生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-06	A programming language for composable DNA circuits 2009-Aug-06, Journal of the Royal Society, Interface DOI:10.1098/rsif.2009.0072.focus PMID:19535415	研究论文	本文介绍了一种用于设计和模拟DNA电路的编程语言	提出了一种新的编程语言来支持基于链置换的DNA电路的设计与模拟	假设链没有任何次级结构，可能限制了模型的适用性	旨在促进DNA电路的设计及其自动编译到核苷酸序列	各种电路模型及其模拟，包括熵驱动的催化门和化学反应系统	数字病理学	NA	链置换	NA	NA	NA
2	2024-08-07	A microfluidic DNA computing processor for gene expression analysis and gene drug synthesis 2009-Nov-06, Biomicrofluidics IF:2.6Q2 DOI:10.1063/1.3259628 PMID:20216967	研究论文	本文描述了一种用于基因表达分析和基因药物合成的微流控DNA计算处理器，该处理器能够执行布尔逻辑操作	该处理器通过微流控芯片集成多步生物化学反应，实现了对多个基因表达的同步分析和相应的基因药物合成，具有简单快速的特点	NA	开发一种用于基因表达分析和基因药物合成的微流控DNA计算处理器	使用与癌症相关的多个基因作为输入分子，通过其表达水平与计算相关DNA链的相互作用进行分析	数字病理学	癌症	微流控技术	NA	DNA	多个癌症相关基因
3	2024-08-07	Solving the fully-connected 15-city TSP using probabilistic DNA computing 2009-Mar, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1039/b821735c PMID:20023738	研究论文	本文展示了如何使用合理的DNA量、更高的效率和准确性以及一种新的读出方法来执行计算，成功解决了具有15个顶点和210条边的最大DNA计算问题	本文提出了一种新的读出方法，提高了DNA计算的效率和准确性	NA	展示如何克服DNA计算的技术限制，实现更高效和准确的计算	完全连接的15城市旅行商问题（TSP）	NA	NA	DNA计算	NA	NA	15个顶点和210条边的问题
4	2024-08-07	A splicing model-based DNA-computing approach on microfluidic chip 2009-Oct, Electrophoresis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/elps.200900323 PMID:19798677	研究论文	本文提出了一种基于微流控芯片的拼接模型DNA计算方法	首次在微流控芯片上实现了基于拼接模型的DNA计算，并应用有限自动机进行等腰三角形的模式识别	NA	开发一种高效、可控且易于集成的DNA计算方法，为未来构建完整的生物分子计算机铺平道路	基于DNA生物化学反应的计算形式，特别是拼接计算模型	生物计算	NA	DNA消化、连接、分离和检测	有限自动机	DNA	两个输入符号(a, b)和三个状态(S0, S1, S2)
5	2024-08-07	Network inference by combining biologically motivated regulatory constraints with penalized regression 2009-Mar, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1 DOI:10.1111/j.1749-6632.2008.03751.x PMID:19348637	研究论文	本文通过结合生物学启发的调控约束与惩罚回归，扩展并测试了惩罚回归方案，以重建生物分子网络	提出了一个新的扩展方法，即在重建网络中加入生物约束，要求出链具有相同的调控符号	线性模型不足以涵盖大多数复杂行为，主要适用于接近稳态的系统	改进生物分子网络的重建性能	生物分子网络的重建算法	计算系统生物学	NA	惩罚回归	线性模型	mRNA或蛋白质丰度测量	数据来自模拟和真实qPCR测量
6	2024-08-07	A review of prenatally detected femoral abnormalities 2009-Jul, Clinical dysmorphology IF:0.4Q4 DOI:10.1097/MCD.0b013e32832443b1 PMID:19339877	综述	本文综述了在产前检测到的股骨异常的管理和结果	提出了多学科团队方法，包括胎儿医学、遗传学、儿科放射学和病理学，以促进准确的诊断和适当的咨询	在分娩前很难达到正确的诊断，且家庭对不确定性的程度感到困难	评估产前检测到股骨异常的胎儿在三级护理胎儿医学单位的管理和结果	产前检测到股骨异常的胎儿及其家庭	NA	NA	NA	NA	NA	41例病例
7	2024-08-07	Deconstructing the core dynamics from a complex time-lagged regulatory biological circuit 2009-Mar, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/iet-syb.2007.0028 PMID:19292565	研究论文	本文通过简化生物条件，利用动态模块识别和模型简化方法，分析了一个蛋白质-蛋白质网络的动态非线性计算模型中的周期性振荡	首次通过引入显式时间延迟和使用'撕裂-放大'方法，将系统简化为一个包含两个变量的分段线性系统，从而能够分析和证明系统稳定性的全局条件	NA	理解复杂生物调控网络的动态规律	蛋白质-蛋白质网络的动态模型	计算生物学	NA	NA	非线性计算模型	NA	NA
8	2024-08-07	System identification: DNA computing approach 2009-Jul, ISA transactions IF:6.3Q1 DOI:10.1016/j.isatra.2009.01.006 PMID:19249778	研究论文	提出了一种基于电子-离子相互作用势（EIIP）解码方案的DNA计算算法（DNACA），用于识别一类传递函数	DNACA包括酶和病毒操作符，提供了一个高度模块化、灵活和准确的自组织结构环境	NA	识别一类传递函数	DNA计算算法及其性能	计算生物学	NA	DNA计算	遗传算法	函数	基于De Jong的测试函数进行模拟研究
9	2024-08-07	The role of predictive modelling in rationally re-engineering biological systems 2009-04, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/nrmicro2107 PMID:19252506	综述	本文综述了预测建模在合理重构生物系统中的作用，并探讨了系统生物学与合成生物学融合的可能途径	NA	NA	探讨系统生物学与合成生物学融合的可能途径	生物系统的重构与优化	系统生物学	NA	NA	NA	NA	NA
10	2024-08-07	Production of random DNA oligomers for scalable DNA computing 2009-Jan, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.200800224 PMID:19156734	研究论文	本文介绍了一种基于PCR扩增少量随机模板序列来生产大量不同DNA寡聚物的新方法	提出了一种利用PCR技术扩增随机模板序列以生成大量不同DNA寡聚物的方法	NA	开发一种经济可行的方法来生产大量不同的DNA寡聚物，以支持DNA计算	DNA寡聚物的自动合成	生物技术	NA	PCR	NA	DNA序列	约30种不同的模板分子
11	2024-08-07	A new solution for maximal clique problem based sticker model 2009-Feb, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2008.09.007 PMID:18992786	研究论文	本文利用贴纸构建DNA的最大团问题（MCP）解空间，并在此基础上开发了一种基于贴纸模型的DNA算法	提出了一种新的基于贴纸模型的DNA算法来解决最大团问题，并展示了DNA计算解决NP完全问题的能力	NA	开发一种新的算法来解决最大团问题	最大团问题（MCP）	NA	NA	DNA计算	贴纸模型	DNA	NA