生物计算机与DNA存储相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-21	Not all is lost: resilience of microbiome samples to freezer failures and long-term storage 2024-Dec-20, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00603-24 PMID:39704536	研究论文	研究评估了-80°C冰箱故障对土壤样本微生物群落的影响，并与长期-20°C存储的DNA进行了比较	发现真菌的丰富度和细菌与真菌的beta多样性对土壤样本解冻和延长冷冻存储具有显著的恢复力，且真菌比细菌更具恢复力	研究仅限于土壤样本，未涵盖其他类型的微生物样本	评估冰箱故障和长期存储对微生物群落的影响	土壤样本中的细菌和真菌	微生物学	NA	Illumina MiSeq测序	NA	DNA	土壤样本
2	2024-12-21	miR-Cabiner: A Universal microRNA Sensing Platform Based on Self-Stacking Cascaded Bicyclic DNA Circuit-Mediated CRISPR/Cas12a 2024-Dec-20, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05370 PMID:39704707	研究论文	本文介绍了一种基于自堆叠级联双环DNA电路介导的CRISPR/Cas12a的通用microRNA传感平台miR-Cabiner	miR-Cabiner平台结合了催化发夹组装（CHA）和杂交链反应（HCR），并最终级联到CRISPR/Cas12a，相比CHA-Cas12a和HCR-Cas12a系统，具有更高的反应速率	NA	开发一种通用的microRNA传感平台，用于临床诊断	与乳腺癌诊断、分期和预后相关的miRNA（如miR-130a、miR-10b、miR-21和miR-1285）	生物技术	乳腺癌	CRISPR/Cas12a	NA	核酸	四个miRNA样本（miR-130a、miR-10b、miR-21和miR-1285）
3	2024-12-20	Refined design of a DNA logic gate for implementing a DNA-based three-level circuit 2024-Dec-19, Nanoscale IF:5.8Q1 DOI:10.1039/d4nr03606a PMID:39558877	研究论文	本文提出了一种改进的DNA逻辑门设计，用于实现基于DNA的三级电路	本文创新性地提出了三级电路设计，将输入信号分为“无”、逻辑“0”和逻辑“1”三种情况，从而解决了现有DNA电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆	NA	旨在改进DNA计算电路的设计，解决现有电路中对OFF状态和逻辑“0”理解上的混淆	DNA逻辑门和基于DNA的三级电路	NA	NA	DNA计算	NA	NA	34种输入组合和12条DNA链
4	2024-12-20	Instruction-responsive programmable assemblies with DNA origami block pieces 2024-Dec-19, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1193 PMID:39698832	研究论文	本文设计并实现了具有八个相互独立可编程边缘的DNA折纸构建块（DOBPs），并通过DNA指令将其组装成特定的二维阵列	提出了一个可编程的DNA折纸构建块系统，能够根据指令集组装成特定的二维阵列，并展示了布尔逻辑门的计算能力	NA	创建更标准化和可控的DNA折纸组件，用于组装有限规模和更多样化的超结构	DNA折纸构建块（DOBPs）及其组装成的二维阵列	DNA纳米技术	NA	DNA折纸技术	NA	DNA序列	NA
5	2024-12-20	Empowering DNA-Based Information Processing: Computation and Data Storage 2024-Dec-18, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c13948 PMID:39648356	综述	本文综述了DNA计算和DNA数据存储领域的材料和界面的最新进展	介绍了多种材料和界面在DNA信息处理技术中的应用，推动了DNA计算和DNA数据存储的显著进展	讨论了当前领域的瓶颈和障碍，并提供了未来发展的见解	总结DNA计算和DNA数据存储领域的材料和界面的进展，探讨未来发展方向	DNA计算和DNA数据存储系统中的材料和界面	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6	2024-12-14	Harnessing Demethylase-Regulated Catalytic DNA Circuit for In-Situ Investigation of the Regulatory Connection with MicroRNA 2024-Dec-12, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c05225 PMID:39668155	研究论文	本文构建了一种由ALKBH5调节的催化DNA电路，用于在活细胞中进行miRNA的原位成像	本文创新性地利用ALKBH5介导的去甲基化途径恢复I-R3 DNAzyme的催化活性，并通过催化发夹组装（CHA）电路实现miRNA的高灵敏度和特异性成像	NA	研究表观遗传调节因子与miRNA之间的潜在关联	ALKBH5调节的催化DNA电路和miRNA	生物分析	NA	DNAzyme	NA	DNA	NA
7	2024-12-13	A rapid and inexpensive 96-well DNA-extraction method from blood using silicon dioxide powder (Glassmilk) 2024, Biology methods & protocols IF:2.5Q3 DOI:10.1093/biomethods/bpae079 PMID:39659671	研究论文	本文介绍了一种使用硅 dioxide 粉末（Glassmilk）从 EDTA 抗凝血中快速提取 DNA 的高通量方法	该方法在 96 孔深孔板中进行，无需 DNA 转移，成本低且快速，避免了昂贵或有毒的试剂	NA	开发一种快速、经济且适用于多种样本类型的 DNA 提取方法	从 EDTA 抗凝血中提取 DNA	分子生物学	NA	DNA 提取	NA	DNA	96 个样本
8	2024-12-12	Random Sanitization in DNA Information Storage Using CRISPR-Cas12a 2024-Dec-10, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.4c11380 PMID:39658506	研究论文	本文提出了一种基于CRISPR-Cas12a的随机消毒方法，用于DNA信息存储中的元数据安全擦除	首次提出使用CRISPR-Cas12a进行DNA信息存储中的随机消毒，实现了高效的元数据擦除	目前仅在实验室条件下验证了该方法的有效性，尚未进行大规模应用测试	开发一种高效的DNA信息存储元数据安全擦除方法	DNA信息存储中的元数据安全擦除	NA	NA	CRISPR-Cas12a	NA	DNA	28,258个寡核苷酸
9	2024-12-11	Endogenous enzyme-activated AND-gate DNA nanomachines for intracellular miRNA detection and cell-selective imaging 2025-Feb-01, Talanta IF:5.6Q1 DOI:10.1016/j.talanta.2024.127087 PMID:39471719	研究论文	本研究开发了一种内源性酶激活的AND逻辑电路，用于细胞内miRNA检测和细胞选择性成像	首次利用内源性酶（APE1和TE）作为控制开关，构建了AND逻辑电路，实现了对细胞内miRNA-21和miRNA-210的同时检测，并能区分不同类型的癌细胞	NA	开发一种高效、简单且敏感的miRNA成像方法，用于疾病的早期诊断、治疗和药物开发	miRNA-21和miRNA-210的检测，以及癌细胞和正常细胞的区分	数字病理学	NA	NA	NA	NA	NA
10	2024-12-09	"Cell Disk" DNA Storage System Capable of Random Reading and Rewriting 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305921 PMID:38332565	研究论文	本文介绍了一种名为“Cell Disk”的DNA存储系统，能够在体内实现高密度DNA数据存储，并支持随机读取和重写	该系统利用酵母细胞作为存储单元，通过定制的CRISPR/Cas9模块实现对目标细胞块的选择性检索、擦除或重写，并开发了具有无损压缩能力的编解码算法以提高信息密度	NA	实现DNA存储系统中的随机读取和重写功能	酵母细胞中的DNA数据存储	生物信息学	NA	CRISPR/Cas9	NA	DNA数据	最多包含10个‘块’的模拟细胞‘磁盘’
11	2024-12-06	Multi-file dynamic compression method based on classification algorithm in DNA storage 2024-Dec, Medical & biological engineering & computing IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11517-024-03156-2 PMID:38922373	研究论文	本文提出了一种基于机器学习分类算法的多文件动态压缩方法，以优化DNA存储中的数据压缩效果	该方法通过机器学习分类算法为每个文件选择最合适的压缩方法，相比传统单一压缩方法，显著提高了压缩比和成本效益	文章未提及该方法在实际应用中的效率和稳定性，以及对不同类型数据集的适应性	研究如何通过优化数据压缩方法降低DNA存储成本	DNA存储中的数据压缩方法	机器学习	NA	机器学习分类算法	k-nearest neighbor	文件	收集了多个文件用于训练和验证
12	2024-12-06	Bead-Based DNA Synthesis and Sequencing for Integrated Data Storage Using Digital Microfluidics 2024-Nov-28, Angewandte Chemie (International ed. in English) DOI:10.1002/anie.202416004 PMID:39606901	研究论文	研究开发了一种基于数字微流控技术的DNA合成与测序集成数据存储系统	首次实现了基于磁珠的数字微流控技术进行DNA合成与测序的全流程集成，显著提高了数据存储速度	研究仅作为概念验证，尚未进行大规模应用测试	开发一种高效、集成化的DNA数据存储系统	DNA合成与测序技术	NA	NA	数字微流控技术	NA	DNA	8字节数据
13	2024-11-24	DP-ID: Interleaving and Denoising to Improve the Quality of DNA Storage Image 2024-Nov-22, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00671-6 PMID:39578306	研究论文	本文提出了一种名为DP-ID的新编码和解码方法，用于提高DNA存储图像的质量	DP-ID方法通过交织和去噪技术，有效处理插入和删除错误，提高了信息密度和重建图像的质量	NA	提高DNA存储图像的质量和信息密度	DNA存储图像的编码和解码方法	NA	NA	动态规划算法	NA	图像	NA
14	2024-11-23	A Deniable Encryption Method for Modulation-Based DNA Storage 2024-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00648-5 PMID:39155324	研究论文	本文提出了一种基于调制技术的DNA存储否认加密方法	利用DNA噪声通道进行加密，实现了真实信息和虚假信息的不可区分性	未提及具体限制	确保DNA存储信息的安全性	DNA存储中的信息加密与否认加密	生物信息学	NA	DNA调制技术	NA	DNA序列	未提及具体样本数量
15	2024-11-21	Optimizing fountain codes for DNA data storage 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.038 PMID:39559773	研究论文	本文探讨了优化喷泉码在DNA数据存储中的应用	提出了针对DNA数据存储的喷泉码优化算法，创建了定制的分布函数	NA	提高喷泉码在DNA数据存储系统中的可靠性和容量	喷泉码在DNA数据存储中的优化方法	NA	NA	喷泉码	NA	DNA数据	NA
16	2024-11-20	Cost-Effective DNA Storage System with DNA Movable Type 2024-Nov-18, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411354 PMID:39555674	研究论文	介绍了一种基于DNA活字印刷技术的成本效益高的DNA存储系统	提出了一种新的DNA活字存储系统，利用预制的DNA活字（DNA-MTs）进行酶促连接/组装，简化了组装过程，并显著降低了成本	NA	开发一种成本效益高的DNA存储系统，以应对大数据增长带来的存储需求	DNA存储系统的成本效益和效率	生物信息学	NA	DNA合成与酶促连接	NA	文本、图像、音频和视频	350个DNA活字（DNA-MTs）
17	2024-11-17	Adaptive Arithmetic Coding-Based Encoding Method Toward High-Density DNA Storage 2024-Nov-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0697 PMID:39544175	研究论文	本文介绍了一种基于自适应算术编码（AAC）的高密度DNA存储编码方法	提出了基于自适应算术编码的编码方法，通过压缩、错误校正和映射三个阶段实现高密度DNA存储	未提及具体局限性	提高DNA存储的效率和密度	DNA存储中的编码方法	生物信息学	NA	自适应算术编码（AAC）	NA	文本、图片、音频	不同格式的文件
18	2024-11-14	Strategies to Reduce Promoter-Independent Transcription of DNA Nanostructures and Strand Displacement Complexes 2024-Jul-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00726 PMID:38885464	综述	本文综述了细菌噬菌体RNA聚合酶（特别是T7 RNA聚合酶）在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出了减少这些反应的设计策略	提出了减少T7 RNA聚合酶非启动子依赖性转录的设计策略，以提高DNA纳米技术和DNA计算应用的成功率	NA	探讨T7 RNA聚合酶在DNA纳米技术和DNA计算应用中的非启动子依赖性转录反应，并提出相应的设计策略	T7 RNA聚合酶在单链DNA区域的非启动子依赖性转录反应及其对DNA纳米结构和DNA计算功能的影响	生物技术	NA	RNA聚合酶	NA	DNA	NA
19	2024-11-06	Parallel molecular data storage by printing epigenetic bits on DNA 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08040-5 PMID:39443776	研究论文	提出了一种通过酶促甲基化在DNA上打印表观遗传信息位的新方法，实现了大规模并行数据存储	利用预制的核酸通过自组装和酶促甲基化在DNA模板上精确引入表观遗传修饰，实现了无需合成的数据写入	需要进一步验证该方法在实际应用中的稳定性和可扩展性	探索一种新的DNA数据存储方式，超越现有的硅基数据存储技术	DNA数据存储的效率和成本	生物信息学	NA	酶促甲基化、纳米孔测序	NA	DNA序列	60名缺乏专业生物实验室经验的志愿者参与了实验
20	2024-11-06	Limit and screen sequences with high degree of secondary structures in DNA storage by deep learning method 2023-11, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107548 PMID:37801922	研究论文	本文研究了如何通过深度学习方法筛选和限制DNA存储中具有高二级结构程度的序列	提出了一个双向长短期记忆（BiLSTM）-注意力深度学习模型来预测DNA序列的自由能，并筛选出可能产生更多错误和低测序拷贝的序列	NA	研究如何避免DNA序列中高二级结构对DNA存储信息写入和读取的干扰	DNA序列的二级结构及其对DNA存储的影响	机器学习	NA	深度学习	BiLSTM-注意力模型	DNA序列	在模拟实验中使用了随机生成的DNA序列，并在真实数据集中筛选了94个预测自由能中的70个