生物计算机与DNA存储相关文章
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当前共找到 757 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-04-25 |
ReLume: Enhancing DNA storage data reconstruction with flow network and graph partitioning
2025-Apr-21, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.022
PMID:40268154
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research paper | 提出了一种基于流网络和图分区技术的DNA存储数据重建方法ReLume，显著提高了序列恢复率并降低了内存使用 | ReLume方法在笔记本电脑上实现了百万级读取的数据重建任务，序列恢复率提高了一倍以上，内存使用减少了约60%，且数据耐久性提高了10倍 | 未提及具体的数据集规模限制或在不同类型错误下的性能波动情况 | 解决DNA存储中的数据重建问题，提高数据恢复的准确性和硬件效率 | DNA存储数据 | DNA存储技术 | NA | 流网络和图分区技术 | NA | DNA序列数据 | 湿实验室DNA存储数据集（具体数量未提及） |
| 2 | 2025-04-24 |
Entropy-driven DNA circuit induced rolling circle transcription generates fluorescent light-up RNA aptamer for one-pot and label-free detection of miRNA-133a
2025-Apr-19, Talanta
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.talanta.2025.128173
PMID:40262346
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research paper | 该研究开发了一种基于熵驱动DNA电路和滚环转录的级联放大策略，用于一锅法和无标记检测miRNA-133a | 结合熵驱动DNA电路和滚环转录技术，生成重复的荧光RNA适配体，实现了高灵敏度和高选择性的miRNA-133a检测 | 未提及在实际临床样本中的大规模验证 | 开发一种高灵敏度、高选择性的miRNA-133a检测方法，用于急性心肌梗死的早期诊断 | miRNA-133a | 分子诊断 | 心血管疾病 | 熵驱动DNA电路(EDC), 滚环转录(RCT) | NA | 荧光信号 | 线性范围50 pM至50 nM，检测限38.3 pM |
| 3 | 2025-04-24 |
High-Risk Sequence Prediction Model in DNA Storage: The LQSF Method
2025-Jan, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2024.3424576
PMID:38976468
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研究论文 | 本文提出了一种名为LQSF的创新方法，利用深度学习模型预测DNA存储中的高风险序列，以提高错误纠正效率 | 引入了主动序列过滤方法LQSF，在编码阶段使用深度学习模型预测高风险序列，显著提高了DNA存储技术的错误纠正效率 | 未提及具体的数据集规模限制或模型在更广泛场景下的泛化能力 | 提高DNA存储技术中的序列错误预测和纠正效率 | DNA存储中的低质量序列 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Alexnet, VGG16, VGG19 | DNA序列数据 | 未明确提及具体样本量，但使用了多种神经网络和测试集进行广泛训练和测试 |
| 4 | 2025-04-23 |
Locked Nucleic Acid-Enhanced Entropy-Driven Amplifier Combined with Catalytic Hybridization Reaction-Based DNA Circuit for Dual Amplified Detection of Single Nucleotide Polymorphisms and Asymmetric Encryption of Gene Information
2025-Apr-22, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00529
PMID:40197003
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research paper | 开发了一种基于锁核酸增强的双信号放大策略，用于高对比度检测KRAS_G12C基因中的单核苷酸多态性（SNPs） | 结合熵驱动扩增和催化杂交反应，通过锁核酸修饰增强DNA计算电路的热力学稳定性和反应动力学，提高了SNPs检测的灵敏度和特异性 | 方法在人类血清样本中的应用潜力尚需进一步验证 | 开发高灵敏度、高特异性的SNPs检测方法，并探索其在基因信息加密中的应用 | KRAS_G12C基因中的单核苷酸多态性（SNPs） | 生物医学工程 | 癌症 | 锁核酸（LNA）增强的熵驱动扩增和催化杂交反应 | DNA计算电路 | 荧光和共振瑞利散射信号 | NA |
| 5 | 2025-04-22 |
On-Demand Regulation of Catalytic DNA Circuits Using Phosphorylated Charge Reversal Peptides
2025-Apr-18, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202425113
PMID:40249733
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研究论文 | 本研究开发了一种多功能酶响应肽（ERP），用于高效负载和特异性细胞内递送及释放催化电路探针，通过基于磷酸化的电荷反转过程实现精确、空间可控的体内microRNA（miRNA）成像 | 利用磷酸化电荷反转肽实现催化DNA电路的可控调节，首次探索了肽作为载体在DNA电路递送系统中的应用 | 未明确说明实验样本的具体数量及类型 | 开发安全高效的体内催化DNA电路递送系统，用于疾病诊断 | 催化DNA电路、microRNA（miRNA） | 生物传感 | 肿瘤 | 磷酸化电荷反转技术 | NA | 生物分子数据 | NA |
| 6 | 2025-04-20 |
Highly Reusable Enzyme-Driven DNA Logic Circuits
2025-03-18, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c15176
PMID:40035235
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研究论文 | 提出了一种利用外切酶III实现酶驱动DNA逻辑电路高度重复使用的方法 | 通过选择性消化双链DNA同时保留门链，系统高度恢复电路至初始状态，实现高度重复使用 | NA | 提高酶驱动DNA逻辑电路的重复使用能力，以增强计算能力、纠正错误并降低成本 | 酶驱动DNA逻辑电路 | 分子计算 | NA | 外切酶III消化 | NA | DNA分子 | NA |
| 7 | 2025-04-18 |
DNA storage: The future direction for medical cold data storage
2025-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.03.006
PMID:40235856
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综述 | 本文探讨了DNA存储技术在医疗冷数据管理中的应用前景 | 提出了针对医疗冷数据定制的DNA存储系统设计，并探讨了数据安全的新方法 | 人工核苷酸和DNA纳米结构等突破性技术仍处于实验室研究阶段 | 探索DNA存储技术在医疗冷数据管理中的应用潜力 | 医疗冷数据存储系统 | 数据存储技术 | NA | DNA化学合成、NGS、PCR | NA | 医疗冷数据 | NA |
| 8 | 2025-04-18 |
Molecular Circuit-Controlled Nanoparticle Folders for Programmable DNA Information Access
2025-02-25, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c13882
PMID:39945285
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research paper | 提出了一种由DNAzyme电路控制的纳米粒子文件夹，用于实现可编程的DNA信息访问策略 | 通过DNAzyme电路控制纳米粒子文件夹，实现了动态和可编程的DNA数据访问操作，超越了传统的PCR和DNA杂交方法 | 未提及该方法在大规模DNA数据存储中的实际应用效果和稳定性 | 开发一种高效、准确的DNA数据访问方法，以提升DNA存储系统的性能 | DNA数据存储和访问技术 | 分子计算与DNA数据存储 | NA | DNAzyme电路、纳米粒子文件夹 | NA | DNA数据 | 实验中展示了三种电路程序（YES、AND、OR逻辑方式）以及两种AuNP文件夹上的四种操作 |
| 9 | 2025-04-18 |
Ultrafast and Accurate DNA Storage and Reading Integrated System Via Microfluidic Magnetic Beads Polymerase Chain Reaction
2025-02-25, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c17817
PMID:39946680
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研究论文 | 本研究构建了一种基于自制微流控PCR和DNA磁珠的集成系统，用于快速、准确且可重复的DNA存储和读取 | 开发了名为MMBP的自制微流控PCR和DNA磁珠技术，具有时间短、偏差低的优势，能更准确、快速地读取信息，并在较低测序深度下工作 | 未提及具体样本量或实验规模，未来需要与DNA电化学合成集成以实现便携式设备的开发 | 解决DNA存储中快速准确读取数据的挑战，提升DNA存储的实用性和可靠性 | DNA存储和读取技术 | 生物技术 | NA | 微流控PCR, DNA磁珠技术 | NA | DNA序列数据 | NA |
| 10 | 2025-04-17 |
What does a consent conversation for whole genome sequencing look like in the NHS Genomic Medicine Service? An observational study
2025-Apr, European journal of human genetics : EJHG
IF:3.7Q2
DOI:10.1038/s41431-024-01749-x
PMID:39592828
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研究论文 | 本研究观察了英格兰基因组医学服务中关于全基因组测序（WGS）的同意对话内容与结构 | 首次对NHS基因组医学服务中WGS的同意对话进行录音和分析，揭示了实践中对话的内容和结构 | 样本量较小（n=26），仅覆盖了7个NHS信托机构 | 了解NHS基因组医学服务中WGS同意对话的实际内容和结构 | 罕见病患儿的父母与医疗保健专业人员之间的同意预约 | 基因组医学 | 罕见病 | 全基因组测序（WGS） | NA | 音频记录 | 26次同意预约，涉及7个NHS信托机构 |
| 11 | 2025-04-16 |
Homogeneous Multicycle Cascaded DNA Circuit for Sensitive "Signal On-Off-Super On" PEC Biosensing
2025-Apr-15, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c00373
PMID:40175284
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research paper | 该研究提出了一种基于均相多周期级联DNA电路和SnSe/CdS光阳极的'信号开-关-超级开'光电化学生物传感器，用于敏感检测生物标志物miRNA-222 | 采用'信号开-关-超级开'策略，结合均相多周期级联DNA电路和Z型SnSe/CdS异质结，显著提高了生物传感器的灵敏度和准确性 | 未提及在实际临床样本中的应用验证 | 开发高灵敏度生物传感器用于早期疾病诊断 | 生物标志物miRNA-222 | 生物传感器 | 癌症 | 光电化学生物传感技术，级联DNA电路 | NA | 电化学信号 | 线性范围从1 fM到10 nM |
| 12 | 2025-04-16 |
Programmable Primer Switching for Regulating Enzymatic DNA Circuits
2024-02-13, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.3c12000
PMID:38286819
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研究论文 | 提出了一种称为引物切换调控的方法，通过引入可切换的导线来实现酶促DNA电路的可编程和灵活调控 | 引入了可切换的导线来调控酶促DNA电路，无需重构基本电路框架即可实现复杂电路功能 | 缺乏方便和简单的引物控制机制，限制了酶促DNA电路的发展 | 开发更灵活的引物调控方法以促进酶促DNA电路的发展 | 酶促DNA电路 | DNA计算 | NA | DNA链置换反应(SDRs) | NA | NA | NA |
| 13 | 2025-04-15 |
DNA-Based Signal Circuit for Self-Regulated Bidirectional Communication in Protocell-Living Cell Communities
2025-Apr-07, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202503903
PMID:40195061
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研究论文 | 本文设计了一种基于DNA的电路，用于在原生细胞与活细胞群落中实现自我调节的双向通信 | 设计了一种包含识别模块、激活模块和反馈模块的DNA电路，使原生细胞能够感知并响应活细胞释放的信号，自主调节与活细胞的相互作用 | 未提及具体实验规模或实际应用中的潜在限制 | 开发合成生物学工具以控制细胞间信号传导，编程期望的细胞行为 | 原生细胞与活细胞群落的相互作用 | 合成生物学 | NA | DNA电路设计 | NA | NA | NA |
| 14 | 2025-04-14 |
Highly sensitive detection of the tetracycline resistance gene tetA in water supply systems with an autocatalytic deoxyribonucleic acid-based cascade circuit
2025-Apr-09, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138226
PMID:40220386
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research paper | 开发了一种基于杂交链式反应（HCR）和脱氧核酶的等温无酶级联启动再生（IR）HCR扩增系统，用于高灵敏度检测水系统中的四环素抗性基因tetA | 结合HCR与脱氧核酶设计了一种新型等温无酶级联扩增系统，通过自催化反馈回路实现目标基因的指数级荧光信号放大 | 未明确说明该方法在其他复杂环境样本中的适用性 | 开发一种有效、低成本且稳定的现场检测水系统中抗生素抗性基因的方法 | 水系统中的四环素抗性基因tetA | 环境监测 | NA | 杂交链式反应（HCR）、脱氧核酶 | NA | DNA序列 | 实际水样（未明确具体数量） |
| 15 | 2025-04-12 |
Leveraging Demethylase Activation in DNA Circuits to Overcome Signal Leakage for Reliable MicroRNA Bioimaging
2025-Apr-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202412843
PMID:40211605
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研究论文 | 设计了一种去甲基化酶激活的DNA组装（DAD）电路，用于可靠且稳健地成像细胞microRNA | 通过整合杂交链反应（HCR）放大器系统的顺序激活，DAD电路显著提高了信噪比，实现了高灵敏度的miRNA检测 | NA | 开发一种可靠的细胞内microRNA生物成像方法 | 细胞microRNA | 生物医学工程 | 癌症 | DNA电路、杂交链反应（HCR） | NA | 生物分子数据 | NA |
| 16 | 2025-04-11 |
Low-cost and automated magnetic bead-based DNA data writing via digital microfluidics
2025-Apr-08, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d5lc00106d
PMID:40070261
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研究论文 | 本研究介绍了一种集成数字微流控（DMF）平台和E47 DNAzyme连接化学的低成本、自动化DNA数据写入方法 | 利用DNAzyme作为生物催化剂，实现室温下无酶连接过程，显著降低成本，并通过DNAzyme辅助的磁珠纯化方法简化了传统纯化步骤 | 目前仅为概念验证阶段，尚未进行大规模商业化应用测试 | 开发低成本、自动化的DNA数据存储解决方案 | DNA数据存储技术 | 数字微流控技术 | NA | 数字微流控（DMF）、DNAzyme连接化学 | NA | DNA序列数据 | NA |
| 17 | 2025-04-10 |
Effective IDS Error Correction Algorithms for DNA Storage Channels with Multiple Output Sequences
2025-Apr-08, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3558853
PMID:40198284
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研究论文 | 本文研究了DNA数据存储中针对多输出序列的IDS错误的有效校正算法 | 提出了分段渐进匹配(SPM)算法、基于隐马尔可夫模型的同步解码算法(SDH)和迭代外部解码(IED)算法，显著降低了误码率(BER) | 未提及算法在实际DNA存储系统中的实现和测试结果 | 提高DNA数据存储系统的解码性能和可靠性 | DNA数据存储中的IDS错误校正 | 生物信息学 | NA | DNA数据存储技术 | LDPC码, 隐马尔可夫模型(HMM) | DNA序列数据 | NA |
| 18 | 2025-04-06 |
High fault-tolerant DNA image storage system based on VAE
2025-Feb-21, IEEE transactions on nanobioscience
IF:3.7Q3
DOI:10.1109/TNB.2025.3544401
PMID:40031865
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研究论文 | 提出了一种基于VAE的高容错DNA图像存储系统，用于DNA存储中的图像压缩 | 1) 使用VAE将图像压缩为统一大小的潜在变量块，并通过SVD进一步压缩；2) 对潜在变量块中的浮点数进行量化，并对生成的三元序列应用旋转编码；3) 优化纠错方案以最佳恢复每种类型的错误 | 未提及具体实验样本量或实际应用中的潜在问题 | 降低基于DNA存储的图像压缩的错误率 | 图像数据 | 机器学习 | NA | VAE, SVD, 旋转编码 | VAE | 图像 | NA |
| 19 | 2025-04-03 |
Engineered Living Memory Microspheroid-Based Archival File System for Random Accessible In Vivo DNA Storage
2025-Apr, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202415358
PMID:39981833
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研究论文 | 介绍了一种基于工程化活体记忆微球（ELMM）的新型DNA数据存储、检索和管理材料 | 提出了ELMM作为DNA数据存储的新材料，并设计了基于质粒功能与DNA数据键值配对的随机访问策略 | NA | 开发高效且可随机访问的DNA数据存储系统，以应对全球对数据存储的日益增长需求 | DNA数据存储系统 | 生物信息学 | NA | 液滴微流控技术、荧光分选 | NA | DNA数据 | NA |
| 20 | 2025-04-03 |
Rapid Information Retrieval from DNA Storage with Microfluidic Very Large-Scale Integration Platform
2024-04, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202309867
PMID:38048539
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研究论文 | 介绍了一种使用微流控超大规模集成（mVLSI）平台从DNA存储中快速检索信息的方法 | 利用mVLSI平台实现高度并行和快速的DNA数据读取，并通过芯片熔解曲线分析解码DNA中的多状态数据 | 未提及该方法在成本、准确率或大规模应用中的具体表现 | 开发一种快速、高效的DNA数据检索技术 | DNA存储的数据 | 生物技术 | NA | 微流控超大规模集成（mVLSI）平台、DNA识别、熔解曲线分析 | NA | DNA数据 | NA |