DOI:10.1109/TNB.2016.2574359 PMID:27323370	研究论文	本文将冗余余数系统引入DNA计算，以克服生物化学反应的不稳定性和错误杂交的负面影响，基于Adleman-Lipton模型和特殊的3模集合，提出了一种冗余余数的DNA编码方案和一个位错误检测的DNA算法	本文提出的冗余余数系统的DNA编码方案和错误检测算法，能够实现并行DNA算术运算并提高DNA计算的可靠性	NA	提高DNA计算的可靠性和简化DNA编码方案	DNA计算中的错误检测和并行算术运算	生物计算	NA	DNA计算	冗余余数系统	DNA编码	NA
12	2024-08-07	Engineering a robust DNA split proximity circuit with minimized circuit leakage 2016-08-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkw447 PMID:27207880	研究论文	本文系统分析了分裂近端电路中各种泄漏的来源和特征，并引入了一种称为'域间桥接'的独特策略来消除非脚手架依赖的泄漏，同时增强了三向连接处的链置换动力学	引入了一种新的'域间桥接'策略，用于消除非脚手架依赖的泄漏并增强链置换动力学	NA	设计一个鲁棒的DNA分裂近端电路，以减少电路泄漏	DNA电路中的泄漏问题及其对链置换动力学的影响	生物技术	NA	DNA电路设计	NA	DNA序列	NA
13	2024-08-07	ACEMBL Tool-Kits for High-Throughput Multigene Delivery and Expression in Prokaryotic and Eukaryotic Hosts 2016, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-319-27216-0_3 PMID:27165317	review	本文综述了ACEMBL技术概念，该技术旨在实现多基因构建的高通量组装、递送及在原核和真核宿主中的表达	ACEMBL技术概念专门针对多组件DNA组装成多基因构建体的需求，适用于原核和真核表达宿主，加速基础和应用研究与开发	NA	探讨多组件生物系统在分子和合成生物学中的应用，以及如何通过高效、稳健和灵活的方法组装多组件DNA电路	多组件DNA电路的组装、递送及在原核和真核宿主中的表达	分子生物学	NA	多基因构建组装技术	NA	DNA电路	NA
14	2024-08-07	Supervised Learning in Adaptive DNA Strand Displacement Networks 2016-08-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.6b00009 PMID:27111037	研究论文	本文介绍了一种使用缓冲DNA链置换网络开发自适应分子电路的框架，并设计并模拟了一个用于线性函数监督学习的DNA电路	提出了使用缓冲DNA链置换网络扩展现有DNA链置换电路架构，以实现行为参数的直接存储和修改	NA	开发展示自适应行为的工程化生化电路，用于长期监测和控制生化系统	自适应分子电路	分子计算	NA	DNA链置换	NA	NA	NA
15	2024-08-07	The Formal Language and Design Principles of Autonomous DNA Walker Circuits 2016-08-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5b00275 PMID:27114350	研究论文	本文展示了通过固定反应物的DNA电路如何作为分布式系统，并将其描述为随机Petri网，进而通过连续时间马尔可夫链进行验证和优化设计	提出了一种将抽象命题公式自动转化为物理DNA计算系统设计的理论方法	NA	探索DNA电路的设计原理及其在简单计算中的应用	DNA电路及其在计算中的应用	生物信息学	NA	DNA计算	Petri网，连续时间马尔可夫链	NA	NA
16	2024-08-07	An enzyme-free catalytic DNA circuit for amplified detection of aflatoxin B1 using gold nanoparticles as colorimetric indicators 2016-May-14, Nanoscale IF:5.8Q1 DOI:10.1039/c6nr01381c PMID:27119550	研究论文	本文构建了一种基于催化DNA电路的无酶生物传感器，用于放大检测黄曲霉素B1，使用金纳米颗粒作为比色指示剂	通过脚手架介导的链置换反应实现级联信号放大，使用功能化的金纳米颗粒作为信号指示剂，实现超灵敏的比色检测	NA	开发一种简单、便捷且超灵敏的生物传感器，用于检测环境及食品样品中的黄曲霉素B1	黄曲霉素B1的检测	生物传感器	NA	催化DNA电路	NA	比色法	NA
17	2024-08-07	Multi-objective optimization framework to obtain model-based guidelines for tuning biological synthetic devices: an adaptive network case 2016-Mar-11, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-016-0269-0 PMID:26968941	研究论文	本文提出了一种多目标优化框架，用于获取基于模型的指导原则，以调整生物合成设备的参数，实现预定的电路行为	本文创新性地使用了多目标优化调整框架，为生物设备的参数选择提供了一套基于模型的指导原则	确定涉及部件参数的精确值不是一个现实的方法，生物部件的特性存在不确定性	旨在提供有效的指导原则，通过调整生物参数以实现预期的电路行为	生物合成设备的参数调整	合成生物学	NA	多目标优化	NA	NA	NA
18	2024-08-07	Implementing a two-layer feed-forward catalytic DNA circuit for enzyme-free and colorimetric detection of nucleic acids 2016-Mar-03, Analytica chimica acta IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.aca.2016.01.013 PMID:26873470	研究论文	本研究开发了一种高灵敏度和特异性的生物传感平台，用于无酶和比色法检测核酸	该平台由两个DNA纳米结构和两个燃料链组成，构建了一个前馈催化DNA电路，能够通过释放能够将无色底物转化为有色物质的血红素结合适配体来检测目标DNA	NA	开发一种无酶的催化DNA电路，作为基于酶的生物传感器的敏感替代方法，用于特定和成本效益高的核酸检测	核酸的检测	生物传感技术	NA	DNA纳米技术	前馈催化DNA电路	核酸	在血清样本中可以检测到4 pM的目标DNA，延长孵育时间至3小时后可以检测到1 pM的目标DNA
19	2024-08-07	Logic Gate Operation by DNA Translocation through Biological Nanopores 2016, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0149667 PMID:26890568	研究论文	本文提出了一种利用生物纳米孔与DNA分子结合的逻辑操作系统	首次成功实现了无标记DNA的快速NAND逻辑操作，并在四液滴网络中进行了操作	NA	开发一种基于生物纳米孔的逻辑操作系统	DNA分子和生物纳米孔	生物技术	NA	生物纳米孔技术	NA	DNA	NA
20	2024-08-07	High-speed DNA-based rolling motors powered by RNase H 2016-Feb, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/nnano.2015.259 PMID:26619152	research paper	本文报道了一种基于DNA的滚动马达，其速度和进程性比传统DNA马达高出三个数量级	开发了一种新型DNA滚动马达，通过使用DNA涂层的球形颗粒与表面修饰的互补RNA结合，并通过RNase H的加入实现运动，速度和进程性显著提高	NA	研究基于DNA的机器在传感器、药物输送平台和生物计算等应用中的潜力	基于DNA的滚动马达及其在单核苷酸多态性检测中的应用	生物计算	NA	RNase H	NA	DNA	NA